2，病邪分有机无机：祝氏面对：一国之内，六气偏胜甚大，但有些传染病往往不旋踵即纵横南北，且病型相同之客观事实，感到用六气归纳病因，很难解释。他认为不应把中医的病因学说看得完美无缺，他说，“短不可护，护则终短，长不可矜，矜则不长，学说之进步，日新月异，不有破坏，安来建设。”他认为六淫病因说有一定之缺憾，所以，他反对文过饰非，澜翻瞽说，乃融会新知，提出了“因无寒邪温邪之分，邪有无机有机之别”之说，认为六淫是无机之邪，无机之邪无形，它只是一种刺激因素，一种诱因，真正的病因是细菌等致病微生物，即有形的有机之邪。但祝氏不是全盘否定六淫可单独致病，他说：“仲景之所谓伤寒，指广义之外感，外感因气候失常，体工失调而病，不必有细菌也。”但不挟有机之邪的外感，是少见的，就一般情况而论，“伤寒之成，有形有机之邪为主因，无形无机之邪为诱因，彼二邪，每狼狈为奸，伺人于不察也。”这种病因观，畅晓明通，于“伤寒由寒邪引起，温病因温邪引起”说之外，可谓是别创了一说。
二、对伤寒病理的认识
治外感热病之学的流派，在病因认识上不同，在病理认识上自亦互异，此所以对同一热病，往往有或谓“是寒邪伤人足经，外邪乃从体表循六经逐步传里”，或谓“是温邪伤人手经，外邪乃从口鼻按三焦四层逐步深入”的争执。祝氏对此，亦另有新说。
1，以五段代六经：祝氏论外感热病，以五段言病理，赋六经以新含义，他说：“夫仲景六经名词，系代表人体抗邪所发生之六大类证候。六经所固定之证候，初不能包含一切抗邪情况，是以后人于伤寒六经之外，又有温病主焦之说，巧立名目，淆惑听闻，以百步笑五十步，其愚等耳。夫证候为疾病之表现，初非疾病之本身，六经证候，既不能包含一切抗邪情形，则六经名称可废也。利用六经名称，以代表各个抗邪程序，则六经名称存之亦可也。一切外感，无论其为何种有机之邪，苟其有激，正气末有不来抵抗者，其抵抗之趋势，不外五种阶段，所谓六经证候，亦不出五段范围。于意云何，吾之所谓六经者，乃代表五种抵抗程序耳，太阳为开始抵抗，少阳为抵抗不济，阳明为抵抗太过，太阴少阴同为抵抗不足，厥阴为最后之抵抗。一切外感，足以激起正气之抵抗者，皆不出此五种阶段，此吾研究之创获，敢谓前所未有也。”陈苏生老谓卫气营血，三焦六经，“皆病理上之逻辑法也，古人以逻辑目光，解释病理，纯为私人之主观，故不可盲从。”其说即是秉祝氏所教。
2，非传经之旧说：祝氏认为：“六淫外感，着人为病，感邪之后，邪量不复增加，受寒八分，便是八分，祗有消散，决不增加，此无机之邪，无繁殖之机也。”又说：“风寒无形之邪，刺激体腔，及其着体，即不复存在，其诱起营卫之不调，乃人体本身调节异常之表现，表何尝有邪，又何尝有风可祛，有寒可逐乎。”按照传统说法，六淫似一有形之实物，说它可以从体表步步入里。祝氏认为这种解释是主观之臆想，他比喻说：“六淫造病，有如媒灼然，及其既婚，媒者休矣，”而作为伤寒主因的有机之邪，既可是原已潜伏体内，或者是从口鼻而入，并非是只要一受气候影响，病菌就可从体表入里，他说：“皮肤若非破损，病菌决无从入”这显然是对的。但从口鼻入，也不是象叶派说的那样，好象真有温热之邪入卫入气入营入血。叶氏四层之看法，“不过是描写病变四种之历程”，“疾病之发展，因人而殊，因药而异，体质强弱，有体质强弱之过程，药石当否，有当否之演变。”前人划分六经三焦，卫气营血，是欲使病邪如火车之行轨道，不准有丝毫溢出，因明知这样不合实际，故又曰并病合病，顺传逆传，并造成了既云“看法与伤寒同”，又云“邪在一经不移”等自相矛盾的说法。他说：“卫气营血，不过解释叶氏所习见之四种病型而已，此项病型之造成，半为叶氏纠正时医之误，半为叶氏自作聪明之误。”“然其所述病变，强半为叶氏本人所造成，是以遵其法，则见其证，必有其前后缓急之法，乃有其卫气营血之传，其先见之明，正其谬误之处。”
三、对伤寒治疗的认识
对热病的治疗，叶派以用清法与护阴津，为二大原则。祝氏主张用温用清，当辨证而定，鉴于时弊，他尤其强调护阳不可偏废，故于温补，最为注重，其议论则具有创见，如，
1·强调匡扶之法：治疗外感热病，特别是在初起阶段，张子和不必说，他如吴又可、徐灵胎，乃致，陆九芝等许多医家，一般都强调祛邪为第一，故有“治外感如将，治内伤如相”，“大凡客邪，贵乎早逐”，“欲为万全之策者，不过知邪之所在，早拔去病根为要耳。”“良工之治病，先治其实”等说法，但祝氏则强调匡扶。他举例说：三人栉风沐雨，冲寒冒暑，所处环境相等，而病否不等，甲者不病，乙者病后不药而岔，丙者病而用药不愈，或甲遇气候剧变而不病，乙遇轻微之变即患病，这说明外感病仍是以调节机能的强弱，免疫力量的盛衰为主因。故他反复指出：“医之为工，能扶正以祛邪也，”“古谚有云：上工治病，必先固本。良有以也，”“疾病为正邪格斗之行动，医之任务，协正以祛邪也”，“伤寒之为病，邪正相争之局也，为战之道，气盛则壮，气馁则怯，馁其气而使之战，是取败之道也，”“医之所务，在益人也，去病而伤正，何益之有哉。吾子急切好胜，以为去病即是真理，是不知曲突徙薪，以焦头烂额为上客也。”，“总之，伤寒正邪相博，正胜则邪负，邪祛则正安，正盛邪微，病有自愈之理，正盛而处理无方，则邪有稽留之道。”祝氏认为：治疗伤寒，如能纠正营卫之失调，调动机体之抗力，去其病菌之附丽，则“纵使首慝未诛，而莠民已戢，”病菌虽仍在体内，也不能再有害于宿主。祝氏不是说对病邪的处理就不关重要，陈苏生老曾总结祝氏观点说：“治病不治人，其失必多，知人不知病，弊亦相等。人病兼治，效捷而功全，此上策也。”这无疑是正确的，中医因向无科学工具，对于病原体及特效药的研究，一向略焉而不详，“然病变万端，不外体力之消长，”“故治病若无特效药，即当维护自然疗能。”为了扬长避短，免得在针对病邪下药缺乏实效时，出现虽能预料发展，只能以疲药塞责，不能截断逆转病势的被动局面，故祝氏主张：倘“未能直接除去其病原，则当扶持体力，协调其自然疗能，此一贯之道，凡病皆然，不独伤寒而已也。”这就是他“在照例的强调病原之外，对于病原的对手方，格外的加以强调”之原因。
2·阐扬重阳原理：祝氏崇尚二张（仲景、景岳）学说，对叶派每多批评，他认为，“阴常有余，阳常不足，非臆谈也，”“轻阳重阴，世俗浅见之论也。”因“一切时感为病，大都正邪相争之局，”“一切病邪，及其既入人体，即为人体抗力所支配，”而“抗力之消长，阳气实主持之。阳气者，抗力之枢纽也。气实则实，气虚则虚。伤寒为战斗行动，故当首先重阳。”祝氏认为人在未病时，不妨着意营养，以培养其阳，“及其既病，则当首重阳用，阳衰一分，则病进一分，正旺一分，则邪却一分，此必然之理也。”他说伤寒初期，“卫外之阳不固也”，“伤寒极期，抗力岂有余哉，”“尤拙吾曰，阳明津涸，舌干口燥，不足虞也。若并亡其阳。则殆矣。良工治病不患津之伤，而患阳之亡。所以然者，阳能生阴也。是故阴津之盈绌，阳气实左右之。”他认为伤寒后期，扶阳亦当重于增液，但时医习用滋阴润泽，往往反使阳气受阻，致阳用不彰，阴津不继，欲速不达，适得其反，·他说：“人体之真阳不衰，则阴液之来源不绝，夫阳生于阴，气化为滓，脾胃为灌注之本，命门为生化之源，若中阳不败，则水少自然思饮，命火不熄，则阴液自为挹注，世未有阴药不经阳化而能自为润泽者也。”因为“物质易补，元阳难复，”“故医家当以保护阳气为本。”总之，祝氏认为泊伤寒须自始至终注意扶阳，因为，“邪正消长之机，一以阳气盛衰为转归，善扶真阳，即善治伤寒。”这就是祝氏之心传。陈苏生老总结性地指出：“抗邪作用，阳之本能也，把握阳气，即是把握抗力，故夫子治伤寒，有重阳之议。”
四、对伤寒药物的认识
祝氏推崇景岳，重视匡扶，但治感证很少用人参，熟地之类。祝氏用附子，每与龙、磁，麻、桂，枣仁之类配伍，与蜀中喜用附子的名医如沈绍九，陆景庭等人之药法亦不同，这是因为其对治感药物，也有较为独特之见解，如；
1，四性疗人之创说：祝氏认为药之四性，是用来疗人的，药之五味，是用来治病的·他说性与味，“一以治病，一以治人，泾谓不分，淆惑之由也，”“药理之妙，不过性能二字面已，善用四性之药者，可使体工无偏胜之患，熟悉药物之能者，可收药到病（病指病证而言）除之功。”用药之道，主要是因人制宜，“寒热温凉乃调整抗能之药，抗力太过者，折之以寒，抗力不足者，壮之以温，抗力旺盛，有偏亢之势者，和之以凉，抗力衰敞而虚怯过甚者，助之以热。寒热温凉，扶抑正气之符号。”唯其如此，故若非里气亢盛，寒凉不可轻投。祝氏对时医习用轻凉之风气，大为不满，他认为表亢而里气不盛，或局部虽呈热象，但全体抗力不足，都不得以清表、消炎为口实而妄用清凉。因药性是作用于全体的，“药之有凉，所以抑制机能之亢进，一切内服之药，莫不假道肠胃，”“是故凉药入胃，必先寒中，将欲清表，必先寒营，凉药所以抑制亢奋，其抑制之效力，可以普遍遐迩也。是以表亢而里气不盛者，又安用清为。”故“局部充血有余，而全身不足者，吾不为清也。”祝氏认为：“扶益元阳之药，多是温煦之品，温字即含有补意。”故“无论有机之邪，无机之邪，其为病而正属虚者，总不离乎温法。”上述议论，于纠正滥用清凉，泛施阴腻之时弊，诚有发聋振愦之作用。！
