日本政府因中国不肯承认全案，竟使出最后的手段，胁迫袁政府。自从陆总长提交最后答复后，日本下动员令，宣布关东戒严。驻扎山东、奉天的日兵预备开战，渤海口外的日舰也准备就绪，各埠日商纷纷回国，似乎中日两国马上就要决裂了。各国公使也都跑到外交部探听消息，劝政府和平解决，千万不要开战。袁总统虽然为难，但表面上仍持一种镇静的态度。五月六日，日使派人到外交部发出警告，称若不能完全承认日本修正案，就将下最后通牒。袁政府没有马上回复。当天晚上，曹汝霖次长以个人名义访会日使，商议交涉，又承认了好几款。日置益仍然不同意。到了第二天下午，日置益带同馆员到外交部迎宾馆，晤见陆征祥、曹汝霖二人，亲递最后通牒。牒文写着：
此次帝国政府与中国政府之所以开始交涉，一则欲商讨日德战争之善后办法，一则欲解决有害中日两国亲交原因的各种问题，巩固中日两国友好关系的基础，以确保东亚永远和平。于是在本年一月向中国政府交出提案，开诚布公，与中国政府会议至今天，已有二十五回之多。其间帝国政府始终以妥协之精神，解释日本提案之要旨，对于中国政府的主张也不论巨细，倾听无遗，力图解决此提案于圆满和平之间。其交涉全部之讨论于第二十四次会议，即上月十七日，已大致告竣。帝国政府统观交涉之全部，参酌中国政府议论之点，对于最初提出的原案进行了很大的让步和修正，于同月二十六日提出修正案交于中国政府，求其同意。同时声明中国政府如同意该案，帝国政府立即将以很大牺牲得来的胶州湾一带，于适当机会附以公正至当的条件，交还中国政府。五月一日，中国政府对于帝国政府修正案的答复，着实与帝国政府的预期全然相反。中国政府对于该案，不但没有任何诚意进行研究，而且将帝国政府交还胶州湾的苦衷与好意，不屑一顾。胶州湾为东亚商业、军事上的要地，日本帝国为了取得该地，所费的心血与财力非常巨大。既然胶州湾为日本帝国取得之后，毫无交还中国的义务。但为了将来两国国交亲善起见，竟打算交还给中国。而中国政府不加考察，且不谅帝国政府之苦心，实属遗憾。兹再重新劝告，对此劝告，期望中国政府至五月九日午后六时为止，给以满意的答复。如果到期没有收到满意答复，帝国政府将执行认为必要的手段。合并声明。
二人看完后，不由得一怔。还是曹汝霖口齿较利，对日置益说道：“五号中有五项可以日后协商，究竟是哪五项？”日置益道：“就是聘用顾问、学校与病院租用地、中国南方诸铁路、兵器及兵器厂以及日本人布教权。这五项允许日后协商。”陆征祥道：“敝国与贵国素来和平共处，难道就没有协商的余地吗？”日置益道：“通牒中已经说明，敝政府不能再让。即使本驻使有意修正，也是爱莫能助。”话一说完，立即出门要走。曹汝霖边送边说道：“贵驻使是全国代表，凡事还求通融一点儿。”日置益稍稍点头。到了第二天，又到外交部，递交了一份有关二十一条件中七项条件的解释。
袁总统立即召集要人，连夜开会，但仍不能决定。第二天上午，继续开会，还是不能决定。到下午两点，又召集国务卿、左右丞、各部总长及参政院院长黎元洪，参政熊希龄、赵尔巽、梁士诒、杨度、李盛铎等人开特别会议。由陆总长先行报告，然后袁总统出席开议。大家计无所出，唯独陆海军总长与参政中的激进人物，仍主张拒绝，宁可决裂。袁总统沉着脸，淡淡地答道：“山东、奉天一带已遍驻日兵，如果交涉决裂，他长驱直入，我将如何对待？实力未充，空谈有何用？与其战败求和，不如目前忍痛，甲午往事，还不值得我们借鉴吗？”徐世昌又接着说道：“越能忍耻，才得沼吴。现在只可和平了事，借此交涉，返求自强。”大家听了此话，不敢主战，随即多数赞成，决定承认。袁总统当即命令准备答复，又经再三讨论，才拟定复文，派外交部员送交日使查阅。日置益仍然要求在第五项下，添入“日后协商”四字，并称此四字绝对不能省。中方外交人员只好将复文带回，再次改正。
五月九日，陆征祥总长和曹汝霖次长亲自赴日本使馆，当面送交。第二天，日置益赴外交部答谢。十五日，日置益又到外交部迎宾馆开条约会议，无非是照日本修正案，加入七条件解释及各项来往照会，共同订定，作为中日合约。到了二十日，双方文书都已办齐，商定二十五日在外交部迎宾馆签订合约。合约中署名，一方是大日本国大皇帝特命全权公使从四位勋二等日置益，一方是大中华民国中卿一等嘉禾勋章外交总长陆征祥。共计正文三份，换文十三件。袁总统担心丧失权利，导致众愤，除密电各省将军、巡按使维持秩序，静图自强外，又下令约束军民。
此外，又有一大堆引咎辞职的通电。陆通电说：“征祥身任外交总长，没能为国民造福，一片爱国愚忠，未能表白于天下，特恳请大总统立予罢斥，另选贤能，以补前愆。”参政院长黎元洪也发一长电，除引咎自责外，愿辞去参谋总长一职。还有陆军总长段祺瑞说：“我始终主战，无奈各部长及参政院诸公多半主和，口众我寡，致蒙此耻，我已呈请辞职避贤，免至积垢”。类似于这样的书函，不胜枚举，总之，这是民国以来的第一个国耻。
国家经此一蹶，还以为袁总统能惩前毖后，会开诚布公，一心一意地整顿国家，发愤图强。谁知总统府中更加沉迷，京内外的文武官吏依旧攀龙附凤，颂德歌功，之前要求变政的人都做了反舌鸟，呈请辞职的达官又都做了寄生虫。转眼间到了八月，北京竟冒出一个筹安会来。
筹安会发起时共有六人，即杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和和胡瑛。杨度是前清保皇党，与康有为、梁启超是好友，革命以后加入民主党，之后又得到老袁的信任，成为参政院的参政。孙毓筠是革命志士，辛亥一役曾在安徽大出风头，癸丑后组织政友会，与国民党脱离关系，也成为参政院的参政。严复精通英文，兼长汉文，从前翻译外文书，很有名望，因他是福建侯官县人，大家都叫他为严侯官。此次，袁总统创设参政院，网罗人才，也把他网罗了进去。刘师培博通说文经学，上海《国粹丛报》上经常刊登他的著作，确实有些根底，所以袁总统也特地招他来参政。李燮和是陆军中将，革命时也曾参与攻打南京。胡瑛曾跟宋教仁厮混几年，不知为何变志，也投入袁氏幕中。这六人整日聚集一堂，不是谈风月，就是论时事。正巧，总统府中有位外国顾问官，是美国有名的博士，叫作古德诺。他发表了一篇文章，大致意思是说民主政体不及君主政体。杨度见了此文，有了依据，便随声附和，立即与孙毓筠、严复等五人秘密商量，打算乘此出点风头，做番惊天动地的事业。孙毓筠、严复等人都举手赞成。当即靠着十年寒窗苦读的功夫，互凑几句强词夺理的文字，不到半天，就将宣言书和入会章程全部拟定完毕，并推举杨度为理事长，孙毓筠为副理事长，严复、刘师培、李燮和、胡瑛四人为理事。同时，在北京石驸马大街设立事务所，并悬起一块招牌，上刻“筹安会”三大字。京内人民莫名其妙，看那筹安会招牌，还以为国中果然出了伟人，能把这风雨飘摇的民国筹划得安安稳稳。后来，看到宣言书才知道，原来这筹安会的宗旨是想改革国体，把袁大总统弄上台去，做一个革命大皇帝。于是一传十，十传百，都说这筹安会是产皇帝的私窠子，将来是凶是吉，还很难分晓。就在疑义未定的时候，京中已是警吏如林，不准百姓街谈巷议，只要被听见，便扭送警局拘留，多则几十天，少也要三五天。小百姓糊口要紧，自然不敢多言，免生祸端。而那些痴心妄想的人物纷纷入会，都想做点投机事业，希望借此财运亨通。京内的报纸，什么《民视报》《亚细亚报》，都为筹安会鼓吹。隔了几天，《顺天时报》忽然载出一篇贺振雄上递肃政厅的呈文，大意说筹安会倡导邪说，紊乱国宪，恳请肃政厅长代呈大总统，严拿发起筹安会的杨度、孙毓筠等六贼。第二天，又有一篇李诲上递检察厅的呈文，与贺振雄的意思大致一样，也刊登在《顺天时报》上。
贺振雄和李诲两人都籍隶湖南。贺振雄曾加入革命，颇有名气，但一直没有遇到伯乐，未得一官，因此郁愤得很，特借这筹安会畅骂一番，发发牢骚。李诲是李燮和的族弟，与李燮和志趣不合，所以也上书弹劾，有几分大义灭亲的味道。两人先后进呈，眼巴巴地望着消息，并一式数份，分送各报馆。哪知《民视报》《亚细亚报》非但不登载原文，反各列一条时评，冷嘲热讽，讥讽他们不识时务，迂谬可笑。只有《顺天时报》照文登录，一字不落。过了一天，筹安会门前竟站着许多警兵，荷枪实弹，出入一律盘查。贺振雄无权无力，只好闷坐家中长吁短叹。但李诲曾任湖南省议员，并因他族兄位居显要，平时与京中大佬来往频繁，于是又写了一封类似的呈文上书内务部。但过了好几天仍然没有音讯，仿佛石沉大海。
