看到瑞典国王接连取得胜利，新教各等级反抗皇帝的勇气得到了极大增强。对于皇帝一再提出无理要求、坚持执行赔偿敕令的做法，各等级十分气愤，简直到了忍无可忍的地步。皇帝走上今天这条道路，也是被自己的性格和时局所决定的。他的傲慢和专横，必定听不进他人的建议，而现在也只能一错再错，以此来躲避可能到来的惩罚。他悄悄地修改了整部帝国宪法，当诸侯们发现的时候已经为时已晚。为了自救，诸侯们只能团结起来，这也是他们唯一的选择。看到皇帝公然采取措施反对福音新教教会，约翰·格奥尔格终于看清楚了皇帝的真实面目，他再也不愿意被皇帝所欺骗了。他的儿子被斐迪南逐出了马格德堡大修道院，这使他受到了更大、更直接的伤害。他的新宠臣阿恩海姆元帅则提出了一个很好的建议。阿恩海姆与瓦伦斯泰关系很好，曾在瓦伦斯泰帐下工作，也是他的朋友，为向皇帝报仇，他一直在寻找机会，并希望萨克森选侯从皇帝阵营中退出来。现在瑞典人出现在德意志，他终于等到了机会实施他的计划。只要促使新教各等级同古斯塔夫·阿道夫结盟，皇帝就毫无翻身的可能了。从某种程度上讲，皇帝的命运掌握在约翰·格奥尔格的手中，如果大家都像萨克森选侯那样做的话，皇帝是毫无胜算可言的。阿恩海姆为了突出自己的重要性，同时也为了满足主子的虚荣心，建议约翰·格奥尔格佯装与瑞典结盟，以此来要挟皇帝满足自己提出的条件。从内心讲，他又不愿意主子与瑞典人真的结盟，否则自己会受到约束，在主子面前的重要性也难以保证。他认为自己这个计划是一石三鸟，既可以讨好主子，也能团结新教派，还可以在德意志兰建立起第三种势力自由地选择与瑞典或奥地利结盟。
约翰·格奥尔格的自尊心令他十分认可这一计划，他不愿意依附于瑞典，更不愿长期屈服于皇帝的暴政。在皇帝和瑞典之间，他既没有能力左右局势，又不甘心被局势所要挟。他不想看到瑞典国王掌控德意志，也不想在这次纷争中担任配角。为了尽快成为主角，他决定尽可能地为自己争取利益，尽快地壮大自己的实力，在不依赖瑞典国王的前提下实现自己的计划。和他有一样想法的还有勃兰登堡选侯，两个志同道合的人走到一起展开了会谈。
1631年2月6日，帝国所有的福音新教等级在莱比锡召开了一次全体会议，众多诸侯、伯爵、勃兰登堡、黑森—卡塞尔、新教主教等十分重视，要不亲自赴会，要不就派出全权代表。会议由萨克森宫廷传教士主持。虽然这个集会的目的是为了自救，可皇帝仍不愿意他们这样擅自集会，但是皇帝的阻挠并没有浇灭大家的热情，更何况古斯塔夫·阿道夫的节节胜利给了大家极大的鼓舞。为了捍卫自己的权利，他们讨论了两个月，并发表联合声明，要求皇帝撤销赔偿敕令，撤出部队，并停止对各邦的压榨。如果皇帝不答应这些条件，他们将组建自己的部队，依靠四万名士兵来捍卫权利。这个声明，一下子使皇帝陷入了窘迫的境地。
与法国结盟
1631年1月13日，瑞典终于放下与法国建立友好关系的种种疑虑，在诺伊马克的巴尔瓦德正式与法国结盟，这给了新教诸侯们更大的信心。瑞典和法国的结盟也不是一帆风顺的，在结盟谈判中，就今后如何对待那些在法国庇护下的天主教帝国诸侯一事，双方发生了较大的分歧。古斯塔夫·阿道夫坚持要对他们实施报复，法国则不顾瑞典的自尊，坚持自己对陛下的头衔问题的看法。最终双方各自做出让步，不再坚持原来的看法，签订了结盟条约。这两个强国约定相互进行保护，共同的朋友也将受到武力的保护，遭驱逐的帝国诸侯他们有义务帮助其重返邦国，恢复边境和德意志内部的原有秩序。
基于这一共识，瑞典需要首先维持一支三万兵力的军队在德意志，法国虽然不直接参战，但必须提供每年40万塔勒的补助金。作为交换，古斯塔夫·阿道夫必须保证获胜后尊重当地的天主教宗和帝国法律。任何一方不得私自与敌方达成和解，这个联盟有五年的有效期，对德意志的所有等级和诸侯开放，甚至包括天主教徒。
瑞典国王一定是做了巨大的思想斗争，才放弃了在这场战争中的自主权，接受了法国的条件。不过，与法国的结盟对他而言也是十分重要的，起码他可以从法国那里接受军饷，而且与这个欧洲最强大势力的结盟，会使他得到德意志帝国等级会议的信任。天主教徒对他的态度也发生了颠覆性的变化，以前他们害怕瑞典的取胜，现在看到瑞典和信奉天主教的国家都能结盟，那么他们有理由相信自己也会得到瑞典人的保护。虽然古斯塔夫·阿道夫可能会因为保护新教徒的势力而侵犯自己的权益，但由于有这层结盟关系的存在，法国一定会及时叫停古斯塔夫·阿道夫的越轨行为，为天主教宗和德意志的自由提供更多一层的保证。
莱比锡联盟的诸侯们在第一时间收到了瑞典国王的通报，得知了两个强国结盟的消息，他们也接到瑞典国王关于建立更加紧密的联盟的邀请。对于瑞典国王的行为，法国深表支持，并一再劝说萨克森选侯做出回应。不过考虑到各种复杂的因素，这些诸侯还不能公开表态，只能秘密地支持瑞典，对于这一点，瑞典国王深表理解。众多诸侯表示一旦有机会，将会考虑他的建议。唯一未做出这样回应的是约翰·格奥尔格，因为之前对瑞典国王充满嫉妒和鄙视，他的态度并不积极。
皇帝现在面临着两个对他不利的消息，一个是诸侯们在莱比锡联盟会议发出的决议，再一个就是法国与瑞典的结盟。对于第一条消息，由于缺少军队来镇压，他只能一再强调自己命令的权威性，以此作为回应。他警告莱比锡联盟的参加者，不能招募军队。不过，现在谁也不会听皇帝的命令，大家不管不顾，各自分头招贤纳士，积极备战。
皇帝的处境更加困难了，他现在是缺兵少将，更重要的是缺少经费，实力的欠缺使他不可能双线作战。因此，他必须在瑞典国王和德意志帝国等级会议之间做出选择，以其中一个作为自己的对手。他现在焦头烂额，一会忙于对付新教徒的活动，一会又得赶紧调兵遣将，应对瑞典国王的进攻。瑞典国王在攻克法兰克福之后，将瓦特河畔的兰茨贝格作为下一个目标，并很快得手。试图营救的悌利晚了一步，只得转而大力围攻马格德堡。
马格德堡城是勃兰登堡家族的福音新教亲王们的领地，这里施行的不是天主教。由于私自与丹麦联络，最后一位行政管理人克里斯蒂安·威廉被大教堂牧师长老会免职。萨克森选侯的次子约翰·奥古斯特亲王和皇帝的儿子莱奥波德都想拥有这一富裕的大主教辖区。克里斯蒂安·威廉不甘心就这样被免，也在积极地四处奔走。他认为自己任职期间得到了马格德堡民众和市参事会的认可，完全有实力与另外两个人竞争。他到了瑞典，和古斯塔夫·阿道夫达成协议，由他负责在德意志兰发动一次重要的佯攻，而瑞典国王负责向他提供大力支持。为避免意外，瑞典国王一再嘱咐克里斯蒂安·威廉要见机行事。
风波迭起的城市
瑞典军在波美拉尼亚登陆后，克里斯蒂安·威廉赶紧乔装潜入马格德堡。在市参事会的会议上，他发表了指责皇帝的开场白，提醒市参事们不要忘记皇帝军队给大家带来的折磨，不要忘记斐迪南的暴行，更不要忘了福音新教教会所面临的危险。随后，他告诉大家，瑞典国王愿意和大家结盟并提供援助，光明和希望就在眼前。
马格德堡是德意志最富裕的城市之一，其管理模式是市参事会领导下的共和自由，受此熏陶，市民们都比较英勇果敢，不愿意忍受强权的压迫。以前瓦伦斯泰就因为觊觎这里的财富，向他们提出了非分的要求，但是马格德堡市民并没有屈服，而是英勇地拿起武器，用鲜血和刀枪捍卫了自己应有的权利。这件事刚过去不久，对人们的影响还十分大，所以克里斯蒂安·威廉的陈述得到了大多数人的赞同，他没费吹灰之力就实现了自己的目的，马格德堡城与瑞典国王实现结盟。根据盟约，马格德堡城的宗教和特权将受到瑞典国王的全力保护，作为回报，则需要允许瑞典国王从这里通过和招募军队。
克里斯蒂安·威廉立刻着手建立了一支自己的作战部队，并单独向皇帝军队展开进攻。其实这是十分危险的，他孤军深入，并没有瑞典军队的协助配合。好在他运气正佳，陆续占领了几个小地方，歼灭了附近的几个皇帝军团。后来在一支皇帝军队的追击下，他不得不紧急撤退。面对这样鲁莽冒失的合作伙伴，古斯塔夫·阿道夫尽管十分不满，但还是以大局为重，派出了迪特里希斯·冯·法尔肯贝格军官前去支援。这位军官作战经验丰富，手下的军队也极富战斗力，一到马格德堡城就被任命为该城的战时指挥官。就这样，马格德堡城的势力得到极大增强，附近一些城市也加入进来，在局部形成了对皇帝军团的优势。他们采取灵活多变的作战方式，总是能取得一些胜利。
帕彭海姆伯爵终于能够腾出手来进攻马格德堡城，这下守城的部队立刻失去了以前的优势，还没怎么持续交战，他们就被迫退守在城中。马格德堡城与萨克森失去了联系，成了一座孤城。帕彭海姆伯爵命令部队将该城团团围住，摆出了攻城破阵的架势。悌利伯爵随后也赶了过来，并发出一封恐吓信，要求守城者看清时局，赶紧开门投降。在得到否定的回答后，悌利决定付诸武力。
1631年3月30日，攻城之战正式拉开序幕。法尔肯贝格下令拆掉了易北河桥，采取退缩防守的战术，主动放弃了城郊的苏登堡和诺伊斯塔特，以便集中兵力。帕彭海姆与悌利分开行动，从两翼对马格德堡展开围攻。
守城的兵力明显不足，两千名步兵和数百名骑兵肯定是难以防守成功的，无奈之下，市民们也被发动起来投入战争。但是市民们的想法不一，这种分歧可能会招致更加严重的后果。对战争的不满情绪逐渐蔓延，他们抱怨着，消极懈怠地从事着守卫的差事。城外的隆隆炮声最终将他们拉回到现实中，当前只有尽力防守才能求得一线生机。
当然，眼下的形势对守城一方是比较有利的，莱比锡联盟的军队同样也不愿意丢掉这座城市。古斯塔夫·阿道夫率领的援军就在不太远的地方，几天就能赶到。攻守双方对此都心知肚明，悌利伯爵加快了攻城的节奏，先后两次派人传话，希望对方能够主动投降。马格德堡的市民们并没有答应，而是满怀信心地坚守待援。
此时，皇帝军队的攻势越来越猛，包围圈也缩小到了护城壕一带。他们先后使用炮击、火攻等办法，虽然对城墙和塔楼造成了一定程度的损害，但没有取得实际的效果。唯一令人担心的是守城者的弹药几乎要用完了，如果援军还不赶来，他们只得缴械投降了。在焦急的等待中，他们将所有的希望放在了瑞典国王身上，如果瑞典军星夜兼程的话，两三天后即可解决守城者的燃眉之急。5月9日，攻城者突然停止了对城市的炮击，并将炮位转移了阵地，皇帝军营到处都是静悄悄的。看到这些，守城者认为一定是援军赶到了，自己马上就能获救。紧绷了好些天的神经终于松懈了下来，大家抓紧利用这难得的机会，美美地休息了一个晚上。谁也没有想到，正是这一觉，让他们付出了最为惨重的代价。
马格德堡城的沦陷
马格德堡城久攻不下，对手的援军也将很快赶来，这令悌利非常焦急。在此之前，他希望能够最后再尝试一次，争取拿下这个城市。为此，他计划改变以前的进攻方式。在随后的军事会议上，通过了从四个方向同时进行一次猛攻的战术。9日夜晚，他们为几个小时后即将展开的猛攻准备着。10日凌晨5点，一声炮响揭开了总攻的序幕。诺伊斯塔特城门的防守工事此时并不坚固，多处城墙已经倾斜，护城壕里没有水，并且也不算深，更重要的是负责守护的人多数不在这里，这令前来进攻的帕彭海姆轻而易举地就得手了，马格德堡城的第一个缺口就这样被打开。
听到远方传来的枪炮声，法尔肯贝格立刻意识到大事不妙，他急忙召集兵力，准备增援诺伊斯塔特城门，但此时城门已经失守。他急忙奔向另一处失守的地方，准备打退正在攀登防御工事的敌人。不幸的是，一颗子弹飞了过来，将他击倒在地。到处都是急促的枪炮声、尖锐的警报声，市民们终于意识到形势的严峻。匆忙之中，他们穿好衣服，拿起武器冲了出去。由于群龙无首，没有骑兵的配合，再加上又是仓促应战，他们的抵抗毫无章法，十分混乱，到了最后，连子弹也用完了。悌利利用这份混乱，趁势将其他两处城门也攻陷了。一位名叫施密特的上校勇敢地担当起防守指挥者的角色，他率领一部分士兵再次与敌人作战，并取得一定的优势，将敌人一直赶到城门边。这时他也身负重伤，最终还是没能坚持住。不到中午，敌人已经攻陷了所有工事，蜂拥着进入马格德堡城。
