左都御史刘宗周以国仇未复辞职，自称「草莽孤臣」，疏陈四事；马士英、阮大铖、高杰、刘良佐皆恶之。宗周知不容，抗言『陛下龙飞淮甸，天实予之；乃以扈跸微劳，晏然入阁、晋中枢者，非马士英乎？于是李沾、刘孔昭哗然相讼，群阴则翻然起矣。借知兵之名，则逆党可升；宽反正之路，则逃臣可引：而阁部诸臣次第去矣。高杰一逃将而奉如骄子，则士英翼之；刘、黄诸镇分藩江北，则高杰倡之。京营，祖制皆畀勋臣；皇上即位，即有卢九德之命，士英不得辞其职。总之，兵戈盗贼，皆小人气类而生；而小人与阉臣，往往相为表里。自古未有阉臣用，而将帅能树功者。惟陛下首辨阴阳消长，出士英仍督凤阳，总理诸镇；即史可法未即还，亦当自淮而南，居河南、开幕府，与士英犄角。京营提督，宜急寝之；书之史册，为宏光帝第一美政』。诏褒之，促其入。士英大怒，即日乞休；且扬言宗周所称，不用新命。宗室朱统囗〈金类页〉诬劾宗周请跸凤阳，以罪宗处上；己与史可法伏兵丹阳，立潞王。会浙江抚巡黄鸣骏次京口，其标兵与防将斗（见前）。士英惧，信之；刘泽清等疏又至（详「四镇」），举朝骇愕。高宏图请谕和衷，宗周始受命。陈子龙疏：『宪臣戆直，恐复生异同，使陛下有疑畏君子之心、诸臣有同归之志；将谁与寄』？不听。
时福府故监屈尚忠、田成、张执中子弟竞极官荫，刘孔昭径以降贼宰相钱位坤荐。马士英、阮大铖甚恶姜曰广，必去之；使朱国弼、刘孔昭交劾为党。值议复厂卫，曰广谓『厂卫不除，宗社且不可保』。祁彪佳亦疏争，曰广拟旨俞之；不从，则自疏争之。士英、大铖益怒。孔昭既思以田仰代史可法，又恶曰广。朱统囗〈金类页〉希其指，劾曰广于定策时有二心，词及张慎言、吕大器、史可法；宏图拟按统囗〈金类页〉罪。宏光帝入士英等谮，厉声言：『统囗〈金类页〉宗室，何可重罪』；而责宏图谓：『召史可法为非是』。越二日，统囗〈金类页〉再劾曰广五罪，语极诬蔑；且请置刘士祯、王重、杨廷麟、刘宗周、陈必谦、周镳、雷演祚于狱。其疏皆大铖草，不自通政司入；给事中袁彭年谓非制，刘士祯言：『曰广劲骨戆性，守正不阿；居乡立朝，确有公论。统囗〈金类页〉何人，不由职司，飞奏越告』？皆不听；惟言『朕遭百六之运，复值文武交争，异同日甚，水火不化、矛戟将兴，天下事不堪再坏』。士英等卒不惧。宏图再请召可法入直，不报；遂乞休。士英娇旨诘责之，宏图益求去。
八月，晋马士英太子太师、武英殿大学士，予荫。士英欲假危疆名，使阮大铖巡抚河南，众不可；乃以越其杰为之。其杰，士英妹倩，以贪败起自废籍；至是，使开府。既与刘泽清荐张捷，徐宏基阿之，复疏荐捷；遂以中旨，起捷吏部左侍郎。章正宸争之，大理寺卿姚思孝亦疏谏，士英矫旨责之。
阮大铖既切齿于周镳，以雷演祚出姜曰广门，并逮之。至是，下之狱。及事急，镳属陈丹衷以书币求解于马士英，阮大铖已使逻者日囗〈口贞〉镳，遂为所得；丹衷坐谪。御史罗万爵疏诋镳，遍及东林人。
始，阮大铖虽召对，张慎言、高宏图以力争，士英为迟疑，屡思以中旨为大铖地，卒不克。至是，竟以大铖为兵部添设左侍郎；禁人言：盖柳昌祚荐之。刘宗周疏：『大铖昔争吏垣，死魏大中；即才果可用，臣犹虑其病世。且故事：九列必廷推；中旨频颁，斜封之渐。大铖进退，实系兴亡』。又尝言『「逆案」申雪，则彪虎之类势将平反；「三年无改」之谓何』？熊汝霖言：『大铖果知兵，当置之于外；若优游司马，添注何为』？且言『耻使四方犹见臣名』。皆不听。大铖寻兼佥都御史，巡视江防。疏：『天下事尽坏于党人，今不堪再。而君上封疆，一己性命竟置不顾，惟从事于构隙之场。先帝非丧邦之君，诸臣必结党以蔽之。党败，而高皇百战之基、先帝一家之命破坏崩阻矣；把持之臣，卒亦不免于拷掠。其伤心从贼狼狈逃回者，天诛不漏已，亦何益之有』？其积怨如此。其党赵之龙目不识丁，李沾使疏为庄烈帝请庙号，而谓帝实无可「思」。其无状又如此。
九月，浙江布衣方翼疏劾马士英，下之狱。刘侨固降于张献忠，黄澍急捕之；士英入其贿，使复为锦衣。因使诘澍，澍疏辨，士英劾之。又使朱盛浓劾澍毁制辱宗，贪贿激变；内批逮澍，不至；下刑部逮之，亦不至。士英不得已，免其罪；而擢盛浓池州推官。阮大铖以旧隙，逐原任尚宝寺卿黄正宾。
甲午，姜曰广罢。曰广既被污，御史陆朗、黄耳鼎复劾其与刘宗周、徐石麒欺君党恶，刘泽清亦攻之；袁继咸为疏辨，不听。曰广力求罢，许之。明日，陛辞；言『臣得罪权奸，幸归田里；臣去，皇上宜慎国事』。士英大怒，诟为贼，叩首乞休；而频以翼戴言。曰广叱曰：『翼戴岂人臣居功地』。士英言：『汝立潞王功安在』？帝两解之。曰广既出，士英追诟之，哄詈而罢。
乙未，刘宗周罢。宗周再乞休，许驰驿归。频行，疏五事：曰修圣政、振王纲、明国是、固邦本，多刺马、阮。出都之日，士女聚观。
给事中吴适陈五事，曰信诏旨、核人材、储边才、伸国法、明言责。熊汝霖疏：『臣观今日时势，即偏安未可卜也。兵饷战守，易为恩怨异同；朝端之上，元黄交战。
始以勋臣，继以方镇。恢复固圉之不讲，而舌锋笔锷之是谋。既以揭帖逐谏臣、又以藩疏逐宰辅，么么之臣，谁为遗使』？且极言『厂卫必不可复。先帝盛德，惟此一节未免府怨』。又言『先帝笃念宗藩，今何以使跃冶不萌；先帝隆重武臣，今何以使赏罚必当；先帝委任勋臣，今何以使客气尽屏；先帝简任内臣，今何以使柄无旁操；先帝擢用文臣，今何以使贤者必用』。疏入，士英大怒；矫诏罚俸三月。未几，复言『朝端议论日新，宫府揣摩日熟。自少宰卿贰，悉废廷推；四品监司，竟无参尹。一人未用，举朝目为党人；一官外迁，当事訾为可杀。黄白充庭，青紫盈路；六朝佳丽，复见今时。独不思他日税驾之地乎』？不报。俄，袁继咸疏留宗周，亦不报。
叙江北历年功，再进士英少保兼太子太师、建极殿大学士，世袭锦衣佥事。
史可法疏：『用大铖者以才，争大铖者以逆。大铖即可用，何必罪争者；不可用，当从群议，不可以一人败天下事』。不听。
马士英既令生童纳银，凡上户五两、中户四两、下户三两，得应提学道试。溧阳知县李思模不应，夺五级。又开助工例：武英殿中书九百两、文华殿中书千五百两、内阁中书二千两、待诏三千两、拔贡千两、推知衔二千两；监纪、职方万千不等，把总、游击、参将、都督各数千金不等。都中赴者如狂，民间为「都督满街走、职方贱如狗」之谚。然入官者，惟两殿中书及改贡银；其它及追荫、起废之金，皆入士英等橐。御史郝某径请士英以贿赂余金助公费，不省。寻复税酒斤一钱；又征洋船税，其数不一。民间云：『扫尽江南银；填塞马家口』。
许都党复乱；大铖谓左光先激之，诏逮光先及前东阳知县孙笃棐。祁彪佳疏：『光先出境闻变复还，未一月诛都；非诱降』。士英、大铖并恨之，先蹴朱统囗〈金类页〉劾彪佳。逮光先于左良玉军中，不至；亦无如何。御史张孙振复阿士英，劾彪佳立潞王，阻登极。彪佳遂罢。值选科道，尚书徐石麒以庄元鼎十三人进；士英尽易以私人。再请赏定策功，进朱国弼保国公，加李沾左都御史；使再劾吕大器，诏逮之。而蜀地尽失，乃止。
甲寅，徐石麒罢。石麒刚介，不应内阉请。马士英图封爵，屡讽之；又使韩赞周入为言，石麒谓『蒋冕、杨廷和且不受爵；今国耻未雪，而裂土自荣乎』？陈洪范北行，石麒言『先帝梓宫何处？封树若何？若仅遣一健儿应故事，则群臣之悲大行者何为』！士英益恶之。黄耳鼎、陆朗有物议，石麒出之；朗贿内阉，复用。石麒发其罪，朗恚，诋石麒。耳鼎亦讦石麒，诬以枉杀陈新甲；士英助之。因求去。士英拟严谴；宏光帝不可，令驰驿归。
兵部侍郎徐人龙每入直，正襟危坐；士英恶之，使御史何纶劾其老，勒致仕。
蔡奕琛、杨维垣力求用，士英使钱谦益荐之。
冬十月，谦益陈四事：曰定庙算；因谓『以文统武，孙承宗后才一士英』。曰资干济；谓『蔡奕琛、冯元扬诸人英颖特达，唐世济、范云凤诸人老成典型，徐煌、陈洪谧公望着闻，陶宗道、杨兆升沉落可惜』。曰雪冤滞；谓『陛下既以赞导无据用阮大铖，若虞廷陛、贾继春、房杜丽、虞大复、吴孔嘉、周昌晋、吕纯如、杨维垣，乞下部察议』。又云『奕琛虽以复社攻臣，臣知其悟』。语极无状。奕琛以其疏有「阮大铖、贾继春魁垒男子」语，更恨之；人以为笑。
李沾受人贿，为锦衣冯可宗所捕。士英为请于宏光帝，诏勿问：所赂玉带，士英以进，宏光帝服以朝。愤微时贷徽商汪曙金不得。有汪庶者，周延儒之弟姻也；值延儒子请免赃，士英移「庶」为「曙」，使完六万。纳降将张缙彦贿，使总督北直军务；真除李沾左都御史。四方贿赂，皆使僧利根为次第。终夕醵饮；宏光帝禁会宴，亦不顾。
庚申，高宏图罢。士英、大铖始以宏图非东林，将结之；宏图不可，怒之。士英尝对众言：『我尝哭张溥』；宏图因之，使释怨，士英意颇解。及刘宗周疏出，大铖宣言此宏图指，士英益怒。宏图乞休，不许（见上）。至是，章四上，乃允去。宏图贫甚，偕幼子栖僧寺中；寻入浙江，不与人接，国变而亡（详「殉节」）。刘孔昭弒其祖母胡氏，无或问。阮大铖以张捷为吏部尚书，大铖尤狡横。既逐刘宗周等，志益肆尽；召其党张捷、杨维垣、蔡奕琛、唐世济、张孙振、袁宏勋十余人用之。及徐石麒罢，士英欲除张国维；大铖结内阉，中旨授捷。士英愕然，无如何。捷遂尽起「逆案」人。文选郎中刘应宾挟马、阮势，大纳贿；一月之中，题授中书、监纪、推官百数十，捷亦听之。
马士英托充饷，请诸抚按凡杖以上赎锾，并输部；不则，以赃论。
刘泽清言『陈洪范、左懋第渡河无期，王燮、邱磊无以之官』。士英等不措意，惟请加王永吉一品斗牛服，请隆接待北使礼；而以遣使自饰。
刑部尚书解学龙定降贼诸臣罪，凡六等；士英、大铖视贿出入之，故学龙所定再被斥。而擢朱统囗〈金类页〉官，酬其逐刘宗周、姜曰广也。统囗〈金类页〉不悦曰：『预予我以总宪』。其妄如此。御史彭遇颽恣纵，尝谓岳飞言大误：『文臣不爱钱，高爵厚禄何以劝人？武臣惜死，养其身以有待也』。士英爱擢之。
阮大铖既入雷演祚罪，又忿顾杲，使王鼎实飞章告变，语士英列兵江上以待之。遂逮复社生陈定生等，下之狱；将尽杀钱秉镫、沈寿民等数十人，寿民等遁去。
十一月，史可法复宿迁，进援邳州。疏至，士英大笑；杨文骢问故，士英曰：『子谓有是耶？此可法之术也。岁暮将士宜叙功，军储必簿计之；以此为地耳』。
值大阅，宏光帝竟不出；士英代之。
佥都御史郭维经乞罢，士英矫旨切责。谓宋学洙殉节，请赠大理寺卿；学洙后二年乃卒。
再令生童纳银入贡，自三百至于七百；许廪生入赀为通判。
开海中玉环诸屯，讫无济。
杨文骢闻祁彪佳储银八万于镇江，以少半饷史可法军，其余备缓急；欲漏之。建言金山扼南北，宜置城，并城圌山。士英请从之。
时赵之龙疏荐陈尔翼、柳昌祚疏荐程士达。吴适纠尔翼为阉党，之龙再争；适疏勋臣不闻预升，参昌祚何故夺铨部职。张捷、阮大铖结党纳贿，日务浊官政。怀庆知府郭凤仪托名勤王，光禄寺署丞张星求试科道，中书舍人张龄请予部衔，保定侯梁世勋请遂袭爵，适皆力争，还驳其罪，为大铖等所格。旋驳旋用，适不得展。
癸丑，宏光帝几不豫。马士英入直，与群阉窃窃语，人不敢诘。士英、大铖又恒聚语，夜分乃罢。
十二月，逮福建助饷右参议夏尚絅；怒其无私献也。入越其杰谮，罢河南巡按御史陈潜夫；以凌駉代。
驸马齐赞元言孔昭翼戴，功赏不足。马士英言孔昭实心定策；刘泽清、张文光密议效忠，请侯之。孔昭伪让；许之。临淮王裔李升尝面詈孔昭于涂，责其奸恶；孔昭含刺骨，遂劾罢之。诸勋臣常元亮、邓南金多愤马、阮状，挂冠去；党人不悟。文光亦擢职。
维垣疏请重颁「三朝要典」；略言『己巳之变，罪在韩爌；臣与大铖以不附杨、左被列，乞审定。「要典」已毁于党人，乞购其书付史馆』。又请雪逆案刘廷元、徐绍言、霍维华、吕纯如、徐大化、贾继春、徐扬光、岳骏声、周昌晋、徐复扬、郭如暗、虞廷陛、李寓庸、陈以瑞、曹谷、王永光、唐世济、章光岳、许鼎臣、杨兆升、袁宏勋、徐卿伯、水佳允诸人。马士英从之。于是廷元二十人予谥荫、葬祭，王绍徽十三人起用。未几，逆案吴孔嘉又言「要典」宜列奏疏而汰诸附和者；命所司删定。
