三月己巳朔，福建水师提督黄仕简奏：『二月初三日，接任承恩咨称：「现在分兵进攻贼巢，需添兵力」；臣即飞檄徐鼎士带兵前赴鹿港剿捕，合计北路官兵共有七千名，足资剿洗。至南路贼伙虽迭被官兵剿杀，但岗山贼势尚属鸱张；现又派拨官兵由后路抄袭，与郝壮猷等会合夹攻，迅期殄灭。再，柴大纪拏获之伪官侯辰等五人槛解到郡，嗣因侯辰、吴映、张请先三名先后病危，当即正法。惟是台地办理多人，实恐不便；嗣后拏获之犯，应请解交督臣办理』。汀州镇总兵普吉保奏：『提臣任承恩前报林爽文潜回大里杙，势复猖獗；臣随于二月初七日自诸罗起程，带兵会剿。至大埔尾地方，有贼匪千余人迎拒；当即督兵攻剿，擒获贼目张贵等四名、杀毙贼人甚多。初十日，行抵鹿港，即将张贵等讯明正法。现与提臣任承恩整合兵力，筹剿贼巢』。谕军机大臣等：『此事初起时，柴大纪止能于扼要处所堵御，自不能进捣贼巢，悉数擒捕。今大兵云集，黄仕简惟安坐郡城，留兵卫己；且称台湾拏获之犯，本处不便办理多人，更不成话：即此足见其畏葸。任承恩亦以巡防堵御为词，分派弁兵零星打仗；俱不亲身会合，前往剿捕。似此办理，何时事了耶！从来用兵之道，合则势盛、分则力单；黄仕简、任承恩带兵前往，不特官兵不应零星分拨，即乡勇、义民等亦应加之鼓舞，俾与官兵团聚一处，庶伊等见军威壮盛，益加奋励，踊跃从事。乃该提督等如此漫无筹划，致兵气不能振作。倘义勇等稍有失利，其良善者即不至从贼，亦难望其仍前出力；其狡黠之徒甚或转为贼用，别滋事端，尚复成何事体！着将本日朱批普吉保各折，发交常青阅看。该督一到台湾后，即将交查黄仕简、任承恩迟误之处，详细确查；并本日批出情节，面加严审具奏，毋稍存回护。再，任承恩折内所奏各路之贼，动则数百至数千不等；而斩获贼匪首级不过一、二十颗，生擒者不过一、二名：看来皆不实在。并着常青一体严查，毋任朦混。又，昨据徐嗣曾委员将受贼伪职之逆犯高文麟等三名解到，令军机大臣研审，究出林爽文等与通事杜美有勾结生番、希图将来窜匿内山等事。着将原审奏片发交常青阅看，令其严密搜查；勿致首要各犯遁入内山，致稽显戮。事竣后，即将内外界址重加勘定，以期周密，不致再滋事端。其平日防守疏虞之文武员弁，一并查参；并将杜美一犯严拏务获，解京审办』。
初四日（壬申），谕军机大臣等：『前以贼匪不过乌合之众，无难立时扑灭；是以曾谕常青到台湾后，即令任承恩来京，常青在彼督同黄仕简办理搜捕事宜。今任承恩、黄仕简并不带兵前进，甚不如前，竟不可恃矣；即如常青折内所称「贼匪退守巢穴，于诸罗之斗六门、大里杙等处群聚滋扰，任承恩所带之兵势觉单薄」。又李侍尧奏称：「现在两提臣南北两处信息，虽已从海边彼此知会，而腹地道路尚未相通」等语。贼匪既团聚斗六门、大里杙等处，两提督如果彼此知会，奋勇夹攻，军威壮盛，自可迅捣贼巢；何至贼匪得负嵎团聚，文报尚从海边知会！伊二人观望迟误之咎已无可解免，屡经降旨交常青到彼严查参奏。该督此折自系未接谕旨时所发；计目下该督已可到彼，务宜遵照秉公严审，据实具奏，不可稍事姑息。至一切剿贼善后事宜，全在常青妥协经理；该督须于奋勇之中加意持重，以期克期蒇事，慰此廑怀。其兵丁接应口粮及稽查内地各口岸，亦系要务；李侍尧向能办事，自能就近妥办，不至贻误。所奏台湾军务既由常青专折具奏，李侍尧即不复由驿驰奏；所见甚是。自应如此，以省驿马之劳』。
初五日（癸酉），谕军机大臣等：『昨据李侍尧奏：「两提臣南北各处信息，虽已从海边彼此知会，而腹地道路尚未相通」等语。复查看总兵普吉保折内则称「由台湾郡城带兵先抵诸罗，于初十日到鹿港，与任承恩并筹剿贼」。虽该镇于大埔尾等处曾遇贼打仗，然既由郡城直达鹿港，并未为贼所阻；看此情形，自系贼人蚁聚斗六门、大里杙等处，驰递文报只身往来或惧其潜出扰害，若带兵前往亦无虞中途梗阻。想李侍尧初入闽境，无由即知彼处情形；系地方官禀报，即据以入奏。其所称道路未通之处，本属未确；今普吉保既可带兵由郡城前往鹿港，岂黄仕简、任承恩独不能行乎！且黄仕简带兵到彼，贼人并未再来；可见贼知官兵势盛，已畏避不敢复来。即使贼人复至郡城，黄仕简正可迎头截杀，不应转避贼众；岂贼人一日不至，黄仕简寸步不进乎！况昨据解到贼伙杨咏等有「林爽文与通事杜美勾结生番，希图将来窜入内山」之供；倘贼人窜入内山日久不出，黄仕简、任承恩亦终岁在郡城株守，竟不往内山搜捕耶！昨据该督奏：「于二十日由泉州起身前往」；若风水顺利，计此时早到台湾，何以未见具奏。此事全在常青妥协督办，迅速蒇功；朕盼望甚切，不可如黄仕简、任承恩之漫无筹划，坐视贻误也』！
初八日（丙子），福建陆路提督任承恩、汀州镇总兵普吉保奏：『本月十三日，林爽文带领贼众由番婆庄来攻鹿港，臣任承恩即督令游击穆腾额等领兵堵御；臣普吉保领兵抄截后路，至番仔沟见贼众放火烧庄，官兵奋勇击杀，歼贼甚多，擒获匪伙郑实等十六名、鎗炮刀矛多件，搜获书信三封，当将郑实等讯明正法。又署参将马元勋同日于埔心庄遇贼三、四千来攻，该署参将奋力追杀，贼人败退。搜获书信二封；生擒女犯一口，讯系贼匪逼令露体出阵，冀厌鎗炮，当即正法。书信五封，并咨送督臣查核』。谕军机大臣曰：『林爽文既敢亲至鹿港滋扰，即系自来就死；任承恩正当亲带弁兵迎头痛加剿杀，将首恶擒缚，则其余附和自必纷纷瓦解。何以任承恩并不亲身擒捕，仅派令游击等与贼打仗？且任承恩与普吉保现在一处，普吉保既带兵剿贼，而任承恩竟安坐鹿港；岂欲因人成事，抑待贼自毙乎？殊出情理之外！况贼将所掠妇女逼令露体出阵，冀厌鎗炮；可见贼势已穷，行径可笑，无难一鼓歼擒。乃任承恩一味畏葸，迟延不进。看此情形，现在贼匪尚未扑灭，竟系任承恩与黄仕简始终两相观望，贻误紧要军务。向来黄仕简办事尚知奋勉，此次因有任承恩同往，致生观望；设任承恩不赴台湾，黄仕简专办此事，无可推诿，转未必恇怯至此。任承恩断不可再留该处，致隳士气；着常青一抵台湾，即传旨将任承恩饬令即行赴京候旨。其陆路提督员缺，前有旨交郝壮猷暂行署理。但行军之际，须将奋勉出力之员加之鼓舞，以励戎行；并着常青于普吉保、郝壮猷二人内察看，孰为出力，一面奏闻、一面将陆路提督即行交与署理，以示鼓励。至黄仕简如查明贻误属实，亦不可留于该处；即遵照前旨，将伊解任，送回内地，请旨办理。其水师提督印务，交柴大纪暂署；候另降谕旨』。
十一日（己卯），闽浙总督李侍尧奏：『常青于二十二日已至厦门，一得顺风，即当开驾；其兵粮、军械一切，臣已筹划，分路运送。再接任承恩来咨，知十三日将贼匪大加剿杀，移送贼书五封；谨封呈览。但移文称有五纸，今仅有四纸。又，闽省所有副将、参、游多奉派出师，今内地各营仅有参将七员、游击七员，不足以昭严重；今拟于浙省副将、参、游内酌派四、五员来闽备用』。谕军机大臣曰：『黄仕简自二月奏报之后，又阅十余日未据续有奏报，该提督所办何事？至任承恩竟安坐鹿港，意欲因人成事，殊出情理之外！即如搜出贼尸所带结盟底稿及纠约书信，自应随折进呈；乃转行咨送总督，其信稿五纸又只有四纸，足见其误事不小。再，柴大纪于贼匪起事时保守郡城，尚能奋勇，近亦不能如前此之奋勇出力；又一向并无奏折，自系该提督等互相观望，该镇等亦心生懈怠：是黄仕简、任承恩之咎更无可诿。着常青一抵台湾，即遵照节次谕旨严切查参，毋得稍存瞻徇。至阅搜出贼匪所带书信，内有「由休生等门会齐」之语。贼匪么囗〈麻上骨下〉乌合，尚知八门遁甲之法；然此不过鬼蜮伎俩，藉以煽惑人心。官兵以顺讨逆、以正袪邪，无难扑灭净尽。此事惟在常青相机调度，以期迅奏肤功。又阅搜出贼匪书稿内有广东凤花亭、高溪庵、马溪庙洪二房和尚及朱姓人犯，曾谕令孙士毅密速查拏。前据该督覆奏，加紧严缉；至今曾否拏获，未据续行奏报。此系要犯，着孙士毅务须严饬所属设法躧缉，毋任远扬漏网』。
十二日（庚辰），谕曰：『常青题参「怠玩废弛之诏安营守备毛天俊，请旨革职」一本，闽省正值派拨弁兵剿捕台湾逆匪，该守备有经管汛地海口并不亲历巡查，安知非故意怠玩，欲求参革以遂其规避领兵打仗之私；情节甚属可恶！毛天俊着革职，仍于该处枷号；俟军务告竣，再行释枷充徒，以示惩儆』。
谕军机大臣曰：『任承恩一味迁延观望，直至此时，始同普吉保亲往带兵进剿。但此次致剿贼匪，亦因普吉保亲督游击等进攻关口八卦山各贼庄栅，而任承恩不过于西门一路从后策进彰化城内外搜查窝藏贼匪，并未亲至贼巢。其所称出其不意、派兵痛剿，盖亦系普吉保之意；任承恩但因人成事，如许多日，所办何事？且该提督前此既心存恇怯，则此次所称亲督官兵分路夹攻之处，恐亦未可尽信。况贼匪既屡经官兵剿杀，而此次任承恩所奏折内又称「官兵奋力，杀贼无数」；是贼匪几于歼戮靡遗，何以折内又称贼势尚在蔓延，南北官兵未能会合？看来皆由绿营将弁饰词谎报，既可掩其恇怯、又可藉以冒功；所言殊不可信。着常青即将任承恩曾否亲自带兵赴八卦山打仗及所报杀贼数目是否确实？秉公严查；如有捏饰虚报情节，即行据实参奏』。
十三日（辛巳），闽浙总督李侍尧奏：『总兵郝壮猷一路，于二月二十一日收复凤山县城，北路贼匪自必闻风震慑。如凤山无须重兵，即可全力专注北路。又查出逆匪林爽文伪示三张，谨封固呈览』。谕军机大臣等：『官兵已将凤山县城收复，是南路贼匪业经溃散窜逃，无难收剿净尽。黄仕简即应督率将弁迅赴北路，会合任承恩分路夹攻，以期一举蒇事；乃竟仍安坐郡城，按兵不举。而任承恩亦惟于贼匪来扰时，派拨弁兵零星堵御，并未亲身带兵直抵贼巢。李侍尧心思周到，自早已看出伊二人之误事。但以黄仕简承袭公爵、久任提督，素昔恩遇较优；而任承恩系任举之子，朕轸念伊父前劳，特加录用、擢至提督：不免为之稍留地步，是以不肯直奏。但该提督之因循贻误，朕于数千里外尚早经洞烛；况李侍尧驻札泉州，耳目较近，而所属文武员弁内亦必有议论及此并探听情形禀报者。现已节次降旨，令常青严行查办；李侍尧如果有所见闻，即据实具奏，不必稍为瞻徇讳饰也。至逆匪林爽文竟敢自称年号，其悖逆之处，罪大恶极，覆载不容；俟将来逆首生擒，必当严行尽法，以申国宪而快人心。此时常青惟当申明纪律，鼓舞士气，俾壁垒一新，人人用命；以期擒拏首伙，迅速蒇功』。
十四日（壬午），谕军机大臣曰：『黄仕简奏「剿洗南路贼匪、克复凤山县城」一折，其所陈功案俱系罪案，且一味饰词推托。即如该提督折内既称「南路之岗山、仑仔顶等各处俱系贼薮，势甚猖獗」，亟应一举扑灭；何不亲率弁兵前往剿捕，乃惟添遣官兵，飞檄该镇将等进攻？似此东堵西御，疲于来往，适足为贼所轻；么囗〈麻上骨下〉草窃，自然毫无顾忌，日聚日多。至游击郑篙等分路进致凤山、收复城池时，伊仍安然坐守，又不亲往；是诚何心？又折内称「官兵迭次剿贼，余匪东徙西奔，四处皆有贼踪」等语。黄仕简并不能亲赴贼巢将首逆擒获，致贼伙蔓延团结，乃尚称「除尽根株，不留余孽」！伊试自思，数月之久，所办何事，贼势尚如此鸱张？惟与任承恩互相推诿，非伊二人贻误而何，尚腼颜为此语乎？且大兵云集，各县俱已次第收复；岂台湾郡城转虑其意外疏虞之理！乃黄仕简仍称守城，明系藉词掩饰，以文其迁延观望之罪。着将黄仕简原折发交常青阅看，向黄仕简逐一严审诘讯。至黄仕简、任承恩始终贻误紧要军机，其咎甚重；必须拏问。常青到台湾后，遵照前旨先将伊二人摘去花翎；任承恩令其由北路回至内地厦门，勿令伊二人同在一处，致有彼此关照、通同捏饰之事。并着李侍尧于任承恩到后，即令委员解京；黄仕简留厦门候旨。常青、李侍尧此时且当慎密，不可稍露端倪；另候谕旨办理。想亦不久，待常青奏到，即有旨谕矣。至常青现在自己抵台湾，应照节次所降谕旨悉心筹划，统率各路官兵亲赴贼巢一鼓剿灭，以期迅奏肤功』。
十五日（癸未），谕：『孙士毅奏：「李世荣勒索站规案内部议降级各员，前经奏明暂缓离任，令其查拏闽省匪犯。该员等办理尚属认真；俟部选人员到粤，再令该州县六员照例离任」等语。现在闽省正在剿捕贼匪，广东惠、潮一带境壤毗连，沿海口岸必有余匪偷渡；所有前案降调各员，俱着准其留于该处协同缉捕，统俟台湾军务告竣，再行给咨。该部知道』。
