再也没有什么能够阻止蒙哥了。
正如他在成吉思汗灵位前表白的那样，他要建立一个强大统一的帝国。为此，他已经做了一半工作，这就是以清查叛乱者为名，把不属于他棋盘上的棋子全部清洗掉。接下来的一半工作，就是一颗一颗地落上他需要的棋子。
他在全国设置了三个行尚书省：一个是燕京行尚书省，断事官为牙老瓦赤，统辖中原汉地；一个是别失八里行尚书省，断事官为麻速忽，统辖畏兀儿和河中地区；一个是阿姆河行尚书省，断事官为阿儿浑，统辖阿姆河以西的波斯、呼罗珊及谷儿只、阿塞拜疆等地区。牙老瓦赤和麻速忽父子以及阿儿浑三人都是窝阔台及贵由时期的旧臣，但由于他们的管理卓有成效，蒙哥继续委以重任。
除设置行尚书省外，蒙哥还向各地派出达鲁花赤，作为下一级的行政官员，帮助管理地方事务。
从窝阔台时期开始，地方断事官、达鲁花赤等都与当地藩王不够协调，那时候的断事官及达鲁花赤主要是负责收税的工作，耶律楚材曾想扩大他们的权力，削弱藩王的特权，加强中央对地方的管理，但他受到了从中央到地方的蒙古藩王及大臣的强烈反对。当他失去窝阔台支持的时候，这些断事官和达鲁花赤的作用就更加形同虚设了。
如何加强中央集权，又能照顾蒙古贵族共同享有帝国财富的传统观念，成了摆在蒙哥面前的严峻课题。
此外，蒙哥还必须感谢那些曾经帮助他登上汗位的宗王们。
拔都是不能不感谢的。蒙哥能登上合罕之位，除了唆鲁禾帖尼带领拖雷家族二十多年的苦心经营以及蒙哥自身的努力和能力外，还有拔都的支持。关键时刻，是拔都凭一己之力把他抬上去的，所以，他永远记得拔都对他的这份恩情。在清查叛乱的时候，他没有向拔都的封地派出过一个清查团队；在重新洗牌分封土地的时候，他没有割过拔都巴掌大一块土地；在向各地派驻断事官及达鲁花赤时，他也没向拔都派出过一个官员。
蒙哥的这种做法让孛鲁欢深为忧虑，他多次向蒙哥上奏说：“合罕，自古一国无二君，就好比一山不容二虎。怎么能把拔都汗的权力放置在整个国家的权力之外呢？这不是一种分裂吗？”
蒙哥为难地说：“拔都大哥对朕有恩，朕可不能知恩不报啊！再说，拔都大哥英武明断，由他来独立治理，朕很放心，拔都大哥是绝不会把国家分裂出去的。”
孛鲁欢说：“拔都汗明断，识大体顾大局，这一点臣绝对相信。但是，合罕能确保拔都汗的手下或者他的后人没有二心？如果哪一天拔都汗去世了，在权力失控的状况下，不是会引发新的动乱吗？到时候合罕对这种动乱是镇压还是不镇压呢？”
蒙哥笑笑说：“拔都大哥身体结实得很，他会活得很好的！”
孛鲁欢叹口气，说：“我们也希望拔都汗能永寿千年！但这毕竟只是美好的愿望。从古至今，我们很难找到活上百岁的，遑论一千年呢？请合罕还是提早做准备吧。”
蒙哥说：“反正拔都大哥在世的时候这话不能提起，以后再说吧……”
一直到1255年，拔都去世，别儿哥接替拔都为可汗后，蒙哥才派出驸马剌真之子乞解为达鲁花赤。那时候，金帐汗国的管理方式才变得和蒙古其他地方一样了。
还有一个人的恩情蒙哥也不能忘，那就是忽必烈。在忽里台会议进行到最焦灼的时候，他感觉整个天空就要像锅盖一样沉重地压下来，他将进入无边的黑暗，这时忽必烈猛地站起来的动作，简直就像是天使在空中拉开一条云缝，把耀眼的光芒洒下来。这条小缝，再一次给他指示了一条通往天空的康庄大道。
之前，蒙哥并没有怎么注意他的弟弟忽必烈。他的整个注意力都在发明研究、战争以及整个帝国的动向上，而忽必烈又比他小了许多，所以即便有不明白的或者有事情要研究，他也总是去找他的母亲。后来他的母亲放手让他自己抉择后，他就更多地自己拿主意了，要商量，也只是和忙哥撒儿、孛鲁欢等那可儿或者是他的妻子商量。
忽必烈的振臂一呼，让他多留了些心眼在他的弟弟们身上。这一观察，他才发现他的弟弟们原来个个都不同凡响。旭烈兀英武豪迈，阿里不哥聪明乖巧，特别是忽必烈，睿智而又豁达，仁厚而又稳重，是一个有非凡气度的人。
既是出于感恩，又是出于对弟弟们才干的欣赏，同时也是为了践行那个“帝国财富家族共享”的传统观念，蒙哥让他的弟弟们分别总领不同的疆域。其中阿里不哥这个小兄弟留在身边，协助他总领以哈拉和林为中心的漠北地区；旭烈兀总领波斯及呼罗珊等西域地区；忽必烈总领漠南，包括整个中原汉地。
再加上窝阔台系的阔端、合丹等宗王及察合台系的哈剌旭烈遗孀兀鲁忽乃等宗王以及各公主驸马及勋臣封地，整个蒙古的格局仍然是成吉思汗延续下来的分封制，似乎并没有多大变化。
要变的是这些宗王应该拥有多大的权力，派往各地代表汗廷的断事官及达鲁花赤应该拥有多大权力，要怎样才能把成吉思汗时期的铁腕统治一并延续下来。
蒙哥知道，他现在所面临的局面和成吉思汗时是不一样的。成吉思汗时期，所有的地方官员及军队长官，都是从一无所有通过艰苦的战争挣得一切的，都是成吉思汗最忠实的那可儿或者是他的儿子们，他们懂得珍惜他们的成就和荣誉，成吉思汗在他们面前拥有绝对的权威，成吉思汗的任何一个指令都会得到彻底的执行，不会打任何折扣。成吉思汗的扎撒像高悬在每个人头顶的利剑，只要望一眼就会心惊胆战。
蒙哥面临的状况要困难复杂得多。诸王贵族很多都已经是第二代、第三代，甚至第四代、第五代。他们生在尊贵的环境里，从小过惯了锦衣玉食、颐指气使的生活，他们不再像创业的祖先一样懂得珍惜、收敛和服从，他们觉得他们就是天下的主宰，怎么可能还有人来主宰他们呢？
他们和蒙哥的关系也不再像成吉思汗时那种亲密无间的君臣关系。即使有血缘关系，那血亲的浓度也已经变得很淡。这种淡淡的血缘往往是一种危险的状态，很多争斗和残杀就发生在这样的状态下。
更多的官员和蒙哥既没有血缘关系，也不是蒙哥的那可儿。他们仅仅因为蒙哥是合罕而服从于他。但是这种服从是相对的、有弹性的。如果蒙哥的能力被他们怀疑或者说蒙哥没有足够的魄力，这种服从立刻就会转化为背离。
复杂状况还在于诸王贵族们经历了窝阔台后期、脱列哥那、贵由、海迷失等差不多二十年的不受拘束的岁月，他们在这种不受拘束中享受到了做王的味道，谁会轻易地放弃他们的特权？
事实上他们已经过起了像合罕一样滋润的日子。他们在自己的封地上随便发号施令，为所欲为。那些象征权力的符牌被他们发出去，人只要手握着这样的符牌，就可以到全国各地享受到宗王甚至合罕的权力。还有诏旨和宣令，宗王们也在发。一个国家如果诏令满天飞，并出自不同人的手，从某种意义上说，这个国家就已经走到分崩离析的边缘了。
作为合罕，蒙哥可不喜欢这样的局面。其实不只是蒙哥，贵由、脱列哥那、海迷失也是不喜欢这样的局面的，他们也希望将权力牢牢地抓在自己手里，政令畅通，令出一门，但是他们没有办法做到这一点。
蒙哥做到了。蒙哥命令，把自窝阔台后期朝廷及诸王滥发的符牌、诏旨和宣令全部收回来销毁，绝不能再使用。谁要不交，一旦查出，格杀勿论。今后，所有的诏令都只能由合罕来颁发，任何宗王、大臣，如果擅自颁发，或者打起汗廷的旗号颁发，就是造反，是犯了大逆之罪，要处以极刑。
阿蓝答儿较好地完成了符牌的回收工作。
所有的宗王，以后再想要实行个什么政策，就只能去请示合罕了。
符牌、诏令等回收后，再要有什么新的札儿里黑，蒙哥总是亲自起草，反复斟酌，征求意见，仔细修改。特别成熟后，他才交给孛鲁欢抄写副本，盖上玉玺颁发。有时候，一道简单的札儿里黑，他会反复不断地改上三四次。
由于当时蒙古由多个民族组成，还没有统一的文字，为了让札儿里黑能准确地传达下去，不折不扣地执行，蒙哥建立了一个人数庞大的书记处，总的书记官是孛鲁欢，相当于窝阔台时期的中书令。下面聚集了精通波斯文、畏兀儿文、契丹文、吐蕃文等各种文字的一大群书记官。札儿里黑制定出来后，都要根据当地语言文字的书写情况，抄写成相应的文字颁发。
统一政令，这是削弱诸王贵族特权的第一步。蒙哥做的第二步是统一司法及刑事。
扎撒是蒙古的最高法典，是由成吉思汗颁发的，后来在窝阔台时期又经过耶律楚材修订完善。蒙哥上台后，根据新的形势，由忙哥撒儿、孛鲁欢及阿蓝答儿组织人力对扎撒进行了再一次修订，重新颁发。
蒙古人之所以能够在战场上横扫千军，对扎撒的严格执行是一个非常重要的因素。但是，从窝阔台后期以来，伴随着行政的混乱，扎撒的尊严也受到了严峻的挑战。
违反扎撒的情况比比皆是，甚至历任合罕或监国也在带头违反，但没有人受到制裁。掌管扎撒的官员，比如窝阔台后期的察合台以及后来的合答，他们也不作为。当然也是他们没法作为，扎撒是从合罕及监国那里开始破坏的，怎么去制裁合罕或监国呢？
合罕及监国带头了，诸王贵族便争相效尤。同时，在没有法度的时候，诸王贵族就纷纷自行制定法度，自行实施执行。他们根据自己的利益立下规矩，想逮捕人就逮捕人，对于他们认为的犯人，私设公堂进行审判，从不上报中央。
这样的做法使得很多百姓深受其害，他们不知道自己为什么被抓，为什么受刑，他们没有参照的标准，没有规范言行的尺度。他们受到不公正处罚的时候，没有一个可以为他们平复冤屈的机关。一些人含恨积怨，一些人则铤而走险，以暴制暴，从而造成严重的社会动乱。
诸王贵族之间也是摩擦纷起，各执一词，无人裁断。国家的向心力变得越来越弱。
还有一个可怕的后果是中央的权威也受到严峻的挑战。法权也是汗权的一个重要组成部分，失去了法权，汗权将变得非常软弱。
蒙哥深深地认识到这一点。他在修订并重新颁布扎撒的同时，统一并强化了扎撒的监察和执行。
蒙哥规定，诸王贵族及地方官员无权随便逮捕人、审判人、处决人，更不准私设公堂刑讯逼供。案件必须上报中央，隐瞒不报的将受到处罚。最后的裁断权归中央所有，忙哥撒儿是最高执行官，阿蓝答儿协助他完成案件的审理和判决。
蒙哥的这些规定其实并没有多少创新。他并没有更完善的司法规程，忙哥撒儿等法官依照扎撒的判决也带有很大的随意性，这个判决治理还是人治，并没有上升到法治的高度。不过，由于他把法权收归中央，这样从某种意义上恢复了扎撒的严肃性和严格性，也确保了在形式上的公正公平。
限制王权的另一个表现是严格驿站的使用。
驿站也叫站赤。成吉思汗时期，效仿中原的驿传制度，在蒙古本土设置了数个驿站。窝阔台时期，把驿站从蒙古本土延伸到了察合台及拔都的封地，又延伸到了中原汉地。
成吉思汗最初设置驿站主要出于军事目的，用以传递军情和武器、粮草等军用物资。成吉思汗制定了严格的乘驿制度，传递军情的时候，来往使者身上有一种圆形的符牌叫“圆符”，佩戴圆符的使者，有择骑良马、夺骑官民马匹等特权。
窝阔台后期，他鼓励世界各地商人到哈拉和林做生意，免费为他们提供驿马和食宿，驿站又作为商用。从窝阔台后期到蒙哥上台，几乎没什么战争，驿站的军事目的便渐渐淡化了，大都变成官差来往的栖息地，或者为诸王贵族传递物资及游宴之用。汗廷便为官差及诸王贵族发放长形的符牌，叫做“铺马圣旨”。他们凭借铺马圣旨使用驿站的马匹及物资。
但是，因为政令的混乱，铺马圣旨越发越多，连一些宗王也在乱发，造成泛滥。即便没有铺马圣旨，诸王贵族也往往依仗权势超量使用驿站的牲口物品。有一些甚至把铺马圣旨当圆符使用，随便掠夺沿途老百姓的马匹。驿站不堪其苦，老百姓切齿痛恨。
蒙哥又颁发了一道札儿里黑，重申了驿站的军用目的，要求在战争状态下，任何人不得随便使用驿站，否则以贻误军情罪论处。
接着他制定了严格的乘驿制度。汗廷设置专门管理驿站的机构，由阿蓝答儿负总责。以前滥发的那些铺马圣旨全部收回来销毁，以后要使用驿站，必须向汗廷申报，经同意后重新发放铺马圣旨。对驿马的使用量也作了严格规定，每次只能用三匹，远行者不得超过四匹。不得沿途攫取老百姓的马匹，不得索取超过规定的供应物。
