两年后，于会泳的才华终于受到江青重视。1965年5月初，江青在张春桥的陪同下观看《海港》的彩排时，忽然扭头问张春桥：“于会泳是什么人？”江青为什么会问起于会泳？是因为她不久前在《文汇报》上看到了他撰写的《评郭建光的唱腔音乐设计》一文，对“于会泳”这个名字有深刻的印象。
当时张春桥对于会泳一无所知，但因为江青注意到这个人，他必须尽快搜集有关于会泳的材料。后来，他把包括于会泳的《关于京剧现代戏音乐的若干问题》及另一篇评《红灯记》音乐的《红曲音乐必须为塑造英雄形象服务》等文章都送到了江青手中。看着这些文章，江青不由得喜从心来。不久，她在上海锦江小礼堂召见现代京剧《智取威虎山》和《海港》的部分创作人员，专门点名要于会泳参加。
在这次召见中，当有人向江青介绍到于会泳时，她握着于的手说：“啊！你的文章我看过，我们应该早就认识了。你的文章写得很好！我们的想法还是一致的。”在得知于会泳是山东人时，江青热情地称他为“老乡”。从此，凡江青到上海，总少不了要召见于会泳，倾听他对京剧现代戏音乐创作的看法。被称为“名副其实的专家”的于会泳，颇受江青器重。
1966年年初，于会泳因忙于创作劳累过度，导致嗓子失声，江青特地送给他两瓶自己专用的进口营养片剂。
不久，“文化大革命”风云骤起，于会泳被音乐学院的红卫兵从京剧院揪回学校批斗，等待他的是满满一教室的大字报，批判他有“资产阶级名利思想”，走“白专道路”，“剽窃他人劳动成果”……随之而来的是抄家、批斗、进“牛棚”。被搞蒙了的于会泳尚未搞清楚是怎么回事，对他的批判又升级了——一张《请看于会泳叛徒嘴脸》的大字报，在校园里引起轰动。于会泳好似魂飞魄散，陷入绝望——那是于会泳人生经历中一块难以定论的“污迹”。1947年秋，国民党军队重点进攻山东解放区，逼近胶东。当时在烟台一带囤积了不少国际救济署调拨给解放区的救济物资，为避免这些物资落入敌人手中，解放军山东兵团前敌指挥部决定，除大部分物资疏散分存到农民家中代为保存外，余下的全部分发给部队和解放区机关人员。已是胶东文工团团员的于会泳也分到了一大包东西。他念及寡母含辛茹苦拉扯大自己，决定托人将这包东西捎给母亲，尽尽孝心。但敌情紧迫，已来不及了。文工团奉命疏散隐蔽到老百姓家中去，规定每人将随身物品就地埋藏起来。怕自己那包东西被敌军发现，于会泳在埋藏前写了一张字条：“蒋军弟兄们：你们见到这些东西时，我可能已经与世长辞了。我家里只有一位年迈的老母亲，你们如果还有点人性的话，请把这些东西寄到我家里，我在九泉之下也会感激不尽。”他的字条当时就被团教导员发现了，教导员批评了他一句“这不好”，就将字条没收了。
在国民党军重点进攻山东的战略失败、解放军重新收复胶东后，胶东文工团领导对于会泳这张字条反映出的对敌人抱有幻想以及带有“变节投降倾向”的思想进行了严厉的批判，对他隔离审查了近一个月。后鉴于他参加革命队伍才一年，在整个对敌斗争中表现不错，写字条的动机是出于孝心，并且在隔离审查过程中他不仅作了诚恳的检讨，还一再表示要加强思想改造，痛改前非，所以组织上决定免予对他的处分。这件事对于会泳之后的人生旅途似乎并没有产生影响，他入了党，又被保送到上海音乐学院进修学习。但这件事后来还是存入了他的档案。
于会泳自然知道在“文革”中旧事重提对他意味着什么。此刻历史清白的人都难免遭难，更不用说自己有这个“污迹”了！本来，相比学校里诸多“走资派”和“反动学术权威”，自己只是个“小牛鬼蛇神”，有望获宽大处理，现如今他却陷入灭顶之灾，末途已近了！
就在于会泳陷入危难之时，江青拉了他一把。1966年10月，《智取威虎山》和《海港》两个剧组赴京演出。剧组抵京的第二天，前去剧组探望的张春桥就问：“于会泳怎么没来？江青同志要见他。”
得知于会泳被上海音乐学院的红卫兵揪回去接受审查，张春桥哼哼道：“这是上海音乐学院党委有意要整他！”之后江青来到剧组，问：“于会泳为什么不来？”于是，十天后，通过“中央文革小组”对上海市委和上海音乐学院党委不断施加压力，“牛棚”中的于会泳乘坐飞机被秘密送到了北京。
一天，江青在怀仁堂又一次审看《智取威虎山》时，提起于会泳，得知他已到北京，因有政治问题，没有获准到怀仁堂来，江青一脸愠色：“他跟我搞戏，会有什么政治问题？”马上令秘书派车去接于会泳，并嘱咐身边的姚文元代她去剧场门口迎接。一见到于会泳，江青亲热地拉着他在自己身边的座位上坐了下来。演出结束时，上台接见演员的江青返身专门把于会泳叫上舞台，将他推到台中央，和自己并肩接受大家的欢呼。
“旗手”的亲昵举动就是对政治问题最明确的表态：于会泳没问题！于会泳对江青的举动深为感激，他怀着对江青的知遇之恩和粉身碎骨也难以报答的心情，在一条危险的道路上走了下去……
1967年春，身兼上海市文化系统革命筹备委员会主任和上海音乐学院革委会副主任的于会泳，成了上海两出“样板戏”的实际总管。他为《智取威虎山》和《海港》两部戏的修改呕心沥血、百般操劳，对江青感恩戴德，同时对张春桥俯首帖耳，言听计从。
1968年春，一个棘手的问题摆在于会泳面前。上海音乐学院院长贺绿汀，早就是张春桥、姚文元的眼中钉和肉中刺。“文化大革命”风云初起，他们就将贺绿汀列为思想文化战线上重点批判的对象，之后又把他当成了上海音乐学院的头号“牛鬼蛇神”。于会泳“造反”后，一度想将自己的这位恩师作为“资反路线受害者”解放出来，但他的“糊涂”观点当即遭到别人的反对。刚正不阿的贺绿汀虽然在“牛棚”受尽虐待，却始终没有屈服，准备为自己申辩，他暗中准备的申诉材料被看守发现后，马上被作为“反革命翻案”的典型捅到了市革委，当时的市革委正为新发明的“电视斗争会”缺少高档次的对象发愁，见贺绿汀送上门来，当即决定对他进行全市性的电视批斗。第一次召开的电视批斗会上，贺绿汀铁骨铮铮，据理力争，斗争会彻底失败了。这时张春桥回到了上海，决定召开第二次“批贺电视大会”。在此之前，又以“现行反革命分子”罪名，将贺绿汀正式逮捕，同时，鉴于第一次电视批斗会的主持者是一个红卫兵，缺少应变经验，遂定下第二次批贺大会由于会泳主持。
主持自己恩师的批判大会，于会泳于心不忍。当他获知贺绿汀的爱女、上海音乐学院作曲系高才生贺晓秋因父亲被捕，前些日子开煤气自杀时，他更不忍了。但他别无选择，因为他对张春桥的畏惧，远远超过了害怕同贺绿汀交锋的程度。何况，于会泳知道，电视大会举行之时，张春桥将在办公室里监看电视转播！
然而，于会泳硬着头皮，心中忐忑不安地主持的这次批斗大会，仍以失败告终。
于会泳缺乏阶级斗争的勇气，不会对“敌人”专政的作为令张春桥大失所望。但是，于会泳在“文化革命”方面却异常灵敏，使江青、张春桥深感满意。于会泳不仅为江青首创了“三突出”理论，还别出心裁地在“样板戏”中运用了中西混合乐队，大大拓展了“样板戏”音乐的表现力。于会泳主持了第二拨“样板戏”《龙江颂》、《杜鹃山》、《磐石湾》的创作修改和排演，使这几出戏的艺术魅力不但无逊于第一拨“样板戏”，而且在艺术风格上又有创新，尤其是全剧运用韵白对话的“样板戏”是最为成功的。
