禇遂良被贬爱州后忧郁成疾，不久就去世了。武氏听说后，还不解恨，封许敬宗为中书令，命他加紧陷害长孙无忌等人。许敬宗苦苦寻找机会也没找到。后来洛阳人李奉节上告，说太子洗马韦季方和监察御史李巢等人结党营私，想要造反。武氏让许敬宗审问。许敬宗就诬奏韦季方勾结长孙无忌，阴谋反叛。高宗愕然不信：“不可能有这种事。长孙无忌是朕的亲舅舅，怎么可能谋反呢？”许敬宗道：“臣反复观察，长孙无忌反叛的迹象已经很明显，陛下如果再不处理，恐怕国家就危险了。”高宗缓缓地说：“等审讯属实再决定吧。”
许敬宗并没有复审。第二天早朝，他竟然信口开河地奏道：“昨天夜里，臣已经再次审讯韦季方，韦季方供认确实与长孙无忌秘密谋反。臣责问他：‘长孙无忌是皇室至亲，前朝重臣，为什么要谋反？’韦季方回答：‘长孙无忌曾经劝先帝立梁王为太子，韩瑗、禇遂良等人一起参与了此事，如今韩、褚等人都已经被法办，长孙无忌担心被牵连，所以与我谋反。’看来的确是事出有因，臣并没有误判。请陛下赶快把长孙无忌捉拿归案，立即正法，不要再迟疑了。”高宗哭着说：“皇舅即便真要谋反，朕也不忍心诛杀呀。”许敬宗又道：“汉朝的薄昭是汉文帝的舅舅，也立过大功，后来只不过犯了杀人罪，汉文帝就哭着命令他自裁，后人仍然称颂汉文帝为贤君。如今长孙无忌有负圣恩，竟敢谋反，陛下还有什么不忍心的？古人说‘当断不断，反受其乱。’臣担心陛下再拖延下去，将来发生变故就后悔莫及了。”高宗不觉点头，也没再问长孙无忌，竟然下诏贬长孙无忌为扬州都督，去安抚黔州。又下诏将韦季方处斩。许敬宗又奏道：“长孙无忌谋反一事，禇遂良、韩瑗、柳奭等人都有参与，于志宁也是同党，求陛下一并治罪。”于是追撤禇遂良、柳奭的官爵，免去于志宁的官职。为什么于志宁也被牵扯进来了呢？原来之前易后的时候，于志宁虽未谏阻，但也没赞成，因此遭来武氏记恨，授意许敬宗一同陷害。
许敬宗又赶尽杀绝，将韩瑗、柳奭斩首，逼长孙无忌自尽。长孙无忌全家都被处死，只有长孙无忌的大儿子长孙冲，因为娶了太宗的女儿长乐公主，总算赦免了死罪，发配岭南。三家的财产一并没收，远近亲戚一律发配岭南，降为奴婢。于志宁被贬为荣州刺史。所有武氏看着不顺眼的人物，几乎一网打尽。此外的前朝老臣，只有李绩一人因为依附武氏，官职依旧。其他如尉迟恭、程知节等人，多亏先后病故，才没有卷入旋涡。
后来，武氏梦见王皇后和萧淑妃向自己索命，心里害怕，就秘密让道士郭行真进宫，为她破解噩梦。宦官王伏胜报知高宗，高宗召来侍郎上官仪，暗地商量废掉武后。高宗当即让上官仪草拟了一份诏书。上官仪刚走，武氏就匆匆赶到，看见草诏大发雷霆。高宗听着她的狮吼，差点儿吓破了胆，忙把废后的意见推到上官仪身上。上官仪与王伏胜都曾服侍过原来的太子李忠，武氏便吩咐许敬宗上了一份奏章，诬陷上官仪与王伏胜串通李忠，阴谋造反。高宗此时已经全没了主意，就怕得罪武氏，也不管什么父子恩情了，一道旨意传下，竟然将李忠赐死。上官仪与王伏胜也一并下狱斩首，上官仪的儿子上官庭芝随父亲被处死，此外又株连了好几十人。从此军国大权全归武氏掌握，高宗上朝，武氏在后面垂帘听政，生杀予夺，为所欲为，一班蝇营狗苟的大臣，称皇帝和武氏为“二圣”，真是阴阳反背，颠倒乾坤。
苏定方自从讨平西突厥后，又于显庆四年扫平了叛乱的部落思结。第二年三月，朝鲜半岛的新罗王金春秋上表求援。金春秋本来是女王善德的弟弟，善德于永徽五年病逝，唐朝册封金春秋为新罗王。高丽、百济与新罗不和，曾经合兵攻打新罗，夺去三十三城。新罗王金春秋上表求救，高宗派营州都督程名振和右领军中郎将薛仁贵去讨伐高丽，多有斩获。高丽兵败退后，唐军也撤兵了。百济在这场战役中没受到重创，见唐兵回师，便又进兵侵扰新罗。新罗再次派使臣求援，高宗只好派苏定方为神邱道行军大总管，与左骁卫将军刘伯英等人率领十万大兵，水陆并进出征。又封金春秋为嵎夷道行军总管，让他挑选新罗精兵，会同苏定方大军讨伐百济。
苏定方从成山渡海，到熊津江口，正赶上百济兵马前来防堵苏定方，于是苏定方趁势挥兵杀去，杀死百济兵数千人，剩下一半拼命逃跑。唐军从后追杀，一直追到百济国都。百济王义慈全力出战，唐军乘胜捣入外城，杀得天昏地暗。百济兵马纷纷逃散，义慈也只好逃回，幸亏太子隆及次子泰从内城领兵出来营救，才保着义慈进入内城，关门拒守。苏定方督军围攻，义慈吓坏了，带着太子隆连夜逃走。苏定方乘胜猛攻，次子泰没办法，只好开城投降。义慈听说国都失守，无路可奔，只好投降。百济由五部分组成，全国共有三十七郡、二百座城，到此全都归顺了大唐。苏定方安抚完百济百姓，押着义慈父子班师回朝。
高宗下诏赦免了义慈，加封苏定方为辽东道行军大总管，封刘伯英为平壤道行军大总管，封程名振为镂方道总管，派他们分兵讨伐高丽；又派左骁卫大将军契苾何力为江道行军大总管，接应苏定方。青州刺史刘仁轨督运东征军粮饷，因为在海上航行时遇着飓风，许多粮船沉没，刘仁轨被降罪撤职。
百济王义慈原本与日本通好，结为外援。苏定方征伐时，义慈曾派太子扶余丰去日本求救。百济亡国的时候，日本派百济旧将僧道琛及福信聚集残兵败将，占据了周留城，立太子扶余丰为王，并且派兵围住旧都，妄图恢复旧业。大唐守将刘仁愿势单力孤，勉强防守，又因为熊津都督王文度刚一到任就死了，没人援助，只好火速上表告急。朝廷急忙起用刘仁轨，封他为检校带方州刺史，率领王文度的旧部，指挥新罗兵马去救刘仁愿。刘仁轨是一员猛将，他对手下说：“我此去定能荡平百济，收复失地。众位一定要齐心协力，建功立业的时机到了。”接着制定军中纪律，格外严明，沿途一往直前，战无不胜。福信分兵堵住熊津江口，竖立两道栅栏，防守非常坚固，刘仁轨与新罗兵一同出击，把两道栅栏一举毁掉，敌兵有的被杀，有的溺水，死伤不计其数。僧道琛听说福信打了败仗，便退守任存城中，不敢出战。
没过多久，新罗兵的粮草吃光，只好撤兵。刘仁轨与刘仁愿合军，休整人马，暂且按兵不动。敌军此时却发生了内乱。僧道琛自称领军将军，福信自称霜岑将军，两人势力不相上下，竟然互相攻击起来。僧道琛被福信所杀，福信掌握了兵权。熊津是百济都城的屏障，刘仁愿、刘仁轨于是移师驻守熊津。唐朝廷任命刘仁愿为熊津都督，然后又召回刘伯英、程名振，改任任雅相为江道行军总管，转调契苾何力为辽东道行军总管，苏定方为平壤道行军总管，让他们征集三十五路大军，连同番部投降的兵马，加紧进攻高丽。
高宗改年号为“龙朔”，打算亲自出征，被武氏进谏阻止，只好下诏催促各路人马进军。苏定方攻到江后，连战连胜，很快包围了平壤城。高丽守将泉盖苏文，派儿子男生领兵几万把守鸭绿江，堵住任雅相的队伍，任雅相不敢进兵。可巧契苾何力到来，主张前进，当时天气寒冷，江面结冰，契苾何力进兵得手。高丽兵措手不及，随即败走，被契苾何力一路追杀，杀敌三万多人。男生拼命逃窜，才算保全性命。契苾何力还想再接再厉，不料任雅相在军中病逝，只好暂时停止进攻，等候朝廷旨意。高宗认为任雅相刚死，行军不利，下诏令契苾何力班师。苏定方久围平壤，多次进攻不下，再加上冰天雪地，士兵疲乏，也只好解围撤兵。
高宗传刘仁愿、刘仁轨回师。刘仁轨激动地对刘仁愿说：“现在平壤已经退兵，熊津又要放弃，眼见百济余众，越来越嚣张，高丽也不知道什么时候能灭掉，数年血战，岂不前功尽弃？我军正应坚守观变，趁机而动，不怕不胜。古人有言‘将在外，君命有所不受’，还请总管详察！”刘仁愿道：“刺史说得对极了。”众将纷纷赞成。于是刘仁愿下令严守，等待机会。
这时，百济王扶余丰派人来到军中，刘仁愿将他召入，问明来意。来使道：“贵军什么时候退兵啊？我主正打算派兵护送呢。”刘仁轨马上答道：“我军归期在即，难得你们主上好意，你可以替我们谢谢他，就不劳他护送了！”来使回去后，刘仁轨道：“番贼得意得太早了！眼下他们使者刚刚返回，我军正好可以趁机进兵，攻其不备。”
刘仁愿大喜，当即带兵袭击支罗城，一举攻下，紧接着势如破竹，杀敌无数。福信听到警报，慌忙派兵固守岘城。刘仁轨假装放慢进攻，夜里命令士兵抱来柴草填平敌人的战壕，霎时间柴草就与城墙齐平了，将士们一齐登城。守城的兵马来不及抵抗，只好弃城逃走。刘仁轨轻松攻占岘城，和新罗接通了粮道，从此再无后顾之忧。刘仁愿请求增兵，朝廷下旨调集海军七千人，火速开赴熊津，又派右威卫将军孙仁师为熊津道行军总管，领军继续进攻。百济王扶余丰正在和福信争权夺势，突然听说唐军大兵赶到，急忙派使者向日本求救。日本齐明天皇亲自赶到筑紫，调兵救援百济，谁知途中得了大病，一到筑紫就病死了。皇太子天智先发丧再听政，派部将阿昙比逻夫、阿部比逻夫等人出动战舰一百多艘救援百济王，又派三万兵马作为后应。
孙仁师、刘仁愿会同新罗王从陆路进兵，刘仁轨与杜爽、扶余隆率领水军及粮船从熊津进入白江，打算与陆军会师。刚刚到达白江口，正碰上百济王扶余丰与日本兵驾船前来。刘仁轨用火攻计，乘风放火，猛烧敌船，顿时火光冲天，海水都映红了。日本将军阿昙比逻夫等人还想冒火来战，怎么禁得起火借风势，全部烧得焦头烂额，一步也不敢上前。岸上战鼓声声，唐将孙仁师、刘仁愿等人带兵杀到，敌人还有什么心思恋战，慌忙掉转船头逃命去了。百济王扶余丰脱身逃奔了高丽。唐军于是进兵攻打周留城，扶余丰的儿子忠胜、忠志等人，率众投降，百济再次亡国。
捷报传到唐朝廷，高宗召孙仁师、刘仁愿还朝，留刘仁轨镇守百济。刘仁轨清点户口，整理村落，分封官员，修通道路，架桥梁，补堤坝，修水库，兴农事，赈济贫困，赡养孤老，百济百姓个个安居乐业，高兴极了。
刘仁愿回到京师，高宗亲自慰劳。刘仁愿道：“这都是刘仁轨的功劳，并不是臣能办到的。”高宗于是升刘仁轨六级官职，封为带方州刺史，并且替他在京城中修建宅第，安顿妻儿老小，还给了大量的赏赐。
