身在华南的邓小平，获悉张锡瑗在上海难产，母子均殒命。他不久即放弃在广西的作战，前往江西山区与其他中共部队会合，此后成为毛泽东的主要支持者，与“二十八个布尔什维克”对抗。1931年4月、7月，毛泽东和朱德又击退蒋介石部队的第二次、第三次“围剿”攻势，虏获数千支武器。
日本驻华及国内****者，也逼促东京当局采取果断行动。1931年9月18日，日本军队在奉天（沈阳）市郊发动事变，进占沈阳；朝鲜境内日军亦跨越国境，进入中国东北地区。蒋介石认为张学良还不到摊牌的时候，下令把部队退入长城以南。
面临日本入侵，国民党互不相让的各派系暂时捐弃歧见；但是，全国各地掀起一片反外情绪，学生亦抗议蒋介石不能坚决抗日。此后十四年，蒋介石在抗日这个议题上，一直处于政治守势，备受抨击。就中共而言，如果蒋介石与日本作战，中共受到的压力就会消除；如果蒋氏退缩不前，势必因拒绝捍卫中国主权备受抨击。中国共产党既谴责“日本帝国主义的强盗行径”，又责备蒋介石“对世界帝国主义卑躬屈膝”。1931年11月7日，毛泽东正式宣布在江西成立中华苏维埃共和国，自己出任主席。
日本人占领东北，虽然多年来就在预期之中，但莫斯科还是起了警惕。现在日本军队沿着全世界最长的一道大陆边界，与红军对峙。斯大林下令把苏联业已极为庞大的军事经费，巨幅提升，并加快工业化及迁移工厂进入乌拉尔山区的步伐。日本人的动作也让斯大林心中拿定主意，在国内必须流血发动清算，强化备战意志。鉴于远东此一新局势，中国地缘政治上的重要性越发凸显。
日本占领中国东北过后不久，蒋经国突然接到一个讯息——总书记斯大林召见。莫斯科当局至今并未公开这次会面的档案，蒋经国以中文、英文叙述他的留苏生活经验的各项记载，也只字不提这次会面经过。[28]然而，我们很可以假定，斯大林希望和小蒋谈谈日本占领东北对苏联和中国有何影响。他必然也向经国问起他对中国国内各项发展的见解，尤其是国共两党彼此之政治动态关系，以及两党各自内部的权力斗争关系。最后，他很可能也问起，国共是否可能成立抗日联合阵线；蒋经国有朝一日是否愿意回到父亲身边，致力于此一抗日救国联合阵线工作。
我们由斯、蒋会面之后紧接着发生的事，隐约判断斯大林曾对蒋经国提出令他大为意外的这些意见。12月初，蒋夫人的二姐宋庆龄在南京拜会蒋介石，讨论国民党抓到的一个叫牛兰（Hilaire Noulens）的人的状况。波兰人牛兰在被捕之前，从上海主持中国共产党的地区支部，也被认为负责印度、菲律宾、马来西亚、朝鲜、越南和日本各地的共产党之活动。[29]宋庆龄肯定是替莫斯科出面，提议国民党释放牛兰夫妇，换取蒋经国回到中国。
这倒是恰如其时的接触，因为蒋介石开始思念起滞居异国的儿子。1931年1月25日，六年来的第一次，蒋介石在日记里间接提到经国，他记下：“我年轻时，没有努力学好约束自己，因此上不知孝敬父母，下不知疼爱子女。今既思之，实在遗憾。”11月28日，也就是宋庆龄在南京出现的前几天，蒋介石在日记里记下他对经国的感情：“我非常想念经国，我没有好好照顾他，实在不对。我对此殊觉抱歉。”
蒋介石并没有立即对宋庆龄的提议作答，当他和美龄讨论这件事时，谈论的重点是子嗣问题。他和宋美龄成婚四年，她现在已有三十五岁。她之未能受孕（在她之前的姚冶诚、陈洁如也都未曾生下子嗣），证实了蒋介石失去生育能力。在宋庆龄提议的两个月前，美龄凑巧也跟丈夫提到经国的地位问题，以及是否可能回国。现在，美龄力促丈夫接受这个换人之提议。蒋介石不肯，但是对自己的决定颇有天人交战的踌躇之感。
他在1931年12月15日、16日两天的日记里分别记下：“自从他前往俄国，我就不再能见到我儿；而[中华]民国目前犹在襁褓。”“天啊，我既未能忠于党国，又未能孝敬母亲、照顾子女，真是惭愧……孙夫人要求我释放牛兰，换取经国回国，可是我宁愿让经国远谪苏联，甚至命丧异域，也不能放走一个罪人换他回来。人是否有后，国家是否受侵凌，都是天命注定，我岂能逆天？我不能违反法令、背叛国家、伤害父母令誉或虚掷生命。为了我儿，牺牲国家利益，并不值得。”
12月15日，蒋介石再次下野，辞去本兼各职，带着宋美龄离开南京，回到溪口。一般认定蒋之下野是困于国民党内派系斗争，以及未能积极抗日、备遭批评所致。这些政治因素固然是部分原因，蒋氏关切儿子安危，也与他决定下野有强烈关联。
蒋氏夫妇并没有回到溪口旧宅居住。蒋介石和毛福梅协议离婚时，同意让毛夫人及其若干亲戚留在旧宅居住。不过，这些年来他已经扩建家业；工人已把旧宅附近二十五栋房子拆除，另在经国出生的老家旁盖了一栋房子。这栋新房子包括一栋两层楼的主建筑物，中央配置会客室，后进则是传统庭院，辟建一个供奉祖先牌位的厅堂。旧宅是个比较朴实的居住之所，新、旧楼的二楼设有横廊连通。新楼外门上方，蒋氏挂上刻有“丰镐房”大字的石匾，这代表着经国及养子纬国的乳名。（译按：经国乳名建丰，纬国乳名建镐。）
蒋介石和往常一样，在雪窦寺住了几天。再往山里进去一两公里，他在一处悬崖上建了一座朴素的僻静小屋，可以俯瞰千仞之下的良田。这栋小屋题名“妙高台”，有两个小房间。蒋介石躲在妙高台和雪窦寺思索、反省。他在12月27日的日记中写下：
一个人得到后世记住，是因为他具有道德情操和功业成就，不是因为他有子嗣。中国历史上多少英雄、烈士、大官……都没有子嗣，可是他们的精神和成就永垂人世。我为自己担心经国遇害而断了子嗣，大为惭愧。如果经国未被俄国敌人杀害，即使我可能再也见不到他，我深信他在我告别人世之后还是会回来。如果我死，他才能回国，我真心希望早早谢世，以告慰双亲之灵。
蒋介石耿耿于怀的就是不能上慰祖先。孟子说：“不孝有三，无后为大。”然而，身为国家领导人，蒋氏认为他不能因私人目的做出小小让步。四天之后，他依然委决不下：“我情绪极乱……忠孝不能两全，可谓生不如死。”
不过，其他的大事需要他注意。就跟过去一样，各方函电涌至，恳求他回南京主持军政。蒋氏与汪精卫再次言和，带着夫人告别溪口，回到南京。稍后不久，日军攻击上海守军。（译按：淞沪战争）
宋庆龄把她和蒋介石会谈经过报回莫斯科，斯大林研判此时仍不宜放蒋经国回中国。他把经国派到莫斯科郊外柯洛温斯基（Korovinsky，今名雷雅札Ryaza区）地区朱可瓦（Zhukova）村的一处集体农场。[30]俄国各地的经济改造进行得相当痛苦，但是莫斯科地区则相当顺利。这些农场供给莫斯科居民粮食所需，附近的“模范集体农场”又可作为宣传之用。
奇怪的是，经国在他的回忆录里只一笔带过集体化的过程，根本没谈到富农的命运和粮食短缺的现象。鉴于朱可瓦村相对稳定，加上当时俄国人人活在奥威尔（George Orwell）式备受监视的社会里，经国很可能相信农村必须改革，在斯大林领导下也有“令人目眩神迷、大为成功”的成绩。
朱可瓦村农民绝大多数“没念过书、粗鲁不文”，半数以上饱受虱、蚤缠身之苦。第一天夜里，蒋经国睡在教堂的仓库。第二天上午当他去吃早餐时，几个农民嘲笑他：“瞧，来了一个只晓得吃面包却不会犁田的人。”蒋经国立刻认真学犁田。第一天就一路埋首工作到日落，吃了饭，已瘫倒在床上。农民对他印象大好，十天之后就推选经国“代表他们与镇上的组织交涉谈判贷款、交税和购买农具事宜”，再也不要求他从事体力劳动。事实上，几个月之内，他就成为这个集体农场的主席。可是，1932年10月，他突然又被调职。苏联方面在他的个人卷宗档案里，对他在朱可瓦村经验的评语是：“堪为领导之才，甚至足资在地区党部供职。”
王明此时回到莫斯科，担任中国共产党驻共产国际代表；而共产国际正是掌控蒋经国在俄国生活、学习的机关。王明很不高兴地发现小蒋也在俄京，而且与中国其他流亡人士常相往来。据传，王明又向共产国际建议，最好派蒋经国到金矿场服务——远离莫斯科“数千英里之遥的西伯利亚某地”。虽然每次小蒋挨整受屈，俄国官员往往站在经国这一边，他们却关心莫斯科市内“相当多数”中国流亡人士，与经国同一边，抗拒王明；他们希望能冲淡莫斯科市内中国人彼此之间的派系对立。据蒋经国自己的说法，苏共领导告诉他：“我们希望你留在莫斯科继续学习，可是由于你和中国共产党代表不合，你最好还是离开。”10月间，蒋经国跋涉到斯维尔德洛夫斯克（Sverdlovsk，后改称叶卡捷琳堡）这个工业城市，展开新工作。
他刚到达乌拉尔山区，立刻又病倒，住院长达二十五天——这是三年内第三次生重病。1933年1月病愈，就被送到西伯利亚的阿尔泰地区。经国没有明说去的地方是古拉格集中营，只描述这段经验是“流亡西伯利亚”。他与“教授、学生、贵族、工程师、富农和强盗们，并肩工作”，这些人都“有一段想象不到的不幸际遇，成为流放人士”。九个月后，作为“工作记录良好”的奖赏，经国奉准回到斯维尔德洛夫斯克。
目前找得到的俄国材料，包括蒋经国本人1934年正式的自述声明在内，都没有提到他在西伯利亚这段经历。俄国学者找不到这方面的证据；说不定是他刚到斯维尔德洛夫斯克立刻病倒，当局送他到阿尔泰地区不是惩处他，而是替他的健康着想——让他远离斯维尔德洛夫斯克可怕的污染环境，俾能养病。
回到斯维尔德洛夫斯克，乌拉尔地区党委会派他到苏联宣传机构号称“工厂中的工厂”的大型机械厂“乌拉尔马许”（Uralmash）工作。他先在一个雇用“数千个工人”的机械工厂担任副主管。[31]起先，有些工人非常不满意上级派他来做副主管。蒋经国报到上班的第一天，有位女职工玛丽亚·施曼友诺芙娜·安尼克耶娃（Maria Semyonovna Anikeyeva）回家后就向丈夫抱怨，为什么厂里不找个俄国人当副主管。不过，她也不能不承认：“这个中国人……很聪明。”玛丽亚和她丈夫费耶多（Fyodor）后来成为经国的好朋友。[32]她说：“他脸上永远带着笑容，一副要坦诚相交的模样。我们从来没看到他露出不高兴的面容。”
蒋经国到乌拉尔马许工作的同一年，本地一所技术学校派了几位年轻的女毕业生到厂里工作，其中有位十七岁的金发女郎芳娜·伊芭奇娃·瓦哈李娃（Faina Epatcheva Vahaleva），是个孤儿，与姐姐同住，相依为命。照玛丽亚的形容，芳娜是个“漂亮的平常女孩”，当她绽开笑容，以“她那日本式的双眸”看着你，你一定大为心动。她身材瘦长，娴静寡言，不摆架子，个头和经国大约一般高。蒋经国很快就喜欢上她，而芳娜也抛弃她原来的俄国男朋友，爱上这位中国青年。
6月间，王明发电报把蒋经国召回莫斯科。经国抵达时，王明告诉他，蒋介石在上海宣布：听说儿子即将回中国；如果消息属实，他会当即逮捕儿子。时间又过了两年，蒋介石其实又开始挂念远谪异国的儿子，但他是为亲情牵羁，不是王明所称的怒意未消。2月13日日记里，蒋介石叹息家庭破裂，“儿子远在他乡”。宋美龄显然也又和他讨论到蒋经国。他在日记中写下：“任何人认我为父，就必须承认我妻美龄为母。”
就外交战线而言，国民党中国与苏联增进政治目标的机会也大有改善。蒋介石认为，中苏关系改变或许会有一个附带效果——经国能够回来。1934年夏天，蒋介石“剿匪”战事逐步进展，也使莫斯科修正观点。张学良游历欧洲后回到上海，进入医院，勒戒鸦片烟瘾。蒋介石派他负责“进剿”鄂豫皖边区苏维埃的任务，少帅不负使命，立刻达成任务。国民党部队在德国军事顾问协助下，节节进逼，江西的中国共产党领导人感到压力大增，开始讨论是否应该突围，撤退到靠近苏联的偏远地区。他们也向斯大林提出请示。
