依据核心主业调整的思路，2003年和2004年公司继续按照战略整合、组织变革和知识集成三位一体的要求，对技术中心进行了两次整合。2004年，公司以国家级技术中心建设为平台，通过加强与清华大学、南京航空航天大学、北京航空航天大学等国家重点院校的合作，密切与606所、624所等有关科研院所协作关系，建立博士后科研工作站和特邀院士工作站等，构建起了外部专家智力支持系统，形成了以两院院士和科研院所、高等院校、部队及政府部门的专家、教授、专业人士组成的外部人才智力资源网络，公司技术中心荣获了国家发改委等四部委授予的国家认定企业技术中心“成就奖”。
2005年10月，将技术部的所有职能全部并入技术中心。至此，技术中心构建起了由两个综合管理部门和“五部一平台”、27个专业研究室（所）组成的新架构。公司通过对技术系统业务流程的持续不断优化，使公司技术系统现已初步建立了“开放、流动、联合、竞争”的技术创新运行机制，探索出了组建跨行业、跨国度的高层次“产、学、研”科技创新项目团队的新模式，有效地促进了公司技术创新能力与水平的提升。
1999—2011年期间，技术中心在科研生产线的改造、新工艺、新技术应用和技术管理体制与机制的创新，实现了核心产品及航空制造技术跨越进步，保障了研制高性能发动机的技术需求，进一步强化了公司的技术支持系统，为公司持续发展奠定了坚实的技术基础。
三、组建专业化制造中心，改变公司运营模式
2000年随着公司核心技术专长的发展，公司借鉴国际先进企业的管理经验和专业化生产制造模式，对航空主业进行了专业化制造中心的改组。原发动机厂被改组，组建了叶片、钣焊、机加、装配试车四个专业化制造中心。各专业制造中心为“成本控制的中心”，车间改组为纯生产作业单元，形成了各专业化单元自成一体与协作配套相结合的航空产品制造体系，为扩大军品生产能力、加速新机研制进度奠定了基础。这一调整从经营角度来说有三方面意义：一是依据核心能力定位，实施专业化分工，确保军品研制能力得到加强，为衍生产品的再开发提供了技术方向。二是依据企业内部计划经济的属性定位，市场开发权上收到公司层面，规避了公司多层面多重经营的干扰，一心一意干专业。三是依据企业属性的定位，实施财务垂直管理，清理银行账户，使公司多重经营造成的资金离散状态得到了纠正，堵住了盲目投资和资金流失的漏洞。
专业化制造中心的组建为军品能力调整打下了良好的基础。2002年，公司依据国防科技工业委员会和中国航空工业第一集团公司的部署，按照“小核心、大协作”的思想和“专业化、柔性化、数字化、扁平化”原则，开始着手启动对军品科研生产能力进行调整的筹划和准备工作。经过一年多充分调研和论证，于2003年编制完成了公司军品能力调整总体设计方案。该方案经过反复修改和不断完善，于2003年9月29日通过了国防科工委和财政部联合成立的专家组评审。2004年2月3日，中航计字［2004］13号文，转发了国防科工委、财政部“关于四一○厂军品科研生产能力结构调整实施方案”的批示，批准下拨调整经费2650万元。公司按照军品科研生产能力结构调整实施方案，在精益制造思想的指导下，结合重大技术改造项目，经过一年多的努力工作，把原有的军机生产科研、民机、燃机、转包和增压器等5条生产线，按照军调实施方案调整为7条生产线和4个中心，包括装配试车生产线、机匣生产线、盘轴生产线、钣焊生产线、发动机大修生产线、叶片加工生产线、增压器生产线和热表处理中心、精密铸造中心、锻造中心、科研中间试制中心。调整后，实现了生产线从工艺专业化分工向以产品为中心的专业化分工的转变，适应了生产和研制小批量多品种产品的新模式，综合制造能力和快速反应能力得到显著提升。2005年末，公司顺利通过了国防科工委和财政部联合专家组对军品线结构调整的验收。公司在流程再造中，整合划分为盘轴加工厂、机匣加工厂、叶片加工厂、装配试车厂、工具厂、锻造中心、动力厂、精铸中心和热表中心等11个生产厂。
黎明公司在2007年12月，按照分工和协作的原则，每条生产线涵盖某个零件族的生产，尽量实现设计、工艺、生产、质量的综合性封闭式管理。将公司8个军品生产厂重新整合为基于产品典型工艺特征的12个专业化生产厂。盘轴加工厂、机匣加工厂、钣焊加工厂、叶片加工厂、导管喷嘴加工厂、中小件加工厂、发动机装配厂、发动机试车厂、发动机大修厂、精密铸造厂、精密锻造厂、热表处理厂等。
1999年10月，为加速实现与国际航空制造技术和管理接轨，总经理林左鸣就公司转包生产线集中管理问题，向公司经理办公会提出了关于组建黎明航空转包制造厂的意见。为了扩大转包规模，创建新的转包生产经营与管理机制，充分发挥转包生产线高精尖设备的潜力，促进公司外贸产品生产与经营上新台阶，促进公司“三改一加强”向纵深发展，公司将优良加工中心、环形件生产车间、安装边生产车间，从航空发动机厂划出，组建了黎明航空转包制造厂，并由贾东晨出任黎明航空转包制造厂厂长兼党委书记。航空转包制造厂的建立与发展，定位于以具有国际领先的透平机械制造技术为基础，以全球化发展航空、航天产业为契机，采取“双赢”战略，规模化经营，科学化运作，实现有所作为。航空转包制造厂的成立是公司改组改制、调整结构的举措之一。它的成立标志着公司转包生产结束了小规模“散打”的历史，开始步入专业化规模发展的新时期。航空转包厂通过开展国际合作，努力开拓国际航空转包市场，转包生产的技术转化和样件交付周期逐步缩短，与国际转包委托厂商的合作关系日趋协调。1999年实现创汇227万美元，2000年达到616万美元。2000年3月获得美国GE动力公司全球“杰出供应商”、“最佳供应商质量”奖，在美国《华尔街时报》进行了刊载，树立了国际形象。2001年创汇突破1000万美元，达到1205万美元。1999—2011年期间，公司把航空转包生产定位为公司发展的一项重要产业和对外合作的主渠道，不断加强外贸生产专线建设，创新转包生产管理，使转包生产逐步走向规模化经营。2011年黎明公司转包创汇达8691万美元。
四、实施管理机构调整，提升管理水平
（一）强化责任体系，实施管理机构重组。
2000年公司针对企业管理机构臃肿、职能重叠、人浮于事、工作效率不高的现状，对公司管理机构进行了优化和重组，把处室按职能重新划分，采取合并、撤销等手段，成立了16个部、45个处，并对各个管理部门的职能进行了重新划分。
2004年，公司按照流程再造的管理思想，在实施工艺流程再造的同时，按照“机构扁平、合并职能、精化机关、简化中间、强化基层”的原则，同步地对企业组织机构进行了再造。生产单位行政管理纵向流程由原来的“工厂—车间—工段—班组”四级管理，简化为“工厂—工部—工段”三级管理。分厂机关再造，着重体现了“简捷、精干、高效”的原则。将原来的办公室、经营科、技术科、生产科四个科级单位整合为综合部、运行部两个科级单位；将原来分散的机修室、工具室整合为统一的机修站、工具站；将原来各车间的夹具室整合为试验站。这样，便于职能分清，综合管理，提高管理效率。
2005年，公司为适应流程再造的需求，本着“理顺部门职能，优化业务流程，强化项目管理，提高运营效率”的总体构思，公司机关（含技术中心）在时有建制的基础上，调整为19个部、105个处和3个处级独立经营单位。其中对发展部、计划部、产品部、质量部、技术中心等五个部门的机构设置与职能进行重点调整。优化重组后的管理部门基本实现了任务围绕着流程转，工作跟着流程走，解决了流程受阻，消除了“管理孤岛”，促进了无边界工作、无缝隙连接和通力合作（“两无一通”），提高了部门间的协同能力，提升了企业运营管理水平。
2007年11月，公司按照中国航空工业第一集团公司“专业化整合、资本化运作、产业化发展、市场化改革、国际化开拓”的战略转型思路，结合黎明公司战略调整的需要，公司经理办公会决定，围绕产品专业化发展的企业管理模式，以流程式管理为导向，按照航空产品研发、航空产品生产、非航空产品科研生产、转包与民机科研生产四大板块，适时对公司机关及相关部门进行了调整。公司撤销了经营发展部、国际合作部、产品部、档案馆、制造部、计划部、企划部、人力资源部、党委组织部、对俄合作部、销售部、物资供应部和质量监督部。整合组建了发展计划部、党建工作部、员工发展部、管理与创新部、质量管理部、资本运营部、生产指挥部、技术部、航空产品开发部、航空产品销售与服务部、转包与民机事业部、非航空产品事业部、离退休管理部、采购部、财务管理部、会计核算中心、产品检验检测中心、数据中心、物资配送中心和运营保障中心。
2010年4月，为进一步理顺管理流程、提高管理效率、优化组织结构、实现扁平化管理，经公司研究决定，在先期对钣焊厂、大修厂进行两级管理试点的基础上，对公司11条军品生产线、沈阳黎明航空零部件制造有限公司（简称黎航部件公司）实施了由“工厂—工部—工段”的三级管理模式向“工厂—工段”的两级管理模式转变，取消工部层级，为创建黎明精益制造管理系统夯实基础。
2011年12月，为了进一步优化组织结构，加强系统管理，强化职能落实，经公司经理办公会研究决定，对公司机关部分组织结构、职能又进行了调整。
（二）改革财务管理方式，实施集中垂直管理。
公司在实施“上综合，下独立，内承包，外联合”的经营战略过程中，由于各厂相对独立经营，存在资金分散管理，管理效率低下，银行开户过多，经营目标多等问题。总经理林左鸣刚来黎明公司的时候，对各独立经营单位的财务报表产生了疑问。公司大账户上没有钱，说明黎明公司在金融部门已没有了信誉。然而各独立账户上结存3000多万。这些资金大公司无权调用。总经理把自己的想法与一些厂长交换意见，有的厂长认为“财务集中会影响分厂的生产经营”。在一次干部会上，总经理集中讲了“一杯水与一桶水”的关系。他说：“公司流传一套嗑，‘公司穷，分厂富，车间花钱没有数’。现在要改变这种形象，把你那杯水倒入我公司这个桶里，那么黎明公司在银行信誉度就会提高，我们可以一贷一、一贷二，就可以进行大项目的运作。”通过“一杯水与一桶水”的反思，基层干部们认识到：要开发、要经营就要有投入，过去大量资金占用在小买卖上，只能起到为本单位挣零花钱的作用，却挑不起全公司开发的大梁。这种开发管理，必然出现“大河没水小河满，沟沟岔岔能行船”的混乱状态。上下思想认识的统一，扫除了改革财务管理的思想障碍。为了适应公司新的运营体系，彻底扭转公司财务资金管理的被动局面，1999年7月9日，公司出台了《关于公司内部资金管理中心核算办法的通知》；7月20日又出台了《关于公司实行财务垂直管理确定财务部编制的通知》。这两个文件集中表达了公司创新改革财务管理体系的思路，将四个专业化厂和转包厂变为“成本中心”，取消车间核算室编制，成立厂级财务科，实现了公司—工厂财务的集中垂直管理，推行了财务人员“派驻制”，厂长与财务科长双承诺责任制，改变了以往财务管理分散粗放的状况，组建了“内部资金管理中心”，对资金实行了集中管理，增强了公司现金管理的使用效率，有效地提高了公司筹资和调配能力。公司的资金信用等级由3B级升为AA级。
2007年年末，公司进行了一次有史以来规模最大、全方位的财务组织机构调整。在这次调整中，将原财务部的业务进行了职能划分，成立了财务管理部和会计核算中心两个部门。从2008年以来，在公司多元化发展的形势下，又推行了财务总监派驻制。2009年年末，公司对财务系统又做出了相应的调整，进一步完善了公司财务系统管理、核算两大机构的设置。
（三）推进“6S”管理，实施现场管理整顿。
