曾国藩抵达祁门以后，由于江浙地区相继被太平军占领，当地官僚们纷纷请求咸丰皇帝派湘军前去援助，李秀成进出嘉兴府，瑞昌、王有龄请其援浙；陈玉成进攻上海，薛焕请求派兵支援上海和苏州。适逢英法联军发动的第二次鸦片战争，咸丰皇帝不知所措，只好命曾国藩“分路进兵，规复苏、常”；几天后，又改命进援浙江，先“保全浙省，再图规复江苏”；并于六月二十四日，实授曾国藩两江总督，并授为钦差大臣，督办江南军务，大江南北的水陆各军悉归其调遣。
此时，曾国藩虽至祁门，但兵将不齐，身边能征善战的兵力并不多，进援浙江，是根本不现实的。目前，他只能立足皖南，争取迅速攻克安庆。但为了应付咸丰皇帝，曾国藩只好对咸丰皇帝开空头支票：“皖南进兵，必须能保宁国、能复广德，乃有进兵东下之路。”因为此时，太平军已占领广德，而军事重镇宁国正处于太平军包围之中。所以，曾国藩的当务之急是先解宁国之围，保住祁门东向的门户。谁知，八月十二日，在清军损失了近六千人之后，宁国府被攻克。这就迫使曾国藩只能改攻为守，令张运兰驻防旌德、鲍超坚守太平、李元度防御徽州，以阻止太平军的进一步深入。
由于徽州战略地位重要，所以临行前曾国藩不放心地对李元度说：“徽州乃皖南大城，又是祁门的屏障，长毛打徽州，是想冲破这道门，闯进祁门来，守住徽州意义重大。你千万不要把它丢了。”
李元度毫不在乎地拍着胸脯说道：“大帅请放心，长毛撼山易，撼平江勇难。有平江勇在，徽州城绝不会缺一个角。”然而，李元度到达徽州后，并没能守住这座门，很快就在太平军九万大军的围攻下弃城而逃。
徽州失守，祁门变成了前线。当时，曾国藩身边仅有张运兰的老湘营一部分及亲兵营，合起来不足三千，形势十分危急。再加上此时李秀成正率领第二次西征的南路大军进入皖南，并于咸丰十年（1860）十月十九日击败了张运兰一部；刘官芳所率大军攻入安徽黟县羊栈岭，离曾国藩的祁门大营仅六十里；而李世贤部则从东面逼近祁门；黄文金部也扎在祁门西。曾国藩的祁门大营实际上已处于太平军的团团包围之中。
当时，曾国藩的身边只有不到三千人，而张运兰被李秀成打败之后，也是岌岌可危，此时已处于无暇旁顾的境地，曾国藩只好急调鲍超前来援助。曾国藩在家信中，描述了此一窘境：“十九日未刻，石埭之贼，破羊栈岭而入，新岭、桐林岭同时被破，张军前后受敌，全局大震，比之徽州之失，更有甚焉。”曾国藩觉得此次祁门被围，肯定是凶多吉少，便事先写好了遗嘱。祁门大营的众幕僚也是心慌意乱，都有撤退的意思。欧阳兆熊曾描绘说：“（湘军）至徽一战大败，叶小鹤副将阵亡。文正驻休宁城，羞忿不肯回答，已书遗嘱，部署后事，军中皇皇，莫知为计。”曾国藩见人心涣散，强留必定适得其反，遂声称愿走者大营发给路费，待渡过难关后仍可回来。正当众人不知所措之时，李秀成却匆匆撤兵。原来，李秀成只是借道羊栈岭，并非想进入曾国藩的祁门大营。一场虚惊总算过去。
李秀成虽然离开了祁门，但太平军仍有人马停留在皖南。太平军已占领徽州，随时还有进攻祁门的可能。所以，曾国藩命令鲍超仍然驻扎渔亭，张运兰驻扎黟县，来加强祁门大营的防卫。但一时间曾国藩却无法从根本上改变兵力上的劣势。
咸丰十一年（1861）正月二十七日，李世贤由休宁进占江西婺源，一举攻占了景德镇；刘官芳则开始进攻榉根岭、禾戍岭、历口等地。历口是祁门大营出入的通道，距曾国藩大营仅二十里。景德镇的失守，更是切断了祁门大营的所有对外通道，曾国藩几乎陷于绝境。
当时，太平军的兵力在湘军十倍以上，湘军则占据了有利的地势，双方打了三天三夜，一时还没有分出胜负来。但是，湘勇的人数却在一天天减少，太平军随时都有可能破岭而入。看来，祁门大营的覆没是在所难免了。
曾国藩此番处于绝境，自料难逃一死，再次写好遗嘱，并在床头放一把剑，随时准备兵败自杀。祁门大营的幕僚们更是惊慌失措。整个大营到处弥漫着惊恐慌乱的气氛。那些纸上谈兵的军机参谋、舞文弄墨的书记文案，以及记账算数的小吏，乱作一团，纷纷暗中寻找生路。许多人暗暗后悔没有早点离开。在此生死存亡的危急时刻，曾国藩尽管已做好了最坏的打算，但他充分发挥了“独立而不惧怕，确立而坚忍不拔”的忍道之功，表面上仍镇定自若。见人心已散，他便亲拟一个告示：“当此危急之秋，有非朝廷命官而欲离祁门者，本督秉来去自愿之原则，发放本月全薪及途费，拨船相送；事平后愿来者，本督一律欢迎，竭诚相待，不记前嫌。”并叫文书誊抄后贴在营房外。众幕僚见曾国藩在关键时刻如此镇定，大受感动，纷纷表示愿生死同之，大营“人心遂固”。正是曾国藩在生死关头的“不惧”和“坚忍”，才激起了部属同仇敌忾、拼死报效的决心，从而渡过了危机。
忍辱负重，徐图自强
“打脱牙，和血吞”是曾国藩关于坚忍之气的名言。“坚”可理解为锐意进取，挺而不软弱；“忍”可理解为持之以恒、能屈能伸、不计屈辱。在数十年的打拼中，曾国藩对他人的不理解、不支持和讥讽、嘲笑、轻蔑甚至侮辱，从不怨天尤人，而是“好汉打脱牙，和血吞”，强忍着咬牙坚持，徐图自强。
曾国藩说自己一生“打脱牙之时多矣”，又说一生成功“全在受辱受挫之时”，他在写给次子曾纪鸿的信中阐述了“能渡过极困难之境方是大英雄”的道理。他说，“平常人遇到困难、挫折时便会停下来，放弃自己的目标，或绕道他处。实际上，‘熬过此关，便可少进，再进再困，再熬再奋，自有亨通精进之日。’”曾国藩通过古今豪杰成败的启示，得出结论说：“凡事皆有极困极难之时，打得通的，便是好汉。”
咸丰四年（1854），在曾国藩决计会战湘潭时，太平天国的声势正盛。以金陵为中心，武汉、镇江、扬州等重镇，全都掌握在太平军的手中，清政府在这一地区几乎没有任何力量，而东征太平军的曾国藩也是接连失利。在这种情况下，湘潭决战的胜负对于交战双方来说，都攸关全局。曾国藩认为，“湘潭与靖港之贼互为首尾，倘不及早扑灭，不独省城孤注难以图存，衡、永、郴、桂及两粤匪党，闻风响应，东南大局不堪设想。”当时的情况也确实如此，太平军若能取得湘潭之战的胜利，便能顺势攻取长沙，控制湖南，从而在湖南和两广农民起义军的响应下，控制两广和闽浙等地，占有半壁江山。太平天国政权只有在真正实现了划江而治的条件下，才具备发动北伐的可靠基地，才有可能夺取全国政权。而对湘军来说，湖南是湘军的老巢，占有湖南便意味着湘军的兵饷来源有保证；一旦失去湖南，犹如鱼离开水一样，湘军就会因干涸而消亡。
曾国藩充分认识到了湘潭战场的重要性，先派手下第一悍将塔齐布率军开赴湘潭，又急调水师统领褚汝航协助陆师摆开了与太平天国殊死搏斗的架势。这样，在湘潭战场上，湘军的兵力占了优势，加上太平军主帅林绍璋本人忠厚有余，但“无大本领”，指挥不当，致使太平军战线过长，兵力分散，完全陷于被动挨打的局面。
湘潭之战，太平军遭到前所未有的惨败，朝廷特别强调这一胜利的影响：“自粤逆称乱以来，未受大创，湘潭一役，始经兵勇痛加剿洗，人人有杀贼之志矣。”
湘潭全胜、靖港大败，湖南巡抚骆秉章、湖南提督鲍起豹和曾国藩联合上奏战斗经过，请奖励立功将士。而曾国藩则单上一折，痛陈自己的失误。奏折最后，他沉痛万分、深切自责道：“臣整军东下，本思疾驱出境，乃该逆（太平军的林绍璋）大举南犯，臣师屡挫，鄂省危急，不能速援，江南贼氛，不能迅扫，大负圣主盼望殷切之意……请旨将臣交部从重治罪。”对于曾国藩自罪自责的一片苦心，咸丰皇帝并未理解，反而想起了之前曾国藩的“抗旨”之举，甩手便是一巴掌，使曾国藩好不伤心。咸丰皇帝朱批道：“此奏太不明白！岂已昏愦耶？汝罪固大，总须听朕处分。岂有自定一拿问之罪？殊觉可笑！想汝是时心摇摇如悬旌，漫无定见也。”于是曾国藩被革去了礼部侍郎之职，被责成戴罪剿贼。
随后，咸丰皇帝又以株守长沙不主动迎战之罪名，将湖南提督鲍起豹革职，任命云南腾越镇总兵常存为提督，在其未到任前，暂由塔齐布代理。两个月后，骆秉章参奏常存在长沙守城时畏缩逃避，朝廷改授塔齐布为湖南提督。至此，湘军在与湖南大吏的长期争斗中取得了重大胜利，终于在湖南站稳了脚跟。
曾国藩回到长沙以后，咬牙立志徐图自强。他认真总结了岳州、靖港两次战斗的惨痛教训，努力克服自己的弱点，为湘军日后外出作战积累了经验。在曾国藩看来，湘军各营在几次战斗中暴露出来的种种弱点中最主要的是功罪不分、赏罚不明，良莠不分、勇懦不一。因此，他对湘军进行了整编。
据查，湘军于岳州大败时，敢同太平军进行抵抗的，只有彭玉麟一营；湘潭之战，浴血奋战的只有塔齐布两营、杨载福两营。曾国藩根据兵贵精而不贵多的原则，依据勇于战斗的前提，决定士兵的去留。他从明赏罚、严军纪做起，凡溃散之营便不再收集，营哨兵勇一律裁去不用。经过这番整顿和裁撤，留下的仅有水陆两部五千人。其弟曾国葆也在被裁之列，这对曾国葆的打击很大，他多少年后还一直深居简出，拒见宾客。曾国藩同时决定将王錱留在湖南，命罗泽南随其出征；令塔齐布、罗泽南、彭玉麟、杨载福增募新勇，使湘军人数又增至一万余人。曾国藩下令在衡州、湘潭修造船只。与此同时，除湘军本身进行的扩充之外，曾国藩还将胡林翼的黔勇增募至两千，并征调了登州镇总兵陈辉龙所率的船队和广西候补道员李孟群统率的船队，共计一千余人。
经过长沙整军以后，湘军面貌一新，能战能守，这与曾国藩努力改正自己的弱点有着极为密切的关系。曾国藩在以后的家信中，提到此事时写道：“然困心横虑，正是磨炼英雄玉汝于成，李申夫尝谓余怄气从不说出，一味忍耐，徐图自强，因引谚曰‘好汉打脱牙和血吞’。此二语是余生平咬牙立志之诀……岳州之败、靖江之败……盖打脱牙之时多矣，无一次不和血吞之……惟有一字不说，咬定牙根，徐图自强而已。”
这就是一个活生生的曾国藩，这就是一个坚忍无比的曾国藩，这就是一个“打脱牙，和血吞”的硬汉子！
