满清顺治二年（1645年）正月，清军豫亲王多铎率军占领潼关和西安后，李自成在陕西已无法立足。摄政王多尔衮一边命英亲王阿济格加紧进军陕西猛追李自成，一边命豫亲王多铎从西安向河南进军。在多尔衮指令下，有三路兵马于三月齐集河南归德。四月初五日，多铎在此统领南征的兵马直指南明千里空营的淮扬一带。很快占领盱眙、泗州，扬州指日可下。
四月初，南明弘光朝廷闻得多铎兵马南下，又诏命史可法守御扬州。史可法传檄诸镇发兵救扬州，但没有多少兵马响应。刘泽清领兵北遁淮安，仅派其部将刘肇基领少数兵至。史可法虽为督师，却无将可调，无兵可用，肯定不能守住扬州了。在这种情况下，史可法只好多次向权相马士英告急，请求援兵。但马士英不发一兵一卒过江增援。四月十七日，多铎兵临扬州，开始围城。
四月二十四日，清兵以红夷大炮轰城，城堞轰塌。多铎占领新城后，再次致书史可法诱降：“若好让城，不戮一人。”史可法丝毫不为所动。二十五曰，扬州城全陷，史可法被俘，不屈而死。扬州城破之后，清军进行了十天血腥的屠杀报复。
且说当时扬州城内，有一个经营淮盐的大户人家，家长姓汪。四月二十四、二十五日扬州闻得炮声隆隆。汪府一家人躲在里面很害怕，不知道会发生什么事。汪老爷吩咐管家带领家丁关好大门，严密巡守宅院。等了两三天，大家认为战争可能结束了，想出去看看。这时忽然听到外面人喊马嘶，接着听到一阵急促的踢门声。汪老爷命令管家爬上角楼去看大门口发生了什么事情。一会儿管家回话说：“禀老爷，外面有许多清兵在撞门，只怕要出事。”汪老爷知道大事不妙，急命管家带着四位少爷先去密室躲避，并叮嘱没有他的话，千万不要出来。然后，汪老爷亲自带着众家丁去大门应付。
汪老爷刚出大厅，还没到大门。大门已被撞开，一队清兵持刀枪冲了进来。汪老爷迎上前，忙说了一声：“各位军爷，有何贵干？”不料为首的清兵挥起一刀将汪老爷砍翻在院子道旁。这队清兵冲进来之后，见人就杀，见东西就抢。只一刻钟，就见尸横遍地，到处箱翻柜倒。清兵将所有金银细软都抢走了。大少爷和二少爷因年少不懂事，走出密室后也遇害。只有三少爷、小少爷和管家躲在密室，隐隐约约听到外面的惨叫声、砸物声，都不敢出来。后来听见外面没什么动静了，但老爷一直没来喊他们出去，更加害怕。后来，他们壮着胆子，慢慢地摸了出来，当时的场景把他们吓得半天说不出话来。密室外面的人全部倒在血泊之中，只有一、二个仆人和老爷似乎还有点气，他们连忙把这几个人扶起来灌一些生水。半天，他们才缓过神来。这一家老小并仆人总共有三十多个人被杀死，屋里财物被洗劫一空。幸好密室还贮藏了一些钱粮，可以勉强支撑几天。那位小少爷就是以后扬州大名鼎鼎的内阁中书汪懋麟，也是胡统虞的儿子以后的亲家。
四月二十六日至五月初五，清兵在扬州大肆杀掠，昔日繁华的扬州变成了人间地狱。史称此次屠城为“扬州十日”。
五月初五日，清军抵达江北准备渡江。初八日清军占领镇江，兵锋直指南京。南明镇海伯郑鸿逵率舟师分守瓜洲和仪真，被清兵击渍，往闽浙沿海而逃。此时，南京城早已大乱。福王和马士英带领亲信部队逃出了南京城，暂驻太平府。天牢中，复社人士也乘乱获得了自由。公子侯方域一出牢门，就看见李香君手里拿着桃花扇，正在人群中找他。原来秦淮河的女人也散了。她知道公子将出监牢，特来迎他。于是他们一起逃往乡间，去过普通百姓的日子。一代名妓柳如是劝夫君钱谦益蹈水自尽，可钱公终究还是不愿放弃人间的荣华富贵。当崇祯帝自缢，清军占领北京后，南京建立了南明弘光朝廷，柳如是支持钱谦当了南明的礼部尚书。今当清军兵临南京城下时，柳氏劝钱公与其一起投水殉国，钱公沉思无语，最后走下水池试了一下水，说：“水太冷，不能下”，柳氏“奋身欲沉池水中”，却被钱公托住了。
五月十五日，京营总督忻城伯赵之龙、大学士王铎、礼部尚书钱谦益等南明残留文武大员三十一人以南京城向清军投降。多铎率清军进入南京城。兴平伯高杰之子元照、广昌伯刘良佐等率二十三万马步兵先后来降。六月，靖国公黄得功在芜湖战死。其部下总兵官田雄、马得功执福王及其妃来降。马士英本人逃住浙江。江西境内的宁南侯左良玉之子梦庚及江督袁继咸率马步兵十多万也向清朝投降。南明弘光朝廷只存在一年时间就灭亡了。
六月，清廷始谕直省限旬日剃发如律令。又谕江南文武军民剃发，不从者治以军法。命江南于十月举行乡试。闰六月，清廷改南京为江南行省，改应天府为江宁府，并命大学士洪承畴招抚江南诸地。
钱谦益在弘光朝以前是清流魁首，他利用自己在东林党中的地位和社会影响，主张拥立潞王，理由是“昭穆不远，贤明可立。”也认为福王虽然是神宗的亲孙，但贪淫不孝，道德恶劣，不可立。由于马士英翻手为云，覆手为雨，勾结阮大铖，打击史可法，最终拥立了福王。东林党人，内阁大臣高弘图、姜曰广纷纷告退。此时钱谦益见福王登位，知道情势不妙，立即摇身一变，改换门庭，来了一百八十度的大转弯，反而上疏称颂马士英的功德。钱谦益自从弘光朝依附马、阮，接着又迎降清军，真是自毁晚节。其前半生的风烈节义与后半生谄事马阮，降清仕清的变节行为，形成了强烈的对比。
钱谦益投降后，将弘光朝原先诏选而尚未入宫的美妇数人，献给了清豫亲王多铎以结其好。他降清后，仍然一意孤行，想继续为清廷立功。他派亲信周荃到苏州进行招抚活动，张贴告示，为清政府作喉舌。他还亲自写信给常熟知县曹元芳，进行劝降。清廷任命钱谦益为礼部侍郎管秘书院事，兼《明史》馆副总裁。有一天钱谦益穿着一件小领大袖，样式特别的外衣出游苏州虎丘山。一位江南学者从他面前走来，知道他是鼎鼎大名的钱谦益，就追问他这种衣服的式样代表那朝风格。钱一时被问得有些发窘，就故用戏语道：“小领示我尊重当朝之制，大袖则是不忘先朝之意。”那位学者便讽刺雅喻道：“哦，大人确为两朝领袖！失敬，失敬！”钱当时愧不能言，无地自容。
六月，满清豫亲王多铎命江南文武官员带头剃发，众皆汹汹不从。钱谦益遽起曰：“头皮痒甚”。人犹谓其欲篦头也。须臾，他已剃去头发结辫而出矣。时人有诗云：“钱公出处好胸襟，山斗才名天下闻。国破从新朝北阙，官高依旧老东林。”
