光武帝即位后，曾封大将军吴汉为大司马，命他率领朱鄗、岑彭、贾复等十一位将军攻打洛阳。洛阳由朱鲔把守，他拼死抵抗，吴汉数月都没有被攻下。光武帝从鄗城来到河阳，刘玄的部将廪邱王田立投降。前高密令卓茂爱民如子，在南阳养老。光武帝特召他为太傅，封为褒德侯。刘秀然后派人到洛阳，嘱咐岑彭招降朱鲔。岑彭曾是朱鲔的校尉，拿着光武帝的书信进入洛阳城，劝朱鲔投降。朱鲔回答说：“刘<纟寅>被害之事，我曾经参与，还劝更始皇帝不要派萧王向北讨伐。我自知罪孽深重，还请将军代为周旋！”岑彭将他的话转报给光武帝，光武帝笑着说：“想做大事，岂能顾及这些小恩怨？朱鲔如果投降，官爵必定保全，我绝不食言！”岑彭又去转告朱鲔，朱鲔因孤城难守，只好投降。光武帝于是从河阳赶赴洛阳。
朱鲔出城请罪，光武帝令左右将他扶起，好言抚慰。朱鲔感激不尽，领着众人入城。光武帝见洛阳城气势恢宏，决定定都洛阳。洛阳在长安以东，所以后汉也称东汉。光武帝封朱鲔为扶沟侯，朱鲔不过是一个盗贼，侥幸得志，只要能保全富贵，已经心满意足，此后便不再有二心了。
御史杜诗奉命安抚洛阳百姓，禁止士兵掠夺。将军萧广却纵兵为虐，杜诗一气之下，把萧广杀死，然后据实上奏。光武帝嘉奖杜诗为民除害，特别召见了他。此后，骄兵悍将不敢再为非作歹，洛阳逐渐安定下来。
前将军邓禹已被封为大司徒，光武帝令他迅速入关，扫平赤眉。邓禹移兵大要，留下冯愔、宗歆监守栒邑。谁知冯愔、宗歆二人权位相等，彼此攻击，冯歆竟被宗愔杀死。宗愔非但不肯服罪，反而想领兵攻打邓禹。邓禹无计可施，只得上奏洛阳。光武帝定计将宗愔抓住，但并未将他诛杀。当时赤眉肆虐，王匡、成丹、赵萌相继投降宗广。宗广和他们一起东归，走到安邑，王匡等人又想逃跑，被宗广察觉，将他们一一杀死，只把冯愔献给朝廷。光武帝想显示自己的宽容大度，便赦免了冯愔的死罪，然后又催促邓禹入关。
冯愔叛乱以后，邓禹军威稍减，一度在河北徘徊，不敢南行。于是梁王刘永称帝，还召集西防贼人佼强、东海贼人董宪、琅玡贼人张步，占据东方。扶风人窦融历代为官，闻名河西，与酒泉太守梁统等人关系很好，曾归附刘玄，官至都尉。刘玄死后，窦融被众人推选为大将军，统管河西五郡。此外，安定人卢芳谎称自己是武帝的曾孙刘文伯，蛊惑民众，占据安定，自称上将军西平王，并与匈奴结亲。匈奴迎接卢芳出塞，立他为汉帝，卢芳的气势越来越旺盛。隗嚣逃到天水，仍然招兵买马，盘踞故土，自称西州上将军。百姓们避乱逃到那里，隗嚣无不接收。他以范逡为师友，赵秉、苏衡、郑兴为祭酒，申屠刚、杜林为治书，马援、王元等为将军，班彪、金丹等为宾客，人才济济，称盛一时。邓禹听说他名震西州，奉诏任命隗嚣为西州大将军，让他治理凉州、朔方。
赤眉将帅虽然尊刘盆子为主，但都视他如傀儡，没有一人听从刘盆子的命令。建武二年元旦，赤眉在殿上聚会。刘恭料知赤眉难成大事，就嘱咐刘盆子让位。那天，樊崇等人请刘盆子登殿接受朝拜。刘盆子因为害怕，勉强跟着刘恭走出来。刘恭开口对众人说：“你们立我弟弟为帝，此情可感，但我弟弟在位一年，国家就乱成这样，希望你们另求贤才为主。”樊崇等人随声答道：“这都是我们的罪过，与陛下无关！”刘恭再次推让。突然有一人大声说道：“这岂是你能做主的？你不要再说了！”刘恭被他驳斥，惶恐离去。刘盆子记着兄长的话，急忙解下御玺，向众人下拜道：“承蒙诸位推立我为天子，我自知无能，所以乞求让出帝位。如果一定要杀死我，我也无从逃避；如果你们肯成全我，饶我不死，我将感激不尽！”说完，泪如雨下。
樊崇等人见他情真意切，顿时心生怜悯，立即跪下叩头说：“臣等辜负了陛下，从今以后，不敢再放肆了，请陛下不要忧愁！”话刚说完，就扶起刘盆子，仍将御玺系在他身上，刘盆子最终被樊崇等人护送回内殿。众人退出后，闭营自守，不再出去掠夺。避乱的百姓争着回到长安。
不料赤眉贼心难改，连日没有抢劫，心急难耐。加上百姓返回都中，难免会带着财物，赤眉更加垂涎，于是再次出营打劫，无论钱财粮食，一股脑儿全夺过来。这时，听说邓禹领兵西来，众人无心抗敌，就将珍宝取出，把宫廷付诸一炬，又带上刘盆子向西行进。从南山一直到安定，沿途所过之处，全部被他们抢掠一空。邓禹探知长安空虚，径直入城，屯兵昆明池，设宴犒劳士兵。
光武帝加封邓禹为梁侯，其余各位功臣也加官封爵，然后在洛阳建立宗庙，并在城南设立祭坛。正在这时候，突然接到警报，真定王刘扬与绵蔓县盗贼勾结，私下谋反。光武帝派耿纯拿着符节前往幽、冀探明虚实。刘扬是郭夫人的舅舅，以前光武帝曾投靠真定，与他结为姻亲。光武帝即位后，刘扬忽然谋反，不愿称臣，他与光武帝均是高祖的第九代子孙。
耿纯来到真定，探知刘扬谋反属实，就邀刘扬相见。刘扬因耿纯的母亲是真定的刘氏，料知耿纯不敢有所行动，并且弟弟刘让与堂兄刘绀各拥兵一万，势力也不弱，于是带领将士及兄弟二人，昂然出城，与耿纯相会。耿纯恭恭敬敬地把刘扬迎进屋内，又请刘扬的兄弟一同面谈。刘扬兄弟不以为然，令将士留在门外，大踏步走了进去。耿纯与他们周旋片刻，说有密诏到来，要闭门宣读。等门一关，立即指挥从吏把刘扬兄弟三人杀死。事成之后，耿纯开门走出，宣布刘扬兄弟谋反，并把他们的人头拿给众人看，众人瞠目结舌。耿纯立刘扬的亲属为他们的新主，众人心悦诚服，连连答应。耿纯又抚慰刘扬的家属，叫他们静听后命，然后回去禀报。光武帝封刘扬的儿子刘德为真定王，真定就此平定。
上党太守田邑率领部下投降，光武帝派田邑招降河东军将鲍永。鲍永是前司隶校尉鲍宣的儿子，鲍宣被王莽杀害后，鲍永便隐居上党，以文才闻名。此次得知刘玄兵败，鲍永只好与冯衍等人一同到河内见驾。当时怀县守吏是刘玄的部将，不肯投降，光武帝派人攻打，很多天没有攻下。后来光武帝得知鲍永与守吏相识，就派鲍永前去招降。鲍永奉命前往，果然不负众望。光武帝非常欢喜，封鲍永为谏议大夫，并赐给他宅院，鲍永推辞不受。不久，东海盗贼董宪分兵骚扰鲁地，光武帝封鲍永为鲁郡太守，调拨给他几千兵马，鲍永领命前往。
宋弘是哀、平二帝时的侍中，赤眉入关时，曾威胁宋弘任职，宋弘不愿意，投入渭水，家人把他救出以后，谎称宋弘已经去世。光武帝听说宋弘清正廉洁，就任用他为大中大夫。不久又升他为大司空，加封栒邑侯。
宋弘平时非常节俭，常把所得的俸禄分给宗族，因此位列公卿之后，仍然贫寒。光武帝体贴入微，改封宋弘为宜平侯。宋弘仍将俸禄分给族里，家中没有多余的资产。一天晚上，宋弘入宫进见，御座旁的屏风上画着美女像，光武帝多次张望，宋弘劝道：“好德和好色，结果就是不一样啊！”光武帝听了，就命人将屏风撤去。
光武帝有两个姐姐一个妹妹，长姐名叫刘黄，二姐名叫刘元，妹妹名叫刘伯姬。刘伯姬已嫁给李通。建武二年，光武帝追封次姐刘元为新野长公主，又封长姐刘黄为湖阳长公主，妹妹刘伯姬为宁平长公主。并召李通进宫守卫，封他为固始侯，官至大司农。湖阳长公主当时正在寡居，光武帝可怜她寂寞，特意让她评论大臣，暗中窥察姐姐的意思。公主说：“我看朝中大臣，都不如大司徒宋弘。”光武帝点头说：“我知道了。”等宋弘进见时，就让公主坐在屏风后面，然后对宋弘说：“俗话说：‘贵易交，富易妻。’这也是人之常情，你赞成吗？”宋弘严肃地说：“臣只听说‘贫贱之交不可忘，糟糠之妻不下堂’。”光武帝等他说完，就回头对公主说：“事情办不成了！”公主怏怏返回，宋弘随后退下。
