御史刘熙祚奏言：『故庶吉士张溥力学砥行，着述甚多；其所著书足备一夜之览』。从之，即命进呈。
甲辰，命侯恂以兵部右侍郎兼右佥都御史，总督保定、山东、河北军务。恂奏：『寇患积十五年而始大，非可一朝图也。贼中情形，臣已具悉。大约饥则聚掠，饱则弃余。且多久逋思归，中霄雨泣；其强易散，非持久之贼也。贼中联营各部，如曹操一支尝以李自成有兼并之心，阴相猜贰；而袁时中有步卒二、三十万，则已去而显与为敌矣。惟是秉钺者避款贼之嫌，而台省言兵事之臣章疏日上，畏首畏尾，岂能有济者！故必省朝中议论、行阃外军法，厚集兵力，养威畜重；伺隙设间，溃其腹心：贼必变自内生而贼可渐次平矣。又左良玉为臣旧部，每怀报效之心。诚使臣得驰赴其军，鼓以忠义，用三楚之粮、养全镇之兵，臣不就度支关饷。陛下亦不必下军令状，责取战期；机有可乘，即东出与孙传庭合，群贼腹背受敌，驰突无所，不相屠灭，必自降散：此皆灭贼之策。唯陛下裁而断之』。
丁未，上谕礼部，以祧庙赠后三岁不祭、别庙继后亦三忌辰不祭，欲以本恩殿改建二殿供祧庙帝后。礼科都给事中沈胤培上言：『礼有万世之经，有一时之权。经者，太庙一帝、一后，奉先殿亦一帝、一后是也；权者，别殿之端享，奉先之列祔是也。自神祖来，继后、赠后皆以祔享为成例。今欲建祧殿二而又不在奉先殿之后，将以奉先祧殿名乎？抑以何名乎？在圣母可极尊荣，而不必同于列后；在列后宜申孝享，而未免抑于祖宗。如鲁立武宫、炀宫、「春秋」皆大书特书。见其毁已久，不宜立辄立焉；非即远有终之义也，必欲追罔极而事如存。请立别殿专事圣母，揆之閟宫之文、奉慈之建，犹为合理』。上是之。遂谕礼臣：『祧殿不宜创建；欲立奉亲殿奉安御容，先帝贞皇后居中，孝和左之、圣母右之，荐享如仪』。沈胤培又上言：『贞皇帝后，太庙有时享、奉先有常仪。复立奉亲殿，亡论于宗庙有重你之嫌；且帝后皆以合享祖宗为尊，至降从别殿，恐先帝圣母之心未安！臣愚，莫若修复孝宗奉慈殿为安。奉慈之建，本为孝肃、孝穆而设，世宗以孝惠祔焉：正今日祧庙之三后也。一整饬奉安而大礼毕矣』。
安庆兵变，杀都指挥徐良宪。先是，副总兵廖应登领三千人，汪正国、李自春各领千人，素骚扰贾怨；巡抚徐世廕新至，民怵兵曰：『尔将诛矣』！遂劫良宪爇杀之，四出焚掠。给事中光时亨疏论应登宜申司马法；邸抄先传，遂致难作。世廕亟自南京谕解叛卒，斩七千，徙应登兵太湖、正国兵桐城。
张献忠陷六安。
癸丑，以范景文为刑部尚书，以刘宗周为都察院左都御史。
谕民屯田。先发御前十万金收贮谷种，以备子粒；并设屯官。
癸亥，蠲济南、兖、东昌及濮州等逋租。
乙丑，召还黄道周，赦其罪；仍任少詹事。时周延儒能谈言微中；先是，道周在狱，人谓必不可救，延儒以微词挽之，得减放。至是，上偶言及岳飞事，叹曰：『安得将如岳飞者而用之』！延儒曰：『岳飞自是名将；即黄道周之为人，传之史册，不免曰「其不用也，天下惜之」』！上默然。甫还宫，即传旨复官。
刑科右给事中陈启新匿丧被劾，下抚、按讯之；寻遁。
是月，开封围久食匮，人相食。刘泽清以朱家寨距城八里，若提五千兵渡河，依河为营，列水环之，达于大堤，筑甬道以运粮，则救援可济；遂先后立营。寇攻三日夜，诸兵不至，泽清遂引去。先是，开封城北十里枕黄河，巡抚高名衡、推官黄澍等议凿渠通运，且引河水环濠以自固，更决堤灌贼可立走；渠遂成。既而河水溢，自渠决城，贼以营高得免。
李自成陷归德，杀推官王世琇；贡士徐作霖死之。
九月甲戌，命备十五骑于西华门，候急传。
复刘同升、赵士春原职。
戊子，命采良家女充九嫔；给事中光时亨请俟寇平举行，上即令已之。
诛前兵部尚书陈新甲。初，周延儒入其贿，营解甚力；因奏：『国法，大司马兵不临城，不斩』。上曰：『他边疆，即勿论；戮辱我亲藩七，焉不甚于薄城乎』！延儒语塞。既而刑部署事右侍郎徐石麒奏其酿寇私款；立奏上，竟弃市。
日闻陈司马甚辨有口，自矜谙疆事、羽书。
庚寅，浙江海道副使卢若腾奏：『臣八月抵临清，见内臣田国兴联舟二十四艘、所役九百余人，扰驿阻闸』。上命司礼监核其邮符。
河决开封，城陷。先五日，决朱家寨，溢城北；至是，水大至灌城，周王恭枵及诸王走磁州，以巡按御史王汉舟迎之也。巡抚高名衡等俱北渡，文武吏卒各奔避，士民湮溺死者数十万人；城俱圯，官私官府庐舍一朝成巨浸。贼所屯地高，独全。盖黄河秋时尝涨，开封推官黄澍凿渠导之，忽横溢水，大半入泗、入淮与故河分流，邳、亳皆灾。前太常寺少卿鄢陵梁克从，亦举家溺死。
都督佥事黄得功败流贼于潜山之小市。
冬十月己亥，张献忠攻襄阳，左良玉仓皇夜乘舟去，抚治郧阳王永祚、监军佥事熊俱〈氵飞〉遁。
甲辰，命纂修历法。
戊申，惠王出奔，巡抚偏沅陈睿谟以护藩行。
庚戌，赐贫民米、布。
寇陷安庆。诈为盐客，聚艘泊河下；突入城，陷之。
以范景文为工部尚书。
乙卯，刑部右侍郎徐石麒奏：清狱，令各抚、按造册呈览；从之。
戊午，诛司礼太监刘元斌。
驸马都尉巩永图请追尊建文君諡号；下廷臣议之，不果行。
增明年会试额六十人。
十一月丁卯朔，赠故大学士文震孟、故少詹事姚希孟各廕子入国子监，更予震孟祭葬。
永城前总兵刘超叛。超历贵州总兵官，家居；所收家丁，故群盗也。同里前御史魏景琦苍头与家丁争，超诣景琦家谢过；语次，家丁抽刃直前杀景琦，屠其全家。势不自制，并杀贡士乔明楷，据城反。
戊辰，召开封府推官黄澍。澍对上言：『臣等守甚力；贼忿城不下，凿渠决河，以致不守』。遂授江西道御史，齎金巡按河南，赈济难民。命黄希宪治河，塞决口。庚午，囗十万金，即命澍赐周王三万金，余赈宗室兵民。
右都御史刘宗周上言六事：『曰建道揆。京师首善之地，先臣冯从吾立「首善书院」；臣请亟复之，以昭圣明兴道致治之意。曰贞法守。请一切狱词专听法司，不必下于锦衣，庶朝廷享清宁宽和之福。曰崇国体。请今大臣自三品而上犯罪者，九卿科道会详之后，乃付司寇；司寇议定坐诛，始得收系。于此戮辱之中，不忘礼遇之意。曰清伏奸。请凡禁地匿名文书，一切立毁。曰惩官邪。京师士大夫与外官交际，愈多愈巧；臣必为风闻弹劾之，唯祈严断。曰饬吏治。今日吏治之败，无如催科；而火耗、词讼赎锾巳复为常例矣。至于营陞、谢荐，巡方御史尤甚。臣请以风宪受赃之律，为回道考察第一义』。上是之。
清兵大举入塞，分入墙之路界岭、青山。癸酉，破辽安三河。时分道大入，一趋通州、一自柳树涧趋天津。甲戌，屯永平之台头；乙亥，攻通州。京师戒严，勳臣分守九门，以太监王承恩提督城守。
以徐石麒为刑部尚书。
宁武总兵许定国下狱，论死。前以千人援河南，兵溃道掠也。
谕廷臣条上措饷、城守事宜。
己卯，檄各省直勤王兵入援。
张献忠陷黄梅。
庚辰，募运张家湾各关委积，以一石入京者给四斗，余倍之；听营军家人代运。
清兵入蓟州，分往真定、河间、香河。
甲申，发帑金十万资饷
周延儒劝上召前大学士王应熊。延儒知外渐有异议，故以自代，盖资之为援也。上从之，命召应熊。
丁亥，令蓟州东、西两协唐通等合兵策应蓟州，山东总兵刘泽清入援，太监卢九德防护凤、泗。
张献忠陷无为州。
削兵部职方主事马绍愉职。
是月，曹县妇产儿两头，项上有眼、角，手过膝。
闰月庚子，发帑金二十万市粟。
诏曰：『比者灾害频仍，干戈扰攘。兴思祸变，宵旰靡宁；实皆朕不德所致也。罪在朕躬，弗敢自宽。自今日为始，朕敬于宫中默告上帝修省，戴罪视事，以赎罪戾。惟二祖旧制，令每日朝毕，勳戚文武诸司等奏事者赴弘政门报名候召』。
总督保定侯恂、巡抚保定杨进免；罢总督不设。
壬寅，清兵攻河间。明日，分向临清、入霸州，兵备佥事赵辉死之。乙巳，入文安；丙午，自青县趋长芦；戊申，入临清；壬子，入阜城，又入景州；甲寅，入河间，参议赵珽、知府颜胤绍、知县陈三接死之。戊午，攻东昌，刘泽清御之；遂西攻冠县。
李自成陷荆州；惠王先遁，石首居民望风逃溃。自成令马守应据夷陵以犯澧，令贺一龙趋德安以窥黄、麻。一龙在黄陂阻水不前，止收左良玉残兵八百人而回，先谒罗汝才；自成大恨之。
下礼科给事中姜埰于镇抚司狱。先是，上戒谕言官；既而匿名书书列二十四气，隐诋朝士。埰言：『皇上修省罪己，又致诫言官；惟视言官独重，故望之独切。至谕云「代人规卸，为人出脱」；臣独展转不得其故，皇上何所闻而云然乎！如蜚语腾播，必大奸巨慝恶言官而思中之；谓不重其罪，不能激皇上之怒！箝言官之口，后将争效寒蝉，壅闭天听；谁为皇上言之哉』！上大怒，立召下狱。
庚申，亥刻，拱极城刀伏，有火光二寸许。
辛酉，清兵自临清分五道；壬戌，攻宝丰；癸亥，攻张秋。其两路至大名，不之攻。
甲子，召廷臣于中左门，问〔守〕御及用督、抚之宜；刘宗周曰：『使贪、使诈，此最误事。为督、抚者，先贵极廉』。上曰：『亦须论才』。宗周退。御史周灿请逮行间诸臣不用命者。御史杨若桥举西洋人汤若望演习火器；宗周进曰：『唐、宗以前，用兵未闻火器；自有火器，辄依为劲：误专在此』。上曰：『火器，终为中国长技』。宗周曰：『汤若望一西洋人，有何才技！据首善书院为历局，非「春秋」尊中国之义；乞令还国，毋使诳惑』。上曰：『彼远人，无斥遣之礼』！上不怿，命宗周退。群臣以次奏对，上色解。宗周又进，请释姜埰、熊开元；且云：『厂卫不可轻信，是朝廷有私刑也』。上色怒，仰视殿梁，曰：『东厂锦衣卫俱为朝廷问刑，何公何私』！宗周抗论，不屈。左都御史金光宸言：『宗周无他意』；上益怒责，宗周免冠谢，徐起退。上素严厉，对既不称，声色囗异，举朝失色；宗周从容辨奏，未尝失度。光宸申救，音节宏壮；汗流交颐，意气不挠。廷臣皆窃叹，以为两臣皆不可及。先是，行人司副熊开元求独召对，入德政殿，请屏阁臣；周延儒求退，不许。开元所奏，大抵摘延儒之失；上命补牍。明日，奏劾『延儒以释累囚、蠲宿逋，奉行圣意，自谓上有裨于圣德、下有功于人才。贤人君子，皆其引用；孰敢起而攻之！顾延儒黩货无厌，营私忘公；皇上遍召廷臣，问延儒贤否？即以所论贤否，定其人之贤否。若更不加体察，一时将吏狃于贿赂，虽失地丧师，皆得无罪；谁复为皇上捐躯报国者』！上怒，下镇抚司，诘主使；周延儒引退，手敕慰留。初，开元出朝，奉命具疏；礼部仪制司主事吴昌时力阻之，开元不听。入狱，复以疏仓卒未尽，复列款具奏；镇抚司格不以闻。寻廷杖姜埰、开元，仍下镇抚司。
给事中陈燕翼上言：『兵饷缺乏之极，由于朝廷无刚正之臣；利口获进，重赂求荐。陛下设厂卫，即因厂卫为介绍；托近侍，即因近侍为援引。陛下筹兵措饷，不遗余力。岂知此辈平日所辇输以得官者，皆陛下之兵；所满载而候代者，即陛下之饷也。陛下深居法宫，亦曾憬然悟此；与左右大臣发愤改图，庶几可以挽此积习耳』。
翰林院修撰魏藻德上言兵事；上善之。
十二月丁卯，清兵自长垣趋曹、濮；别将抵青州、入临淄县，知县文昌时阖室自焚死。戊辰，破阳信；辛未，破滨州。癸酉，入兖州，执鲁王寿镛，自经；兵备王维新、知府邓锡藩、副总兵丁文明、吏科左给事中范淑泰等死之。己丑，破滕县；甲午，破峄县；乙未，破剡县。
李自成陷襄阳，唐王、襄王俱走免。左良玉拔营南走承天；寻渡江，入武昌，恣杀掠。
甲戌，谕群臣戴罪修省。
清兵入沭阳；乙亥，入沂州，又入丰县，杀知县刘光先。
丁丑，李自成、袁时平攻汝宁，陷之；分巡抚佥事王世琮被执，不屈死。世琮，达州人；授河南推官，屡却贼。射矢贯耳，不动；号「王铁耳」。
张献忠陷太湖，杀知县杨春芳。
戊寅，左都御史刘宗周削籍，左副都御史金光宸降调；郑三俊、徐石麒各疏救，不听。贡士祝渊奏宽宗周，下渊于刑部狱。渊，海宁人。
清兵破蒙阴、泗水、邹县。
乙酉，孙传庭请入援，因防河南；不许。
甲午，山东武德道佥事雷演祚奏督师范志完纵掠状。
