莫理循与袁世凯的关系密切，在袁世凯被罢官回乡时，莫理循在报道中表示不平，这使得袁世凯大为感激，并在新政府中重用莫理循。后来清王朝被迫起用袁世凯，莫理循通过《泰晤士报》成为新闻界的舆论导向，他宣称中国有能力建立自己的共和国，而建立这个国家的最佳人选非袁世凯莫属。同时，他游说革命党人和日本外交官，希望他们支持袁世凯为总统，并为袁定都北京出谋划策。《北京的莫理循》一书中记载。袁世凯在当上中华民国临时大总统后，亲自对英国驻华公使朱尔典和莫理循表示，是他们二人帮助他成为总统。莫理循也因此极受袁赏识，成为中华民国的首位政治顾问。
袁世凯对莫理循关怀备至。尤其表现在生活中，袁把自己亲笔签名的照片送给莫理循而莫理循的长子生日，袁重礼道贺，莫的母亲和妹妹来华，袁亲自接待宴请，临行时赠送名贵衣料。这些举动令莫理循极为感动，但莫氏对袁世凯并不丧失原则地一味逢迎，相反，他常常讲些逆耳之言。莫理循说，他提出的意见并不高明，但至少对总统说了真话。
莫理循对袁世凯提出过许多极有见地的建议，包括如何通过各项改革树立权威，以及对外宣传，甚至劝诫袁世凯不要取消孙中山建立铁路总公司。
最值得一提的是，莫理循作政治顾问时对中国影响最大的作为，当数披露日本灭亡中国的《二十一条》。莫理循发挥了不可忽视的影响，正是他通过端纳向《泰晤士报》泄露了《二十一条》的内容，引起国际舆论的注意，使日本有所顾忌，从而有所收敛。
刺杀宋教仁
在民国时期的历史里，没有任何一个人能比宋教仁的惨案更让国民震惊和悲痛，也没有任何一个政治人物的死引起举国上下强烈的震撼，也没有任何一个谋杀案像宋案一样，对历史产生了如此重大的影响。宋教仁的好友谭人凤说过：“国民党中人物，袁之最忌者惟宋教仁。”面对最具威胁力的政敌，袁世凯开始打算收为己用，在被拒绝之后就打算除之而后快。
宋教仁接到袁世凯邀其北上共商国是的急电，决定即刻赴京。有人嘱咐他小心以防不测，但宋教仁坦言：“无妨，此行统一全局，调和南北，堂堂正正，何足畏惧，国家之事虽险，也当全力赴之。”3月20日，宋教仁在黄兴、廖仲恺、于右任、陈其美等友人陪同下来到上海车站，突然枪声响起，宋教仁倒下了……当时在日本的孙中山得知宋教仁遇害，悲愤欲绝，撰联挽曰：“作民权保障，谁为后死者；为宪政流血，公真第一人。”
武昌起义之后，孙中山从海外归来，准备成立政府讨论政体，宋教仁坚决主张民选总统。但是孙中山声称，实行总统制，总统民选，总理由总统任命。在孙中山将全力交给袁世凯之前，为保革命成果一改初衷，实行内阁制。袁世凯为了笼络宋教仁，送给他名贵西服，并且尺寸拿捏得十分准确，可见袁的用心，后袁世凯送宋教仁一张交通银行五十万元支票一本，但是宋教仁油盐不进，让赵秉钧还给了袁世凯。由于宋教仁的一再拒绝，让受到宋政治上威胁的袁世凯动了杀机。1913年，国会两院选举中，国民党获胜，宋教仁一路上发表演讲，批评袁世凯政府，并在演讲中阐述自己的宪政理想，于是掀起一场民主政治的风波，矛头直指袁世凯，袁为嫉恨并且意识到再不杀宋，自己的地位难保。1913年3月20日，宋教仁在上海火车站遭袁世凯所派刺客枪击，22日逝世。案发后，袁世凯假令“穷究主名”、“按法严办”。23日，上海英法租界扑房抓获凶手武士英及同谋应夔丞，并从应宅搜出多件确凿证据，证明刺杀宋教仁的主谋是袁世凯，直接策划人是其爪牙赵秉钧和洪述祖，真相大白后全国激愤。连宋教仁的政治对手民主党党首汤化龙都这样激赞他：“倘许我作愤激语，谓神州将与先生毅魄俱沉。”
根据当时的报纸所载，宋教仁被刺，整个上海市为之震骇，群情愤慨，素不相识的人们一批批地赶到医院问讯。两天后，他的噩耗传出，医院门前吊唁者络绎不绝。第二天灵柩移往湖南会馆，前来送行的人有几千人，所到之处，都是人山人海，道路阻塞，但气氛严肃静穆“莫不为之哀悼”，期间“风云变色，天地亦现阴忧之状。又忽作微雨，一时来会者，无不唏嘘感叹，谓为天泣。”
北京新闻界召开的哀悼宋渔父先生大会，有千数百人到场，其中还有日本、法国人。陈家鼎、程家柽、日本和法国的来宾等都发表了演说。统一党也召开追悼会。其他许多地方举行了追悼会。全国各地的报纸纷纷报道宋教仁遇刺的噩耗，宋案的各种情况和举国上下的哀悼。不同政见的人异口同声，一致称宋教仁为大政治家，对他的被刺表示了极大的悲痛和愤慨。
宋死后，上海法院曾给国务总理赵秉钧发传票，传他到庭作证。黄兴、陈其美以宋的朋友的身份致函上海总巡捕房，如果拿获正凶，他们准备赏银一万元，作为酬劳。与此同时，上海闸北巡警局、上海县知事各自发出悬赏，赏格一样，都是抓住凶手赏洋一万元，通风报信因此拿获的，赏洋五千元。地方检察厅、沪宁铁路局也都发出了悬赏。对此，袁世凯非常生气，干脆下令取消了各地的法院，以县知事兼理司法。宋教仁一死，中国的民主萌芽随之被扼杀。
应桂馨被一群流氓劫狱救出来后，逃到青岛躲避风声。国民党讨袁战争失败后，应桂馨认为终于到了出头的机会了，于是公开发出请“平反冤狱”的通电。后公然从青岛到北京，此时胡翡云此时也搬到北京，在松翠班搭班，两人往来如旧。应要求袁实践“毁宋酬勋”的诺言，并且要求袁给他“勋二位”和巨额现金。袁本想赏他一笔钱叫他离开北京，但他仍坚持他所提出的两大条件，少一条都不成。有人提醒应不要惹怒袁世凯，莫要在太岁头上动土。他狂傲地反问袁世凯敢拿他怎样。袁世凯当然不是好惹的，等这些话传到袁的耳朵里后。袁已经开始打算处理这场“事端”。应得到消息后正打算火速逃离，但是袁世凯下手更急，还是在车站，应桂馨被当时军政执法处的郝占一和王双喜杀死。
至于一直避居青岛的洪述祖，到民国六年，化名回到上海因债务关系被德国商人扭送到巡捕房，后被宋教仁的儿子和秘书送到上海法院，处以极刑。他在狱中作词以自挽，挽联是：“服官政，祸及其身，自觉问心无愧作；当乱世，生不如死，本来何处着尘埃。”
而赵秉钧，因宋案引嫌辞职，不久调任为直隶都督。应桂馨在火车中被杀时，他正在直督任上，当然有兔死狐悲的感慨，因此当他一获应死讯时，不请示袁就发出缉捕凶手的命令，并在长途电话中向袁发出哀鸣：“应桂馨如此下场，以后谁还敢替总统办事呢！”袁听了极为厌憎，佯装做若无其事的样子，承认缉凶。不到一个月，赵秉钧作为袁的第一亲信，北洋系的“智多星”，清末民初政坛的怪角竟在天津督署内中毒，七窍流血而亡。
辫子满天飞
袁世凯称帝败亡后，政局动荡不已。张勋等人乘机联络前清遗老遗少及保皇党人康有为等，积极为复辟作准备。张勋原是清朝的江南提督，民国成立后他和他的队伍仍然留着发辫，表示效忠清室，人称“辫帅”，他的军队被称作“辫子军”。
民国初年，对清朝皇室的处理过于“优厚”，使许多保守人士抱有龙驭回辇的想法，政坛的许多头面人物还有那些为民国立下汉马功劳的人也不能忘却封建残余的皇室情结。张勋统率的“定武军”一直留着辫子，已在北京当总统的袁世凯派人找张勋，说建立民国，不要再留辫子了。但张勋回答一句话：“可死不可从。”显示护辫的决心。袁世凯没法子，只得由他。
发动复辟之前，他和康有为扶乩问吉凶，乩语出现：落花时节又逢君。当问“落花时节”指什么时候呢，乩语又出现李白的诗句：江城五月落梅花。张勋一计算，农历五月应当在阳历六七月间，因此，他7月1日发动了政变。但经过十几天就被段祺瑞败了。不久他见到逊帝溥仪，算是“又逢君”了，而自己的下场是“落梅花”，感到没法子混下去了，于是遁入荷兰大使馆请求“政治庇护”。
他因率军镇压孙中山发动的二次革命有“功”，被袁世凯提拔为长江巡阅使，统率两万军队驻扎在徐州一带。因是否解散国会问题，大总统黎元洪和国务总理段祺瑞争持不下。黎下令解除段的职务。段到天津后，即策动北洋各省督军在徐州集会示威。会后，一些省宣布独立，不承认北京政府。黎元洪被迫召张勋入京调解，张勋便以调解黎段冲突为名，带领三千军队入京。经过一番秘密策划，于6月30日晚入清宫，召开所谓的“御前会议”，决定复辟，恢复清王朝。张勋军队占据火车站、邮电局等要地。同时派人劝黎元洪“奉还大政”。7月1日凌晨，张勋穿上清代的朝服朝冠，率领群党，拥十二岁的溥仪登基。当天发布八道上谕，把民国六年改为宣统九年，换下五色旗为龙旗，恢复清末官制封官受爵。张勋自为议政大臣、直隶总督兼北洋大臣，掌握军政大权。
复辟消息刚一传出，全国一片声讨。孙中山在上海发表“讨逆宣言”，并命令各省革命党人出师讨逆。各大城市群众团体、社会名流纷纷集会强烈讨伐张勋。黎元洪拒绝与复辟分子合作，逃入日本使馆避难。拥有军事实权的段祺瑞借助全国反对复辟的声势和日本政府的支援，组成“讨逆军”，誓师讨伐张勋。“讨逆军”很快攻入北京，张勋的辫子军不堪一击，真辫子、假辫子被丢弃得满城都是。张勋突然之间从再造天朝的元勋坠落成举国声讨的叛逆，才明白自己“出头”的行为有多愚蠢，他大骂北洋诸君，说他人都很聪明，复辟又不是张勋一人的主张，成功了大家享福，失败了只有张勋一人受罪。后索性发出通电，将北洋诸君背信弃义的真面目公诸于众，电文称：“变更国体，事关重大，非勋所独能主持。……去岁徐州历次会议，冯、段、徐、梁诸公及各督军，无不有代表在场。即勋此次到津，徐东海、朱省长均极赞助，其余各督军亦无违言。芝老虽面未表示，亦未拒绝。勋到京后，复派代表来商，谓只须推倒总统，复辟一事自可商量。勋又密电征求各方面同意，亦皆许可，密电具在，非可讳言。现既实行，不但冯、段通电反对，即朝夕共谋之陈光远、王士珍，首先赞成之曹锟、段芝贵等，亦居然抗颜反阙，直逼京畿。翻云覆雨，出于俄顷，人心如此，实堪浩叹。勋孤忠耿耿，天日可表，虽为群小所卖，而此心至死不懈。但此等鬼蜮行为，不可不布告天下，咸使闻知，以免混淆黑白。除将历次会议纪录并往返函电汇集刊印分送外，先此电达。”
冯国璋的传统观念很深，他认为与其袁世凯做皇帝，还不如让溥仪复位。他曾受清朝重恩在辛亥革命时就不满袁世凯逼帝去位，民国初年，他又与康有为等互通声气兴复大清。
京城里刚开始流传袁世凯想当皇帝的消息，反对帝制的段祺瑞不相信袁世凯会恢复帝制，于是处处为袁世凯辩白，直到徐树铮告诉他，袁世凯已经为恢复帝制做准备了，这才相信传闻。段祺瑞一心劝说袁世凯，国势危殆，倘有变动，后果不堪设想。段祺瑞赤诚可鉴，望大总统三思。袁世凯这时正做着他的皇帝梦，对于别人的劝解一点也听不进去，后段祺瑞见袁世凯仍有称帝计划，就称病在家，袁世凯也立即撤了他的军权。可是，帝制不得人心，一场反袁的风暴卷地而起，袁世凯的北洋军不听调度，无可奈何之下，袁世凯只得请段祺瑞重新出山。徐树铮见时机成熟便对段祺瑞说，大可乘势而起，取袁而代之。
段祺瑞却念其知遇之恩和袍泽之情没有置袁世凯于不顾，在袁世凯死后，段祺瑞顶着全国的骂名下令以总理身份厚葬袁，后出任国务总理，并逐步接管了中央政府的全部军政大权。
