第二日，巢丕昌率应天一应臣僚来至行宫请安，崇祯便在谨身殿召见了他们，崇祯道：朕既到应天，焉有不拜谒太祖孝陵的道理。
巢丕昌忙道：皇上圣明，臣素知皇上乃至孝之人，早已命人备下一应祭祀之物，沿路也打扫干净。崇祯这才点点头道：朕心甚慰，朕此次驾临应天，亦属偶然，此次拜谒，亦不必设为大祭，不过尽朕孝子之心罢了。崇祯说完又话锋一转问道：王凝命可到了？
下边便闪出一人道：臣昨日已到，只是未得陛下召见，不敢擅进。崇祯便道：到了就好，这次江南科举，乃我朝大事，爱卿要与徐爱卿尽心尽力，为国选材。王凝命和徐胤升忙跪下道：臣一定一体公心，不负陛下深望。
君臣又略说了会子话，崇祯便命摆开仪仗，带众臣望孝陵而去，孝陵便建在应天府紫金山南麓独龙阜玩珠峰下，崇祯沿神道一路向上，拜谒完毕，又至陪葬的常遇春墓、仇成墓、吴良墓、吴桢墓及李文忠墓，崇祯感慨道：有如此多股肱功臣陪侍太祖，想来太祖必不至寂寞，只是不知朕百年之后，能得何人陪侍啊。
巢丕昌忙道：陛下春秋鼎盛，何出此悲春伤秋之语。崇祯并不答话，只是前行不语，高弘图深知他的心思，便道：陛下，为功臣修建祠堂，古来有之，当年西汉有麒麟阁，东汉有云台阁，唐有凌烟阁，宋有昭勋阁，太祖皇帝当年虽修功臣表，但未为其修建祠堂。
崇祯点点头道：爱卿身为礼部尚书，阖该提醒朕，岂可令功臣功绩不得广布天下？高弘图忙道：是臣的失职，臣有罪。崇祯摇摇手道：朕昨日说过，有图功、成功之臣，亦有守功、终功之臣，可令工部于孝陵加修昭烈阁，供奉图功、成功之臣，于朕的皇陵加修紫光阁，供奉守功、终功之臣，既不坠太祖之德，又不令朕百年后寂寞，诸位爱卿以为如何？
徐胤升忙问：这功臣名册不知交由哪部衙门负责？还望陛下明示。崇祯便道：自然是由礼部负责。高弘图便忙谢恩，崇祯又道：你亦不要自专，要同翰林院及方方面面多方商议。
众人边走边议，下了山，已是日头不低，徐胤升便道：皇上，臣斗胆，如今已快晌午，孝陵离行宫太远，离学政衙门很近，不如陛下及诸位大人至学政衙门用饭，可否？崇祯笑道：亲近天下士子乃朕的本分，有何不可，既然如此，那朕便叨扰徐爱卿半日了。
一行人便浩浩荡荡往学政衙门而来，学政衙门里已经摆下几桌宴席，徐胤升迎着崇祯到了大堂，大堂里亦摆下三桌，崇祯皇帝便在中间一桌主席坐定，随侍大臣和应天当地官员分列两旁，崇祯并不答话，王承恩忙端了一杯酒起身道：今日既得学政相请，我不妨借花献佛，水酒一杯，以为答谢。说罢便一口饮下，巢丕昌、徐胤升等慌的也忙起身，一口饮下，众官员又纷纷跪拜道：吾皇万岁万岁万万岁！
崇祯这才命人叫了免礼，又有贴身内监为崇祯布菜，其他官员才敢纷纷动了筷子，徐胤升便道：皇上，二十九日便是开科的日子，皇上是否要亲点文昌？崇祯斜眼瞄了他一眼道：不必了，国事繁忙，朕明日便启程回京了。徐胤升便不再说话，巢丕昌忙道：陛下好不容易来一次应天，江南万民无不仰慕已久。崇祯便道：恭顺只在心中，一是要开好今次科举，二是将昭烈阁的事办好，才是应天恭顺的意思。巢丕昌又慌的忙跪下应是。
吃罢了饭，崇祯便觉得有些困顿，便不在停驻，要出了学政衙门，行至门前，便见门口呼啦啦围了一群士子，跪倒在地，崇祯便问徐胤升：这是？徐胤升便道：这里都是来参加科举的士子，听闻陛下龙驻此地，便过来参拜，以表士子之心。
崇祯本就有一些倦意，但见此情形，也只好强打精神，略为敷衍一番，只听得跪拜人群中一人喊道：我等俱是科举士子，陛下如何敷衍塞责，不以国士视之！
此话一出，把众人都吓的冷汗直流，崇祯亦是恼怒不已，杨寰呵斥道：好大胆的狗才，敢咆哮于陛前！便忙的令锦衣卫将那人擒来。
崇祯并不理会，只是冷冷一笑道：想来朕是过于好性，如今任谁也敢假借进谏之名，想博个好名声了，朕却偏是不能的。说罢，也不理会众人，径直在王承恩伺候下上了轿撵，锦衣卫也押着那人随着轿撵往行宫而去。巢丕昌等跪在尘土中，望着轿撵远去，巢丕昌道：徐大人啊，徐大人！你瞧瞧，这都是什么事，本来是件好事，却弄成这个样子。
到了行宫，崇祯便小憩了片刻，却是越想越发生气，便再也睡不着了，便叫过王承恩道：中午的狗才可带了来？王承恩便道：大伴莫要生气，总有这种沽名钓誉之人，以道德君子自居，若为如此之人生气，总也没有个完，如今人被杨大人押着，只候着大伴发落。
崇祯便叹气道：此是何人？可查清楚了？王承恩便道：查清了，此人名叫吴伟业，江苏太仓人，现年23岁，是崇祯四年的进士，曾在翰林院任职，后牵扯钱谦益一案被罢免。崇祯便道：年纪轻轻就能中进士，看来也不是泛泛之人，只是如何牵扯到钱谦益的案子里了？
王承恩便道：钱谦益是他的恩师，钱谦益犯事后，这吴伟业上下串联，为其伸冤，后大伴钦定逆案，亦牵连此人，不但被革职，还被下了功名，终身不得试举。崇祯便点点头道：怪道了，看来此人也不算迂腐之人，想来是要如此引得朕的注意，为自己谋个前程。
王承恩便问：那大伴准备如何处置？崇祯道：一个读书人，终身不能参加科举，是何等残忍，你去传朕的口谕，令吴伟业参加今科科举，能中不能中就看他自己的造化了，人也不必押着了，朕也不必见，让杨寰放了也就是了。王承恩去传了旨回来，崇祯又道：你去准备一下，咱们明日便回京。
崇祯六年（公元1632年）三月二十五日，崇祯皇帝离开应天，三月三十日，回到北京。
