明帝继承大统时，已经三十岁，命太尉赵熹主持丧事。尊皇后阴氏为皇太后，将光武帝葬于原陵，庙号世祖。光武帝曾有遗言，表示一切下葬用的东西都仿效孝汉文帝，不准铺张浪费。山阳王刘荆是明帝的胞弟，为人阴险毒辣，他趁奔丧时写了一封书信，密封之后，让手下冒充郭况的家奴，送给东海王刘强。刘强打开一看，大为惊异。但是信中却没有署名，不过来人传话说是大鸿胪郭况的亲笔信。刘强也来不及细问，就将来使抓住，押到宫中，并将原信呈进去。明帝下令将使人打入狱中，也不追问，只是留心查访。后来得知是山阳王刘荆所为，意在谋害东海王刘强。明帝暗想刘荆是自己的胞弟，不便揭发，于是暂时保守秘密，等到丧事完毕，让刘荆先回去，然后颁发诏令，封高密侯邓禹为太傅，东平王刘苍为骠骑将军。
东平王刘苍也是明帝的胞弟，喜欢研究经书，才智过人。明帝很喜欢他，因此封他为骠骑将军，位居三公之上。高密侯邓禹已经年老，从关中回来后，深居简出，不求名利。他有十三个儿子，每人都有一门绝技。光武帝在位时，因邓禹谋略过人，功劳很大，所以特别宠信他。如今又封他为太傅，明帝也对他尊敬有加。邓禹任职一年后，已是永平纪元，不久他患上重病，五月去世。明帝下令厚葬，赐谥为元，并把他的封地分为三国，令邓禹的长子邓震仍为高密侯，次子邓袭为昌安侯，三子邓珍为夷安侯。接着，东海王刘强病逝，消息传到都城，明帝和阴太后到津门亭为他举哀，并命司空冯鲂拿着符节到鲁地办理丧事。诸王及都城的亲戚都去会葬，明帝赐谥恭王。
刘强本被封为东海王，后来又加封鲁地。鲁恭王刘余喜欢修筑宫室，他建造的灵光殿，规模宏大，虽然屡经变乱，宫殿还在。光武帝很欣赏刘强能自愿让位，就把鲁地加封给他，让他迁居鲁殿，安享天年。偏偏刘强短命，死时只有三十四岁。刘强留五遗书说儿子刘政不肖，不能袭封，希望让刘政回东海郡，让出鲁地。明帝不忍依从，仍让刘政承袭原来的封地。刘政贪酒好色，行为颇不检点。中山王刘焉病逝时，刘政前往中山送葬，见刘焉的小妾徐姬颇有姿色，竟将她占为己有。鲁相及豫州刺史上奏请求诛杀刘政，明帝只下诏削去薛县。
西海一带，一向是羌人杂居的地方。秦初有一个叫爰剑的人，被秦朝抓去，伺机逃脱后，藏匿在岩穴间。出来后与劓女相遇，结成夫妇，劓女因为被毁容，常常用头遮住脸，羌人于是将此作为习俗。又因爰剑大难不死，当地人认为他必有后福，便推选他为酋长，迁居河湟。秦汉时羌人时而反叛，时而归附。爰剑的第五代子孙研，威服众羌。又传了八代，出了一个烧当，与研一样威震四方。王莽末年，中原大乱，羌人占据西海，攻打金城。当时隗嚣占据陇西，不能削平羌人，索性引诱他们对抗汉朝。后来经来歙、马援两位将军一再征讨，羌人的势力才渐渐衰落。烧当的玄孙滇良，发愤图强，竟得以召集各部，攻破先零、卑湳。滇良死后，儿子滇吾继位。
中元二年秋天，滇吾与弟弟滇岸等人，带着步兵、骑兵五千人入侵陇西。陇西太守刘盱出兵迎战，被羌人打败，伤亡五百多人。滇吾打了胜仗，趁势号召羌人，于是以前归属汉朝的羌人也响应滇吾。明帝此时刚刚继位，忙派谒者张鸿和陇西长史闲飒一同征讨滇吾。哪知二人到了允吾县唐谷间，中了滇吾的埋伏，全军覆没。明帝又任用马武为捕虏将军，让他与监军使者窦固、中郎将王丰、右辅都尉陈欣调集四万人马，进击滇吾。走到金城郡浩亹，正逢羌人前来，马武是身经百战老将，一马当先，冲杀过去，斩杀四千六百人。滇吾、滇岸拼命逃跑，其余众人或降或逃。马武凯旋，得以增封食邑八百户。第二年，马武病终。
与此同时，辽东太守祭彤也派偏将讨伐赤山乌桓，大获全胜，威震远方。沿边的将士都申请回朝。明帝因羌胡远逃，四海升平，正好继承先人遗志，注重礼教。于是与东平王刘苍等商议南北郊祀的礼仪。此后又按照古代的制度，创设三老、五更：三老指天、地、人三事，五更指五行更代。当即封李躬为三老，桓荣为五更。三老、五更终身享受二千石的俸禄。
桓荣当时已年逾八十，多次乞求辞官。明帝只给了他丰厚的赏赐，不让他告退，并且始终以老师的礼节对待他。桓荣患病，太医奉诏前往，络绎不绝。后来桓荣病情恶化，明帝亲自前去问候，进屋后拉着桓荣泪流不止，过了很久才告别回宫。桓荣去世后，明帝亲自前去致哀，将他葬于首阳山。
桓荣的长子桓雍早死，小儿子桓郁应当承袭爵位，桓郁甘愿让给兄长的儿子桓汛，明帝不答应，桓郁只好受封，所得的俸禄仍然给兄长的儿子，明帝因此召他为侍中。明帝又追忆功臣，在南宫云台中，悬挂功臣遗像，共有二十八将，再加上王常、李通、窦融、卓茂四侯，合成三十二人。官爵姓名，抄录如下：
太傅高密侯邓禹 中山太守全椒侯马成
大司马广平侯吴汉 河南尹阜成侯王梁
左将军胶东侯贾复 琅玡太守祝阿侯陈俊
建威大将军好畤侯耿弇 骠骑大将军参蘧侯杜茂
执金吾雍奴侯寇恂 积弩将军昆阳侯傅俊
征南大将军舞阳侯岑彭 左曹合肥侯坚镡
征西大将军阳夏侯冯异 上谷太守淮阳侯王霸
建义大将军鬲侯朱祐 信都太守阿陵侯任光
征虏将军颍阳侯祭遵 豫章太守中水侯李忠
骠骑大将军栎阳侯景丹 右将军槐里侯万脩
虎牙大将军安平侯盖延 太常灵寿侯邳彤
卫尉安成侯铫期 骁骑将军昌城侯刘植
东郡太守东光侯耿纯 城门校尉朗陵侯臧宫
捕虏将军扬虚侯马武 骠骑将军慎侯刘隆
横野大将军山桑侯王常 大司空固始侯李通
大司空安丰侯窦融 太傅褒德侯卓茂
从邓禹到刘隆，共二十八将，辅佐光武帝兴复汉室，相传是天上的二十八宿，也有人说他们是星君下凡。伏波将军马援也是一个中兴功臣，光武帝误信梁松，薄待于他，难道明帝真的将他忘记了吗？说来也有原因，马援的元配贾氏死后无子，马援又娶了蔺氏，生有四男三女。小儿子马客卿，六岁就能应接待公卿、宾客，马援特别喜欢他，因此给他取名客卿。马援失势后，马客卿因为过于悲伤，得病而亡。蔺夫人非常悲痛，外事都由马援的儿子马廖防主持，内事都由女儿料理。小女儿年仅十岁，才华超过两个姐姐，能处理家事、管理僮仆，勤劳俭朴，只因生来体弱，常常患病。蔺夫人让人占卜，卜人说：“此女虽然有病，将来必定大富大贵。”不久又召相士给三个女儿看相，相士也说小女儿极为富贵，以后会成为国母，不过她一生没有儿子，如果领养他人的儿子，会比亲生的还好！蔺夫人虽然高兴，但因遭遇太多的艰难，也不敢当真。马援的侄子马严因叔父被诬告，罪魁祸首是梁松、窦固，心里异常悲愤，本来与窦家女结婚，竟将妻子休掉。又听说堂妹生有贵相，马严就上疏请求让堂妹入宫。
奏章呈进去之后，光武帝下旨批准，派人到马援家挑选。来人仔细端详，觉得小女儿最为秀丽，就将她选入东宫。此女当时只有十三岁，却能奉承阴后，礼仪兼备，无可挑剔。后来渐渐长大成人，更加秀美，又生有一头漂亮的头发，身高七尺二寸，亭亭玉立。明帝未即位时，对她已经异常宠爱，等到继承大统，便册封她为贵人。永平二年，册立贵人马氏为皇后。碰巧云台绘像，与册立皇后同时，东平王刘苍到云台观看，不见有马援的遗像，便问明帝：“为什么没有伏波将军的遗像呢？”明帝只是微笑，并不回答。明帝的用意，无非是因为马援是皇后的父亲，不便列入，以免他人非议。
马援在云台没有一席之位，马皇后却名传千古。
