六月，朱成功讨苏利于碣石镇，风逆将去；黄海如使来结，更破揭阳及大埔，进围潮州。使陈斌烧康济桥，昼夜击之；郝尚久死守，降将王邦俊来援，攻分水关。黄廷、洪政弃罗山走，柯宸枢扼险守。邦俊以骑军诱之，而使降将王之纲、张胜自间道入；宸枢分御之，炮矢皆尽，一军遂烬。宸枢自参成功军，屡出奇计；自是败死，云宵、诏安皆没。成功大痛曰：『吾不惜两县，恨失宸枢耳』。解其围，屯潮阳。黄亮采闻诏安失，遂谋叛；甘辉击斩之。
郑芝鹏说成功取金门及厦门，成功曰：『若不成者，反以我为仇』。郑芝莞曰：『彩入浙江，惟联在此』。其时也，彩固戒联备成功，联少之；又嗜酒，不为备。施琅请以少舰泊鼓浪屿，饰余舟为商舶袭之；成功从其策。芝莞遂请杀联，曰：『不见太宗之于建成乎』？成功乃行。秋八月，成功率甘辉、施琅、洪政、杜辉凡四艘，宵泊鼓浪屿。联方醉万石岩，阍不能达。明日醒，握发以迎。成功遽请将其军；联未及答，其众竞入，联部莫敢动。成功燕联于虎坑，归而杀诸途；哭踊入城，斩其用事者章云飞。而以兵守联及彩门；曰：『擅入者死』！于是联将陈俸、蓝衍、奚豪皆降，彩将杨朝栋、王胜、蔡新、杨耀及故将蓝登等闻之皆来归。乃使洪政折矢以招彩。彩方以联死自咎，上疏监国鲁王以求救，张名振、阮进皆恶之，击之沙埕，败其船众，彩无所归；闻政至，曰：『吾老矣！诸子皆幼，能继志者其大木乎！吾将让之』（大木，成功字也）。使其弟斌复命。成功遂有两岛。
秋九月，郑丹国入兴化及仙游、惠安，马得功败之；丹国及赵子章皆被擒。
冬十月，降将苏利以成功在厦门，袭惠来破之；守将卢爵以下多战死。
成功使洪政招铜山、闽安、南澳及诸岛，皆下之。分其军为五，自将中军，以冯澄世、潘庚锺、纪国林、林俞卿、林奇昌、诸葛倬、蔡鸣雷为参谋。
十二月（明闰十一月），永历帝诏朱成功援广东；乃使黄大振军海澄，郑芝鹏、阮引、何德、蓝登守厦门，自率诸军以勤王。将至虎门，入次于潮阳；施琅、陈斌以事隙，成功不能进。有言黄海如阴叛者，使林习袭杀之，分其军隶诸镇。
顺治八年春正月（永历四年十二月。自二月后为永历五年、监国鲁王六年）、闰二月（明二月），朱成功帅舟师至白沙湖，以风故，却碇盐州港。寻次大星所，击惠州兵，败之；遂攻大星，下之；进次平海卫，使黄梧西掠至琼州。虑厦门弱，使郑鸿逵归助芝莞。
初，芝龙盗海中，舶责金三千，畀一旗，即无虑；以是富无艺。比握闽柄，复得闽、粤正供捐输之金数百万。降臣黄澍涎之，蹴降臣张学圣攫其积；使马得功自五通济，阮引遽遁，芝莞闻之，尽其珍物入于海，群臣走浯浔。学圣登五通山以望，骇曰：『此绝地也』！亟引去。得功亦走篔筜港，鸿逵将吴渤、杨杼素兵已至，截之；得功死战，渤败死。施琅部陈纁、郑文星复击之，得功急，以尝隶鸿逵戏，冒死谒之曰：『某死，两岛必不获安；芝龙之室，犹有在安平者。乞思之』！乃纵之逸。成功闻之，急返救；未至，鸿逵已告捷。夏四月，成功入厦门，得到走五日矣；大悔恨。移军白沙，以郑擎柱知白沙州；亲渡海口为炮台。丁未，大会文武，赉施琅、郑文星、陈纁银有差，杖阮引及何德，厚恤吴渤孥，责芝莞罪。芝莞欲辩，成功已出隆武帝尚方剑，斩之；曰：『我无少私，尔勋臣统将，其各努力』！士卒闻之皆股栗，其势复振。愤鸿逵纵得功，责诸将无往谒；鸿逵惧，尽其所部付之（后为王进功所袭，成功移之金门以老）。方芝莞弃厦门走，成功妻董氏奉其祖祏出，芝莞屡使入他舟，将以弋其贿；董氏不肯动，所积得无恙，军食以充。董氏固无宠，成功以是礼之。
施琅用法严，有得罪者走匿成功所，琅捕获之。成功驰使使勿杀，琅言『法非琅出，不敢私』。促斩之。使者怒，构之；成功收琅父宣及其弟显将杀之，显促琅遁而己死。琅乃诳其党以走；追者将至，苏茂匿之，琅遂入降。成功赦茂，使典琅职；而谓琅必为己患，后果然。
五月，朱成功责偿于张学圣等，遂帅中军提督甘辉、左先锋镇苏茂、中冲镇蓝登、左宣毅镇杜辉、后援剿镇陈魁、左冲镇郭义、右冲镇蔡禄、后冲镇林明、前冲镇余新（兼统领）、奇兵镇杨祖、智武镇蓝衍自南溪登，大掠郡邑，驰檄远近。降将王邦俊阵磁灶，杜辉、蓝衍争奋击，矢尽少却；余新、杨祖、蔡禄、陈魁左右纵，邦俊大败，退守漳浦。
秋九月，朱成功攻漳浦；邦俊来救，甘辉败之，追至马口而还。
冬十一月，降将杨名高以兴化、泉州诸军击成功，曰：『天寒海兵皆白足，可大创也』。至小盈岭，战未决，成功鸣炮三，伏兵四出；名高大乱，死者甚众，遂走泉州。
十二月，成功乘胜攻漳浦，守将杨世德、陈尧策以城降；海澄守将郝文兴亦请降。张名振军亦至。
成功军盛而寡食，纳冯澄世策，以甥礼事日本，即其产通市交趾、暹逻、吕宋，大得铜铅之助。以黄恺司税敛，立官商五。漳、泉、福、兴化之民一田两赋（一输大清、一供郑氏），不堪其惫，而莫敢问。
时永历帝在广南，有议幸成功军者；永历帝惮而止（详「永历奔亡」）。
顺治九年（永历六年、监国鲁王七年）春正月，朱成功攻海澄之中权关，乘潮而入，郝文兴迎降。
有周全斌者来谒，问以策；曰：『藩主志勤王，宜首通行在，会李定国、孙可望从洞庭以取江南：上策也。今成栋死，广东新破，粤西之道无由至。且守各岛，上踞舟山、下及南澳以遏南北，贩洋中，足兵食；然后凭漳、泉道汀州、福兴，水陆并进，则八闽可有也』。成功大悦，以为房宿镇。
二月，朱成功攻长泰，自江东桥入；遇王邦俊于西溪，邦俊复败。王进号老虎，闻甘辉善战，独搦之酣斗马上。辉投以戟，进避之；进彀，辉拂落之。自辰至午，以救止。进入长泰，辉急攻之弗克。三月，朱成功击降将某于江东桥，败之；余众保泉州。成功攻长泰，吴世珍先登，死。成功使火器镇何明掘地隧；闻陈锦至，敛其精锐于江东桥。陈锦欲击之，张玉谏曰：『成功虽少，英勇多智策；宜固垒待之，而以漳州兵断其势』。锦狃同安之胜，叱弗听。甲申，战于江东桥，大败不能军，遁入灌口。王进闻之，以数十骑弃长泰走；和平、诏安、南靖皆下。成功围漳州，锦败而愤，用法益酷。其奴库成栋、李进忠刺杀之，以其首奔成功。成功曰：『以奴刺主，是不义也』。赏而斩之，闻者皆服。
五月，降将马逢知援漳州。成功问策于诸将，甘辉请战；成功曰：『不然。陈锦新丧，逢知恃勇，无制之者；至必力战。宜纵之入，然后围之，人多乏食，外应终迟，破之必矣』！麾龙江、万松关兵去而伏。逢知至，不见一幕；将驻师，呼噪四逼，终夜不解甲；登高望之，营栅满山，惟入漳径无所阻，遂入。成功复围之。逢知出战，成功使陈胜、陈斌、苏茂、萧泗共敌之。自帅甘辉、周全斌、陈尧策、郝文兴梯其城；逢知骇走，死者遍地。
秋八月，成功军犹围漳，降将宜永贵以舟师攻厦门以救之；遇陈辉于崇武，败而走。成功急攻城，逢知随所坏筑之。秋霖日盛，山溪竞涨；成功塞镇山门以灌之。城中食又尽，人相啖炙，死者七十余万，门巷如墟墓。降将张着等犹死守，成功不能克。
九月，金砺救漳州，曰：『成功兵精，尽注之恐不克；使骑兵出大道，而以步卒间邀之』。成功使周全斌战，矢下如雨；砺军忽自长泰至，全斌急退，砺疾追之，全斌军乱，万松、九龙之险皆失。成功退军于故县，漳州之围始解。
冬十月，朱成功军在故县。金砺、马逢知、王邦俊谋使成功出三囗〈氵义〉河，断江东桥，别自赤岭入，必再困矣。分其军为三，急攻之。成功以火器军战，逆风骤起，烟焰自翳。降将吴汝玠陷阵入，柯鹏接之，败；陈凤援之，亦败；右武卫周全斌援之，又败。成功败绩，退守海澄。是役也，成功不去其盖，是以甚败。
顺治十年（永历七年。是岁三月，鲁王自去其监国号，不纪其年），郑芝龙使其仆李德招成功；成功不奉表，以家书口语答芝龙，词并不屈。
三月，朱成功以兵二万、米三舟助名振入长江；旋召还，更使其将与北去。至于羊山，飓风折军，损十之一；成功军乃还（见前）。
夏四月，郝尚久以潮州来请降；成功为之亲攻惠来诸县，不克。
五月，金砺攻海澄。成功使王秀奇、郝文兴、陈尧策守镇远，使甘辉、黄廷屯关帝庙为犄角；使黄梧、苏茂伏城外，尽撤其备以诱之。砺军骤至，伏发而败。俄以大炮急攻城，后冲镇叶章死、后劲镇陈魁亦伤，城之坏者百余丈。成功坐台上，意气自若；曰：『吾岂避炮者』！甘辉翼之下，甫离席而台碎。金砺移军攻镇远，墙坏及地；秀奇窟拒之，卒不克。砺复为隧攻海澄，一夕炮作，成功咤曰：『将薄城矣』！以万人持斧俟。砺军将登，有厮养卒首纵斧，万众从之，随斧随堕，濠为之平；则既旦矣，砺军走，隧中药发，死者无艺。砺走漳州，成功擢厮养卒为都督。
六月，永历帝使封朱成功为漳国公。
秋九月，郝尚久求救于朱成功；成功怒其不会兵援广东，不应。周全斌曰：『倡义，当纳降。郝尚久来归，拒之失天下心』。乃使陈六御入揭阳港，至于南澳；尚久卒以郑鸿逵前攻潮州故，不纳其军。尚久俄没，六御攻鸥汀诸寨而还。
是月，大清使封朱成功为靖海将军、海澄公，再使李德之福建谕成功降，且许提福州、漳州、泉州市舶，捍海寇。使金砺还浙江。
顺治十一年（永历八年）春正月，朱成功使戎政司马陈六御、都督陈应璠自平阳攻舟山，克之；进攻崇明，不克。寻入吴淞，夺其战舰；遂入泰兴、靖江、丹徒，次金山，取其炮；又焚金山、瓜洲舟而返。别使李增、苏茂、黄梧趋广东，攻大埔、饶平诸县。
二月，李德至思明，具述芝龙指；必不可，则执鲁王以献。且言『天下已定，徒劳无功』。成功叱曰：『小人敢鼓舌』！德惧，不敢言。佟岱及降臣刘清泰亦与书，略言『天命所在，不待智者而决』。成功托言无屯军地；而遗清泰书，将以权宜取饷于漳、泉。因约三事：割四府地，不受制于抚部，不预征调，不去其发，一切如高丽；且请屯兵于浙，取温、台、宁波之食；亦不允执鲁王。使其将大掠福州、兴化、泉州、漳州；清泰敛军避之，而言其后必致变。
夏四月，李增等攻饶平、大埔，江龙、刘道璋约内应；拒于吴六奇，不克，还。
五月，朱成功杀督饷官黄恺。恺，泉州人；滑稽多智，毒于聚敛。成功杀之，沿海民始苏。
秋八月，叶成格、阿山及郑渡至福建，再招成功降；且封芝龙同安侯、鸿逵奉化伯、芝豹左都督。鸿逵亦受命，惟成功不从；大陈水陆军数十里，设伏警卫而后见，不伯、芝豹左都督。鸿逵亦受命，惟成功不从；大陈水陆军数十里，设伏警卫而后见，不去其发。索诏书，阿山、叶成格不予，遽还入泉州。成功笑之曰：『事可知矣』！与芝龙书，言『不敢通只字，惧为累。使者猝至，四府无增，疑购父之故事。自古豪杰，利不能动、害不能怵。今惟以「去发」为言，岂不称臣而可去发者？大丈夫作事，磊磊落落。自今以往，父听儿言，则儿为孝子；不听，则儿为忠臣』。又曰：『前使至，盛馆之；不信宿侦骑四出，能无疑虑！父全至今，幸也；万一不幸，惟缟素复仇以结忠孝之局』。亦与渡书绝。芝龙更使鸿逵言之；鸿逵曰：『侄居中左，己次白沙，相见希也』。
冬十一月，朱成功使林云璇疏奏永历帝，上诸将功；使林察、王秀奇、苏茂以舟师卫之。因会李定国于广东（详「湖广之乱」）。
芝龙以成功无降意，惧及祸，乃自首；言『成功请地益军食，且不去发；两寄己书，妄诞无忌，臣不敢隐』。众议芝龙罪，尽夺其秩，锢之高墙；窜芝豹宁古塔。议攻成功。
十二月，朱成功自梅溪、自飞鸾白鹭间道取罗源击吴六奇，大破之；遂取揭阳、澄海三县。
汀州人刘国轩，雄伟有智略，以把总司键漳州，心怏甚；屡说其将朴世用附成功。世用即使国轩行，因冯澄世以见；澄世先与语，大悦之，以为义子，使归为间。是月，成功趋漳州至海澄，甲夜勒兵，莫知所指；漏四下，次州城，国轩启门应，张世耀、朴世用等皆降。分攻泉州，旁掠各邑，于是漳州之县十成功尽下之、泉县十降其七，惟仙游、龙游（？）未即下，成功几有闽地之半。以国轩为护卫后镇。
顺治十二年（永历九年）春正月，朱成功在泉州。降将施琅、韩尚亮固守，郝文兴请击之；成功曰：『善战不如善守，徒损士卒』。使甘辉督诸镇攻仙游，降将陈有虞誓守，炮石如雨，不能克；辉怏甚。神器镇洪善曰：『此葫芦城，宜穴地入』。从之。遂拔仙游，军声益振。
成功承制封拜，以潘赓锺兼户、吏官，陈宝钥为礼官，张光启为兵官，程应璠为刑官，冯澄世为工官，理庶事；改中左为思明州，以邓会知州事。设馆曰储贤、储材；又制察言司、宾客司、军器局、制印局。劝学取士，得黄蒂臣等为六官属及监纪、推官。奉前监国鲁王及泸溪、宁靖诸王于金门，有加礼；以遗臣王忠孝、卢若腾、沈佺期、辜朝荐、徐孚远、纪许国为上客，大事必咨之。分其军为七十二镇，戈船之士数十万。凡封拜，辄朝服北面稽首，焚疏于永历帝座；称为恢复之师。
芝龙在北京为佟国器及降臣龚鼎孳所劾，下之狱。
