段芝贵、李纯等人夺回湖口后，乘胜直捣南昌。李烈钧刚好收集败军，退守吴城。吴城距南昌省城只有一百八十里，李烈钧到此地后，便派党人赴省城勒逼民财，输作军饷。省中商民怨声载道，都骂欧阳武勾结乱党，扰乱南昌。此时，北京已传达命令，撤销欧阳武护军使的职务，并令段芝贵、李纯严行拿办。欧阳武正准备出走，又接到李烈钧的败信，便立即收拾细软，一溜烟地逃了。李烈钧一直败退至南昌，令城内居民立即迁移，打算坚壁清野，进行扼守。南昌商民惊慌失措，都说李军入城抗拒官军，全城势必糜烂、玉石俱焚，因而召集商会头目，决定出三十万大洋给李军，请他不要进城。李烈钧同意，收了银圆便移师万家浦，驻扎候战。李纯率同水陆各军踊跃前来，李烈钧下令迎击。无奈李列钧全军屡战屡败，士气低迷，一经战斗，就像秋风陨箨、旭日凌霜。李烈钧支持不住，索性向南窜逃，其部众有的逃走，有的投降。李纯收军进城，揭榜安民，当下将肃清江西的捷报传达北京和各省。
柏文蔚率同胡万泰入据安庆，在城外遍布兵队，严防倪军。得知倪嗣冲已攻克寿州，直逼省城，胡万泰忽起变心，竟脱离柏文蔚自张一帜。并揭示柏文蔚的罪行，函致议会、商会，想逐柏出城。于是，议会、商会公举代表数人，劝柏退让，柏已形神俱丧，只好答应出城，前往芜湖。胡万泰立即取消独立，并亲赴九江拜访段芝贵。段委托他收复大通、芜湖等处。另派旅长鲍贵卿驻守安庆，随后又电告倪嗣冲。当时政府已下令，特任倪嗣冲为安徽都督兼民政长，催他尽快上任。倪嗣冲电致胡万泰，说马上就到，已先派统领马联甲率部前往，一切军事计划可与马商酌办理。胡立即回省等马，并派旅长顾琢塘带三个营的兵力去围剿大通、芜湖等处。而后胡又命鲍贵卿率三营前去接应。顾先到大通击逐乱兵，再转攻芜湖。此时，柏文蔚又从芜湖转赴南京，只留龚振鹏一军奋力抗敌。顾琢塘、鲍贵卿、马联甲先后带兵赶到芜湖，围攻龚军。龚振鹏自知不敌，率众逃走。芜湖取消独立，安徽恢复平静。福建都督孙道仁听说江西、安徽相继失败，马上转风，立即取消独立。并将所有罪名都归到师长许崇智的头上，将他驱逐，并解散了讨袁同盟会。
福建、广东是毗连省份，福建取消独立，广东自然受影响。第二师师长苏慎初撵逐陈炯明，宣布取消独立。全城燃炮鸣贺，商会推举苏为临时都督，但军警不服，只好另举第一师长张我权为都督。北京袁政府特任龙济光为广东省都督兼民政长。龙督军东下，径赴省城。途中突然接到袁总统命令：“苏、张两师长各争权利，擅自督粤，现革军官军职，交龙济光认真查办，以儆效尤。”命令传至省城，苏、张二人早已闻风而逃。龙入城受任，军民开城欢迎。广东恢复平静。
湖南军界推举蒋翊武为总司令，倡言北伐，调动澧州、常德一带军队，进攻荆州下属石首、公安二县。黎元洪派荆州镇守使丁槐出兵抵御。湘军连战连败，逃了回去。丁槐因为职守所在，不便追剿，所以湖南独立如故。接着武昌城内的湖南旅馆又隐设机关，暗图起事，被侦探报告黎兼督，捕戮了几十个人，多为湖南派来的秘党。黎兼督认为湖南、湖北相连，湖南多事，终会影响湖北，于是写信给湖南都督谭延闿，劝他撤销独立。谭的回复极为圆滑，说：“独立并非本意，为军界所胁，暂借此名，保护治安。鄂、湘唇齿相依，决不会自相残杀，现已竭力防乱，请黎兼督放心。”直到江西起事失败，北军将移师南向，蒋翊武自知惹祸，便与死党唐蟒慌忙潜逃了。长江巡阅使谭人凤，听到风声也脚底抹油逃跑了。湖南又平静下来。
长江上下游，除熊克武占据重庆外，只有江南一个地方尚由何海鸣占住，不肯罢手。何委任唐辰为省长，刘杰为警察厅长。唐、刘二人常对身边的人说：“做一刻，算一刻，也不管什么成败了。”何海鸣也这么想，反正北军还没有合围，他也乐得统领孤军做几天总司令，逞些威风，也不枉经历一生。更何况金陵虎踞龙盘，素称险固，不管北军如何威武，一时也夺不去，所以昂然自若，并不畏缩。冯国璋、张勋二将先派师长张文生、徐宝珍进攻，结果鏖战数日，不但没得手，反而被狮子山上的大炮击毙了好几百人。徐师长的得力干将阵亡了好几个，就连徐师长也受了轻伤。张勋得报后极为愤怒，亲率全队渡江，并调集上海各兵舰，赴南京会攻。当下，水陆夹击，将南京的屏障紫金山占领，城中这时才恐慌起来。何海鸣只能笔战，不能兵战，于是另推举张尧卿为都督，统兵扼守。
张勋完全占据天保城后，又乘胜攻打雨花台，并亲自开列条款，劝何海鸣速降。当时，柏文蔚正好到达南京，城中也算得了一员干将。南京军悄悄出城，抄到张军背后，掩袭天保城，又将天保城夺了回来。此事惹恼了张辫帅，他再次催冯军渡江助战。这时，徐宝珍病已痊愈，也重临战地，不断用巨炮、烈弹猛击天保城，杀退南军，再次夺回了天保城。此时冯军也到了聚宝门外，准备攻打雨花台。张、徐两军也进逼太平、朝阳两门。南军更迭出战，都被击退。城外尸骸累累，由于来不及掩埋，又经烈日熏蒸，臭烂扑鼻。张尧卿触目惊心，决定卸职，将都督印信让给了柏文蔚。柏以兵单饷绌不肯担任，经何海鸣从旁婉劝才勉强应允。但城中守兵伤一个少一个，城外的北军却一天比一天多，而且是昼夜围攻。紫金山和天保城的炮弹纷纷向城内射击，像急风暴雨一般，猛不可当。城内兵民一经触着，无不伤亡。何海鸣还算精神抖擞，整日巡查，不敢怠慢。但是军饷没有着落，只能每天向商会索要。可此时北兵压境，商旅不通，还有什么现钱供他索要？柏文蔚看到这种情形，知道已是朝不保夕，而且城外强敌如林，不禁忧惧交并，便下城对何海鸣说道：“北军势必合围，炮火又猛，城中乏饷，兵不应命，这是必败的情景，看来此城是守不住了。”何海鸣勃然道：“海鸣愿誓守此城，城存与存，城亡与亡。”话还没说完，旁边站着的张尧卿插口道：“万一此城陷落，张勋入城后还可与他巷战，并有炸弹队可以制敌，我想不至于一败涂地。”柏文蔚默然不答，但摇首示意。第二天，柏文蔚便带领随从军队，潜出南门逃走了，只留下一封信给何海鸣：“金陵困守终非久计，弟已出南门去了，君好自为之！”何海鸣见了此函，知他去意已坚，不再挽回，改推韩恢为都督，发誓死守。
冯国璋军、雷震春军一齐到来，四面包围。枪声满地，炮火遮天，满城绅商都吓得魂不附体，只得选派代表劝何海鸣让城。何便与第八师兵士向绅商索要十万银洋，其中八万补助军饷，两万作为路费。可怜绅商已计穷力竭，一时筹不出十万银洋，只好以全城公民的名义致书何海鸣：“如果筹款是为解散军队，我们自会筹集钱财，陆续上交。但是你们既然需要补助军饷，也应择地出城备战，不能闭城不出，使城内数十万生命同归于尽。人道何在？天理何存？”何主笔答复道：“打一天要饷一天，打一年要饷一年。要活同活，要死同死，宁为共和死，不为专制活。”这话一传出，大家又气又笑，顿时全城罢市，店门外面多写着“本店收歇，人死财绝”八字。士兵们还以为商户想反抗，索性直接进去抢掳一空。绅商急得没办法，只好同意筹赠十万元，让何海鸣退出南京。何海鸣担保，只要有了银钱，无论退让与否，决不骚扰居民。第二天，商会便将筹集的钱交给了他。
