黄兴在南京听说江西、徐州、上海三路人马屡战屡败，北军四路云集，料知大势已去，暗想此时不走，更待何时，当即传令下去，说要亲自前往战地督战，却没有说明要去何处。
七月二十八日半夜，黄兴与代理都督事章梓改穿洋装，邀日本人做伴，乘轮船抵达上海。谁知上海领事团已转命总巡捕房缉拿乱党，第一个要抓的就是黄兴。工部局决定驱逐孙中山、岑春煊、李平书、王一亭等人，不准他们逗留在租界。害得黄兴无处栖身，只好转去吴淞口。
松军司令钮永建、福字营司令刘福彪带领败军，先后逃至吴淞口。他们一来，吓得炮台官姜文舟连夜逃跑，炮台由要塞总司令居正接管。居正与陈其美等都是一路人，自然收集败军，守住炮台。黄兴到了吴淞口，与钮永建、居正会晤，彼此无限感慨。钮永建说道：“孙中山、岑春煊都已去了香港，陈其美也不会留在上海，即日就要迁避至此。”黄兴道：“全局失败，单靠这个吴淞炮台，能站得住脚吗？”钮永建道：“在一天尽一天的心，到了危急时刻，再作计较。”黄兴连连叹息。在钮营暂住的这一晚，黄兴辗转反侧不能入睡，暗想这孤立的炮台肯定立不稳脚，不如亡命海外，更何况随身还带有外国钞票，也价值数万元。于是，天刚蒙蒙亮，黄兴便起身出营，没有与钮永建告辞，就带着皮包，登上东洋商船，逃命去了。
黄兴走后，第一师长洪承点也走了。南京无主，众官员集议取消独立，并选派代表去上海迎回程德全都督。谁知程都督不肯回南京，只是派杜淮川继任第一师师长的职位。但当时南京人已公举旅长周应时接管第一师，当即电告程都督。程不但没答应，还将周应时的旅长之职一并撤销。于是军民不服，都怀疑程变志了。
杜淮川到任时，正好张勋、冯国璋二军从徐州赶来。杜便前往固镇欢迎。上海《民权报》主笔何海鸣趁机带领党徒百余人，闯入南京占据了都督府，宣读程德全、应德闳的罪状，并宣布恢复独立，还自封为讨袁总司令。正组织司令部时，第八师师长陈之骥来到署里，何海鸣赶紧迎接。陈之骥笑着问道：“何先生，带了多少饷银来？”何答道：“造币厂中，取用不尽。”“有兵多少？”何又回答说：“都督的兵，就是我的兵。”陈之骥便回顾左右道：“这些乱党，真是胆大妄为，快给我捆起来！”何海鸣与其党徒立即被抓住。陈之骥又指着何海鸣说道：“现在先不杀你，等程都督发话，再行定夺。”于是将何海鸣等人关押在狱中，并取消独立，全城又恢复平静。
南京地方维持会听说张勋张辫帅要来，担心他的军队入城后会蹂躏百姓，于是与商会妥议，公举代表，渡江请冯国璋冯军使来保护南京人民的生命财产，并请他转告张军，千万不要入城。冯军使如代表所请，一一同意。代表当天回到南京转告陈之骥，陈立即亲自前去拜访冯，接洽一切。不料，第一师听说陈之骥出城，竟去抢劫第八师司令部，与第八师打了起来。第八师仓促遇变，不敌第一师，被赶了出来。第一师放出何海鸣，并前往督署，再次宣告独立。城内商民又吓得魂飞魄散，一个个躲在屋里，连门都不敢出。何随即设立卫戍司令，并委任参谋各职和旅团军官。满城绅商急得没有办法，只好邀请军人商议。没想到军人纷纷索饷，声称有钱到手，便能罢休。当时南京城早已被罗掘一空，哪有巨款，没奈何，只好任他所为。何海鸣却积极笼络哄诱第一、第八两师，为他所用。除了第八师的三十团不肯附和外，其余两师人马都愿听他的号令。此时，正好冯、张二使率军抵达南京，又将有战事发生了。
吴淞为江海要口，被居正占领后，郑汝成、李鼎新特向袁总统请调水陆军队，一起攻打该处。海军总长刘冠雄奉令督领水师南下，因吴淞口被阻，绕道浦东川沙东滩登陆，迂道至上海，暂驻制造局，与郑汝成、李鼎新会晤，修舰整队，决意进攻吴淞炮台。八月一日这一天，各军舰驶抵吴淞，距炮台九英里处开炮轰击，炮台也开炮相答。居正亲自督战，互轰了一个多小时，未分胜负，双方停炮。第二天，双方小战一场。第三天，海军散舰齐击炮台，有数弹击中台内土墙，台上稍受损伤。原来，刘冠雄总长因吴淞一带留有居民，担心用猛炮会伤及无辜。他探悉炮台守兵缺乏粮饷，军无斗志，便决意静待敌变，然后一举拿下。所以数次攻击，无非鸣炮示威，并没有打算猛扑。与此同时，刘冠雄转致程德全都督，让他速劝吴淞炮台居正等人投降。居正、钮永建不肯听从，刘福彪却想将炮台交出去。居正察悉后，对着刘军就是一阵炮轰，刘福彪仓皇溃逃，转投程都督。刘冠雄得悉情形，便调齐海陆大军，合力围攻。远近居民，逃避一空。红十字会长沈敦和特携西医柯某，乘红十字会小轮奔赴战地，想劝钮永建等人罢兵停战。当时，钮永建在宝山城已设立司令部，居正因钮通晓兵事，让钮做吴淞总司令。柯医以收护伤兵为名，冒险进入宝山城，进见钮永建。钮问有多少伤兵，柯叹道：“尸骸遍地，满目疮痍，商业凋敝，人民流离，几乎暗无天日。公也是吴淞人，为什么不为家乡考虑呢？”钮叹息道：“事已至此，骑虎难下，就是有心桑梓，也是爱莫能助，如何是好？”柯于是进言道：“不如全师而退，明哲保身，淞、沪生灵亦免涂炭，一举两得。”钮听后，沉默了半天才答道：“君言甚是。北军如能不杀我部下，我怎会忍心使江东父老为我遭此劫难？”柯答道：“公何不开一条件交给我，由我拜谒刘总长。即使赴汤蹈火，在所不辞。”钮于是亲书条约，交给柯，说道：“我与刘总长颇有交情，劳君为我致书刘公，不要把书信送到别人手上。”柯连声答应，出城后，乘一小轮驶往海军军舰。那时正值炮弹纷飞，柯手执红十字旗，摇动起来，指示停战。双方这才渐渐停炮，柯登上军舰，与刘总长协商。刘总长看了钮订的条约后，认为可行。于是命舰队驶回，与李鼎新、郑边成两司令商议了两小时，彼此允洽。于是，柯返报沈敦和，一面致信钮永建，请钮践言。钮答复称已按条约实行。
八月十三日，柯率救护队进入宝山城，四面察看已没有一个士兵。司令部中只留了四个职员，与柯交接。钮已率卫队三百人，退至三十英里外，并命炮台竖海军旗。
吴淞收复后，郑汝成接到袁总统的电令，严拿陈其美、钮永建、居正等人。那时，陈、居或匿或逃，无从缉获，只有钮永建卖让炮台，由宝山退据嘉定，还准备募兵防守。为了长久之计，海军司令李鼎新和旅长李厚基决定两路出击，剿灭钮军。钮永建自知事不可为，竟搭乘美国公司轮船，飘然出洋。陈其美、居正等也陆续逃到外洋避难。接着李烈钧从南昌出走，柏文蔚从安庆出走，亡命海外。就连欧阳武、陈炯明等人也因政府悬赏缉拿，狼狈逃去。
