但随着李登辉权位的日益稳固，以及他对国际形势、大陆形势和两岸关系形势的误判，在台海问题上，李登辉逐渐背离了他的初衷，先后提出“一国两府”、“两个对等的政治实体”、“阶段性‘两个中国’”、“七块论”、“两国论”、“特殊的国与国关系论”，直接导致两岸关系的倒退，引发包括两岸在内的国际社会的广泛不安。
1991年8月，李登辉在《中国时报》举办的“中华民国与国际新秩序”研讨会上致词时提出：“两岸统一需要一个漫长的过程，从德国统一的过程看，双方首先经由交流互动，在人民之间建立了某种程度的共识，并且在国际上形成了对等的政治实体。……对等的政治实体架构必须先确立” 。
1993年11月21日，李登辉授意“经济部长”江丙坤在亚太经合组织西雅图会议期间，就一个中国问题发表谈话：“中国只有一个，地理文化上台湾是属于中国。在统一的条件未成熟前，我们将以务实的态度，采取以一个中国为指向的阶段性两个中国政策，台湾与中华人民共和国是两个主权互不隶属的国家”。
1994年李登辉与日本作家司马辽太郎交谈时，毫不隐晦地表示要建立“台湾人的国家”。
1995年5月6日，李登辉会见日本记者时说：“我们愿意与中共进行政府对政府的对话……我们愿意谈判，但是不能由两个政党进行谈判，因为国家的统一不仅仅涉及两个组织，一个国家、两个政府，这是现实。”
1995年6月9日，由于美国向李登辉发放了入境签证，李登辉在母校康奈尔大学的“欧林讲座”发表题为《民之所欲，长在我心》的讲演，一字不提一个中国，却多次使用“中华民国在台湾”和“在台湾的中华民国”的说法。
1997年2月22日，在李登辉授意下，台湾当局发布《透视“一个中国”问题》，提出与其说“一个中国”，不如说“一个分治的中国”（one divided China）。
1999年5月20日，李登辉推出《台湾的主张》一书，他用煽动的语气写道：“最理想的状况，是大陆摆脱大中华主义的束缚，让文化与发展程度各不相同的地区享有充分的自主权，如台湾、西藏、新疆、蒙古、东北等，大约分成七个区域。”这就是所谓“七块论”。
1999年7月9日，李登辉接受“德国之声”电台专访时表示：“1991年修宪以来，已将两岸关系定位在国家与国家，至少是特殊的国与国的关系……北京政府将台湾视为‘叛离的一省’，这完全昧于历史与法律上的事实。”
三、陈水扁时代
2000年3月18日，台湾地区举行领导人选举。民进党的陈水扁、吕秀莲以39.3％的得票率险胜，国民党在台湾50多年的统治宣告结束。陈水扁上台后，顽固坚持“台独”立场，一步步从“九二共识”、“一个中国”原则上后退，终于露出“台独”面目。
2000年5月20日，陈水扁在就职仪式中提出“不会宣布独立，不会更改国号，不会推动‘两国论’入宪，不会推动改变现状的统独公投，也没有废除国统纲领和国统会的问题”（四不一没有），同时托人带话给美国，表示自己不会做“麻烦制造者”。但是2000年6月，陈水扁就说“九二共识”是没有共识的“共识”；7月，再将“九二共识”歪曲为“九二精神”。
2002年1月10日，陈水扁与美智库会谈时称，“在台湾的中华民国是一个主权独立的国家，不是任何国家的一部分……中华民国存在是一个事实”。
2002年8月3日，陈水扁向台独组织“世台会”发表电视讲话时称，“台湾主权独立”绝对不能被剥夺和限制。“台湾是我们的国家，我们的国家不能被欺负、矮化、被边缘化及地方化，台湾不是别人的一部分；不是别人的地方政府、别人的一个省，台湾也不能成为第二个香港、澳门，因为台湾是一个主权独立的国家，简言之，台湾跟对岸中国一边一国，要分清楚。”这就是陈水扁抛出的“一边一国论”。
在此次电视讲话中，陈水扁还第一次明确提出“公投论”，叫嚣“公民投票改变台湾现状”。“中国一直不放弃对台湾使用武力，在国际上打压台湾，这对台湾人民的感情有很大伤害，中国说的所谓‘一个中国原则’或‘一国两制’就是对台湾现状的改变，我们不可能接受，因为台湾的未来，台湾的现状是否要改变，不是任何一个国家、任何一个政府、任何一个政党、任何个人可以替我们决定，只有二千三百万伟大的台湾人民，才有权利对台湾的前途、台湾的命运和现状来做决定。而有需要的时候要如何决定？就是我们长期追求的理想和目标；也是大家共同的理念——公民投票，公民投票是基本人权，也是二千三百万人民的基本人权，不能被剥夺和限制的，个人要诚恳地呼吁和鼓舞大家，要认真思考公民投票立法的重要性和迫切性。”
2003年12月21日，陈水扁参加台北县台南县市同乡会会员大会，以台南“蕃薯仔”自称，他并且强调两岸关系为台湾、中国、蒙古“两边三国”，所以没有一个中国两边各自表述的问题。陈水扁声称，实际上，不仅是“一边一国”，两岸关系实际上是“两边三国”，也就是台湾、中国、蒙古。陈水扁称，“以前叫做‘中华民国’在台湾，现在叫做‘中华民国’是台湾，所以，‘中华民国’就是一国，与对岸的中华人民共和国、蒙古人民共和国可以并称为‘两边三国’。”
2003年12月22日，陈水扁在与台湾媒体记者的座谈会上，公开否定了“四不一没有”的承诺。他声称他在2000年5月20日就职演说中提到的“四不一没有”是有前提的，前提是“如果中共无意对台使用武力”，那他保证在任期之内做到“四不一没有”。陈水扁声称，“何谓有意动武？已经瞄向台湾、针对性来做所谓飞弹试射和演习等，我们认为，这已经是很清楚的对台动武的意图，本来就没有‘四不一没有’的存在。”
2004年3月20日，在台湾地方领导人选举中，在两对组合的对决中，民进党候选人陈水扁、吕秀莲以647万1970票的得票数微幅领先国亲联盟候选人连战、宋楚瑜的644万2452票，陈水扁获得连任。选举的侥幸胜利，促使民进党在“台独”路线的推进上变本加厉。
2004年“双十节”，陈水扁发表讲话，首度提出“‘中华民国’就是台湾，台湾就是‘中华民国’”。2004年12月，陈水扁抛出了“‘中华民国’四段论”——“中华民国”在大陆、“中华民国”到台湾、“中华民国”在台湾、“中华民国”是台湾。所谓“‘中华民国’四阶段论”，即一九一二年“中华民国”在大陆成立，一九四九年“‘中华民国’到台湾”，李登辉时代“‘中华民国’在台湾”，二〇〇〇年后“‘中华民国’是台湾”。2005年8月2日，陈水扁在台北会见美国“福尔摩莎基金会”青年亲善大使时，再度提出“‘中华民国’是台湾”的概念。
2006年以来，陈水扁民调支持率跌至18％，民进党士气低迷。为挑动族群冲突，打压泛蓝阵营，陈水扁利令智昏、孤注一掷，在“台独”道路上越滑越远。
2006年1月29日，陈水扁于台南县设宴款待地方人士时指出，目前已是认真思考废除“国统会”及“国统纲领”的适当时机。2月22日，陈水扁在与到访的美国众议员会面时，称他提出“废统”是“涉及民主、安全考量”，并称“国统会”是“荒谬年代的荒谬产物”。
2006年2月27日，陈水扁在“国安会议”上作出裁决：“国家统一委员会”终止运作；“国家统一纲领”终止适用。陈水扁亲手“终止”了存在15年的“国统会”、“国统纲领”，达成了他非干不可的“废统”。
四、马英九时代
2008年3月22日，台湾地区举行领导人选举。选举结果，马英九、萧万长囊括7658724票，谢长廷、苏贞昌则获得5445239票，马萧配取得压倒性胜利，不但创下台湾“总统”选举史上最高票纪录，也结束了民进党8年执政。在台湾地区，“马英九时代”正式到来。
马英九的当选宣告台湾地区实现了二次政党轮替，殊属不易。自1988年李登辉上台以来，台湾当局不断在台湾政治、文化、教育等领域进行“台湾正名”、“去中国化”等“渐进式台独”活动，蓄意挑起两岸对立，竭力破坏大陆和台湾同属一个中国的现状。“台独”分裂势力及其活动日益成为两岸关系发展的最大障碍，成为对台海地区和平稳定的最大现实威胁。
从李登辉到陈水扁，台湾执政当局倒行逆施，受到大陆的严正谴责，遭到国际社会的批评，也受到包括国民党在内台湾反分裂力量的强烈反对和有力制约，“台独”势力的嚣张气焰不得不有所收敛。
在李登辉时代，国民党内部分成了“主流派”和“非主流派”，李登辉是主流派的大佬，而非主流派以俞国华、郝柏村、林洋港、李焕、梁肃戎、关中等人为代表，前四人都是蒋经国时代的元老重臣，关中则是中生代龙头人物（现任国民党副主席）。1992年8月，韩国与大陆建交，引发台湾岛内一片哗然。国民党内部开始讨论“一个中国”是否适当的问题。国民党主流派与民进党一唱一和，公开提出反对“一个中国”。非主流派则出面捍卫“一个中国”。1992年9月2日，中国广播公司董事长、非主流派代表人物之一关中，在台湾《中国时报》发表《谈一个中国政策》文章，强调“一个中国”政策的必要性。1992年10月2日，台湾“行政院长”郝柏村在“立法院”，面对国民党主流派对“一个中国”政策的质询，明确表示：“分裂的中国是一项事实，但一个分裂的中国不等于‘两个中国’，也不等于‘一中一台’。”
尽管遭到李登辉的打压和民进党的包围，非主流派的代表人物被迫陆续离开台湾的权力核心，但这些反对分裂、反对“台独”的力量，实力犹在，在一定程度上掣肘了李登辉的分裂活动。1993年5月，由郝柏村、李焕、蒋纬国、许历农与梁肃戎五人，在台北拟筹备成立“新同盟会”。1994年5月8日，“新同盟会”在台北成立，梁肃戎任大会主席。大会发表宣言，主张“依据民族主义，追求国家统一，反对分裂国土”。“新同盟会”发起了“我是中国人”的大游行，台北就有五六万人上街，有力地打击了“台独”的气焰。1995年是甲午战败清政府割让台湾100周年，民进党在6月17日举行“告别中国大游行”，甚至跑到《马关条约》签订处的春帆楼“感谢”日本人。针对这一活动，“新同盟会”在8月13日举行“我是中国人”大游行。
2000年陈水扁上台以后，国民党、亲民党和新党为代表的泛蓝阵营，以“立法院”为舞台，充分发挥在野党的作用，有效地制约了陈水扁的“台独”主张和路线的实施。
2001年12月1日，台湾地区举行第五届“立法委员”选举，民进党获87席，成为“立法院”第一大党；国民党以68席成为第二大党，首次参选的亲民党获得46席，台湾“立法院”里，民、国、亲三党格局初步形成。国、亲两党为核心的泛蓝阵营占据了“立法院”的多数席位。
2004年12月11日，在第六届“立法委员”选举中，泛蓝阵营的国民党、亲民党、新党夺得225个席位中的114个席位，维持在“立法院”多数席位。泛蓝阵营先后数十次否决了民进党当局提出的购买潜艇、反潜机和“爱国者”导弹的特别军购案，使“台独”分裂活动遭到重创。
2008年1月12日，台湾地区举行第七届“立法委员”选举，在总共113个席位中，国民党赢得2/3以上的席次，遥遥领先于民进党。此次选举中，国民党获得81席，民进党获得27席，亲民党1席，其他政党及无党籍人士获得4席。2007年10月17日回锅担任民进党主席的陈水扁随后宣布辞去民进党主席职务。
早在马英九当选的三年前，中国共产党与中国国民党就开始了密切商谈，为此后几年两岸关系的互动注入了新的活力。2005年是中国民主革命的先驱孙中山先生逝世80周年，以缅怀孙中山先生为契机，两岸开启了对话的大门。受大陆方面的邀请，2005年3月28日至4月1日，以“缅怀之旅”、“经贸之旅”为主题，中国国民党副主席江丙坤率团访问大陆。这是中国国民党自1949年迁台以后的56年间，向大陆派出的第一个正式访问团。4月25日，国民党主席连战开始了对大陆的“和平之旅”。从5月5日开始，亲民党主席宋楚瑜来大陆实现了“搭桥之旅”。连宋先后登陆，顺应潮流，合乎民意，得到台湾民众的广泛支持。尤其是国民党主席连战通过对大陆的访问，不仅给自己的政治声望创下了历史新高，而且给国民党指明了生路。2000年来的几次重大选举反复证明，国民党仍是最大的在野党，仍是抗衡民进党的重要力量。她不但站稳了脚跟，而且正处于自1993年新党出走以来10年中的最为辉煌的上升阶段。
