丁亥正月朔，再达梧州，于梧守陆世廉取五十金为雇夫费，北进府江。魁楚走岑溪，化澄走浔州，永茂、晏日曙、太仆田芳，俱潜遁博白县。护驾惟司农吴炳、翰林方以智、文选郎吴贞毓、给事中唐针、御史程源、中书吴其靁、洪士彭及金吾马吉翔等。栋定肇后，令副将张月克取高、雷、廉三郡，遂入梧州，巡抚曹烨降。又令副将阎可义攻琼州。
二月，帝至桂林，吴炳、方以智并相。式耜自肇至，肃殿陛，敕守御，定都于桂。以王锡襄、文安之入阁，周堪赓、郭都贤、刘远生为六卿，金堡、丁时魁为给事中，赵继鼎为御史，何腾蛟为督师，大学士堵胤锡、傅上瑞俱为巡抚都御史。魁楚在岑溪，屯兵千余，水陆设伏，大战藤江，兵败；被成栋射死。温江、平乐相继归款。时，楚省武岗州及长、衡、永、宝四郡，尚为我守。王坤又劝帝趋楚。式耜言，半年之内，三四播迁，兵心民心，孤疑局蹐，楚不可遽往，粤不宜轻弃；不听。因请身留桂，乃命式耜居守桂林，各路悉听节制。以智忽弃妻子入山去。吴炳、王化澄典阁务，并马吉翔等随行。
四月，上武岗州，以巡道严起恒为大学士。江北、河南土寨曹志建、王朝俊、郝永忠等来归，封志建永国公，余俱锡五等爵。晋何腾蛟世袭侯，守衡州。堵锡胤为总督，守长沙，声势稍振。当平乐之不守也，北兵直薄桂林，城中震恐。适新兴伯焦琏自全州归，控弦提兵接战，稍却之。式耜又疏请安国公刘承胤兵，承胤发数千人来援，用西洋炮奋击，北兵退去，桂林获全。琏久将桂，得桂人心，式耜以国士遇之，故得琏死力，以保桂功封式耜临桂伯，辞不受。再疏请返跸全阳，不报。
八月，孔有德破长沙，衡州总兵黄朝选、杨国栋被执。二十四日，武岗兵败，帝踉跄出奔，两宫无不徒步。吴柄至庆远府，觅二小艇，载帝及宫眷。
十一月，至象州，欲往南宁，又为乱兵所阻，乃次柳州，督师何腾蛟、阁臣严起恒及刘湘客咸至。桂南侯郝永忠、宜章伯卢鼎亦来自楚。式耜复疏言：『柳州猺獞杂处、不可久驻』。时腾蛟与永忠、琏、鼎等分防驻汛，马吉翔力挽帝舟，乃分阁臣化澄、吏部左侍郎吴贞毓，间道护两宫往南宁，帝乃溯舟西上。
十二月，始达桂林。瞿与严同相，君民上下，鞬户避兵。
戊子二月，有允成、伯霍、允中者，抢入大内，劫帝于寝被中，置之城外，将在城职官，吊拷，饱乃扬去。锦衣吉翔，备布袍竹轿而行。
三月，至南宁，相随者惟起恒、吉翔及司马萧琦等七人耳。式耜奔樟木港，刑部侍郎刘远生、给练丁时魁、万六吉及湘客俱至。草檄分路四发，促焦琏兵入援，式耜于四月朔复入桂，督师腾蛟自永宁至，滇镇胡一清及焦琏自平乐至，督兵三面御之，北兵渡甘棠去。腾蛟列营榕江，式耜督勋镇取全州，令巡抚鲁可藻下梧州。帝在南宁，太子生，册为皇太子，肆赦，诏名曰「万喜」。
六月，李成栋反正，以全广归朝廷，遣洪天擢、潘曾纬、李绮三人赍奏，请驾跸端州。初，栋于丁亥收缴粤东文武官印信五十余颗，取制台印藏之。有爱妾揣知其意，朝夕从臾，栋曰：『怜此云间眷属也。妾曰：『我敢独享富贵乎？请先死尊前，以成君子之志』。遂自刎，栋抱尸哭。明日，即衣冠将制台印，具疏迎驾。又金声垣据南昌，藏表疏于佛经部面中，遣朱谋〈例上土下〉赍奏亦至。两粤皆入版图，式耜再请返桂。又令简讨蔡之俊、给事中蒙正发迎奉，竟由梧入端溪。于是化澄再相，朱天麟从太平要大拜，晏请自田州出为冢宰，吴贞毓以少宰兼副宪。先遣下广，答谕成栋。张凤翼以兵科兼翰林，张佐辰自贵州来掌选，庞天寿管司礼，顾之俊亦随驾。曾经出仕，佥曰迎銮。游手白丁，诡称原职。六曹九列，济济跄跄。
八月朔，帝至肇庆，栋百里外迎接。宫中储银万两，以备赏赉，衣饰器皿，亦值万金。政无大小，必禀命而行，封栋为惠国公。栋将上南雄下赣州，面奏曰：『南雄以下事，诸臣任之；廋关以外事，臣独肩之』。因留养子元胤留守端州。袁彭年者，自号清流，业降栋为学道，归朝，擢左都御史，搅权植党。元胤本姓贾，中州人。彭年隆重其体，以内外权属之，自名返正功臣。于是既降复归者，曹烨为兵部尚书，耿献忠为工部尚书，洪天擢为吏部侍郎，毛毓祥为通政使，潘曾纬为大理卿，李绮为学道。而自粤西来者，王、严、朱三相公，冢宰晏清、少宰吴贞毓、六科吴其靁、洪士彭、尹三聘、许兆进、张孝起为一派。从各路来者，宗伯吴文瀛、命宪刘湘客、吏科丁时魁、户科蒙正发、礼科李用楫、兵科金堡、文选郎施召征、光禄卿陆世廉、太仆马光、仪曹徐世仪等为一派。其广东省太仆卿杨邦翰、翰林陈士杰、验封吴以运、职方唐元楫、给事中李贞、御史高赉明等又为一派。望风景骛，元胤之门若市。
十月，元胤受栋密计，斩清督佟养甲于德庆。粤东全省，非奉栋咨，大小有司官，不得擅除授；桂林、平乐，则瞿相国为政；庆远、柳州，则焦新兴为政；浔南、思太，则陈庆国为政；吏部袖手杜门而已。台省希栋意，共击陈邦傅。邦傅浙籍，初镇粤西，隆武挂征蛮将军印，永历封思恩侯，晋爵庆国公，曾有降启到广，为栋所鄙。至是攻之者，兵科金堡最劲，邦傅辨疏，请堡为监军，观臣十万铁骑。阁臣天麟票旨依允，有『金堡从来，朕亦未悉』语。吏科丁时魁曰：『堡论邦傅，即今监纪。又论郝永忠，若请其首，亦与之耶』？于是，率六科缴印于入阁，入丹墀，挂冠而出。帝正召马光，追论五年前永州被难逃入全州事，闻外哄，大惊，赐谕元胤，前旨收回。天麟放归田里，令诸臣照旧供职。袁彭年上疏曰：『（无）臣客岁以三千铁骑西来，今日君臣安在』？帝持其章泣愬，举朝大骇。
己丑正月，北兵破湘潭。督师腾蛟被执，不屈，死之。
二月，破信丰，栋殁于阵。声桓据南昌，昼夜攻围，王得仁被杀，声桓投水死。一时警报垒至，奔逃相继，于是，以栋中军杜永和封江宁侯，行两广部院事。命武陟伯阎可义镇南韶，以梅关守将杨杰为南雄总兵，新泰伯郝尚久防潮阳，奉化伯黄应杰守惠州，宣平伯董方策驻罗定，安乐伯杨大甫备苍梧。甫纵兵剽掠，命元胤斩之；以安定侯马宝代之。可义病卒，令宝丰伯罗成耀提督南韶。
四月，贼张献忠养子孙可望遣龚鼎献南金二千两、马四匹，求封亲王名号。西粤南宁，与滇中广南错趾，可望来檄，有不允即提兵出战等语。邦傅恐甚，令胡执恭矫诏封监国秦王。金堡驳之，谓秦王非异姓之封，监国乃即真之渐，遂定封为荆郡王，可望不受后封。督师堵胤锡败于楚，乃浮苍梧，下崧台，风鹤震惊，人无固志。起恒独相，尚纷饰太平。赠腾蛟中湘王，成栋宁夏王，帝设坛挂帛亲祭。除夕，耿尚兵抵南雄，杨杰自刎。惠州黄应杰降。罗成耀闻报，弃韶遁。
庚寅正月，帝戒舟北上；金堡争之，不得。式耜请留疏亦至，而帝移德庆，抵梧州矣。以舟为家，起恒亲书水殿二字于帝所御之船。元胤不敢西，停舟肇庆。袁彭年赴广投诚，捧犒师银，哭陈前年叛清非本心，耿尚麾出之。
二月，下大常卿吏科都给事中丁时魁、兵科左给事中蒙正发、工科左给事中金堡、詹事府詹事礼部右侍郎刘湘客于锦衣狱。先是，户部尚书吴贞毓、礼部右侍郎郭之奇、兵部左侍郎程源、右侍郎万翱、给事中李用楫、张孝起、朱士焜、李日炜、御史朱统铜、王命来、陈光胤、彭佺等合疏，论左都御史袁彭年及时魁、堡等结党招权罪。令锦衣张鸣凤、王应科勘问拷讯。廷杖时，堡惟呼皇天后土、二祖列宗，臣未常负国而已。时魁谓朝廷兴此大狱，亦当稍留元气。无论时魁是三百年留下的臣子耶，是三百年留下一个有发的百姓，如此处分亦足矣。瞿相国七疏争之，不得。贻书司礼夏国祥云：『上乃有此过举，殊非老臣为祖宗拥戴之初意』。于是程源、朱谋〈例上土下〉讙然；谓式耜欲谋废立矣。华亭侯王维恭泣奏中宫，杀谏臣是亡国事，奈何效之，乃得末减戍遣。堡自叙云：『人臣不幸当板荡之时，报国有心，致君无术』。一朝处侍从四人，而屠沽儿为问官，破为诏狱，旋砍生柴为刑具；而为罪臣者，方且称天呼祖而承之，不亦轻朝廷辱当世士哉！
十一月，耿尚兵屠羊城，杀李元胤，全广皆没。孔有德薄全州，直入严关，卫国公胡一青、开国赵印选，以分饷入桂。榕江空壁，武陵侯杨国栋、宁武马养麟，从仄径驰堵；未及战，奔溃，一青、印选潜遁，瞿相国冠带危坐署中，总督张同敞自灵川回。谓曰：『事迫矣，公将若何』？瞿公曰：『封疆之臣，知有封疆。封疆既失，身将安住』？敞曰：『公言是也，君恩师义，敞当共之』。呼酒笑饮，家人请出城再图恢复；公不应，挥之去。明日被执，偕同敞死之，有致命诗。金给谏堡业披缁，上书耿尚请改葬式耜、同敞。吴江义士杨义，为具衣冠棺殓，同瘗于桂林北门之园；时庚寅冬季也。帝遂至滕县，上南宁，入士州，相随者四人：严、王二相国、马吉翔、庞天寿而已。余皆散去。
壬辰，忠贞营李赤心、高必正、党守素等来归，俱赐五等爵。赤心等，皆闯贼部曲。湖南北既去，遂由郴、桂入梧州返正。孙可望自滇遣郝九仪至南宁，传令杀内阁严起恒等十五人。帝往安龙，惟李定国不失臣礼，于是封定国为晋王，令经略粤西。刘文秀蜀王，经略两川。可望仍以秦王恢复川南、湖北。可望怒，欲攻定国，杀内阁吴贞毓等十八人。定国统兵围桂林；破之，孔贼合家焚死。可望与定国不协，互相攻杀。
甲午，定国大败可望兵，遂奉帝入滇，可望力不能支。
丁酉，吴三桂统大兵自汉中进捣，全蜀悉定。刘文秀死，子震就抚。可望亦降于三桂，送至燕，封为义王；寻被酖。而帝在滇南，五六年间，固围守疆，守疆颇安辑。以扶纲杨在为大学士，张佐辰为吏部尚书，程源为礼部尚书，孙顺为兵部尚书，马吉翔为大金吾。
壬寅八月，三桂略定黔中，直抵滇池。帝奔缅甸，定国自景线移兵猛猎，于七月病故。临终，托孤嗣兴于扈卫将军平阳侯靳统武；令嗣兴拜为父，统武专权，上下离异。镇北将军马思良、前将军胡顺、都督王道亨等，带兵二千，家口三千，于猛远投诚。统武病死，嗣兴亦归附送燕。
十月，三桂统定西将军爱星阿等，自三宣、猛卯一路抵木邦。巩昌王白文选在缅国河泊地方，闻警至锡波江，江上搭浮桥控御。吴兵追至锡波，文选奔茶山。三桂望缅甸进发，谕缅国告以出边之故。令其送出帝，否则祸且不测。
十二月朔，兵至缅城东旧晚坡，缅相锡真，于初二日赍番文，以缅兵百名将帝并太户、中宫、太子、公主及宫女十五口送出。太监七名，同华亭侯王维恭妻妾子女，被缅酋杀死。文武官家口百余，并用船载送过江。帝至滇，被吴逆所弒。盖自丙戌十月登极，迄今壬寅十二月革除，帝纪年延祚十有六年于兹矣。文选带官百余员，兵三千名，妇女余丁七千四百口，马三千匹，象十三只，于猛养归顺。同随帝入缅者，松滋王病故，吉王、瑞昌王并黔国公沐天波，被新酋莽猛白所杀；明统遂绝。
郑芝龙父子祖孙三世据海岛
