王莽篡汉，东汉崛起；黄巾起义，三国鼎立。在三国期间，魏、吴两国尤其是吴国对海洋事业的重视，才使得造船业、航海业没有因战乱的影响而衰退，反而较之前代更有所发展，并且成为我国海洋史上的一个重要组成部分，为后世的“舟舶继路，商侠交属”的海运繁荣奠定了基础。而造船业的蓬勃发展，又为轰轰烈烈的农民起义，提供了一片广阔的新天地。
经过多年的征战，西晋终于在公元280年灭掉了孙吴政权，结束了中原的分裂局面，结束了吴国扬帆远洋的时代，同时，也将中国的广阔海域重新统一了起来。
完成统一大业的西晋也认识到了水运乃至海洋的重要性。灭吴功臣杜预在镇守襄阳时，曾“开杨口，起夏水，达巴陵（岳阳）千余里，内泄长江之险，外通零桂之漕”[1]，开通了一条从长江调弦口、南通洞庭湖的华容河。西晋的造船业较之三国时期也有所发展。公元272年，晋武帝司马炎在大将羊祜的策划下，准备以水路攻灭吴国。他派王濬为益州刺史，准备战船。王濬上任后，命人制造了一种名曰“连舫”的大船，就是把许多小船拼装成一艘大船，该船“方百二十步（一步等于两米），受（载装）两千人，以木为城，起楼橹，开四出门，其上皆得驰马来往。又画鹢首怪兽于船首，以惧江神。”。“连舫”被誉为“舟楫之盛，自古未有”。
正当西晋君臣准备将足迹由内陆印到海洋上的时候，一场始料不及的变故发生了。司马炎驾崩，下一位西晋皇位的继任者——司马炎的儿子晋惠帝司马衷是个白痴，皇权落到皇后贾南风的手中。贾南风为铲除异己，大肆杀戮，挑起了长达16年之久的“八王之乱”，使西晋的社会生产力遭到极大的破坏，也最终使得西晋王朝建立仅50年之后便沦为历史尘埃。
而西晋的继任者，由晋元帝司马睿于317年在建康（今南京）建立的东晋王朝则更加混乱：东晋偏安江南，北方的十六国更迭频繁，多次与东晋展开战争。东晋王朝在陆地上尚且应接不暇，更何况大海呢？虽然混乱的两晋政府也有船只入海，但其规模、影响都逊于前代。
但也正因为两晋对海洋的无暇旁顾，才给了一场轰轰烈烈的农民起义以绝佳的良机。东晋末年，朝野黑暗、政治腐败、卖官鬻爵、贿赂成风；百姓民不聊生，因不堪其苦，纷纷揭竿而起。琅琊人孙泰见天下大乱，四方兵起，便聚众起义，成为五斗米道教的教首，以宗教的名义领导农民起义。其后，孙泰中晋军计策被杀，家人也受到了牵连，六个儿子均被处斩，侄子孙恩侥幸逃入海岛，暗中聚集教徒，准备再举义旗。
正当孙恩在海岛上发展势力的时候，东晋统治集团内部也因争权夺势而互相残杀。眼见统治集团内部的矛盾已渐趋白热化，海岛上的人民认为时机已到，便于东晋咸康五年（公元339年）共推孙恩为教首，竖起了反晋的大旗。
东晋朝廷下令征发东土诸郡（今浙东）已免除奴隶身份成为佃客的广大农民当兵，引起吴（今苏州、杭州一带）、会（会稽，治今绍兴，即今浙江钱塘江以东地区）百姓不满，孙恩乘机从海上登陆，向上虞（今浙江上虞）、会稽发动进攻。江南八郡即会稽、临海（郡治在今浙江黄岩东北）、永嘉（郡治在今浙江温州）、东阳（郡治在今浙江金华）、新安（郡治在今浙江淳安西北）、吴、吴兴、义兴（今江苏宜兴、长兴一带）被压迫的人民纷纷响应，十多天里，队伍由百余人发展到数十万人。起义军占领八郡后，焚烧官府，镇压罪大恶极的地主官僚，扫荡田园别墅，没收地主的财物珍宝。三吴地区是王、谢两大士族集中之地，他们的家业都遭到沉重打击。会稽太守王凝之一家、吴兴太守谢邈、会稽士族孔道民等都被义军镇压。次年一月，东晋朝廷见孙恩起义势如破竹，深感不安，急派大士族谢安之子谢琰和辅国将军刘牢之前去平叛。当谢、刘会兵渡过钱塘江之后，孙恩为保存实力、避免与晋军的正面冲突，率20万起义军乘海船退回海岛。
孙恩退回海岛后，东晋朝廷任命谢琰为会稽内史，都督会稽、临海、东阳、永嘉、新安五郡军事，率领北府兵驻守海岸线，防备孙恩登陆。谢琰本人则居功自傲，认为孙恩不值一提，便没有做任何准备。孙恩乘其骄傲麻痹之时，于东晋隆安四年（公元400年）四月率水军至浃口（今宁波甬江口），入余姚、上虞，再攻占会稽，击毙谢琰及其二子。消息传到建康（今南京），东晋朝野震动，忙派辅国将军孙无终及刘牢之等人于十二月再攻义军。孙恩见敌人力量加强，再次退守海岛。
第二年春天，孙恩第三次起兵。声势浩大的水师近海航行400里，进攻沪渎，然后率水兵10万人，战船4万艘，溯长江而上，占领丹徒（建康门户），直逼东晋都城建康。此时驻扎在沪渎垒（今上海市）的刘牢之急命部下刘裕奔驰截击，与孙恩会战于丹徒蒜山（位于今镇江西1.5千米处）。孙恩接战不利，只得南撤入海，随后又整顿船只，准备以奔袭之策直插东晋的心脏——建康。
此时义军的战船数量及种类颇为健全，除高大的楼船外，还有起四层、高40米的“八艚战船”九艘。另外，还有各种船只，如飞云船、苍隼船、金舡、飞舡等，实力极为强大。
义军船队逆流西上长江，意欲直捣建康。只可惜，作为作战主力的楼船及“八艚战船”过于高大，又遇到逆风，航速受到影响，给了东晋以充分应战的准备时机，是故建康未能攻下。起义军只好挥师顺流而下，从广陵（今江苏扬州）出海，再北上攻占郁州（今江苏连云港附近云台山）。刘裕尾随而至，于郁州再次大败义军。孙恩只得率船队沿海南返。但在撤退的路上，又于沪渎垒和海盐两次战败，上万名义军阵亡；紧接着的饥馑疾疫，又丧失了大半战斗力，孙恩只好再回海岛休整。
东晋元兴元年（公元402年）四月，孙恩第四次起兵，从海上攻打临海，但被临海太守辛景击败，义军伤亡惨重，仅剩下数千人。孙恩自感无颜见江东父老，投海自尽，数百部下追随孙恩而去。
孙恩一死，义军无主，经剩余的数千人讨论后，共推孙恩的妹夫卢循为主帅，准备继续反晋大业。
卢循本是门阀士族范阳卢氏的子弟，是西晋司空从事中郎卢谌的曾孙，善于书法。永嘉之乱后，卢氏家族并没有南渡，而是留在了北方。后人评价说，其智谋过人但决断不足。
卢循接管义军的时候，正值东晋政局不稳，统治者需要时间稳定；义军损失惨重，也想争取时间进行休整之时。于是，卢循接受了东晋的招安，出任永嘉（今温州）太守。然而，进入官场的卢循对朝廷的腐败认识得更加透彻，所以，仅仅一个月后，卢循便率舰再次起兵反晋，自海上进攻东阳（今浙江金华一带），被刘裕击败。次年一月，卢循派他的姐夫徐道覆攻打东阳；八月，卢循亲自带兵打永嘉，但两次出兵都为刘裕击退。卢循便率水师沿海南下，先到泉州驻扎，因为受到晋军的追击，就率舰队由福建南航，经过100天的海上航行，于元兴三年（公元404年）到达南海郡。卢循登陆后挥师杀向广州治所番禺（今广东省广州市）。广州刺史吴隐之虽然拼死抵抗百日，但鉴于内无粮草、外无救兵，最终于十月壬戌日（11月26日）因卢循夜袭而使广州失陷。卢循入城后焚烧府舍及民居，吴隐之被俘。卢循便自封平南将军，管理广州的军政大事。在进攻广州的同时，卢循又命姐夫徐道覆占领了始兴郡。次年，卢循派使者向东晋进贡称臣。当时东晋朝廷刚刚消灭了桓振领导的桓氏残余势力，无力讨伐卢循，于是封卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。于是卢循便名正言顺地以广州为其根据地壮大自己的势力。
起义军将领中，卢循的姐夫徐道覆可以称得上是智勇双全的人物，很有战略远见。他在攻取始兴后，就派起义军将士去南康山（大庾岭地区）砍伐了大量造船所需的木材，运到始兴，以低于市价数倍出售，百姓看到有利可图，都争先恐后地把贵重物品卖掉来抢购。这样，大量的船木储存在民间而不被朝廷察觉，为以后进行北伐做了充分的准备工作。
卢循在广州做官，暂时没有了鞍马劳顿和生命之忧，便把推翻朝廷的使命暂时放在了一边，对东晋王朝也就构不成太大的威胁，刘裕因此而得以对北方少数民族政权用兵。义熙五年（公元409年）四月，刘裕率军自建康出发，北伐盘踞于青兖地区的南燕政权。
刘裕出征，造成了东晋统治中心地区防守薄弱的局面。这时，徐道覆先派人劝卢循乘虚北伐，夺取建康。卢循迟疑不决。徐道覆又亲自去番禺，进一步劝卢循说：“朝廷恒以君为腹心之疾，刘公未有旋日，不乘此机而保一日之安，若平齐之后，刘公自率众至豫章，遣锐师过岭，虽复君之神武，必不能当也。今日之机，万不可失。既克都邑，刘裕虽还，无能为也。君若不同，便当率始兴之众直指寻阳”。在这种情况下，卢循虽“甚不乐此举，无以夺其计，乃从之”。但这时刘裕已出师近十个月，并攻占了南燕首都广固城，生擒南燕皇帝慕容超。徐道覆所期望的刘裕驻兵坚城之下，无法分兵回援京师的局面，因卢循的犹豫不决而成为泡影。
不过，一旦确定了北伐的战略目标，就不可能半途而废，各方面的准备工作立即展开。徐道覆马上派人依据原先卖给居民船木的契约收购木料，若有私自藏匿者杀。船木集中后，日夜赶造船舰，不到10天的时间就制成战船1000余艘。
义熙六年（公元410年）三月，卢循、徐道覆共率起义军10万，分道出兵北进。卢循率一支水军自番禺经汀水进入长江。徐道覆率一支水军从始兴（今广东韶关附近）出发，经豫章进入长江，两面夹攻。百里之内，舟船不绝，戍卒十万，舳舻千计。晋军各地守军见义军旌旗招展，船舰蔽天，声势浩大，纷纷望风而逃。东晋镇南将军、江州刺史何无忌自寻阳（今江西九江）率兵往战于豫章长江水域。徐道覆乘西风命数百弓箭手向西岸射击何无忌的坐船，晋船被西风压向东岸，义军以大舰相逼，晋军大溃，何无忌被杀，建康震惊。
东晋朝廷见势不妙，忙将刘裕召回。刘裕日夜兼程驰至下邳（今江苏雎宁西北），用高达10余丈的数层大舰载满军资，令大兵护送慢行，自己则率数十人星夜赶往建康。
这时起义军内部发生了分歧。卢循害怕刘裕，主张退兵回寻阳，以后再占领江陵，据荆、江两州来对抗晋军；徐道覆主张要乘胜和刘裕决一死战。争论了几天，卢循虽然同意了徐道覆的意见，但已经丧失了时机。徐道覆看到卢循这样优柔寡断，无奈地感叹道：“我终为卢公所误，事必无成。使我得为英雄驱驰，天下不足定也”！刘裕趁此机会加强了建康的防御工事，结果起义军在建康城下苦战两月，屡遭挫折，师劳兵疲，被迫向南回师，还保番禺。刘裕一面派兵追击，一面派建威将军孙季高率3000水军沿海南下，限期攻占番禺，夺取卢循的根据地。
义熙七年（公元411年）一月，卢循与徐道覆合军再次东下，约有一万多水军与刘裕军大战于大雷（今安徽望江县西岸）。刘裕以轻舟强弩进攻并借风纵火，泊于西岸的义军舰队大败，战船大部分被烧。卢循败走寻阳，准备还回豫章，筑栅切断鄱湖口作为退路。刘裕攻栅，义军苦战，死伤万余人，战船大部分被烧，残部仅余数千，只得南撤。
三月，刘裕部将攻破始兴，徐道覆战败牺牲。四月，卢循退至番禺，但番禺已于年前被晋军攻占，卢循屡攻不下，战死数万人。五月，义军退至交州（今雷州半岛境），被交州刺史杜慧度乘虚战败，义军死伤殆尽。卢循回天无力，投水自尽。这场轰轰烈烈的大规模海上农民起义，以失败告终。
孙恩、卢循的海上起义被历代统治者诬为匪患，被称为中国历史上海盗的鼻祖。其实，中国历代百姓如果能生活下去的话，谁愿意冒着杀头的危险去“作乱”呢？无非是官逼民反罢了。这场起义持续了12年之久，动摇了东晋朝廷统治的根基，义旗指处，应者云集。官兵大都望风而逃，以至于一直为封建王朝歌功颂德的正史上也有他们浓重的一笔。他们以海岛、海港为基地，经常以数十万人之众乘大型海船航行于海上，并进行军事活动，纵横东南海上与长江中下游，前后所造的大型战船数万，小船则不计其数，充分展现出了义军深受人民的拥戴。同时，这次起义也从侧面展现了我国古代劳动人民雄厚、快速、高超的造船能力，准确娴熟的航海技能和威武雄壮的战船实力，为我国造船航海史谱写了光辉的篇章；同时，它也使得统治者对海洋的军事作用意识有了大幅度的提高，加强海上的军事运用与控制，为其后的统治者所重视。
注释：
[1]自《晋书·地理志》。
