然而皮尔庞特为之倾注了最多心血的，还是作为英国国教一个分支的圣公会。宗教是他一切价值观之间的共同联系——美、秩序、社会等级制度、对往事崇敬的追忆、壮观的庆典。作为纽约最具影响力的圣公会的非教职人员，他参加了该教会三年一度的大会，以及会议上关于教义所进行的那些深奥的辩论。宗教自然而然地与驱使皮尔庞特工作的道德结合在一起，成为他对美国商业惯例所表示出的愤慨的根本原因。他的外祖父是一位传教士，祖父则是个好色的唱诗班成员。他父亲的一些金融业的箴言，无不是以短小隽永的布道词风格表达出来的。朱尼厄斯经常像一位失意的牧师说道："自我肯定或是感到上帝的允准，远比世界上一切财富能带来更大的喜悦。"11而皮尔庞特正是习惯于在华尔街23号中像教皇一样刚愎自用，独断专行。
对皮尔庞特和范妮而言，星期日是奉献给宗教活动的。他们去的是斯泰弗森特广场上的圣乔治教堂。从1868年起，皮尔庞特就是这里的教区委员了。星期日夜晚一般是唱赞美诗来度过的。为了使范妮满意，皮尔庞特还参加了每星期三晚上聚会的门德尔松合唱俱乐部。在他的年轻时代，皮尔庞特的性格中有过分拘谨的一面。但一般来说，他的宗教信仰并不能严格地约束其世俗行为。宗教是在更为基本的层次上影响着他，不管是在高亢振奋的宗教集会上大声唱着颂歌，还是当他独坐在昏暗的圣乔治教堂中倾听着管风琴的音乐，他仿佛是被这宗教的仪典施行了催眠术一般，思绪陷入到深邃幽远而又神秘莫测的梦幻之中。
皮尔庞特对于《圣经》抱着原教旨主义者的态度，相信字字句句皆为真理。他竟像一个孩子一般轻信，1882年他访问了巴勒斯坦地区。这次访问使他感触颇深，他曾有书信给范妮，描述在耶稣的墓前他所经历的强烈震撼："在那里停放着耶稣曾躺过的尸床。我感到一阵无法抗拒的冲动，逼使我跪下地去，膜拜这圣灵。"12后来他曾告诉他的图书管理员贝勒·达科斯塔·格林，说他相信《圣经》上的每一个字，包括约拿和鲸鱼的传说。一次，他和威廉·劳伦斯主教沿尼罗河顺流而下，途中他准确地指出了摩西从芦苇丛中被救出来的故址，并坚持说当初发生的一切和《圣经》上讲述的情况完全一样。皮尔庞特既然如此盲目轻信，那么他对玄学秘术表现出强烈的兴趣也就不足为奇了。多年以来皮尔庞特一直请星相学家伊万杰琳·亚当斯用天宫星象为他占卜，事无巨细，包括政治事件乃至股票市场的涨跌。当皮尔庞特的儿子杰克出生时，伊万杰琳预言说这婴儿的星象中有一个主要的十字星座，这预示着萧条——这预言不幸言中，1929年杰克执掌着银行事务在大萧条中惨淡经营。
1883年，33岁的牧师威廉·雷恩斯福德博士接管了圣乔治教堂，成为教区长。雷恩斯福德是一个相貌英俊的年轻的爱尔兰人，受教于剑桥大学。作为教堂活动的财政后盾，皮尔庞特在对于他的任命中曾起过作用。雷恩斯福德是一位社会改革家，一位"社会福音"的激烈鼓吹者。他告诉皮尔庞特，只有在教堂实行民主、对穷人开放的前提下，他才肯接受这一职位，皮尔庞特同意了这一条件："一言为定。"13之后他便弥补了教堂的财政赤字。雷恩斯福德后来果然将穷人们迎进了教堂的大门，使他们能免费坐在那里的长椅上。而最终这两位绅士过从甚密，乃至每个星期一他们都会在麦迪逊大街219号共进早餐。除此以外，摩根还建造了几座新的教堂。
雷恩斯福德博士后来在试图扩充教区委员会，并进一步使其民主化时，遇到了麻烦。这个委员会的成员们都是在摩根的"黑色书房"中开会。雷恩斯福德的想法与摩根那种"自扫门前雪"的慈善主义背道而驰。摩根断然回绝了他的建议："我不希望看到教区委员会的民主化，我需要它保持原来的委员。这些人必须是我能在自己的书房里召集起来的一群绅士。在这里他们会坦然自若，拿出自己的钱来解决财政赤字的问题。"14他给雷恩斯福德去了一封信，意在辞去自己首席教区委员的职务。而这位年轻的教区牧师固执地拒绝了这一辞呈。此后的几个星期里，他俩仍然在星期一共进早餐，然而在用餐时却都一言不发。在这些共度于饭桌旁的时光里，摩根可能想起了自己的改革家的外祖父——皮尔庞特牧师被一群有钱人围攻的情景。双方僵持了好几周之后，摩根邀请雷恩斯福德去为他即将开始的欧洲之旅送行。当他俩单独在摩根的特别包厢里时，摩根一边拥抱雷恩斯福德，一边说："雷恩斯福德，为我祈祷，为我祈祷吧。"15这场敌对便冰释于这通俗闹剧般的忏悔之中了。
雷恩斯福德曾对摩根的宗教信仰做过有趣的记述。"他的信仰是他珍贵的传家宝。他对之顶礼膜拜，正仿佛那些俄国人在向一家之主鞠躬问候之前，先要膜拜东正教的圣像一样。"16雷恩斯福德认为，教会对于皮尔庞特来说，不是一种活跃的、改造的精神，而是古典之美的保存之所在。其力量正来自它的亘古渊源和永恒不变。雷恩斯福德还夸奖了皮尔庞特那坚定不渝的忠诚和坦率诚实："当他同你说起一件事时，他是那样专注地凝视着你，以至于你绝对不可能去怀疑他。"17也就是这种凝视把整整两代铁路巨头和工业大亨都镇住了。
虽然皮尔庞特的事业是同铁路紧密相关的，他却更被浩渺的汪洋大海所吸引。一度拥有火车上的私人车厢是大亨们摆谱的风行之举；然而皮尔庞特从未有过车厢。如果确有必要，他会乘坐自己控制下的铁路上的私人车厢。步入中年之后，大海成为治疗他抑郁心绪的灵丹妙药。在万顷碧波之上，他可以远离那一日深复一日的公务羁绊，从无穷的操心事中解脱出来。因而，19世纪80年代当游艇成为纽约豪门的流行宠儿之后，他几乎毫不犹豫地加入了这场新的时髦潮流之中。1882年，他购买了一艘豪华游艇，这是他买的一系列豪华游艇中的第一艘，并将其命名为"海盗号"。随后他加入了纽约游艇俱乐部。这艘黑色船身的蒸汽游艇，以其165英尺的长度成为俱乐部游艇里的亚军，并标明了摩根家族的新恢弘气派。
皮尔庞特购下"海盗号"的时候，正是他的婚姻第一次明显地发生裂痕之后，很难说这仅仅是一个巧合。这艘船的意义远不止是一件故作炫耀的摆设。它使摩根拥有了一个在范妮和孩子们的圈子之外的社交环境。其后，它更成了许多隐秘的寻欢作乐的爱情故事不可或缺的组成部分。"海盗号"使他得以从早期婚姻生活中那种令人窒息的维多利亚时代的空气中解脱出来，并享有一种无拘无束的自由。在那里，他结识了一批朋友，组成了后来被称为"海盗俱乐部"的社交圈子。这些朋友能够为皮尔庞特带女人们上船提供掩饰。同时，这条船也是他的第二个家，尤其是当范妮和孩子们在盛夏里回到哈得逊河上游的克赖格斯顿去消夏之时。皮尔庞特通常会在船上用晚膳，并把船停泊在曼哈顿港里，然后在那里消磨长夜。
购买"海盗号"与皮尔庞特在事业上步入一个新阶段成为巧合。这时，他开始成为铁路公司之间的仲裁人及资助人。于是这游艇成了解决争端的会场，并且是间谍无法刺探情报的秘密俱乐部。皮尔庞特具有一种演员的天才，擅长为他的丰功伟绩营造一种戏剧性的背景。"海盗号"正好为他的商海生涯增添了一层歌剧般的华丽气派。这一背景的最佳体现，无疑是1885年宾夕法尼亚铁路和纽约中央铁路两公司的西岸铁路之争。
皮尔庞特之所以卷入这场争端，是由于一些私人的原因。1881年的一天，他看见一个街头贩子牵着两头驴子在百老汇街上走过。皮尔庞特一见之下，非常喜欢，因为这对驴子与他在埃及看到过的小驴非常相像。他派了一个职员去买下了这两头驴子，并分别取名为比尔泽布尔和亚玻伦。这两头驴子很快成为他那些住在克赖格斯顿的孩子们的宠物。第二年，爱尔兰暴徒在哈得逊河西岸修建一条新的铁路，就在他家的下面经过，孩子们受到了这批暴徒的恐吓，因而皮尔庞特禁止他们在没有大人陪伴的情况下独自出游。同时，修筑这条新铁路线的巨大的爆破声震得克赖格斯顿一带的窗户格格作响，搅乱了这里世外桃源般的宁静。
西岸铁路在当时被同业者视为一大祸害，被称为讹诈线路。善于巧取豪夺的投资者往往出于这一目的，在原有的铁路线旁边再筑一条平行线，以期同业者能出巨资购买这条新路。由于铁路具有天然垄断性质，规模很小的竞争者也会轻而易举地使其陷入困境。这条沿哈得逊河西岸延伸的新铁路线，正与对岸的纽约中央铁路相平行（纽约——布法罗线）。当时流行的说法是，西岸铁路是由财大气粗的宾夕法尼亚铁路撑腰的，因此，作为报复，纽约中央铁路公司开始破土修建由费城至匹兹堡的南宾夕法尼亚铁路，以便同宾夕法尼亚铁路公司竞争。
西岸铁路和纽约中央铁路展开了激烈的运价大战，导致两个公司股票和债券价格下跌——难怪皮尔庞特越来越憎恨竞争。对于铁路银行家而言，这刚好发生在一个难以把握的动荡时代。在1883年股市大跌期间，伦敦市场上美国的铁路股票跌到了接近恐慌的程度。要求有一位金融帝王独断专行地解决这些纠纷的呼声日益高涨。赛勒斯·菲尔德在给朱尼厄斯的一封电文中说："此地许多生意人都像是失掉了理智，我们需要一位头脑冷静、意志坚强的人来做首领。"18作为纽约中央铁路的财务代理人，朱尼厄斯忧心忡忡地看着该公司的股票有史以来第一次跌到了面值以下，支付的股息也已减半。1885年初，皮尔庞特去伦敦同朱尼厄斯晤面时，对那些使美国铁路陷于两败俱伤的"荒唐的争雄"表示了强烈的不满。191885年春天，西岸铁路已易主他人，而深受打击的纽约中央铁路推迟了关键的养护。
美国最著名的金融家与自由竞争成为不共戴天的死敌，这似乎有悖常理。然而这是合乎逻辑的，因为19世纪末，铁路处于无政府状态之中，运价大战，讹诈线路，轨距不标准等不一而足。铁路公司想要打垮竞争对手，只要拒绝将货物运送到与自己铁路相毗邻的铁路上去。皮尔庞特对于铁路工程技术所知甚少，但他却很清楚，铁路公司需要一笔稳定的收入，以支付它们在纽约及伦敦债券市场上销售债券的固定利息。然而在19世纪80年代中期，货运价格在大幅度的削价压力下一降再降。皮尔庞特认为"首要的任务是在宾夕法尼亚铁路与纽约中央铁路两公司之间寻求和解"。201885年7月20日早晨，天气闷热。皮尔庞特以一种艺术赞助商的天才，导演了美国两家最大的铁路公司相互妥协的一幕。他先是在游艇上迎来了纽约中央铁路的董事长昌西·迪皮尤。而后，游艇越过了新泽西州的渡口，接上了宾夕法尼亚铁路的董事长乔治·罗伯茨和副总裁弗兰克·汤姆森。皮尔庞特从来也不承认他选择游艇是出于保密的考虑。"我从来也没有这么考虑过，"他事后证实道，"但也许是如此吧。"21在他接双方要人上船之前，皮尔庞特早已拟好了一份停战协议的粗略提纲。"海盗号"在哈得逊河来回航行，皮尔庞特坐在后甲板的遮阳篷下，叼着他那粗大得可怕的黑色雪茄，两旁是铁路公司的头面人物。他强调欧洲投资者对美国铁路十分不满，然而他主要是让铁路大亨们自己去争论。一般说来他采取两种策略。他常常创造出一种"没有出路"的情境，然后再进一步以他的对手面临限定日期相威胁——这种技巧是增强紧张气氛与压力，从而有利于双方关系的缓和。此外，由于他言语简练，强化了他作为一个诚实的经纪人的形象。他也允许其敌手们发泄怒气。就其本性而言，皮尔庞特说话简短，毫无进行长篇大论分析的能力。他的天才是短暂的、突发的灵感。正如一位律师所描述的那样："摩根最重要的智力是，他能在短短5分钟之内全神贯注地思考大量问题。"22那天傍晚7点钟，当铁路巨头们分别下船之际，他们已经决定买下对方的铁路，并停止那种毁灭性的竞争。数年以后，废弃了的南宾夕法尼亚铁路的隧道和堤坝被纳入了宾夕法尼亚收费公路。随着纽约中央铁路生意的蒸蒸日上，它兼并了西岸铁路，并将其作为沿哈得逊河运输的第二条铁路线。
