此时的蒋经国相当彷徨，他心仪的苏联英雄托洛茨基和拉狄克，成为他所敬仰的父亲之政敌，而斯大林和苏联官方媒体继续替与国民党结盟辩护，也替国民党领导人辩护。北伐军占领上海的消息传到莫斯科时，俄国首都报纸出版号外，兴奋的群众挤满街头狂欢。中山大学学生也开会欢庆，并拍发贺电向经国的父亲恭喜。蒋经国一马当先，站在学生队伍前排，率领数千名工人在共产国际总部前集会，群众活动持续到深夜。此后数天，中国学生走到哪里，都受到民众欢呼喝彩。俄国女郎还跑到中山大学，愿意以身相许这些年轻的革命党人。此时，由左派控制的国民党中央执行委员会在武汉召开会议，发布命令，要求蒋介石总司令接受军事委员会节制。中执会又把蒋在党内的职位转移给其主要对手汪精卫。这一来，局势急转直下。蒋介石可能直到3月底，都还未能下定决心镇压中国共产党。他与陈果夫兄弟、戴季陶、吴稚晖等一小撮亲信，就当前严峻态势密商对策。
汪精卫在4月1日抵达上海。翌日，吴稚晖显然在蒋氏知情之下，向国民党中央监察委员会秘密会议提交一封信函。中央监察委员会虽然只是顾问备询单位，却由保守派人物居主导地位。这封信开门见山，直言建议把中共党员“清除”出国民党。中央监察委员会无异议地通过了这项清党提案。决议案要付诸实行，必须盖上党部关防大印，可是关防大印在武汉；陈立夫于是设法在上海复制一枚党部大印。
4月5日，奉系军阀张作霖的部队在北京闯进苏联大使馆，逮捕藏身其内的中国共产党员，扣押藏有秘密文件的保险箱。文件详载苏联涉入中共之地下渗透活动，及近来之街头群众运动的状况。张作霖把逮到的二十名共产党员绞死，其中最有名的就是***。蒋经国在北京念书时就认识***，且相当佩服他。
国民党的中央监察委员会在上海再度开会，成立一个委员会，执行清党任务。清党始于1927年4月12日。根据陈立夫的说法，国民党并没有和青帮正式订下合作计划，但是“策划、执行清党的一个主要人物是杨虎；他是青帮领袖”。杨虎“把我们的建议传递给（青帮领袖）杜月笙……青帮就采取行动”。军队进占总工会会所，射杀在会所和街头反抗的工人。国民党部队将共产党工人纠察队解除武装，没收三千支步枪。次日，军队向街头抗议群众开火，接下来就是动刑杀人。周恩来也被逮捕，但是他设法逃走。传说是白崇禧放走了周恩来。4月15日，蒋介石下令广州也执行“清共”。陈立夫的结论是：“铲除内部敌人，手法相当残忍。我必须承认，许多无辜者也被杀害。我们付出惨重代价。”
莫斯科中山大学学生正在筹划庆祝五一劳动节；蒋介石和冯玉祥的肖像在学校附近到处都是。群众在五一当天游行经过红场，举着马克思、列宁、斯大林及其他社会主义知名人士的肖像，蒋介石也是其中之一。蒋氏乃是世界革命运动的英雄，报纸无不同声歌颂这位红色将领的事迹。
但是，中国学生并不清楚斯大林对支持蒋介石有一番嘲讽解释。4月6日，针对托洛茨基及其他批评者的抨击，斯大林觉得有必要回应，对莫斯科的党部工作人员发表谈话，他在这项没有公布的谈话中提起中国问题。他向听众重申，国民党就“好像革命议会”，有左派、右派，也有共产党人。他说：“当右派对我们有效用时，为什么要赶走他们？当他们没有用处时，我们就会摆脱他们。”接下来，他讲出了他对蒋介石的著名比喻——“像柠檬一样挤干、丢掉”。
六天之后，从中国传来的消息冲击了莫斯科，蒋介石已先发制人。中山大学学生闻讯，不敢置信。详情逐渐明朗，学生们转而动怒，迅速召开会议，蒋经国走上讲台，宣称“不是以蒋介石儿子的身份发言，而是以共青团之子的身份讲话”。他口若悬河，谴责他父亲是“叛徒、杀人凶手”，赢得听众如雷的掌声。[20]接下来，他发表一篇声明，俄国报纸把它刊登在头版上。他说：
蒋介石曾是我的父亲和革命友人，现在却是我的敌人。几天前，他已经不再是革命党，成了反革命分子。他对革命说尽好话，时机一到却背叛了革命……打倒蒋介石！打倒叛贼！[21]
继这项谴责之后，《消息报》在4月21日刊载一篇题为《父与子》的文章，摘录蒋经国给父亲的公开信，他在公开信中说：
介石，我不认为你会听到我要说的话，你也可能根本不想读到它们。但是，不管你会不会读到，我都要写出来。今天，我要重复你曾经在信里告诉我的话，谨记“革命是我所知道的唯一要务，我愿意为革命赴汤蹈火……”现在我要说，革命是我所知道的唯一要务，今后我不再认你为父。[22]
斯大林立刻把这一变故怪罪到中国共产党和托洛茨基头上，声称他早已预见国民党右派会掉头出卖革命。他现在把希望寄托在继续与武汉左翼国民党以及“基督将军”冯玉祥结盟之上。斯大林当时的盟友布哈林在《真理报》发表两篇文章，坚称革命大业并未失败，左派国民党依然实力可靠。他指出，国民党中央执行委员多数是左派，他们和中共掌握住武汉国民政府，已整合起来对抗蒋介石。托洛茨基却主张与国民党各派全面决裂，在中国各地建立工农苏维埃夺权。
起先，蒋经国加强支持托洛茨基路线。他出席准许学生发言五分钟的集会，一边翻书寻找引用托洛茨基的话，一边像机关枪般快速发言。有位同学形容他是“条理分明”的演讲者，能充分运用五分钟的发言时间。蒋经国也写文章赞扬托洛茨基立场，张贴到学校的《红墙》等大字报上。他还一度与几位同学一起去见托洛茨基。
蒋介石在上海读到外电报道他儿子的声明。身为中国人，儿子宣称以父亲为敌人，简直就是大逆不道，难以想象。19世纪的中国，父亲可以因儿子稍有拂逆顶撞杀死儿子，还被乡里视为当然。我们不清楚蒋介石对儿子的声明反应如何。他绝口不提此事，可能是因为既愤怒，又掺杂着歉疚。蒋介石在发动上海清党行动之前，显然生怕泄露风声，刻意不通知经国回国，他对儿子处于困境，恐怕有说不出的歉疚之意。表面上，甚或内心里，蒋介石都接受官方解释，认为经国是被迫发表批判父亲的声明。他在日记或任何文件中，绝口不提这件事。
“四一二”上海“清共”事件之前，蒋介石的儿子住在莫斯科也有一个作用，可以证明斯大林支持蒋介石乃是明智之举。蒋氏“背叛”斯大林之后，斯大林听到蒋经国批判父亲的声明，理解到可以拿经国当作有力武器。蒋经国在回忆录中提到，他曾在此时申请回中国。如果确有此事，他一定是表明要加入反蒋革命行动。他若表露有心到南京投入蒋介石新组建的国民党中央，协助对付中国共产党，一定会被认定是“反共”叛徒，斯大林必然一口回绝。
共产国际一位代表通知蒋经国，中山大学规定学生修业两年，虽然他只完成十七个月的学习，将可提早毕业，进入莫斯科一所军校修课，准备上军事院校进修。毫无疑问，他也清楚表明，蒋经国必须放弃亲托洛茨基的活动和信念。
短短几个月之内，十七岁的蒋经国就得面对两项重大抉择。4月间，他必须在父亲和革命理想之间做取舍。现在，他必须决定是放弃托派思想，还是做个烈士，无谓牺牲！
蒋经国胸怀大志，必须英勇决定，但是他识时务，会选择有胜算的目标。当年春天，他“突然放弃托洛茨基运动”。[23]这是他一生之中，直觉务实克服情感和智性理想的第一个实例。这个经验让他体会到生命的复杂和无常。此后一生，经验判断左右他对直觉目标的追求。行动必须以坚实的理智做基础，不能全凭情感或政治承诺作定夺。
5月间发生若干事故，凸显出武汉国民党自由派人士和共产党之间的鸿沟。国民党左派主张现代化，也认真推动改革，可是不脱遵守法制的温和派色彩。6月1日，共产国际派在武汉的代表罗易（M. N. Roy）收到斯大林一封电报，斯大林训令他，国民党内“摇摆不定的旧领导人”（指的是汪精卫这类左翼资产阶级）必须靠过来，否则就得设法抛掉他们。斯大林的电报又说，主要任务是打定基础，成立由中国共产党领导的新的革命部队。不知道为了什么原因，罗易竟把这封电报交给武汉国民党左派人士过目。
大约在这个时候，邓小平意识到冯玉祥部队正在酝酿“清共”，悄悄溜走。几天之后，冯玉祥和蒋介石在徐州会谈。蒋、冯达成全面“清共”协议。1927年7月15日，左翼掌控的国民党中执会下令把中共党员逐出国民党与政府。左派国民党部队开始捕杀共产党员。中共领导人四散逃亡，有人躲进武汉的外国租界，有人躲进上海的外国租界，也有人躲到中共控制的江西地区。毛泽东、邓小平即潜入江西。鲍罗廷仓皇跑回俄国，冯玉祥部队中的苏联顾问也收拾行囊，取道戈壁沙漠回国。我们不晓得冯玉祥是否考量到他在莫斯科留学的子女之命运，他的儿子冯洪国立刻谴责父亲，也痛骂蒋介石“屠杀工农民众”。[24]
斯大林又宣称他早就看到分裂的危机，怪罪中共领导人不能执行农业革命，把工人武装起来。他命令中共发动革命攻势。瞿秋白取代陈独秀出任中共总书记，秉承莫斯科的新路线行事。毛泽东组织起一支大约两千人的兵力，在各地发动攻击。地方部队很快就敉平此一秋收暴动，毛率残部逃到江西省井冈山。
“四一二”上海“清共”之后，南京国民党中央训令莫斯科所有国民党籍学生离开中山大学。许多人不知何去何从。俄国档案里有一份蒋经国在7月间写下的自白书，宣称他要和冯弗能终止夫妻关系。他指控说，国民党利用她来监视自己，影响他的政治思想。可是，他们这对青年夫妻的信函往来持续到1927年秋天。8月5日，总共两百三十九名学生（几乎全是国民党员）获准回中国。滞留下来的三百二十名中国学生，绝大部分是中国共产党籍。然而，其中约有五十名属于国民党籍，决心留在中山大学，这里面有蒋经国、冯弗能和她哥哥冯洪国。
11月，斯大林率领苏共政治局成员站在列宁墓前，检阅游行民众和武器，欢庆布尔什维克革命十周年。贵宾席中有一位著名的国民党左派领袖——孙中山的遗孀宋庆龄，她是蒋介石的政敌。由于没有合适的皮靴和冬衣，她在严寒中颤抖了好几个小时。
一群俄国民众走近斯大林时，突然亮出预藏的牌子，高呼口号支持托洛茨基。安全警察和便衣人员冲向这群抗议民众，爆发斗殴，警方在中山大学学生队伍走近列宁墓之前，把这些民众驱离现场。一小撮亲托洛茨基的师生，亮出歌颂托派的布幅标语，高呼反斯大林的口号。人数众多的亲斯大林民众，旋即在安全人员协助下恢复了秩序。
这一幕骚乱替托派命运敲下丧钟。1928年1月，斯大林下令把托洛茨基流放到中亚，拉狄克发配到西伯利亚西部。斯大林又命令米夫铲除中山大学内托派，此后中山大学托派运动转入地下，直到1930年有三十六名中国学生被捕，多数命丧异域之后，托派才被完全扑灭。
这些事件使得冯洪国学到谨慎保身之道，退出托派组织，但是他和蒋经国不同，两兄妹决定回到中国，与父亲和好。冯家兄妹一连数月，处境十分困难，从早到晚躲在图书馆里读着又厚又重的俄文书。
蒋介石在1927年上半年虽然连连得胜，但领导地位并未巩固。7月间，他的部队在徐州遭北洋军阀部队击败，汪精卫等左翼国民党人恢复倒蒋政治活动。8月13日，蒋介石宣布基于南京、武汉国民党派系分裂，僵持不下，辞掉北伐军总司令职位，回到故乡。陈果夫兄弟留在南京，继续努力布建政治、情报网。
蒋介石率领两百多名卫队前往雪窦山。不时一袭长衫在山间小径散步的蒋介石，对访客表示已无意参与政治。事实上，蒋氏晓得国民党少不了他。南京政府立刻发现，没有他，不能筹足经费运作，更不用谈到恢复北伐军事行动。翌年，蒋介石将奠定他身为现代中国领导人的地位，也一跃成为世界舞台的一位重要政治人物。他不久也将娶进一位家财万贯、身世显赫的妻子。蒋介石的唯一憾事就是儿子不认他为父，成了政治上的敌人。
