康熙帝即位后，四位辅政大臣尽心辅佐。首先肃清宫禁，将由太监监管的十三衙门全部除去，以防止太监干预朝政。元年三月，平西王吴三桂、定西将军爱星阿上疏报捷：“永历帝朱由榔已被正法，云南也已平定。”康熙封吴三桂为亲王，令他依旧镇守云南，令爱星阿班师回朝。
原来，桂王寄居缅甸，万分困窘。李定国屡次想将桂王迎回国内，但都以失败告终。适逢缅酋巴哇喇达姆摩杀兄自立，想借清朝的势力压服缅人，便将桂王献给清军。桂王当时精神恍惚，由着缅人将他带到缅甸都城外。等了好一会儿，才见一位雄赳赳气昂昂的大将带着几名护卫，踱步而来，对着桂王长揖。桂王见他头戴宝石顶，身穿黄马褂，早料到他是平西大将军，却故意问他是谁。那人答称：“大清朝平西王吴……”说到“吴”字便停住了。桂王又问：“你就是大明平西伯吴三桂吗？”吴三桂听到“大明”二字，好像遭到天打雷劈一样，顿时毛骨俱悚，不由得双膝跪下，颤声回答：“是。”桂王说道：“好一个平西伯，果然能干！可惜负义忘本。但事到如今，也不必多说什么，朕正想去拜一拜祖宗十二陵寝，你能替朕办到，朕死也瞑目了。”吴三桂仍颤声回道：“是。”桂王让他起来。吴三桂立即辞归营内，对众将说：“我从军以来，经过几百次大小战阵，从来没有恐惧过，不料今天见到这末代皇帝，竟惶恐难安，真是不明白，不明白！”于是令部将护着桂王及桂王家眷回国，自己和爱星阿随后拔营归滇。
没几天，就到了云南省城。吴三桂将桂王拘禁起来，与爱星阿商议怎么处置桂王。爱星阿想将俘虏献到北京，由朝廷发落。吴三桂说：“如果中途被劫，怎么办？依我看，不如奏请就地处决！”爱星阿不便反对，便依计而行。四月十四日，传来了清圣祖的谕旨：“前明桂王朱由榔，就地赐死。”吴三桂立即升帐，传齐各军将桂王及眷属二十多人拥到篦子坡法场，下令绞决。桂王并不多说，桂王十二岁的儿子却大骂吴三桂道：“吴三桂，你这逆贼！我大明朝有没有负你？我父子和你有什么仇？竟置我于死地。天若有知，一定不会让你善终！”这天，天昏地暗，风霾交作，滇人无不悲悼，改称篦子坡为迫死坡。
李定国因来不及救回桂王，望北大哭，呕血数升，最后三呼永历帝，悠然而逝。李定国死后，西部边陲没有遗患，只东南还有张煌言、郑成功。张煌言隐居南田岛，只有几名随从，明知大势已去，无能为力，只是忠心未泯，还与台湾常通音讯，多次催促郑成功进军。不料郑成功一病身亡，张煌言闻讯后大哭道：“郑成功一死，还有什么希望？”从此深居岛内，谢绝与外界的一切交往，闲暇时看书遣闷，借酒消愁。后来，张煌言被清巡抚赵廷臣骗到杭州。赵廷臣百般劝他投降，张煌言坚决不从。赵廷臣见无法说服，便依了张煌言的心愿，将他送出清波门，令他就义，随后把他的遗骸葬入凤凰山中。凤凰山的张苍水先生墓，就是张煌言的遗冢。
这时候，镇守闽地的耿继茂与水军提督施琅攻克金、厦二岛。郑成功的儿子郑经率郑军退守台湾。清廷将郑芝龙正法，并将其子郑成恩、郑世恩、郑世荫等人一律斩首。郑芝龙临刑时，长叹道：“早知如此，何必投降。”郑经听到郑芝龙受刑的消息，痛祖父之被杀，悲父之无成，抢地呼天，无奈孤苦一人，只得韬光养晦再作打算。
那时，八岁的天子坐享承平，归马放牛，修文偃武，举国求贤。光阴荏苒，已过四年。天子大婚，册内大臣噶布喇女何舍里氏为皇后，龙凤双辉，满廷庆贺。太皇太后与皇太后各上徽号，虽是照例应有的事情，免不了锦上添花，热闹一番。只是范文程、洪承畴等一群勋臣先后逝世，朝纲国计都归四位辅政大臣处理。这四大臣中，索尼是四朝元老，资格最老，人品也颇公正；遏必隆、苏克萨哈勋望较低，凡事都听索尼主裁；只有这鳌拜随征四方，自恃功高，横行无忌，连索尼都不放在眼里。他想把索尼等人一一除掉，趁着皇帝年幼，独揽大权，因此暗中先向苏克萨哈下手。苏克萨哈是正白旗人，鳌拜是镶黄旗人。顺治初年，睿亲王多尔衮曾把镶黄旗应得的地盘给了正白旗，另给镶黄旗右翼地，旗民安居乐业已二十多年。不料鳌拜提议将原地各归原旗，宗人府商议后批准鳌拜的提议，令直隶总督朱昌祚、巡抚王登联、国史馆大学士苏纳海三人处理易地事宜。
俗语说：“多一事不如少一事。”无缘无故要这安居乐业的旗民迁徙，不免要多费财力；况且原地易还，屯庄也须互换，彼此各有损失，各有为难之外，自然互相怨恨起来。苏纳海、朱昌祚、王登联等人据实上奏，请皇上中止易地。康熙帝召见四大臣，将原奏交给他们看。鳌拜怒斥道：“苏纳海拨地迟误，朱昌祚阻挠国事，都是目无君上，照例应一律处斩。”康熙帝问索尼等人说：“你们觉得呢？”遏必隆连忙回答：“辅臣鳌拜说得不错。”索尼也随即接口说：“臣也是这么想的。”只有苏克萨哈俯首无言。鳌拜怒目而视，恨不得将苏克萨哈吞入肚中，转而对康熙帝说：“臣等所见皆同，请皇上发落！”康熙帝仍是迟疑，鳌拜立即走到御座前，拿出纸，提起御用的朱笔，写道：“苏纳海、朱昌祚、王登联不遵上命，立即处斩！”十七个大字，径直而出。索尼等人也跟着出去。鳌拜将矫旨交给刑部，刑部哪里敢怠慢，立即将苏纳海、朱昌祚、王登联三人处斩。
康熙帝见鳌拜这么放肆，便想亲政，暗中令给事中张维赤等人联名奏请。贝勒大臣们同声赞成，只有鳌拜不发一词。康熙帝又拖延了些时间，直到康熙六年秋天，才亲临乾清门听政。隔了几天，索尼病逝，鳌拜越发恣意妄为，苏克萨哈担心自己不能幸免，便呈上奏折，请求康熙帝调他去守护皇陵。
康熙帝看完苏克萨哈的奏请后，写下谕旨，令议政王大臣商讨苏克萨哈请命守护皇陵一事，然后据实复奏。鳌拜一得到消息，马上到议政王处走动。这些议政王中要算康亲王杰书威望最高，然而见了鳌拜，也是十分畏惧。鳌拜便授意杰书，教他如此如此，杰书只能唯唯听命，按鳌拜的意思复奏。康熙帝见了奏章，不觉惊异起来。杰书在复奏中竟然说：“苏克萨哈是辅政大臣，不知竭尽忠诚，反而欺君罔上，心存不轨，本朝从来没有人犯此等罪状，应将苏克哈萨革职，凌迟处死，所有子孙也应被正法。”查清朝律例，凌迟处死是犯了大逆不道之罪才有的处分，苏克哈萨请命守护陵墓，不过言辞激烈一点，怎么可以将他凌迟，并且灭族呢？
于是康熙帝召康亲王杰书以及遏必隆、鳌拜二人入内，说他复奏谬误。鳌拜立即上前辩驳，康熙帝说：“朕不知你与苏克哈萨有什么仇恨，定要将他斩草除根，朕却是不准。”鳌拜说：“臣与苏克哈萨并无仇恨，只是秉公处理。”康熙帝说：“恐怕未必。”鳌拜又说：“若不这样做，只怕将来大臣都会欺君罔上了。”康熙回答道：“欺君罔上的人，眼前未必没有？朕看苏克哈萨倒还挺规矩的。”鳌拜仍是力请，康熙帝坚决不允。鳌拜不禁大怒，冲到皇帝面前，欲以老拳相逼。康熙帝终究是少年，吓得惶恐失色，便支吾道：“就算要办他，也不应凌迟处死。”鳌拜抗旨嚷道：“即使不被凌迟，也应处斩。”康熙帝战栗不答，杰书和遏必隆最终议定施以绞刑，鳌拜才扬长而去。可怜苏克萨哈，竟被奸臣迫害，惨死法场。
康熙帝经此一激，到慈宁宫向太后哭诉鳌拜大不敬的情形。太后终究是个女流，无计可施，只能好言抚慰。究竟是圣明天子，别有心思，康熙帝从各王府中选了一百名亲王子弟。这些人年纪基本上与康熙帝相近，一块儿练习武艺，研究拳术。将门之子，骨种不同，不到一年，个个拳术精通，武艺高强。康熙帝不动声色，先封鳌拜为一等公。过了几天，单独召鳌拜入宫议事。鳌拜欣然前往，到了内廷，见康熙帝端坐上面，两旁站着一帮少年贵戚。鳌拜昂着头走到康熙帝面前说：“皇上召臣何事？”康熙帝竖起龙目，怒斥鳌拜道：“你可知罪？”鳌拜毫不畏惧，粗声说：“臣有何罪？”康熙帝说：“你结党营私，陷害忠臣，罪不胜举，还说无罪！”鳌拜听了这话，顿时火冒三丈，握紧双拳，又要向皇上发威。康熙帝索性激他一激，便道：“左右给我拿下！”鳌拜厉声道：“哪个敢来拿我！”话还没说完，一个少年应声而出，走近鳌拜。鳌拜马上劈面一掌，那少年不慌不忙，接住鳌拜的拳头，呵斥一声：“去！”鳌拜重心不稳，倒退几步。众少年趁这机会，拥住鳌拜，你一拳我一脚打去。鳌拜没想到这童子军竟这么强悍，刚想招架，却被众少年掀翻，打得头破血流，奄奄一息。康熙帝随即召杰书、遏必隆入内，把他们痛骂一顿。二人连忙下跪，磕头如捣蒜。康熙帝便令两人将鳌拜拖出去，并令他们据实审讯，不得徇私。这二人早已吓得魂不附体，自然奉命行事，奏复了鳌拜的三十条罪状。
