蒋介石的一意孤行背离了民族大义，招致东北军和西北军将士的强烈不满与反抗，最终引发了1936年12月12日“西安事变”的发生。在中国共产党的大力促动之下，“西安事变”最终以和平方式得以解决。“西安事变”和平解决的意义十分重大。在其过程中，蒋氏被迫与中共主要领袖之一周恩来当面谈判，当着周恩来、宋美龄、宋子文以及外籍顾问瑞纳等人的面，蒋介石向张学良、杨虎城表示：以他的人格担保“停止剿共、联红抗日、统一中国、受他指挥”。至此，蒋介石才真正放弃了他在抗日前要武力消灭共产党的企图，终止了“攘外必先安内”的方针。从此以国共合作为核心的国内抗日民族统一战线最后形成，南京政府终于走上了全面抗日之路。
要等“准备好了再打”，在蒋介石的战略思想中，他对于未来抗日战争也已有所思虑。
在中国历史上，中原地区被异族入侵而战败的例子，基本上全都是按照由北向南的战略路线来进行战争的。因为中国南方是大海，无路可退，黄河、长江两条战线一旦失守，南方政权是无法抵抗自北方南下的军队冲击的，最后只有灭亡一途。联系今日中日战争实际，日本人如由东三省而占华北，又形成了将由北南下之局面。为了避免重蹈历史覆辙，就不能在北方与日军大打，尤其不能让日本人从北方西进，占领郑州后再南下武汉，将国民政府西退之路切断，从而形成将中国军队在东南地区“包饺子”的败局，而是应该吸引日军主力南下，在上海开战。这样做起码有两点好处：一是吸引日军南下，沿长江一线西进，使国民政府可以有机会从容地退避武汉再入川，最后还有西康、兰州可恃，使战争持久化，拖垮日本。二是在上海开战，会危及到英美列强在华的既得利益，使他们不能不出面干涉或调停战争。
现在在学术界，有学者认为蒋介石已经形成这种抗日的战略思想，而另一些学者则否认。但这种考虑在事实上是存在的，只不过蒋介石重视的是第二点，而第一点则是出自蒋的高级战略顾问蒋百里先生和德国军事总顾问法肯豪森的建议。
蒋百里是我国着名的军事学家，一生致力于中国国防建设的研究，成就卓着。特别是他在晚年，对中日两国国力、军力及其矛盾冲突进行了大量深入的研究，对中日间发生战争的必然性作出了比较准确的预测，并明确提出了他关于中国抗日战争战略的见解。
1932年，蒋百里赴日考察，综合其在日所见所闻，他总结说：中日之间战事无法避免，拖也拖不得，谈也谈不成。这是因为日本的本意就是“要侵略中国”。1935年，他根据日本在华北的种种侵略行径致书蒋介石，指出中日间战争最长不出三四年，中国必须在二三年内加快完成国防基本设施建设。蒋百里在其《日本人——一个外国人的研究》一书中，曾深刻分析了日本的政治军事状况。他指出日本具有可能称雄于世界的陆军与海军，并且在许多方面都比中国强大。但是日本同时也具备弱点与不足，国内政局动荡，内阁更迭频繁，陆海军在内政外交上行动不一致，互相矛盾，经济畸形发展却很脆弱，加上执行****扩张政策，如同在火山上跳舞，“由日本政治上、经济上及历史上看来，他的失败是必然的”。他经过对敌我力量对比具体分析，提出了一整套克敌制胜的战略思想。他指出这场战争将不仅是一场全面战争，而且是一场十年八年的长期战争，在战争开始初期，中国军队在日军猛攻之下会守不住沿海地区而后退，所以应以湖南一带内陆省份为抗战后方基地。虽然中国可能会失去上海、南京等大城市，但这并不意味着失败，“一个纽约可抵半个美国，一个大坂可抵半个日本，中国因为是农业国家，国力中心不在都会，敌人封锁了与内地隔绝的上海，只是一个死港，点缀着几所新式房子的南京，只是几所房子而已，它们与中国的抵抗力量，完全没有影响”。中国的抗战“不是‘军队打仗’而是‘国民拼命’，不是一定短时间内的彼此冲突，而是长时间永久的彼此竞走”。“以国家为主体，将国内一切的一切镕铸锻炼起来，成功一个的国力”。他形象地把中日战争比喻成一场马拉松赛，“纵然落到最后也要竭尽能力，用最大的速度前进，这是将来得锦标的唯一条件”。他说中国应充分发挥地大人众的特点，“不战则已，打起来就不能不运用‘拖’的哲学”，“把敌人拖倒了而后已”。他还说：“我们对于敌人制胜的唯一方法就是事事与之相反，就是他利于速成，我却用持久之方针来使他疲敝。他的武力中心放在第一线，我们却放在第二线，而且在腹地内深深地藏着，使他一时有力没用处。”“中国人最大的武器就是坚强不屈的意志，敌人可侵占我城市，可屈服我政府，但决不能屈服一国的文化，更不能屈服一个民族的意志。日本假口防共，想拿二百万兵来屈服中国人的意志，等于梦想，日本一天不停止侵略中国，中国势必抵抗到底，最后胜利必属于中国人”。他曾大声疾呼：“胜也罢，败也罢，就是不要同他讲和。”
在抗战战术上，蒋百里提出了正规战与游击战相结合的方针，利用广大农村为基础，全民动员开展广泛的游击战。在这一点上他与中国共产党人的主张颇具相似之处。
蒋百里的这一套抗日战略思想在国民党上层得到了响应与认同。在蒋介石身边工作时，他曾多次致函、面晤蒋氏，宣传其主张，他的主张给蒋介石留下了深刻的印象，使蒋氏对于抗战的持久性有了一定的思想准备与认同，对于其制订抗日战略产生了很大的影响。
而蒋介石的德国军事总顾问法肯豪森则也在战前便向蒋明确提出了“以长江一线为未来抗日的主战场”和“以四川为最后根据地”的战略建议。
他们的这些战略建议是出自纯军事战争的考虑，比较后来中共领袖毛泽东提出的全民抗战的“论持久战”思想还远远不够全面、深入、系统，但在当时对国民政府当局已经有了明显的影响。
国民政府根据在南北两大战场层层设防、节节抵抗的抗战指导思想，和以长江流域为主体，在长江流域又以武汉、南京为中心的防卫原则，部署了未来的抗日战备。
1935年，蒋介石亲自督率中央军追剿红军进入西南诸省，他赞叹川、滇、黔等省地域广大，山川险峻，人口繁庶，经济文化潜力深厚。他声称：“有我们川滇黔三省作基础，一定可以完成御侮复兴的大业。”“即使我们丢失了中国关内18个省中的15个省，只要四川、贵州、云南在我们控制下，我们就一定能打败任何敌人，收复全部失土。”蒋介石对具有“天府之国”有美誉的四川省给予了特别重视，他称赞“四川因为其有如此伟大的自然环境与悠久深厚的文化基础，实在是我们首屈一指的省份……天然是复兴民族最好的根据地”。根据他的指示，南京政府立即着手对西南各省加强编制与“统一化”，首先撤销了四川省内由地方大小军阀各霸一方的“防区制”，并在党、政、军各方面进行渗透，迫使川省当局逐步交出权力，以稳定南京政府在四川的统治基础，并着手建设抗日“最后根据地”的工作。1935年2月10日，南京辖下的四川省政府在重庆成立，结束了四川境内长期分裂的局面。3月间，蒋介石亲自飞往重庆，带去了2500余人的“军事委员会别动队”，将四川党政军要害部门全部占领，缩编川军队伍，接管金融财政。四川完全被蒋介石控制。这一方面是蒋介石在铲除异己“安内”方面的胜利，另一方面也在客观上为后来的抗日战争准备了一个大后方基地，从这一点上来看，蒋介石统一四川之举对于保卫整个国家与民族的根本利益具有积极的意义。
1935年7月4日，蒋介石在高级军事会议上阐明了他对未来抗日战略路线的设想：“对倭应以长江以南与平汉线以西地区为主要线，以洛阳、襄樊、荆宜、常德为最后之线，而以川黔陕三省为核心，甘滇为后方。”由此确立了他“向西南求出路”的基本路线。
1936年1月，蒋介石再一次对统一西南诸省的意义与作用做了明确的阐述。他说：“国军以最大的努力，把江西的匪巢根本摧毁，共匪一路流窜，由湘入黔，最后入川。我亲自督率军队，不断追剿，一面剿匪，一面把向来不统一的川、滇、黔三省统一起来，奠定我们国家生命的根基，以之作为复兴民族最后的根据地。日本人看到这种情形非常不安，以为这三省如果统一起来，中国便有了复兴的根据地，从此不但三年亡不了中国，就是三十年也打不了中国，这就是日本将来的致命伤，所以，他无论如何总是要想方法来打破我们统一川滇黔三省以奠定整个国家生存基础的计划。”
七七事变发生后，南京政府决定以“举全国力量从事持久消耗战以争取最后胜利”为我国抗战的最高军事战略，在8月20日制定的作战计划中决定：“国军部队之运用，以达成持久为作战指导之基本主旨。”这一原则“在当时大本营得到许多人的同意，就成为当时指导抗日战争的基本战略原则”。所谓持久战战略，其具体内容为“针对敌人企图使战争局部化的阴谋，应尽量使战争全面化，针对敌人速战速决的战略方针，应利用我地大物博人口众多的有利条件，实行持久消耗战略”。“为将抗日战争进行到底，在正面上要避开大兵团作战，始终采取消极作战，以期使各部门继续充实准备”。在具体应用上包括七个方面的要领：“（1）利用地形，坚壁清野；（2）利用时间，旷日持久；（3）利用守势及退避战术，以逸待劳；（4）利用离散及退避作战，以弱胜强；（5）利用他国干涉牵制，以夷制夷；（6）以国力战争为主；（7）努力扩大思想、政治、经济的战线。”
在酝酿设计未来抗日战略的同时，1935年后，南京政府也比较积极地开始进行实际的抗日准备。
1935年4月，国民政府军事委员会将国防设计委员会与兵工署资源司合并改组，成立资源委员会，开始着手开发有关国防的战略资源以及实施重工业、军工企业生产建设计划。为增强国力，加快重工业之基础建设，1936年内国民政府给资源委员会拨款1000万元用于增加冶金、燃料、机械、电气、化工等重工业生产投资。在农业方面，1935年亦支出3500万元，用于水利基础建设。特别是自1935年11月起实行币制改革，南京政府在英美帮助下成功地统一了全国货币，整理了财政税收，加强了对财政经济的控制，在很大程度上增强了经济实力，有力地保证了国防建设计划的实施。这些措施使得中国的经济在抗战爆发前一段时间内达到了空前的复苏，全国工农商业都出现了增长的势头，为中国抗战创造了一定的物质基础，提供了必需的保障条件。
长期以来，中国的国防工业相当落后，军队武器装备多数信赖进口，“根据民国二十四年之统计，我国轻武器所需之弹药半数需自国外输入”。这样落后的军工业生产无法适应抗日国防的需要，一旦外援阻断，中国军队百万正规军的战斗力将大为减弱。为了保障军械弹药之供给，国民政府在德国、意大利等的帮助下，创办了一批军工企业。在南京、汉阳、巩县、太原、天水、四川、福建等地增设扩建了一批兵工厂，开始生产德式或仿德式轻武器，主要是步枪、迫击炮及轻重机关枪等，并生产配套之弹药，修理破损武器。但坦克、飞机、汽车、重炮之类重武器装备尚不能生产。由于这些军工企业基本上初具规模，产量颇足，加上南京政府历年大量从国外进口武器装备，使得国内军火供应尚得以维持，“抗战以来绝无因粮弹不济而致影响军事失利者”。
此外，1935年以后，南京国民政府由于“币制改革”的成功，也集中一定经济力量及资金在全国范围内，尤其是长江中下游地区建设了一些大型骨干交通工程。到抗战爆发为止，共筑成铁路数千公里，平均每年修建2030公里，是1935年前八年筑路总数之6.5倍。新筑公路9万余公里，初步形成了全国交通网。这就有力地保证了抗战后军事运输与作战供应，对抗战初期我军的顽强抵抗及后来的运动作战起到了至关重要的作用。
在蒋介石主持下，国民政府的国防准备另一项主要内容是整理军队与训练备战。
军队是国防的基础。30年代，在国民政府名义统治下的全国陆军部队共计有180个师、94个旅、40余个独立团（新疆、西藏、西康省除外）。这支庞大、混杂的军队大都是旧式编制、缺少装备及未经训练的，但每年花费的军费却占全国财政支出的70%以上。其状况正如陈诚所描述的：“以之内哄则有余，以之御侮则不足。”要对外抗日，则必须实行整军与练武备战。
