法国在埃及的科学远征，还有一件事不可不提，那就是罗塞塔石碑的发现。1799年的一天，法国士兵在地中海沿岸一处名叫罗塞塔的村落旁修整工事，挖出一块高1米、宽0.75米的黑色石碑。上面是14行象形文字，下面是54行古希腊字母文字。大概是受波拿巴科学远征的影响，军官没有把这块看似平常的石头用来修筑工事，而是送到了开罗，但后来却辗转进入了大不列颠。希腊文被轻而易举地翻译出来。其主要内容是：公元前196年埃及诸大神庙的僧侣对古埃及国王托勒密的颂词。碑文的最后特别提到此碑文系用象形文、象形文简化字（公元前1000年左右出现的通俗体象形字）和希腊文三种文字写就。古文字工作者都想抓住这个契机，从已知推出未知，一举破译象形文字，立下千秋伟业。但情况并非如此简单，他们在这14行文字面前一筹莫展。直到1822年，一个天才的年轻人商博良才将象形文字释读成功。这样，一门新的学科——埃及学诞生了。古埃及5000年历史的宝库向人类重新敞开了大门。商博良也当之无愧地成为埃及学之父。
埃及研究院在埃及的研究和探索，对于古埃及文明重现天日，对于西方人了解东方文化，对于东西方文化的交流、整合起了一定的作用。
四千万人注视着波拿巴
法军开进开罗后，波拿巴像个素丹皇帝似的住了下来。他发表了第二次《告埃及人民书》，声言埃及已经被法军“解放”，埃及人民应该和法军亲善，恢复秩序，安居乐业。波拿巴还声称自己皈依了伊斯兰教，是伊斯兰教的“保护人”，并戴着伊斯兰教的头巾到清真寺里参加礼拜。他还鼓励部将和埃及人通婚。
波拿巴如同在意大利一样组建政府统治。他指派舍尔葛威等10名长老为部长，组成傀儡政权国务会议，负责执行他统治埃及的意志。他下令在埃及各省成立行政、警务、征税机构。各省政府由7人组成。各地警务由一名受法国总督调遣的警务官统领60名武装的当地人员负责。各省设监察官，监察租税和国家岁入的征收事宜，总管由法国人担任。
正当波拿巴踌躇满志之时，纳尔逊率领的英国舰队在阿布基尔海战中给了他沉重一击。8月30日下午2时半，强烈的西北风呼啸不停，英国舰队满风鼓帆地突然出现在法军亚历山大的警戒线上。法军发现英国舰队只不过由11艘装有74门大炮的兵舰、1艘装有50门大炮的兵舰和1艘实力更小的三桅舰组成。下午5时，英国海军上将认为以自己这样一支实力不强的舰队进攻法国舰队看来是不可能的。晚上8时，在夜幕笼罩下，停泊在亚历山大港西面的两艘英军主力舰悄无声息地渐渐逼近。而法军却以为，只要敌人在夜间无其他兵舰增援，战斗将推迟到第二天进行，因为纳尔逊仅凭现在的这些兵舰，无力与法舰抗衡。所以，当英军主舰悄然出现在战场，并进入法舰大炮射程之内时，法国海军上将却未发出开火命令，这使双方都大为诧异。纳尔逊命令英舰抛锚，一艘对一艘地进攻法国兵舰，目的是使每艘英舰都能击毁一艘法舰。阿布基尔大海战打响了。辽阔的海面上空交杂着密集的炮火声，浓重的夜色被炮火撕开一个又一个裂口，大约9时，法国舰队旗舰“奥里安”号（即“东方”号）中弹起火。到10时，船上发生了爆炸。法国舰队司令布吕埃斯表现出极大的勇敢精神。他虽几次受伤，却拒绝到绷带站去包扎。他站在司令台上指挥作战，直至牺牲。但停泊在岸边的法国海军上将维耳涅夫不知是畏惧狂风，还是怕死，在战斗打响后18个小时他才割断锚索，率领有80门大炮的兵舰“维耳格耳姆·帖耳”号和“热涅辽”号以及巡洋舰“迪阿纳”号和“尤斯提斯”号出海。而组成右翼的其余兵舰都停泊在海岸边，几乎没有参加战斗。英法舰队水兵都一致认为：维耳涅夫本来是能够保证法军取得胜利的，他在晚上8时就能做到这一点，在“奥里安”号爆炸后的午夜他仍能做到这一点，可是他没有这样做。法国舰队失败的命运就这样被注定了。到2日正午的时候，战争的结局已明朗化。维耳涅夫此时才加入战斗，这已于事无补。阿布基尔一战，英方伤亡了800人，他们俘虏了7艘法国主力舰。法军被俘和阵亡的人数几乎达3000名。回到亚历山大的有3500人，其中有900名伤员是英国人遣返的。这一战役使在埃及的法军完全失去了与英国在海上较量的能力，法军死死地被困在这个被海洋与欧洲分离的非洲大陆上。它也使在埃及的法国人的全部对外贸易都停顿了。纳尔逊将军凭借这一战役永垂青史。
与此同时，土耳其素丹对法军攻取埃及大为震怒。9月1日，土耳其向法国宣战，其武装力量在叙利亚的几个地方集结。埃及人民对法军的到处劫掠大为不满，全国各地掀起反法浪潮。10月21日，开罗人民举行了第一次武装起义，杀死开罗卫戍部队司令杜布，击毙法军上校萨勒考斯基。尽管法军倾泻了成千上万发炮弹，下令屠城，将起义镇压下去，并将4000名起义者杀害，但许多埃及人拒绝与法军合作，农民和牧民组成的游击队到处袭击法军，以致法军不敢随便离开兵营。
在这样的情况下，波拿巴决定增援3万精兵，并力图发动叙利亚人驱赶土耳其人，然后挥兵攻陷大马士革和阿勒颇，占领美索不达米亚，直接威胁印度，再北入小亚细亚攻打君士坦丁堡，打垮土耳其。待亚洲稳定后，再回欧洲，经亚得里亚海，击灭奥地利，从维也纳凯旋巴黎。
1799年1月，在苏伊士的邦将军从西奈半岛进入巴勒斯坦。2月11日，波拿巴留德塞于埃及，亲率1.5万人从开罗出发。指挥先头部队的克莱贝尔曾迷失在把亚洲和非洲分开来的那片沙漠里。24日，法军进入巴勒斯坦，攻陷加沙。为了赢得阿拉伯人的支持，波拿巴和高级将领声称自己是伊斯兰教徒，并说：“我要像真主一样仁慈，不但对人民仁慈，也要对贵人仁慈。”他希望叙利亚人与法军一起对付英国人和马木鲁克。3月4日，法军攻打雅法城，激战七日而陷之，守城的4000名阿尔巴尼亚士兵投降。法军粮食缺乏，无法供养俘虏，又不愿释放他们，增加敌军兵力，故把他们全部枪毙。波拿巴这一举动，失信于人，也激怒了对手。3月19日，波拿巴率军攻打阿克。据守阿克的查萨尔不仅得到英国的物资支援，还得到英国舰队的火力支持，土耳其军队和阿拉伯人民也从陆上夹击法军。此外，法军内疫病流行，数千士兵染病。法军屡攻阿克而不克。有一次在战壕里，波拿巴还虚惊一场。一颗炸弹突然落到他的脚边，他的两名勇敢的卫士多梅尼尔和苏雄立即扑到他身上，把手臂举到他头上，把他的各个部分都掩护起来。幸好炸弹宽宥了大家，没有人出事。多梅尼尔立即被提升为将军。后来他在莫斯科战役中失去了一条腿。1814年，反法同盟占领了巴黎几个星期，他在万森要塞仍然坚守不屈，并对劝降者答复道：“当你们把我的腿还给我的时候，我会把我的要塞交给你们。”
法军战事不利，士兵们怨言纷起。当军队穿过叙利亚的时候，每一个士兵都哼着伏尔泰的《扎依尔》中的诗句：“此后，法兰西人已经厌倦于寻求，司令神并非为他们创造的水土；他们不愿意离弃他们富饶的祖国，凄凉地稽留在这不毛的沙漠阿拉伯。”波拿巴后来也回忆说：“士兵们对要干的事并不热心。开始时，他们老是想卷起他们的军旗跑掉。”在这样的情况下，波拿巴只好撤兵。5月20日，法军从阿克撤围。6月14日，波拿巴回到开罗，其部队只剩下1.2万人。攻打叙利亚，法军共损兵5000人。真是雄狮再威武，进入沙漠也无奈。
当1798年5月波拿巴远征埃及时，老谋深算的英国就立即纠集心怀不满的俄国、土耳其、奥地利、那不勒斯等国又组成第二次反法同盟。它们不仅打算把法国人赶出北意大利，而且要推翻法国的共和制度，恢复波旁王朝。
1799年3月，反法同盟在德意志西南部、瑞士、意大利北部同时发起进攻。其中，俄国元帅苏沃诺夫亲率俄奥联军进攻意大利北部地区。反法联军先后打败了莫罗、麦克唐纳和茹贝尔指挥的法国军队。4月29日，联军占领了米兰。5月26日，又占领都灵。俄奥联军在多瑙河上打败了儒尔当，在北意大利打败了莫罗和马塞纳；南阿尔卑斯共和国被消灭了；哥萨克已经抵达了阿尔卑斯边界；曼图亚要塞遭受围困。法国差不多被赶出了亚平宁半岛，就连法军的军团司令茹贝尔将军也被俄国士兵击毙。波拿巴第一次远征意大利得来的胜利果实几乎丧失殆尽。8月下旬，反法联军经瑞士向法国边境推进。英国军队亦在荷兰登陆，控制了荷兰的北部，吞并了荷兰全部海军。
法国形势岌岌可危，督政府却腐败无能，根本无力领导反抗外敌的战争。法国形势日趋恶化，整个法国充满着混乱和不满。大资产阶级指责督政府毫无魄力，不能建立一个巩固的资产阶级专政；中小资产阶级抱怨督政府无所作为，不能给他们带来任何利益；士兵群众把督政府看做是贪污和腐败的象征，不愿意再为他们去流血和卖命；广大工人和农民更是对这个督政府深恶痛绝，深为自己又开始恶化的处境而忧心。总之，整个法国社会，包括各阶级和各行业的人们，对于督政府都丧失了信心。经过了风风雨雨的法国人这时候明白了，什么人权、宪法、共和国都不能实现法国的稳定，不能保证自己的利益；要实现自己的利益，就必须有一个人、一个强有力的统治者、一个真正的“佩剑人”、一个英雄！莫罗、茹贝尔、波拿巴都被看成是这样的候选人。而远在埃及的波拿巴将军由于受英国舰队的封锁，对此竟一无所知。但历史非常垂青那个勇敢的、富有冒险精神的、极具军事和政治才能的科西嘉人。它选择了最恰当的时机把这个信息透露给了他，让他冒险从神秘的东方回到巴黎去抓住这一历史机遇，成为法兰西的主宰，创造法兰西的光辉历史，增添世界历史的神奇光环。
远在埃及、被英军切断与法国的联系、得不到任何来自欧洲消息的波拿巴焦急万分。正在这时，法军赢得了阿布基尔战役的胜利。波拿巴与封锁海岸的英国舰队司令西德尼·史密斯进行了谈判。表面上，他与英国人讨论交换战俘；实际上，他想刺探法国的信息。信息在此时远胜过金钱。英国舰队司令西德尼·史密斯对法国在欧洲的局势幸灾乐祸，他把近几天的报纸交给了法国代表。波拿巴弄到了他垂涎的报纸——信息。当一名副官把报纸拿到波拿巴的帐篷时，已经入睡的他一骨碌地坐了起来，跳下床来，夺过报纸，整整读了一个通宵。法国的局势令人沮丧，敌军大军压境，督政府风雨飘摇。但波拿巴了解了之后却非常兴奋：机会来了，波拿巴拯救法国的机会来了，波拿巴主宰法国的机会来了。尽管此时英国战舰云集地中海，去土伦的路尚不顺风，但巴黎是他的归属之路。他应该冒险回国。第二天清晨，波拿巴召见海军司令冈多姆，与之密谈了两个小时。然后，波拿巴回了开罗，做回法国的准备。8月22日，波拿巴在亚历山大港总司令部发布了《告东方部队书》，他说：“看到来自欧洲的消息，我已经决定回国。”他任命克莱贝尔将军为东方部队总司令。他还对埃及的军事政治作了部署：对外方面，东方部队不应当为另一个战役去冒险，可以与奥斯曼土耳其政府缔结和约，即使以撤出埃及为主要条件也可以。但前提条件是，双方签订一个为期6个月的停战协定，以便双方办理换文手续。对内方面，始终把基督教徒作为朋友；政治上依靠开罗的显要长老统治埃及；在军事上，牢牢掌握亚历山大港和阿里什两个要塞，这是埃及的两把钥匙；在思想文化上，用法国的习俗、语言、文化去同化埃及人，创造一切条件把马木鲁克送到法国去学习；在经济上，对是否由法国人自行收税的新税制要三思而后行。
当天晚上，在尼罗河三角洲一片阒无一人的海滩上，波拿巴带着贝蒂埃、拉纳、缪拉、安德烈奥西和马尔蒙将军以及蒙日、贝托莱公民和500名精兵登上“米尔隆号”和“卡雷尔号”两艘小型三桅战舰。前一艘战舰是以一个中尉的名字命名的，他在阿科莱战役中，以身体掩护波拿巴而中弹身亡。临行前，他告诉梅努将军：“我的亲爱的，好好坚持下去，所有在这里的其他一切人都要好好坚持下去；如果我有幸在法国登陆，那么空话连篇的统治就结束了。”夜色苍茫，星光点点，英国舰队在巡弋。具有高超驾驶技术的冈多姆启动了马达，载着伟大的波拿巴驶进了地中海，迎着海风，踏着海水，踩着生与死的交界线，面临着消亡与辉煌的抉择，向着法兰西前进。
