这个罪名延续了御史林润弹劾的思路。可是之前三法司的官员没有找到严世蕃谋反的证据，怎么办？徐阶的过人之处是，他搬出了证据：第一，严世蕃在江西老家，挑了一块据说是有王气的土地，盖了一座“制拟王者”的府邸，居心不良。这是一条有据可查的证据，是过分高调的严世蕃主动送给徐阶的把柄。
徐阶接着说第二条证据，严世蕃的亲信罗龙文和勾结倭寇的著名汉奸汪直有亲戚关系，严世蕃也就与倭寇挂上了钩，企图里通外国。罗龙文组织死党五百人，准备护送严世蕃投奔日本。
嘉靖年间，倭寇乱起，朝野以日本为死敌。说严世蕃投奔日本，容易引起朝野愤怒和皇帝的憎恶。但是说严世蕃要逃亡日本，估计很多人会表示怀疑。当时的日本，生活条件远低于中国，而且处于战乱时代。严世蕃为什么放着江南富贵乡、烟雨繁华地不住，要逃到日本去自讨苦吃？至于五百名死党，没有名单也没有供状，是不是存在都很可疑。
别人怀疑没关系，徐阶马上又搬出了一条证据。严世蕃曾经有个亲随叫牛信，后来在山海卫担任军官，最近弃职北逃，企图“诱致外兵”，响应严世蕃的谋逆行为。这条证据充分显示出了徐阶办事细致，城府很深。
他很留意收集信息，同时把这些信息与自己的目的联系起来。之前，他知道有一个叫牛信的山海关军官失踪了，这个人恰好和严世蕃有关系，于是顺理成章在他头上安一个勾结外敌、响应叛国的罪名，而且死无对证。
看完以上这些似是而非的证据，估计很多人即使心存怀疑，也开始暗地里嘀咕严世蕃是不是真的有谋反和叛逃的嫌疑了。嘉靖皇帝的心里，估计也有类似的疑问。
马上，徐阶又提供了一个重磅证据，坐实了严世蕃图谋不轨，想造反。徐阶写了第四条证据，严世蕃与宗室朱典私底下交往密切，招募亡命之徒，训练私人武装，密谋造反。
朱典是嘉靖四十三年（1564年）年初被废的伊王。伊王这支血脉出自朱元璋庶出的小儿子，封地在洛阳，以当地的伊水得名。朱典这个人贪婪无度，残暴自负，公开地欺压官吏，抢夺财富。官吏有不听朱典的话，或者满足不了朱典要求的，朱典就千方百计地说他们的坏话，捏造种种事实，恶人先告状，不让他们罢官撤职不罢休。官员们经过洛阳境内，伊王府的人就会追上来，拦住去路，责问“为什么不去参拜伊王”。
官员去了，就会受到伊王的侮辱和非礼。所以，伊王在朝野的名声非常差。官吏缙绅往来，都绕开洛阳。明朝皇帝却一直默许、纵容朱典为非作歹。其中的原因并不是历代皇帝看重同宗血脉，而是和明朝的宗藩制度及其目的有关。
如何安置宗室成员，是历代皇帝头疼的敏感问题。历朝历代的政策都在重用和压制两端之间摇摆。明朝成立初期，朱元璋大封儿子到各地为王，给予他们很大的权限，希望他们能够拱卫朝廷。部分亲王甚至拥有自己的军队。结果很快就爆发了“靖难之役”，燕王朱棣起兵于地方，推翻中央，篡夺了皇位。之后的明朝皇帝吸取教训，不允许宗室亲王拥有实权，也不给他们历练的机会，只给他们优厚的待遇，好吃好喝供养着，就是不让王爷们办事，也不鼓励王爷们学习。结果造成宗室王爷们消磨雄心壮志的同时，能力迅速退化，道德水平迅速败坏，退步成了社会的寄生虫。明朝的皇帝却觉得这样的宗藩制度达到了目的，那就是消除血脉亲戚对皇位的觊觎和威胁。
所以，当朱典这样的宗族败类为非作歹的消息传来，嘉靖皇帝一点儿都不关心。不就欺负当地官吏，侮辱过路官员吗，又不会威胁嘉靖的皇位。而且王爷们的名声越差，对皇帝的权威越没有威胁。嘉靖皇帝也就睁一只眼闭一只眼，不闻不问了。
后来，朱典做得越来越过分。他借口修建新王府，夺取民宅。郎中陈大壮与王府相邻，不愿意让出自己家。朱典就派出数十人和陈大壮同住一间屋，夺取陈大壮的饮食，把一个朝廷命官给活活饿死了。而且，朱典下令关闭洛阳城门，挑选了七百多名民间女子，从中挑选九十名供自己享乐，其余人通知其家人拿钱赎回。最后，朱典建造了一座“崇台连城，拟帝阙”的新王府。这是明显逾制，御史纷纷弹劾朱典。
嘉靖皇帝也觉得朱典做得太过了，下令革除伊王三分之二的俸禄，拆除僭越的宫城，归还民间女子，把犯罪的打手、爪牙交给地方官员审判定罪。朱典拒绝执行。朝廷多次发牒催促，朱典竟然说：“牒子是干什么用的？是用来补棺材的。”这下，嘉靖觉得朱典越界了，触犯了皇权，下令会审朱典。大臣们一致认为朱典荒淫残暴，不守臣礼，给予“禁锢高墙，削除世封”的处分。嘉靖欣然同意，撤销了伊王的封地，把朱典及其儿子安置到开封监管。
徐阶把严世蕃和朱典这么一个在民间声名狼藉，肯定没有人同情，在皇帝心中又是触犯皇权的角色联系在一起，不仅让嘉靖增加了对严世蕃的厌恶，怀疑严世蕃、朱典两人勾搭成奸，图谋不轨，而且为朝野痛打了两只落水狗，不会牵涉旁人，引起他人的反感。
其实，严世蕃这个人虽然高调、张扬，但要说他勾结宗室、训练军队、里通外国准备造反，还真可能没那个胆子。但是，嘉靖皇帝最害怕的就是“谋反”两个字，他宁可信其有不可信其无。更何况，嫌疑人还是自己讨厌的人。
徐阶搬出来的四条证据，没有牵涉其他人，很容易被官场接受。嘉靖皇帝也很认可这个结果，没有波及他，还可以借机把揽权结党、侵犯皇权的严氏一党彻底铲除，何乐而不为呢？可见，强中自有强中手，徐阶能够接替严嵩担任内阁首辅是有道理的。
黄光升按照徐阶的草稿，向嘉靖皇帝报告。严世蕃在监狱中听说后，大惊失色，说了两个字：“死矣。”
果然，嘉靖皇帝很快批准了三法司的报告，大笔一挥，判决严世蕃等人斩首，严家抄家，所有家产没收。嘉靖四十四年（1565年），严世蕃因谋逆罪被斩首，严家被抄家，抄出黄金三万余两，白银二百万余两，其他珍宝、器物价值数百万两。老百姓拍手称快。严嵩虽然没有被法办，但是被扫地出门。八十五岁的老人，无人肯收留，也无人肯可怜，只好流落街头。又过了两年，严嵩垂老有病，在墓舍寄食而死。
恶有恶报，善有善报。严嵩父子虽然死了，被他们残害的忠良还没有得到平反昭雪。嘉靖皇帝死后，隆庆皇帝继位。翻案的时机终于成熟了。
徐阶采取了一种既低调又高调的方式，为杨继盛、沈炼等人平反。说他低调，是因为翻案过程并没有提什么陷害忠良，也没有涉及细节，更没有否定嘉靖皇帝。徐阶只是借新皇帝登基，抚恤老臣的机会，主持追封杨继盛为太常少卿，谥号忠愍，给予祭葬，也就是朝廷为杨继盛举办了隆重的追悼和重新安葬仪式。朝廷还直接任命杨继盛的一个儿子当官，当作对忠良之后的褒奖。同时，沈炼被追封为光禄少卿，谥号也是忠愍。此外，地方上都奉命修建了杨继盛、沈炼的祠堂，大力宣传他们的事迹。
回顾严世蕃案，我们清楚地看到权力因素对司法审判的重大影响。这种影响是无形的，已经深入古代官员的潜意识里。在古代政治中，皇帝占据绝对的核心地位，集最高立法权、司法权和监督权力于一身。司法程序的完成，必须得到皇帝的同意。所以，官员们在司法过程中，自觉地揣测皇帝的意思，而不是忠于真相。这一点在类似严世蕃案这样的重大、敏感案件的审判过程中尤其明显。
