在音乐学院这个高层次的环境中，于会泳音乐知识不足的弱点日渐显露。于是他又一次自学，系统地学习和声、复调、曲式和配器等作曲课程。同时，他积极参加多项民族民间音乐的收集整理工作，先后出版了《山东大鼓》、《胶东民间歌曲选》、《陕北榆林小曲》、《单弦牌子曲分析》等专著。
然而，于会泳为了在音乐学院站稳脚跟，太急于出名了。在同他人合作编著出版的多部作品中，他在书籍封面上把自己的名字放在显眼位置，这种行为引起了众多合作者的强烈不满。为此，学院党委召集党员会议，对他的资产阶级名利思想进行了严厉的批评，结合他平常只钻研业务，对政治漠不关心的表现，把他作为“白专典型”进行教育。
1958年春，为帮助于会泳改造思想，学院安排他去上海浦东下放劳动。一向感觉良好的于会泳一下子蔫了，精神上和体力劳动上的压力，使他下放劳动不到三个月就患了严重的胃病，引发胃出血。为了治病，学院同意他返回学校工作，但由他担任的本科学生教学任务却已被别人替代了，学院另安排他给进修生上课。这一惩罚性的调动使他对政治活动更加恐惧，甚至厌恶。每到政治学习或党员组织生活，于会泳总是借口身体不好请假逃避。他一头扎进音乐理论的研究和歌曲创作中。此前，他在学习作曲课程时，就已经开始发表歌曲作品了。于会泳的歌曲旋律优美流畅，具有浓郁的民族风格，特别是他在20世纪50年代末和60年代初发表的《幸福花开遍地香》、《不唱山歌心不爽》、《女社员之歌》等，不仅在音乐刊物上发表，歌曲一再被选载引用，还被灌成唱片大量发行。
随着“突出政治”的空气日渐浓郁，于会泳进入一个怪圈。他越是逃避政治学习怕挨批，研究成果越多，就越受人注目，越加要对他的“资产阶级名利思想”和“白专道路”进行批评教育。
学术研究和歌曲创作引人注目的成果，日益加深了于会泳在政治生活上的危机。1962年，中共中央对知识分子的政策稍有宽松，在贺绿汀的大力推荐下，于会泳被任命为上海音乐学院民族音乐理论系副主任，但在党内他已成为一名“老运动员”，“党内民主人士”的绰号像一条尾巴一样紧跟着他，因为侥幸他才没被戴上“右倾机会主义分子”的帽子。
1963年，戏曲现代戏的热潮席卷中国文艺界，翌年，规模空前的全国京剧现代戏观摩演出大会的举行，更把现代戏推向了巅峰。鉴于于会泳对京剧音乐确实内行，又深谙作曲之道，上海市文化局在准备进一步修改几部京剧现代戏时，将于会泳借调到了上海京剧院，从事现代京剧《海港》的音乐设计工作。
从这时起，于会泳不知不觉中一步步走进他最忌讳的政治圈中。后来他通过京剧院的领导得知，他搞的这部戏是毛泽东的夫人江青关心的，也是上海市委宣传部部长张春桥过问的，属于重中之重的戏。
有人告诉于会泳，江青比较喜欢谭派唱腔，在艺术处理上要求讲究气势，注意京剧悠扬的板腔和逐步高扬的唱腔。于会泳茅塞顿开，为什么不好好研究各流派的特点？如果结合其优点，融合出一种新的流派来，用在现代京戏中或许会是一种全新的感觉。不过，那时他被压抑的名利思想还没有膨胀，完全是因为喜欢民族音乐而全身心地投入创作。
于会泳在京剧各流派上作了一番认真的研究。后来他和创作人员选定了节拍鲜明、旋律悠扬的唱腔——尽量不使用慢板，也少使用幽幽的节奏。他还将曲艺、地方戏的音乐语言用到京剧里，这是比较出新意的创作。这样一处理，英雄人物的唱腔就显得有激情。
