1949年中国政权发生转换以后，知识精英与新政权的关系成为一个敏感问题。政权转换对知识精英的影响经历了一个相当长的过程。本文所谓的知识精英泛指著名的知识分子（包括自然科学和人文科学），在1949年前以原中央研究院院士为主，1949年以后以中国科学院学部委员为主。
1949年前后，政权转换首先面临的是对原有国家机构的接收问题。一般来说，原初的接收基本是自然过渡的，震动不是很大。就地接收，平稳过渡，是政权转换的基本接收模式。因为军事接管是政权转换时的基本接管前提，所以早期接管的科学、文化和教育机构中，以军人为主。中国的高等院校、新闻机构以及其他政权机构，大体是在这样的情况下转变到新时代的。中国科学院的情况也不例外，它是在接收原中央研究院、北平研究院两个系统加上静生生物调查所、西北科学考察团和中国地理研究所等机构的基础上组建完成的。[1]
1949年以后，国家和知识精英的关系初期较为平衡，当时科学院院长和副院长（郭沫若、陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢）中，有四位是原中央研究院院士，但越往后越紧张。虽然为了中国的工业化，国家不得不依赖一些旧时代留下来的知识精英，但对他们的使用，不是完全信任。这一点，从1948年中央研究院院士和1955年中国科学院学部委员的对比中，可以看得非常明显。知识精英与国家的关系一般表现为两种形式：一是外部关系，主要指知识精英和国家之间的相互依赖（如知识精英在资金和科研条件方面对国家的依赖以及国家对知识精英创造成果的需求）；二是知识精英内部之间的关系。本文只注意前者，因为在1949年后的知识精英与国家的关系中，国家居于绝对主导地位，知识精英内部的关系主要是在国家关系制约下才产生作用的。也就是说，在这个历史条件下，如果国家没有主动与知识精英保持信任的诚意，这个关系很难达成平衡。中国知识精英后来的命运主要是国家造成的，因为国家的基本制度对知识精英的普遍不信任，最后导致了知识精英的悲剧命运。何方认为，国际共运本身就有一个“不信任知识分子的传统”，从延安整风以后，对知识分子普遍歧视和蔑视成为一种新传统，使中国共产党在处理同党内知识精英的关系时始终处在紧张的状态下。[2]与其他知识精英的关系也可想而知。一个象征性的事实是在1949年以后的政治运动中，先后有饶毓泰、谢家荣、赵九章、涂长望、汤飞凡等科学家自杀了。弗里德曼认为，在非市场经济的制度下自然科学也不能发展。他认为，“现代物理学是思想自由市场的产物”。[3]
一 1948年中央研究院院士的选举
1948年中央研究院第一届院士共有八十一人，其中人文组二十八人，名单如下：
吴敬恒、金岳霖、汤用彤、冯友兰、余嘉锡、胡适、张元济、杨树达、柳诒徵、陈垣、陈寅恪、傅斯年、顾颉刚、李方桂、赵元任、李济、梁思永、郭沫若、董作宾、梁思成、王世杰、王宠惠、周鲠生、钱端升、萧公权、马寅初、陈达、陶孟和
1955年中国科学院哲学社会科学学部委员共有六十一人，名单如下：
丁声树、千家驹、于光远、尹达、王力、王亚南、王学文、向达、艾思奇、何其芳、吴玉章、吴晗、吕叔湘、吕振羽、李亚农、李达、李俨、杜国庠、沈志远、狄超白、周扬、季羡林、金岳霖、侯外庐、胡乔木、胡绳、范文澜、茅盾、夏鼐、马寅初、马叙伦、张如心、张稼夫、许涤新、郭大力、郭沫若、陈伯达、陈垣、陈寅恪、陈望道、陈翰笙、陶孟和、汤用彤、冯友兰、冯至、冯定、黄松龄、杨树达、杨献珍、刘大年、潘梓年、翦伯赞、邓拓、郑振铎、黎锦熙、钱俊瑞、骆耕漠、包尔汉、薛暮桥、魏建功、罗常培
中央研究院院士选举，据吴大猷回忆是这样进行的：“三十五年由评议会筹办院士选举，先由各大学院校、专门学会、研究机构及学术界有资望人士，分科提名候选人，约四百余人，三十六年由评议会审定候选人一百五十人，三十七年再由评议会选出院士八十一人。”[4]中央研究院的评议会制度，是保证后来院士选举成功的一个重要因素。在制定出《国立中央研究院组织法》的基础上，先后完善的《国立中央研究院评议会条例》和《国立中央研究院研究所组织规程》，为1948年进行的院士选举作了制度设计方面的保证。
中央研究院院士的选举是以学术为基本原则的选举，没有意识形态色彩。在当选的名单中没有国民党负责意识形态的主管人员（王世杰是以法学家身份当选的，他曾做过国民党的宣传部部长，但在当选院士时，他已离任改就外交部部长一职），相反，郭沫若却一直在这个名单上。胡适日记中曾留下了一份中央研究院院士人文组部分拟提名单：
哲学：吴敬恒、汤用彤、金岳霖
中国文学：沈兼士、杨树达、傅增湘
史学：张元济、陈垣、陈寅恪、傅斯年
语言学：赵元任、李方桂、罗常培
考古学及艺术史：董作宾、郭沫若、李济、梁思成
人文地理民族学：想不出人名[5]
名单上没有胡适的名字，可见是有回避的，就是推荐人不能自荐。胡适提名的这些人选中，沈兼士、傅增湘最终没有当选，而郭沫若却当选了。1948年郭沫若的政治态度是人所共知的，但中央研究院没有因为他的政治倾向就把他排斥在院士以外。可以说，第一届中央研究院院士的选举没有政治干预。
1949年5月30日，竺可桢在上海见到陈毅，他在当天的日记中写道：“渠曾阅研究院院士录，见有郭沫若之名，知研究院之能兼收并蓄。”[6]
中央研究院是当时的最高科学（包括人文）研究机构，一个时代的学术自由和政治宽容，最能在这样体制化的机构中体现出来。对一个时代学术制度的评价，要看它对于学者政治选择的容忍程度，也就是说，一个时代在政治文化上的相对宽容，要以它的体制化行为来评价。当时除了郭沫若当选之外，还有马寅初当选。马寅初在40年代的政治选择和郭沫若是一致的。国民党软禁过马寅初。30年代末期，他通过经济学家沈志远、许涤新和中共建立了联系。在40年代，他是在经济上批评国民党最激烈的一个经济学家，对国民党政权、对蒋介石、对四大家族和官僚资本，马寅初都写过很多文章，正因为如此，国民党才对他恨之入骨。他也是1948年秋由中共接到香港然后到了解放区的民主人士之一，但他那些抨击官僚资本的文章并没有影响他的当选。中央研究院在人文组候选人的评语中对他的介绍是：“研究中国金融市场及财政金融等问题。”[7]
当时人文组的院士候选人共有五十五人，最后当选的只有二十八人，是两个人当中才能选一个。那次选举原计划选出一百人，但最后当选的只有八十一人。以下是人文组五十五名候选人的名单：
吴敬恒、金岳霖、陈康、汤用彤、冯友兰、余嘉锡、胡适、唐兰、张元济、杨树达、刘文典、李剑农、柳诒徵、徐中舒、徐炳昶、陈垣、陈寅恪、陈受颐、傅斯年、蒋廷黻、顾颉刚、王力、李方桂、赵元任、罗常培、李济、梁思永、郭沫若、董作宾、梁思成、徐鸿宝、王世杰、王宠惠、吴经熊、李浩培、郭云观、燕树棠、周鲠生、张忠绂、张奚若、钱端升、萧公权、方显廷、何廉、巫宝三、马寅初、陈总、杨西孟、杨端六、刘大钧、吴景超、凌纯声、陈达、陶孟和、潘光旦
这五十五人多数是当时中国第一流的科学家和人文学者，在国民政府中做过官的人也不在少数，像蒋廷黻、吴景超、何廉等，但都没有当选。在中央研究院院士的选举中，胡适和傅斯年是关键人物，但从名单中可以看出，和胡适、傅斯年关系好的学者没有当选的也很多，如张忠绂，他是胡适做驻美大使时身边的两个助手之一（另一个是钱端升），还有潘光旦也没有当选。
杨钟健回忆说：“院士之当选，在国内一时被认为特殊荣誉。至少在产生方式方面，十分慎重，缺少弊端，其为一般人之重视，当亦在此。真正的饱学之士被遗漏者亦有其人。譬如裴文中连第一次推荐时即未被列入，而他却在近年来，尤其在抗战期中，对学术工作很有成绩。1947年，我赴平时，正值各机关推选候选人初步名单之时，胡适之曾问我：‘何以中国地质机关方面未推荐裴文中？是不推考古界？还是正拟推荐？’但后来还是终于没有推荐。事后，我也听到许多对于选举院士不满意之怨言，见仁见智，各有不同。大凡一事之举，欲求各方面均能如愿是不大可能的，好在大体方面并不很错，且以后还有补救机会，即每年仍有选出十五人之规定，第一次未入选者，以后仍有机会。”[8]
对于这次院士的选举，夏鼐在当时就说过：“这次中央研究院举行第一次院士会议，可算是近年来国内文化界的一件大事。中央研究院创办已达二十年，今年才举行选举院士。原拟选出八十名至一百名，听说选举时第一次投票仅选出六十来名。一连投了五次票，才选足八十一名，可以说相当的郑重审慎。不管各方面对于这次院士名单的意见如何（尤其因为提名的办法不佳，有些可以当选的学者，根本没有被提名，以致无从选出，令人颇有遗珠之感），我们如果说‘这一个名单，相当的足以代表今日中国学术界的情况’，这话大致不会有多大的错误吧。”[9]
二 1955年学部委员的产生
1955年中国科学院哲学社会科学学部委员的产生，则是另外一种方式，据当时负责学部筹备工作并担任社会科学领域学术秘书的刘大年回忆：“第一届学部委员的产生属于协商性质，是协商产生的。自然科学方面的人选是科学家推荐，但推荐不是选举。”“社会科学方面是在提出名单之前，征求了各学科主要人物的意见。我当时参加了这些活动，主要在北京地区找有关人士谈。北京以外的就没有去找，是书面征求意见的。我记得当时找了这样几方面的人：哲学方面有杨献珍、艾思奇、张如心、汤用彤；语言学方面有王力、罗常培、丁声树、吕叔湘；历史学方面有季羡林；经济学方面有狄超白，等等。当然不止这几位，还有一些我现在记不清了。在征求意见时，我们首先把科学院的精神告诉他们。当时提出的人选标准主要有这么两条：一条是政治的标准。社会科学的政治标准主要是拥护社会主义，拥护共产党。另一条是学术标准，即在本学科中是否有成绩。所谓成绩就是看他的著作，以及群众对他学术著作的评价。根据这个要求，来征求他们认为适合做学部委员的人选来。然后，党组根据这些意见拟出名单。”[10]
1953年7月21日，张稼夫在科学院第二十三次常务会议上的报告中，提出了建立学部的完整构想。当时的想法是：“成立学部，以改善学术领导工作，扩大学术领导机构。拟分为基础科学、技术科学、生物科学、社会科学四部。学部之下成立部务委员会；部务委员会下设常务委员，常务委员建立工作会议，吸收秘书工作人员参加。”[11]
1955年1月6日，中科院党组第一次会议讨论筹建学部问题，认为这是当年党组压倒一切的任务。在这次会议上，对于组建学部的工作机构和相关人员都进行了讨论。[12]经过近半年的紧张工作，1955年5月9日，科学院党组致函中宣部，汇报根据中央政治局会议精神对学部委员名单所作的修改情况，学部委员名单由二百三十八人减至二百二十四人。中央审批时，又加了十一人，最后名单成为二百三十五人。[13]
科学院在给中宣部的信中认为，学部委员选定的标准是从学术水平和政治情况两方面考虑。总的原则是：“学部委员必须是学术水平较高，在本门学科中较有声望，政治上无现行反革命嫌疑的人。”[14]根据这个原则，科学院定出了不应列入的三条标准和应列入的四条标准。不应列入的三条标准是：
学术水平较高，但政治上有严重的现行反革命嫌疑者。
学术水平较高，目前虽无现行可疑情节，但因历史上有严重恶迹为科学界所不满者。
学术水平一般，在本门学科中威望不高者。
应列入的四条标准是：
学术水平较高，政治上虽有某些可疑情节，但无适当理由向科学界进行公开解释，或因国家建设的需要，目前担任着国家机关或企业厂矿重要职务而不能不用者。
学术水平虽然不高，政治上也无可疑之处，但因该学科人才十分缺少，必须适当照顾者。
旧科学界代表性人物，虽然有的学术水平不高，有的学术观点陈旧甚至反动，为了照顾旧的科学传统。
由于工作需要，党派到各学术部门从事学术组织工作的共产党员，虽然学术水平不高或懂得学术很少。[15]
当时科学院对中国科学界的总体评价是：科学基础仍很薄弱，学术水平一般不高，各门学科的发展亦不平衡，旧科学家中政治情况又比较复杂。
