有人说，罗斯福是借胡佛之手，对他的政敌进行侦查和迫害，巩固自己的权力；也有人说，胡佛手中掌握着罗斯福的很多秘密，有的秘密甚至可能毁了罗斯福的政治生涯，为此，罗斯福不得不让他三分。于是，他们两人虽然彼此看不惯，依然互相利用、互相扶持，在阳奉阴违中维护各自的利益。
1941年12月7日，日本不宣而战，偷袭了美国珍珠港。美国情报部门一边自责自身在情报预测方面的失职，一边将责任推给外国间谍。此时，一直致力于寻找外国间谍的胡佛再次获得机会。此前的几个月，FBI的工作重心便是搜集境内可疑人士的信息，而且掌握了大量可靠的情报，当然，大部分情报都是FBI的探员用窃听、非法入室等手段获得的。凭借确凿的证据，FBI拘捕了国内几千名德国人、意大利人和日本人，部分逮捕行动是在没有逮捕令的情况下执行的。
战争开始后，罗斯福扩大了胡佛的权力。他可以调查每一个政府职位的申请人，可以与移民局合作，控制美国边境、机场和火车站；他还有权力对媒体进行审查，他的手下则开始秘密拆阅往来于纽约和华盛顿的信件以及国际电话电报公司的电报。当美国大兵深入北非、西欧和南太平洋战场时，FBI也加入进去，负责打击国外的间谍和军事破坏者。
1942年，两艘德国潜艇从法国洛里昂港口出发，分别驶向美国的佛罗里达州和长岛。每艘潜艇上都载有四名**间谍。实际上，这八个人已经在美国生活多年，由于口音纯正，而且对美国各大城市非常熟悉，他们的间谍工作开展得非常顺利。他们曾扬言在美国制造爆炸案，炸毁桥梁、隧道、火车站、百货商场等。FBI通过窃听获得线索，立刻将这批间谍逮捕，在追捕过程中，其中一位间谍选择向FBI投诚，很快，FBI就将全部八人都捉拿归案。
为了解决这起间谍事件，司法部内部展开了一次大讨论。按照罗斯福的想法，其中两名美国公民属于严重叛国，应该处以死刑，其余六名德国人，情节上和两名美国人相似，理应受到同等待遇。可是，最高法院的态度却和罗斯福截然相反。最高法院认为，平民不应当在军事法庭受审，除非总统宣布全国实施军事管制，关闭民事法庭，或者是成立一个特别的军事委员会，按照军法对破坏者的规定进行审判。罗斯福选择了后者。
最终，由七名陆军将军组成的特别委员会负责这起案件的审讯，在未来的七个星期里，FBI全力搜集有关被告的每一份资料、证据、陈述录音和供词。最后，在最高法院没有得到有关特别军事委员会成立细节以及对嫌疑人的审讯、判决等任何书面记录的情况下，六名德国人被拉上电椅，执行死刑，剩余两位美国人则被判处终身监禁。
罗斯福和胡佛的做法将最高法院置于旁观者的境地，左右为难。案件匆匆审判，刑罚执行迅速，不禁让法官们担心，如果真相没有全部弄清楚怎么办？草率地执行了死刑，如何保护上诉人的权利？这起案件在美国司法史上意义深远，影响了美国司法长达半个世纪之久，直到2001年，美国面对来自恐怖主义者的威胁，才终于解决了这个问题。
**间谍一案的过程和结果都让司法部非常不满，作为冲锋陷阵的猛将，FBI却收获了巨大的名声。民众并不知道这其中错综复杂的关系，只知道FBI凭一己之力破获了一起可能威胁国家安全的大案，借此机会，FBI的公共关系部门开始推波助澜，呼吁为胡佛颁发国会奖章，以表彰他在破案过程中的功劳。尽管胡佛最终未能如愿，前前后后的舆论造势还是为FBI建立起一个精明强干的公众形象。
案件的另一个收获是，胡佛发现其中三人通过到银行申请兑换马克的方式，向德国的情报机关表达他们效忠第三帝国的忠心，在提交他们的身份、住址以及联系方式后，他们会得到一笔资金，回到德国接受特工培训，然后重新回到美国，从事破坏工作。
有鉴于此，FBI开始在全国范围内调查德国间谍。全美境内，有997名德国人受到了审讯，其中441人因为表示效忠德国而被拘留或监禁。大规模的调查牵扯出上千名间谍和数万份文件，更重要的是，美国最大的银行——大通银行也牵涉其中。
胡佛认为这是一条非常重要的线索，只要能在大通银行内部找到有关间谍的档案，就能够揪出一个间谍网。于是，FBI探员买通了大通银行对外部的员工，常常在深夜潜入大通银行的办公室，调查对外部的有关档案。然而，FBI的这些行为都是未经授权的，算作入室盗窃都不为过，大通银行的顾问律师抓住这点不放，扬言要将FBI告上法庭。胡佛并不想将FBI不光彩的行动公布于众，无奈之下，他只得停止对大通银行的调查。
令罗斯福尴尬的窃听风波
如果说罗斯福真的有什么把柄在胡佛手中，那就应该是他本人的婚外情和有关第一夫人埃莉诺·罗斯福的丑闻吧。话说，胡佛向来喜欢搜集政要的“黑材料”，尤其是能够牵制总统的秘密材料，一方面可以用于自保，另一方面可以用于适当时刻的政治谈判。因此，罗斯福和埃莉诺都在胡佛的监视名单上，两人的丑闻、婚外情和政治活动，都在胡佛的掌握之内。
在私人感情上，胡佛始终不喜欢埃莉诺，他反感埃莉诺对黑人的同情，反感她和共产党、思想激进人士过分接触，胡佛甚至认为，罗斯福的新政措施大多数来自埃莉诺，毕竟，作为前总统西奥多·罗斯福的侄女，埃莉诺对政治颇有见地。更重要的是，埃莉诺不是以往以美貌著称的第一夫人，也不是默默无闻、做好丈夫后勤工作的贤淑妻子，她具有强烈的女权主义思想，喜欢以政治活动家的身份出现在各种场合。因此，她在社会上表现得非常活跃，在政治上是颇有影响力的人物。
可惜，精明强干的埃莉诺是罗斯福政治生涯上的好帮手，却不是一个温柔可爱的好妻子。罗斯福早在1917年便开始和埃莉诺的秘书—— 一位名叫露西·默赛尔的女子交往，当时，罗斯福的职位是助理海军部长。这件事被埃莉诺知道后，她威胁要和丈夫离婚，同时，海军方面也解除了露西的工作。即使这样，也无法阻止两人之间的交往。罗斯福这场婚外恋一直持续了30年，直到1945年罗斯福因脑溢血去世，陪在他身边的也是露西，而不是埃莉诺。
其间，罗斯福曾和自己的私人秘书玛格丽特·莱汉德展开了一段私情。据说，一位前往美国避难的挪威公主也曾和罗斯福交往亲密。有人统计过，罗斯福一生之中有不下五个情人。不管总统有几段婚外情，一切信息都逃不过胡佛的眼睛，罗斯福和情人的每一次约会都会被FBI的探员记录在案，成为胡佛和罗斯福谈判的政治筹码。与此同时，胡佛也没有放过对埃莉诺的调查，他派FBI探员悄悄跟踪埃莉诺，期待搜集到有价值的资料。
没过多久，胡佛就发现，埃莉诺和“美国青年大会”的领导人约瑟夫·拉希走得很近，自然地，胡佛的监视重点也就落在了拉希的身上。这位比埃莉诺年轻25岁的青年领袖是一个思想非常激进的分子，反对***的统治。他曾经访问过苏联，还在西班牙参加过“国际纵队”，打击德国、意大利的侵略。回国后，因为激进的言论和活动，引来了社会媒体的注意。一开始，胡佛怀疑他是共产党人，因此亲自部署对埃莉诺和拉希的监听行动，探员们不仅窃听他们的电话，还昼夜不停地跟踪监视他们的活动，希望借此找到确凿的证据。
拉希打算加入美国海军时，胡佛从中作梗，这件事让埃莉诺知道后，她很生气，便写信告知司法部长，说胡佛对拉希进行非法调查。当司法部长向胡佛提起这件事时，他却装作不知情，无辜地说：“我们从来没有调查过这个人。”司法部长无法对付胡佛，却有办法让拉希参军，海军不成，就将他拉入了陆军。不料，胡佛又插手进来，甚至以FBI的名义要求陆军的情报部门特别留意拉希，胡佛给出的理由是“他很可能是一名共产党”。
有趣的是，陆军的情报人员没有查到拉希和共产党之间的关系，却意外发现拉希和埃莉诺之间的关系。他们曾经到芝加哥的酒店见面，谈话内容则被事先装好的窃听器完整地记录下来。FBI探员还偷拍到许多拉希和埃莉诺之间的亲密照片。根据FBI的电话窃听资料，埃莉诺和她的黑人司机、医生、一位美军上校和全国海员工会的两位领导人都曾有过肉体关系。这些资料被胡佛当作至宝，除了一部分含蓄地递给了罗斯福之外，更具杀伤力的材料都被他收藏起来。
罗斯福为此和埃莉诺发生了争吵，后来，罗斯福醒悟，这或许根本就不是陆军情报人员的无意之举，而是有人在幕后操作，这个人是谁呢？想想就知道，除了胡佛还能有谁？胡佛知道，不管是罗斯福还是埃莉诺，只要他们的婚外情曝光，他们的政治生涯就会走入末路，这不是比攻击他们的政治主张更有效吗？
罗斯福万万没有想到，他亲自授权的监听行动，竟然会被胡佛反过来用在自己身上。这时，罗斯福突然感觉到，胡佛正在威胁他的地位。上任之初，罗斯福曾经想将胡佛踢走，时过境迁，胡佛非但没有离开，手中的权力还越来越大，这着实令人感到头疼。当罗斯福和胡佛提起这件事时，胡佛委婉地说，他手中掌握着埃莉诺的照片，不便于向外界公开。
权衡利害，罗斯福决定忍下这口气，毕竟，如果除不掉他，就只能和他合作了。这或许是罗斯福始终对胡佛的胡作非为保持宽容甚至纵容的根本原因吧。因为这件事，罗斯福和胡佛的关系彻底决裂，二战快要结束时，罗斯福甚至想要将其解职，可惜，他还没来得及动手，就因为脑溢血去世了。
胡佛利用FBI的权力搜集到的秘密文件，一部分是用作“国土安全”方面的调查，一部分是用于私人方面的。胡佛对色情文学非常感兴趣，在他收藏的秘密文件中，有许多政要名人的秘密文件，还有许多著名影星的裸照，其中就有性感女星玛丽莲·梦露的照片。令人惊讶的是，他竟然还有埃莉诺的裸照。这不禁让人猜想，他是通过什么手段得到这张照片的？有传闻说，好莱坞影星菲尔兹曾经偶然得到一组埃莉诺的裸照，胡佛知道后，向菲尔兹索要了一张。不过，这张照片没有人见过，胡佛去世后，所有私人文件都被毁掉了。
胡佛一生都没有结婚，他常用的理由是“因为上帝造了像埃莉诺这样的女人”。多年的跟踪、调查让他收集了大量有关埃莉诺的资料，一份“第一夫人档案”竟然长达449页之多，其中包括埃莉诺和情人约会的全过程录音。此外，胡佛拥有883名参议员、722名众议员的秘密材料，而且，他乐于搜集、整理这些材料。从罗斯福之后，每一位总统都曾被暗示过，胡佛掌握着他们见不得光的材料，所以，不论是哪位总统，即使对他深恶痛绝，却没有人敢炒他鱿鱼。
罗斯福在白宫住了12年，胡佛则在FBI待了48年，在政治上，两人从来未达成共识，表面上，两人却维持着“深厚”的私人友谊。胡佛向来以“对政治不感兴趣”自居，因此，他从未因为政治意见对罗斯福表示不敬和不满。在他们共事的时间里，尽管两个人并不互相喜欢，却也达到了政治上的双赢。可以说，罗斯福一手缔造了FBI历史上前无古人、后无来者的局长，胡佛则保驾了美国历史上唯一一位连任四届的总统。
