从三月底开始，闯王李自成率部在武昌府驻留达一个月。四月下旬，李自成率领农民起义军从武昌府沿长江分水陆两路往东退却。李自成所部在富池口及九江上游被清军追及。清军与李自成主力部队在九江附近展开最后的决战。此战，闯王主力部队被击溃，舰船全部丧失，数万义军将士被杀害。李自成的大将刘宗敏、军师宋献策、明军降将左光先、李自成的两位叔叔赵侯和襄南侯以及大批随军将领家属也被清军俘获。刘宗敏、宋献策和李自成的两位叔叔当时就被清军杀害。李自成身边仅剩下一万多人。就在这个时候，李自成的丞相牛金星认为大顺政权大势已去，竟然置起义军将士于不顾，不辞而别，开了小差，投降了清军。这对大顺政权以及军队是一个致命的打击。
大顺军在江西九江遭受重大挫折后，往东的去路已经被清军截断。他们手中掌握的成百上千艘船只也被清军掠夺一空。清朝豫亲王多铎的部队已由河南归德(商丘)、安徽泗州直趋扬州南京。李自成沿江东下、向安徽一带发展的意图已经无法实现，不得不转向南方进军，准备穿过江西西北转入湖南。
先前，李自成安排义军从西安分兵南下。当时分成几路，有一路由李自成的侄儿李过带领，从陕西经四川东部南下。四月间，李过率领的这支由陕西撤退下来的部队，向东南方向转进时受阻于荆州当阳一带。由于错过了时间，李过部队与李自成主力部队没有能够会师武昌。李自成在九江战败后，身边只剩下一支一万多人的部队，被迫往南转移。这时，李过统率三万人的军队才赶上了李自成部队。很快，李自成大部队来到兴国州通山县的九宫山地区。九宫山位于通山县城东南百里处。九宫山绵亘近百里，境内千峰争翠，万壑竟幽，峰、岭、岩、台、洞、泉、池等奇丽景物数不胜数。李自成将大本营暂时扎在九宫山北麓一个大型寺庙。
李自成义军对明朝贪污腐化的官僚和敛财盘剥的地主富商一直进行严厉制裁。比如义军发布檄文，指责明朝官吏“贪税敛”“掳掠民财”“吸髓剥肤”。又比如，义军攻克州县后，立即镇压当地官吏和富户。因此，明朝的官僚和地主富商对义军恨之如骨，极力对抗义军。湖广总督何腾蛟是南明负责堵截李自成的重要地方官员。他预测李自成在北方失利后，势必率兵南下湖北，他以湖广地方最高长官的身份下令各级地方官作好迎敌准备。
当时，明朝诏令各府州县办理团练。通山县官命令县属各团练立即做好防贼保乡的准备。这九宫山一带的团练头目叫程安恩，是程恭达第三子，字九伯，号南枝。程九伯此人有一身蛮力，颇讲哥儿们义气，现整天指挥着一百多名团丁拿刀使枪、练射弓箭。这次，他接到县官的防贼命令后，立即带领众团丁在各山隘险要处巡防。
五月初四这天，李自成为消遣愁绪和察看地形，率28名亲兵随从在九宫山北麓一带转悠，来到小月山牛脊岭。李自成他们的行踪佷快被地主团练安排的二个站岗放哨的团丁发现。团练岗哨立即将情况报知程团练。程团练听说有一小股骑马的贼人来到，立刻纠集了手下全部团丁来杀。这些老实巴交的团丁，多年被官府和地主的宣传蒙弊，一心防贼杀贼，跟着程九伯就走。他们根本不知道有一支数万人的农民军就驻扎在附近，只以为是一股小毛贼来袭，故而有胆上来厮杀。
程团练他们悄悄来到距李闯王不远处的一个山头。程仔佃一观察，发现这伙贼人比较彪悍。程生恐硬拼不是敌方对手，只宜智取。于是，程命众团丁弓箭准备，对着目标一阵猛射。李闯王他们都被射中，应声落马。程团练又命众团丁冲杀下去。除二人脱身外，李自成和26名将土全部遇害。李自成大江大河都过了，在这小山沟里翻了船，年仅39岁。
程团练他们打扫战场时，惊的说不出话来。他们发现了许多好东西：宝马、宝剑、上等刀枪、金印、金甲及一些金银珠宝细软。尤其是一个贼首模样的人头戴着珠盔，身着龙袍。旁边一匹白马，配有银鞍金镫。那马镫的上端，赫然雕铸着两只龙头。这贼首的身份一定非同一般。程团练他们自知惹下了大祸，就卷着这批宝物，远远的躲到深山老林里去了，十天半个月都不敢露面。闯王亲随张双喜和刘伴当二人逃回义军大营后，立即将遇袭事件报告大将李过。李过即刻带兵三千去寻闯王。在牛脊岭，他们发现闯王果然遇害了。李过哭昏过去又清醒过来后，怒不可遏，命令屠村。于是附近三村十八寨，立即腥风血雨，尸伏遍野，血流成河。只可惜，程团练他们躲的远远的，没有被追杀到。因此在顺治二年五月初四，通山县出现了“闯贼数万入县，毁戮四境”的情况。
因为李闯王等人已被起义军自己收理。所以后来，清朝官府在小月山牛脊岭（九宫山的一部分），就会找不到李闯王的尸首。只能以尸首已朽不可辨，或是尸首多难以查找，唐塞过去。所谓“县官亲入山，谕以所杀者流贼李自成”一事，实则团练程九伯他们像猛子一样，无意之中把李自成和其侄儿李延都杀死了。
有关李自成的最终结局，当时偏安江南的南明朝廷特别上心。对他们而言，任何人都可以忘记，唯有这个让他们国破家亡的李自成不可以忘记。南明湖广巡抚何腾蛟有一个向南明政府的奏报。这个奏报说李自成已经死了。奏报的主要依据是，与南明联合抗清的一部分大顺军将领说李自成已经死了，而且说是满营痛哭。
何腾蛟的奏报《逆闯伏诛疏》中说：“为闯死确有证据，闯级未敢扶同，谨据实回奏事：……臣揣闯逆知左兵南逞，势必窥楚。即飞檄道臣傅上瑞、章旷，推官赵庭壁、姚继舜，咸宁知具陈鹤龄等，联络乡勇以待。闯果为清兵所逼，自秦豫奔楚……以二十八骑登九宫山为窥伺计。不意伏兵四起，截杀于乱刃之下。相随将军张双喜，仅得驰马先逸。而闯逆之刘伴当飞骑追呼曰：‘李万岁爷被乡民杀死马下，二十八骑无一存者。’一时贼党闻之，满营聚哭。及臣抚刘体仁、郝摇旗于湘阴，抚袁宗弟、蔺养臣于长沙，抚王进才、牛有勇于新墙，无不众口同辞；营内有晋豫旧治之子衿氓隶，亦无不众口同辞也。张参将久驻湘阴，郝摇旗现在臣标，时时道臣逆闯之死状。”
何腾蛟是南明负责堵截李自成的地方重要官员，他预测李自成在陕西失利后，势必率兵南下湖北，他以湖广最高行政长官的身份下令各级地方官作好迎敌准备；二是呈报李自成在九宫山遇害详情；三是李自成部下报告李自成死事，而且众口一辞。奏疏上报后，南明皇帝大喜，立刻封何腾蛟为东阁大学士兼兵部尚书，仍总领军队。
当年负责一路追击大顺军的满清英亲王阿济格，在闻听九宫山之事后也马上表奏清廷。奏报说，李自成逃跑后被九宫山当地乡民包围，无法脱身，最终上吊自杀。他的奏报到了北京之后，清朝廷非常高兴，他打的旗号就是好象为明朝报仇来了，来剿贼来了，因此他很重视，这当然是大功了，朝廷很高兴，就祭祖了，我们得胜了，把李自成消灭了。
后来朝廷得到的消息说李自成没有死，贼兵还很多，所以就下了一个口谕，谴责阿济格，说你欺骗朝廷。因为李自成被当地乡勇所杀，地点在深山之中，清军又不在现场，因此，阿济格为慎重起见，在奏报朝廷李自成被杀后，还是专门安排认识李自成的人前去辨认尸体。结果却出乎意料，尸朽莫辨，就是尸已经腐朽了，弄不清到底是不是李自成。所以阿济格又有第二个奏报。第二个奏报就说得更含糊了，因为找不到尸首，说李自成死了，你找不到尸首，找不到证据啊！验尸的结果竟然是因腐烂而无法辨认！这是一个令人尴尬的结果，很有可能李自成还没有死，还活得好好的。
阿济格的第二份奏报到达北京后，摄政王多尔衮在震怒之下，对他的谎报军情进行了严厉地训斥：先前你说李自成被杀死了，但是现在又说他逃跑了，你怎么能这样欺骗朝廷呢！因此，胜利班师还朝后的阿济格不仅没有得到封赏，还因为欺诳罪由亲王降为郡王，罚银五千两。但是，清朝摄政王多尔衮毕竟信任阿济格。很快，阿济格就又恢复亲王职衔了。同时，清廷大肆赏赐程九伯。
清军行查到县，程九伯不敢出认。清廷任命的通山县县官亲入九宫山，谕以所杀者流贼李自成，奖其有功。于是程九伯进献李自成所穿戴珠盔、龙袍于本省督宪军门佟，而私自留下了李延的宝剑与金印。因为宝剑和金印上刻的名字不是李自成而是李延，所以他不敢交。
匹夫程九伯杀闯王有功，朝廷封赏。程九伯先被清廷委任为德安府经历，后选拔为陕西西安府守备。程九伯升为西安府守备，领回了青缎马褂，顶戴花翎。这一天，他为了摆荣耀，抖威风，吩咐家丁把官衣挂到大门口去晒，让过路行人晓得他程九百升官了。官衣刚晒好，突然，一阵狂风把晒篙上的官衣吹落在地，与此同时，一匹白马从对面山上踩踏过去。家丁捡起官衣一看，坏了，官衣上留下一颗黄泥巴马蹄印。嘴吹不掉，手拍不落，只得用水搓洗。谁知黄马蹄印越洗越黄，吓得家丁不敢隐瞒，前来禀告。程九百接过官衣一看，暴跳如雷，将家丁一顿暴打。
有人上前对程说：“守备大人，近几天，都在议论李闯王的白龙马到处显灵，莫不是这匹马上门作怪？”程九百胆颤心惊，却强装硬汉，眼睛一瞪：“李闯王已经死在我的手里，何况是他的马呢？这孽畜，我总有一天要收拾它！”程九伯口里这样说，心里却非常害怕，再不敢赴西安府上任。不久，程就得病死去了。清廷文林郎、通山县知县任某，竟过分表彰程。任某题赞曰：“仗义勤王竭毕生之壮胆，挥戈殄逆建一时之功勋。”而清朝反动官员和文人在通山县九宫山某处立有“李自成坟”石碑和“罗公丹灶，闯贼荒茔”石柱。他们抬高程匹夫贬低李闯王，这只让正直人士和义军将士恨得牙痒痒。
大顺军群龙无首，只好分散发展。有的来到湘赣交界山区，有的来到湘鄂交界山区，还有的进入川、贵、粤等地。这时李自成原配高夫人尚在，其子李来亨尚在，由高一功率一支大顺军保护。来到湘赣交界山区的这支大顺军由名将李过带领，一度声势很大。李自成的部将刘体仁、王进才等经过通城县向西南进军，到湖南巴陵、平江、湘阴、浏阳等地。“高、李部号二十万，刘体仁、袁宗第、张光翠、牛万才、塌天豹部各数万，不下数十万”，这纯属虚张声势。后来李过的部队被清军围困于赣西北一座山里，弹尽粮绝。李过把军中全部财物分给部下，让部下各自逃命去了。于是原明皇宫的无数珍宝及无数宫女流落到了湘赣交界的幕阜山的乡村中。李过本人出家为僧，静度余生。李过晚年写下了关于大顺农民政权的回忆录《西楼雄梦》等文章。
