神庙嫡母为仁圣陈太后，生母为慈圣李太后，中宫为孝端皇后。而生光庙者，孝靖皇后也。二祖家法：圣躬每有私幸，必有赐赉。随侍文书房内阉即注明某年月日，并记所赏以为验。孝靖，故宫人也。神庙一日索水盥手，孝靖奉匜以进，悦而幸焉，赏头面一副。孝靖有娠，神庙偶侍慈圣宴，言其事，神庙讳曰：“无之。”慈圣命取内《起居注》相示，神庙面赤，不能复隐。慈圣慰之曰：“吾年老矣，犹未及弄孙。倘生男，宗社福也，何必相讳。”时郑贵妃有宠，每与神庙戏，辄呼为老妈妈，暗行讥刺，圣衷默然，不自得也。
光庙诞生，一应恩礼俱从薄，盖由非神庙心喜也。册封孝靖为恭妃。越三年，福王生，则进封其母郑贵妃为皇贵妃，给事中姜应麟上疏，言“恭妃诞元子，仅令居下，非所以重储贰定众志也。乞降旨首册恭妃，次册贵妃，又须明诏册立元嗣为东宫。”奉旨：“姜应麟疑君卖直，妊生无礼！降边方杂职。”给事中杨廷相、御史陈登云等，具疏申救，不听。应麟既奉旨降谪，慈圣闻之弗善也。神庙入侍，慈圣故问曰：“外廷诸臣多说该早定长哥，如何打发他？”神庙对曰：“道他是都人的儿子。”慈圣正色曰：“母以子贵，宁分差等！你也是都人的儿子！”盖慈圣亦由宫人进御也。神庙惶恐伏地，无以自容。自是立长之议始定，实凛慈圣谕耳（原注：宫中呼太子为长哥，宫人为都人）。
郑贵妃身负盛宠，福王生，即乞怜神庙，欲立为太子。北上西门之西，有大高元殿，供有真武香火，颇著灵异，神庙偕贵妃特诣殿行香，要设密誓，因御书一纸，封缄玉盒中，贮贵妃处为信。后廷臣敦请建储，慈圣又坚持立长，神庙始割爱定立光庙。既立，遣使往贵妃处取玉盒来，封识宛然，启盒而所书已蚀尽，止存四腔素纸而已。神庙悚然怀负誓之歉，从此二十年中不复诣大高元殿（原注：北上西门，紫禁城西北门也。）
祖制：既立太子，凡朔望大节，东西两宫同诸贵妃俱诣太子望母宫行庆贺礼。郑贵妃方盛宠，神庙意颇难之，因托言欲候中宫生子以为太子。外廷不察，建储之疏朝夕继续，而上圣怒所由起也。大理评事雒于仁进《四箴疏》，神庙大怒，特御平台召辅臣面谕，欲加重处。遂宣光庙、福王来见，时首辅申时行见，曰：“皇长子龙姿凤表，敢贺有道之祥；皇次子兰芽玉质，足徵螽斯之庆。”神庙笑而颔之。
十九年辛卯，已传旨册立东宫於明春举行。工部郎张有德欲掠之为功，因以大礼届期，仪物未备为请。神庙复大怒，将有德罚处，并停明春册立之典。歙县许国进公揭谓“有德诚所应罪，但册立之旨既已颁行，皇言如纶，不可逾改，乞照前旨施行。”圣怒方盛，并有旨切责阁臣。时首辅在告，公揭虽列名，实不知也。首辅素得君心，见谕旨严切，虑有意外，特上揭调停，谓“前揭进时，臣方在告，实不与闻。册立大典，圣衷既有主裁，即徐亦自无妨。”旧例：阁揭竟，留御前，无发出之理。神庙怒前揭之拂其意也，特将此揭发抄，以塞歙县之口。时接本者，于孔兼也。孔兼见有阁揭，即对众验明，然后发科抄传。於是辇下喧传其事，谓首辅实有二心，密效拥戴於福藩。此密揭所由来也。歙县因席槁待罪，而于首辅不无心嗛焉。首辅揭执阁无发抄例，遣人至科中索取原揭归。众论沸然，争罪直日科臣罗大纮。大纮疏辨，并参首辅。中书黄正宾特疏参首辅，谓“国家事无大小，悉咨政府。事孰有大於建储？此而不知，焉用彼相？”於是弹章蜂起。而正宾廷杖，大纮削职，余处分有差。歙县予告，则首辅亦不能安其位矣。
娄东王锡爵之赴召也，有门下某进三王并封之议，既可以结主心，仍无碍于大典。娄东善其说，还朝之日，遂发其端。先一日，圣札下询内阁，娄东邀大宗伯罗大化语之（按：罗火化，《明史？七卿表》、王锡爵、陈登云等传，皆作万化。此作大化，似误也）。故罗亦唯唯，绝无不可意。次日而并封之旨下矣。旨云：“朕生三子，长幼自有定序。今皇长子、皇三子，俱已长成，皇五子虽在弱质，欲暂一并封王，以待将来有嫡立嫡，无嫡立长。尔部择日具仪来行。”旨既下，举朝大哗。光禄少卿余杰（按涂杰，《明史》附《王学会传》，系光禄少卿合疏争国本者。此余字，疑脱去水旁），寺丞朱维京、王学会，给事中王如坚，先后疏争。维京疏尤切，略曰：“前者於二十年奉册立之旨，今忽改为并封之诏。历观列圣皆在幼龄册立：宣宗以洪熙元年立，英宗以宣德二年立（按二字疑三字之误。证之《明史？宣宗本纪》及《朱维京传》，皆作三年），宪宗以正统十四年立，孝宗以成化十四年立。维时中宫正位嫡嗣皆虚，会不少稽以迟盛典。今独自皇上发之，何以解臣民之惑哉？若以中宫有待，俟前星一耀，将所册立者即时退归藩服，有何疑阻？”并责元辅王锡爵，谓“纵不能如李沆之引烛焚诏，宁不能如李泌之委曲叩请乎？”有旨：“朱维京出位要名，的系《祖训》所言奸臣，即当依《祖训》处斩，姑从轻，同王如坚俱发边远充军。余杰（按余当作涂，详上）、王学会，俱革职为民。”王娄东有门生钱允元、王就学，过娄东寓规之曰：“外廷皆欲甘心於老师，恐有不测之祸。”娄东犹执辨无过虑。就学曰：“老师心虽如此，外廷谁能谅者？迨其发而图之，蔑有济矣！”娄东怃然良久曰：“即当有处。”明日，力请于上，得寝前诏云。
光庙於万历十年癸未诞生（按：癸未，乃万历十一年。十年，则壬午也。据《明史？神宗纪》：“十年九月丙辰，皇长子生。”则此癸未二字，当为壬午二字之误），年十三矣，犹与孝靖居景阳宫，同起卧。郑贵妃于神庙前言，皇长子好与宫人嬉，已非复童体矣。神庙遣使验之，孝靖大恸曰：“我十三年与同起卧，不敢顷刻离者，正为今日，今果然矣。”使还以实告。神庙自此有疑於贵妃，已后所言皆不入。是年皇长子出阁讲书，后四年行冠礼，又三年乃册立为皇太子，次年成婚。册妃敦氏，即孝元皇后也。
光庙未出阁前，有旨云：“明年皇长子出阁讲学，一切仪从俱从简略。”礼科都给事张贞观疏言：“皇长子出阁，届期讲读官已有成命，乃兵部以护卫请，不报；工部以仪仗请，不报；礼部以仪制请，不报；又止允其预告奉先殿与朝谒两宫之仪，余俱停免。伏乞急下该部之请。”有旨：“张贞观邀功阻渎，著罚俸一年。”
工科黎道昭（按：道昭《明史？张贞观传》作道照）疏言：“皇长子出阁，有旨下户部买办金珠宝玉等项。夫皇储出阁，所亲者师儒，所重者道德，而珠玉玩好，递进错陈，岂作法于凉之意哉！（按：凉，《明史？贞观传》作初。似初字，是也。）张贞观事关职掌，义难隐默，乃蒙罚俸！”有旨：“黎道昭明白党救同类，好生可恶！著罚俸一年。张贞观降杂职，调外任用。”
吏科许弘纲疏言：“自皇上以渎扰见责，而臣等之言日轻；自皇上以党救为疑，而臣等之罪日重；自皇上因言而愈重言者之罪，而臣等效忠之路日塞。他日国家有大奸邪、大政事，谁复敢为皇上争是非？恐非社稷之福也！”有旨：“弘纲罚俸一年，贞观革职为民。”
万历二十二年甲午，皇长子出阁讲学。旧例：已刻进讲，寒署传免。至是定以寅刻，寒暑亦不传免。二十八年十一月，大风，寒甚，时尚未赐谕戴暖耳，诸讲官立殿门外，光庙方出。江夏郭正域充讲官，即宣言：“天寒如此，皇长子系宗庙神人之主，玉体固当万分珍重，即讲官参列禁近，若中寒得病，岂成体统！宜速取火御寒。”时内阉辈俱各围炉密室，闻郭言，尽行抬出，始克竣讲。神庙闻之，亦不罪也。正域以此受眷于东朝，后妖书事起，传语“东厂饶得我，即饶郭先生罢！”其真切如此。时诸讲官进讲，窃视光庙袍内止一寻常狐裘。讲案高仅二尺余，自幼稚时所御，历七八年，不敢奏易。
光庙出讲，年仅十三，岐嶷不凡。每讲，阁臣一人入直看讲。御案前有铜鹤一双，旧例叩头毕，从铜鹤下转而东西面立。一阁臣误出其上，光庙属内奄将铜鹤可移近些，虽不明言，意已默寓。众皆叹服。一日讲“巧言乱德”章，解曰：“以是为非，以非为是。”讲官刘曰宁讲毕，从容进曰：“请问殿下，何以谓之乱德？”遂朗然答曰：“颠倒是非。”众官退，相语曰：“此真天纵，不可及也。”
万历二十六年有妖书，题曰“闺鉴图说跋”标其名为《忧危竑议》（原注：《闺鉴图说》，刑部侍郎吕坤作，妖书遂借此以发议，盖欲淆惑两宫也）。妖书云：
“东吉得《闺鉴图说》，读之叹曰：‘吕先生为此书也，虽无易储之谋，不幸有其迹矣。一念之差，情或可原。’或曰：‘吕素讲正学，称曲谨，胡忍辄兴逆谋？’曰：‘君知其一，未知其二。昔吕欲得铨部以行其道，试恐秀水捷足势迫，无奈，遂诺鲰生之计，邀内禁之援，出门有功，诗书发冢，未尝不出于正也。’或曰：‘吕意欲广风化，胡不将此书明进朝廷，颁行内外，乃奴颜戚畹，岂不失体？’曰：‘孔子，圣人，佛肸应召，南子请见。志在行道，岂得为屈！’或曰：‘吕叙中直拟继述先朝圣母，置太后中宫於何地？且称脱簪劝讲，毋乃巧为媚乎？’曰：‘公言误矣！会见古来有以宫帏得现任大臣刻书者乎？破格之恩厚矣。恩厚则报隆。身为大臣，胡忍自处以薄！’或曰：‘叙中又引先朝女训、女诫，彼乃母后临朝，儒臣纂编，兹相比拟，得毋不伦？’曰：‘尊称不极，则取信不笃，但求内教弘宣，又何计校及此！’或曰：‘古今贤后妃多矣，胡图说独取汉明德一后！明德贤行多矣，胡图说首载其由贵人正位中宫？’曰：‘吕先生自辨精矣。明德无子，故以取之。若进位中宫，偶然相类，彼诚何心哉！且彼时大内被灾，中宫减膳，以妃进后，事机将成。吕乘时进此，亦值其会耳。’或曰：‘五十宝镪，四疋彩币，十目所视，胡为而来？’曰：‘此贤妃敬贤之礼，却之不恭，是当谅其心矣。’或曰：‘人谓吕因败露难容，乃上忧危一疏，号泣朝门，无乃欲盖弥彰？’曰：‘忧危一疏，人称忠肝义胆，况此一副急泪何可遽得？是安得而少诸！’或曰：‘国本安危，宁逾太子？窃见忧危疏中，列天下事备矣，胡独缺此？’曰：‘嗟乎！公何见之晚邪！夫人意有所专，则语有所忌。倘明举册立将属之谁，若归此则前功尽弃，归彼则后患自招，何若不言之为愈也。’或曰：‘固矣。闻吕所进金龙命书称：在长之命，不过清淡藩王；在三之命，异日太平天子。令内廷咸睹缩舌。是亦不可以已乎？’曰：‘管仲、魏徵，天下才也。子纠、建成，均号国裔。人各有见，何责备太苛！’或曰：‘吕之为此，本谋铨部行道。今铨部不可得，司寇不能安，不终付浩叹乎？’曰：‘有是哉，子之迂也！夫有非常人，斯有非常事。自古成则王，败则盗者何限！岂宜以成败论英雄哉！流芳遗臭，断非凡庸卑鄙者所能为。况事尚未定，签立元勋，终有召起之日矣。’或曰：‘吕之为此，人皆薄之。子独与之，何也？’曰：‘子真井蛙见矣！当世名人，若张公养蒙，程公绍，刘公道亨，魏公允贞，邓公光祚，洪公其道，白公所知，薛公亨，郑公承恩，皆称吕所见极高，所举极当，咸举春秋大义子以母贵之说，共建社稷奇勋。夫唐阉执命，天子门生；宋奸弄权，神器宵易。今盟约既定，羽翼已成，子韦布之士，岂知国家大计！宜从此三缄，无自取祸可也。余故曰，吕先生为此书，特其一念之差，情固可原也。’或人不能难，唯唯而退。因援笔记之。燕山朱东吉谨跋。”
先是刑部侍郎吕坤按察山西时，著有《闺范》一书，神庙以赐郑贵妃，贵妃捐赀重刻。时光庙年十七矣，册立久稽，外廷请建储者无不斥逐。人皆疑吕潜通宫禁，拥戴福藩，致有书内云云。前此给事中戴士衡疏参吕坤，谓“假托《闺范图说》，包藏祸心。”全椒知县樊玉衡疏中直指神庙为不慈，光庙为不孝，贵妃为不智。俱膺严谴。至是戚畹郑承恩疏辨，谓“此书定出二衡手，乞行逮问。”神庙知捏名，遂止不究。
庚子冬，给事王德完疏请笃厚中宫，意在保护皇长子也，内有“抱病独居，视药无人”等语，下镇抚司打问审究招。上有旨：“王德完故听流言，扯遮离间，好生可恶！著锦衣卫拿在午门前著实打一百棍，革职为民。”当差又司礼监成敬口传圣旨：“大小臣工，为皇长子重，为主德完重？如为皇长子重，不必又来渎激！为王德完重，再来上本！”已而吏部尚书李戴等，科道杨应文、周磐等，各公疏救，俱严旨切责。应文与磐各罚俸一年。
王德完之被杖也，神庙欲毙之杖下，太监陈矩监视，杖毕复命。神庙问：“已死未？”矩对曰：“将死矣。”神庙遂不复问。人谓德完之余生，矩实保全之。
神庙始专宠郑贵妃而疏孝端。辛丑年，圣躬抱病甚笃，瞑眩逾时而醒，则所枕者，孝端手肱也，且面有戚容，泪痕犹湿。及侦郑贵妃，则窃密有所指挥。然宫中事秘，外廷勿详也。神庙由此蕴怒贵妃。
