然而，直至次日（即12月12日）上午，尚未得到蒋氏手谕，而中华门阵地已频频告急，中华门与水西门间的一段城垣被轰塌，部分日军乘机攻入城内，第三营营长胡蒙、少校团副刘历滋、二五九旅旅长易安华、参谋主任钟崇鑫及旅部直属官兵全部阵亡。
下午五时，唐生智再也坐不住，匆匆召集师长以上将领开会，在简单地谈了战况之后，即提出撤退的问题：“为了尊重各位意见，特请大家来共同商讨。在目前情况下，有谁认为还可以固守？”桂永清站起来，表示反对：“紫金山制高点及其山麓大部分都在我们总队固守中，光华门仍十分坚固，至于中华门，虽然危急，我们可以调紫金山北的预备队去支援他们嘛！不能这样就撤退。”但他的意见并未得到响应，大势已去，绝大多数将领均同意迅速撤离南京。于是唐生智即让参谋长周斓将事先印好的撤退令分发给大家，说：“凡列席将领，同意于今日分别即行撤退的，请在会议记录簿上签名盖章。”这无疑是要大家分担撤守之责。沉默有顷，唐见无人应答，又催促说：“事机迫切，不容迟疑，希望迅速表态。”在唐氏的催逼下，叶肇、孙元良、俞济时、邓龙光等相继签名照办。
不到半小时，会议就宣告结束，各部队长官受命后，立即分散归队，处理撤退事宜。
是日晚，卫戍长官部终于接到了蒋介石的撤退电令：“我军防守南京，已收牵制敌军之作用。兹为尔后继续抗战计，应以主力突围，向宣城、浙西方向集结；无法突围之部队，应逐次渡江向徐州等处集结，已令第一军胡宗南部在浦镇担任渡江掩护。”
于是，唐生智又一次将守城各将领召集到自己的寓所，宣读蒋氏手令及撤退要旨：“各部队应奋勇突破当面之敌，向宣城、宁国方面转进，其因受敌军牵制不能集约作突围部署者，即以团或营为单位，分别突围。突围时间在13日拂晓前全面发动。第三十六师担任渡江撤退掩护后，向滁县集结。”
会议尚未结束，一个炸弹就在房顶炸开，尘埃四溅，与会者仓皇起身，来不及向各所属部队详细部署，便朝下关逃命去了。唐的寓所中因机密文件过多，一时销毁不尽，竟下令警卫部队将房屋用汽油焚毁。
当晚9点，唐生智等一行就乘坐汽艇渡江逃到了浦口。
各守卫部队中有消息灵通者，早已焚烧文件物资，全然不顾向宣城、宁国方向突围的命令，纷纷涌向下关。其他士兵风闻撤退消息，因一时寻本部长官不着，也随之向下关溃逃。担任警戒掩护的宋希濂部起初还想阻止各部队的擅自后退，后见阻挡无效，自己也向下关抢船渡江去了。于是秩序更加紊乱，一发不可收拾。曾在守卫光华门战斗中立功受伤的谢承瑞团长，竟在通过挹江门时因拥挤而被踩死。
其时，唯有守卫紫金山阵地的教导总队没有接到撤退命令，仍在与敌激战。总队长桂永清早已带领几名卫兵匆匆逃走，富贵山地下室指挥部里只留下参谋长邱清泉在处理善后事宜。
这时，教导总队步兵第二团小炮连代理连长严开运面带喜色地跑了进来，被指挥部里焚烧文件、整理行装的零乱场面吓了一跳。他们连刚刚打下了一架敌人飞机，专程派他来请赏。
“打得好。”邱清泉尚能保持镇静，听完严开运的汇报，立刻给予了口头鼓励，“奖金等以后再发给你们，你现在准备撤退，回去马上行动。”
就这样，紫金山前线的部队没有领到奖金，却领回了撤退的命令。
下关沿江一带的情形已混乱到惨不忍睹的境地，除溃败下来的数万名士兵外，还有无以数计的难民，扶老携幼，希望从这里渡江逃生。然而，宽阔的江面上，只有滔滔江水，所有船只早被唐生智集中到了江对岸，以防止部队临阵脱逃。万般无奈的士兵和难民找来木门、木板、木盆、长凳等各种漂浮工具，冒险渡江，旋被日军发现，开来汽艇向漂浮的人群疯狂扫射和撞击，转瞬间，江中布满了浮尸和鲜血。见此惨状，部分官兵抛下武器和大多数难民又转回城中，进入难民营或其他被认为安全的地区躲藏起来。
13日上午，日军从雨花台、光华门、中华门三路侵入城内，开始了惨绝人寰、震惊世界的南京大屠杀。
疯狂的日军见人就杀，沿街手无寸铁的平民倒在了血泊之中，挹江门外数万名无法渡江也无力再找地方躲藏的老人、妇女、孩童及奄奄一息的伤病员尽数被杀害，无数的妇女遭到强暴，无数的财物被抢劫，甚至连在外国人保护范围内的难民区也不得幸免。
“凡是可能想象的任何事情，日军进城后，就毫无顾忌、毫无节制、一一实行。在这一个新时代中，我们找不出什么东西足以超越日军的暴行。”英国记者田伯烈如是写道。
“1937年12月13日晨，当日军进入该城时，所有的抵抗已经停止，日军士兵成群结队地沿街浪荡，犯下了种种罪行，不分青红皂白地沿街屠杀中国男女老幼，顷刻之间，广场、街道和胡同到处尸横遍地，连幼女老妇也遭奸污，很多妇女遭到强奸后被杀死，而她们的肉体被肢解。日军士兵对商店和仓库抢劫后，往往纵火焚烧，主要的商业街太平路以及该城的其他商业区均被大火烧光。”远东国际军事法庭在审判日本战犯时重述着南京大屠杀的罪恶。
“经审查后，获悉本市被杀（人员）确数，已三十余万。”这是战后国民党中央调查统计局、军事委员会调查统计局、南京市政府、红十字会南京分会、首都地方法院等14个单位共同调查得出的骇人数字。
日寇的屠杀、焚烧、抢劫、强奸，将南京变作了一座人间地狱。
12月14日，由南京逃出的各军将领先后到达安徽滁县，唐生智准备在醉翁亭召开会议。南京的惨败和溃逃的狼狈，使各人心中都有说不出的窝囊和憋气。会前，曾参加淞沪会战的七十四军五十一师一五一旅三○六团团长邱维达，死里逃生，对唐生智的指挥无能极为愤怒，他曾在渡江船上直言不讳地责问卫戍司令部的高级参谋何无能：“贵部的指挥所在何处？为什么各部队一直联系不上？”
“坦白告诉你，唐总指挥负此重任，事前一点准备也没有，仓促组织起来，连各部队的指挥系统、单位、兵力驻地都茫然无知。”何无能也有怨言。
“你们的指挥部，对守城作战部队下过几道命令？交换过几次敌情情报？”
“这是参谋长与参谋处的事，我当高参的不管这些。”
“‘与城共存亡’，你们有这个思想准备吗？”
“讲话谁都会讲，真正做到是难上加难。”
“既不准备死守，为什么一点渡江器材都不控置在江南沿岸？”
“我只听说指挥部为渡江船只一律不留在江南，开过一次会研究过，有位军事家，据说是老保定的高材生，他说孙子兵法有那么一条：‘用兵之道，置之死地而后生’，用在南京守城，使守城将士断绝后逃念头，下定决心与城共存亡，不是置之死地而后生吗？这就能打胜仗。”
邱维达闻之，无言以对………
唐生智的狼狈与尴尬比他的部下们有过之而无不及之。当醉翁亭会议开始时，他仍未从惊慌中摆脱出来，头上还戴着一顶红绿色鸭绒睡帽，口里喃喃自语：“我打了一辈子仗，从来没打过这样糟的仗，我对不起国人，也对不起自己。”一眼瞥见迟到运输司令周鳌山走了进来，一腔怒火都向他发去。他用力一拍桌子，大声喝道：“你是干什么的？你把我的几千伤兵都丢在那边被日本人杀了！”
周鳌山吓得支支吾吾地答道：“我有什么办法呢？情况变得太快了，我有什么办法？”
“枪毙你！”唐生智又喝道。
周鳌山呆若木鸡，低头退下。
唐生智将满腔邪火都朝运输司令发了，蒋介石的怒气则发向摔碎在地板上的茶杯。他在日记中写道：“倭寇在京之残杀与奸淫未已，彼固陷入深潭，进退维谷，而我同胞之痛苦极矣……”“敌军残杀我南京附近之壮丁殆尽，痛极！”“见寇军残杀我平民同胞之照相，痛愤乃至瞑眩……”“雪耻！敌寇残暴凶横，实古今无例，若不消灭，何以维持人道！”
南京溃败与日军屠城的消息传来，使蒋介石陷于极度震惊之中。蒋介石的本意是通过准备牺牲数千守城战士，甚至牺牲唐生智，来维持国民政府在人民心中以及国际视听中的良好声誉的。但事实的发展违反了蒋的初衷，溃败的惨状和几十万中国士兵及平民的死亡，在世界上造成了远比弃守南京更为恶劣的影响，中外人士在谴责日军兽行的同时，自然对蒋介石的领袖威望产生了怀疑与动摇。下一步该做什么呢？蒋介石一时陷入了困境。
