新闻界对于1885年铁路干线协议的制定大肆宣扬，并把该协议称为"海盗号协议"。23皮尔庞特一手创下这辉煌的成功，乃至于那样吝于赞扬他的朱尼厄斯都告诉范妮说："要是我去，也不可能像皮尔庞特那样，对西岸铁路争端处理得如此漂亮。"24当朱尼厄斯说出这番前所未有的赞美之辞时，皮尔庞特正值48岁。他再一次完成了工业仲裁的任务，这种任务后来就由法庭或是由公共事务委员会来承担了。在混乱的领主时代，竞争是赤裸裸的、残忍的，商人们缺乏他们可以讨论共同问题的工商组织。因此银行家们常常可以作为中立方出面干预，尤其当银行本来就和两家公司都有业务关系时，就像德雷克塞尔——摩根公司那样。多年以来，皮尔庞特聘请的都是最为精明的律师。然而多年来他更喜欢英国式的商业手腕——那种非正式的交易，例如，呷着白兰地和叼着雪茄烟握手言欢，银行家们衣冠楚楚，上浆硬领笔挺，在俱乐部里友好地交谈。摩根家族的人从来就不喜欢诉讼。在某次铁路纠纷事件中，朱尼厄斯写信给皮尔庞特："我希望你不要被诱入诉讼中去。人生短暂，不足以应付诉讼。"25铁路公司之间的血腥竞争在19世纪80年代更加激烈。好几家铁路公司都濒临破产的边缘。1886年，德雷克塞尔——摩根重组了庞大的费城和雷丁铁路公司。这一举措涉及要认购发行较低利率的新的债券，并且要估定股东们的资产值，以便减轻铁路公司的负担。重整后的公司后来被摩根的一位死敌所接管。他就是阿奇博尔德·麦克利欧德。日后他宣称道："我宁可去摆摊卖花生米，也不愿对摩根俯首听命。"26麦克利欧德公然与摩根对抗，并且侵入摩根其他的铁路经营领地。这次教训使摩根深信，不应该在改组公司之后把大权放诸他人之手。
美国铁路系统的一个根本弱点就是复线过多。这种竞争使得各公司陷于依靠削减运费和削减工资来支付债务的恶性循环里。与此同时，他们最大的主顾，尤其是洛克菲勒石油公司和卡内基钢铁公司，迫使他们对大宗货物运输给予优惠回扣，从而激怒了西部那些小农场主和势单力薄的生意人，引发了要求政府管制的呼声。对于作为铁路垄断象征的摩根来说，绝对的自由竞争永远是不可取的。多年以后他说："美国公众们似乎不愿承认这样一个事实……他们可以选择受管制的法律协议或不受管制的非法律协议。早在五十多年前，我们就应该摒弃那种站不住脚的教条，即认为自由竞争能保护公众利益。"27随后我们将不断地看到，摩根财团总是认为政府调控胜于自由竞争，而私人垄断又胜于上述两者。
在1887年，国会通过了州际商业法案，成立了第一个监管委员会，把竞争作为准则，并取消有争议的回扣。支持这个法案的派别背景各异，身份不一，有小规模货物运输者，也有铁路公司本身。铁路公司接受了政府管制不可避免的现实，并希望能通过恰当的法规，实现他们急需的市场稳定。但是在州际监管委员会成立六个月之后，回扣又出现了。因此在1888年，铁路公司的首脑人物们决定在皮尔庞特·摩根的主持下，移花接木，将他们自己的自我监管形式套到州际商业委员会的框架之上。
1882年的12月间，报纸的读者们饱览了关于在摩根默里山庄家中所进行的种种秘密活动的报道。密切监视着这所宅邸的记者们看见成群结队的西部铁路公司首脑和银行家们云集于此。来客中包括联合太平洋公司的查尔斯·弗朗西斯·亚当斯和代表密苏里太平洋铁路的重病缠身的杰伊·古尔德。摩根的住宅被记者们团团包围。他们不停地揿响门铃，还把看戏用的小望远镜贴在窗户上。室内，皮尔庞特坐在他那大书桌的一头，做了如下的开场白："此次会议的目的，是要使本组织的各位成员在怀疑自己受到损害时，不要将法律玩弄于个人的股掌之间。这种现象以前司空见惯……在任何一个文明社会都无此习俗，因此更没有理由认为在铁路运输界可以如此行为。"28很明显，皮尔庞特的欧洲经历形成了他这套理论的框架。
在得到巴林财团和布朗兄弟公司代表的支持之后，皮尔庞特向铁路大亨们提出如下建议：如果他们能停止削价和你死我活的竞争，那么金融家们将停止为其竞争对手承销证券。这的确不失为一项明智的举措。当华尔街指责铁路公司不负责任的行为时，铁路公司则责备华尔街发行过多的证券，由此造成了过度扩张，导致价格大战。摩根本人就曾受到这样的责难；他资助了一些资本过多的铁路公司，结果这些铁路公司负债过高，难以抵挡经济萧条。1888年12月的会议确定了一个"绅士协定"，即在60天内保持运输价格不变，其后，这些绅士们将再度聚会于此，共商大计。
1889年1月，类似的一次聚会在摩根的"黑色书房"中再度举行。这一次会议制定出了一项计划，要建立一个庞大的中央集团组织，即州际商业铁路协会，来规范整个铁路系统。这个大组织将规定运费，仲裁争端，并对违反规定的公司量罪论罚。皮尔庞特将担任这一卡特尔垄断组织的首脑。纽约《太阳报》将这一新的组织称为"铁路管理方式上的巨大革命"。29然而后来由于受到西部运输费用竞争的沉重压力，这一新组织很快就分崩离析了。
在1890年12月15日召开的一次会议上，皮尔庞特对于维护铁路稳定进行了最后一搏。除了原来那些铁路界的泰斗之外，新参加此次会议的还有伊利诺斯中央铁路的斯泰弗森特·菲什、大北方公司的詹姆斯·希尔和北太平洋公司的T.F.奥克斯。皮尔庞特提出如下一项计划：提议成立一个西部交通协会。该协会将由来自每个铁路公司的一名董事组成，并由他们共同制定统一运费；任何有舞弊行为的公司都将被摒弃于行业之外。摩根对于自己的计划深感满意。他以一种少有的在公众面前的坦率态度对一位记者透露说："想想吧——芝加哥和圣路易斯以西的全部互相竞争的铁路公司，都将被置于大约30个人的控制之下！"30这一番话究其本意是美好的天真，实际上却是一种危险的盲目。在他内心，皮尔庞特对于自身的公正和良好的判断能力如此坚信不移，以至于他没有看到将美国经济中的很大一部分控制在他个人手中的危害性。《纽约先驱报》对他大肆吹捧，称之为"巨型铁路托拉斯之王"。31然而不久之后，这项宏图大略也化为了泡影。
归根结底，"绅士协定"没能逃脱卡特尔组织的历史命运，他们无法控制协议之外的小的竞争对手。而正是这些人削减了运费，围逼更大的强敌，并赢得新的业务。由于这些暗中欺诈和缺乏约束的行为，"绅士协定"很快就破了产。即使现今权倾一时的皮尔庞特·摩根也无法解决这一体系结构上的痼疾。这些问题是由于过多的铁路公司追逐过少的主顾，各公司又债台高筑而造成的。在1893年的经济危机中，数十家铁路公司纷纷倒闭。皮尔庞特重新改组了其中许多公司，并运用了一些颇有争议的策略来恢复秩序。
皮尔庞特的这一段生活历程表现出他真实的心病不是金钱，而是权力。这不是那种病理学上所称的权欲，也不是要凌驾于一切人之上，并被笼罩在光环之中的权欲（虽然不排除这一动机）。他所要求的是那种能整顿混乱颠倒的金融领域，拨乱反正的权力。在强盗领主中，摩根是唯一由于过度注重道德而受折磨的一位。他深信，当其他人被这一时代令人目眩的变化和经济变革的速度弄得不知所措时，他是唯一能够解决难题的人。
随着摩根财团的权势与日俱增，它成为美国首屈一指的银行，沉重的责任压在皮尔庞特的肩上。但他的机构编制却极其精简，一共只有80名雇员。皮尔庞特甚至没有一名固定的秘书。朱尼厄斯警告儿子不要沉浸于生意中，搞得托拉斯：同一行业内的企业共同组织的由董事会统一管理的高级垄断组织，精疲力竭。同时，当皮尔庞特雇用了一名书记员，专门拆读大量信函时，朱尼厄斯那隐秘的、商人银行家的敏感性受到了震惊。他在19世纪80年代末最后一次谆谆告诫儿子，信中说："不管一个人的体魄多么强健，他也不能够承受像你在过去两年中在脑力和体力上所经受的压力，除非你能够及时地在这两方面都得到充分休息，否则你迟早都会付出代价的。"32然而朱尼厄斯却从未注意到，他自己那种永不屈服的风格和理想化的高标准如何造成了皮尔庞特对工作那种奴隶般的奉献精神。
到了19世纪80年代，由于身体日见衰弱，朱尼厄斯·摩根渐渐退出了生意圈。这位在摩根家族历史上享有"钢铁公爵"美誉的人物成为伦敦最有影响的美国银行家。他与巴林财团和罗斯柴尔德财团的人物平分秋色。他坚定地参与了一批国际性的贷款项目。其中涉及埃及国家银行、俄国铁路公司、巴西一些州政府，以及阿根廷的公共服务事业。不管他是如何年老体衰，他总能给人一种坚如磐石、坚韧不拔的印象。伦敦的《泰晤士报》称他为"精神矍铄，老当益壮"33。
1884年，朱尼厄斯的妻子朱丽叶去世了，享年68岁。在她晚年的光景里，围绕其膝下的是她宠爱的许多京巴狗。摩根家族曾很巧妙地说她神志有些不清，大部分时间待在她楼上的房间里消磨时光。因此，她并未参与朱尼厄斯的生活。妻子逝去之后，朱尼厄斯借以排遣孤寂的是皮尔庞特一周两封的来信和孙儿孙女们的来访。被家人称为"杰克"的小J.P.摩根十分崇拜他的祖父，尤其喜欢在伦敦王子门大街13号家中表现出的那种英国式的礼仪，这包括仆役们把他作为"法定继承人"34伺候的态度。朱尼厄斯一直把皮尔庞特视为感情寄托。有一次，在法国南部皮尔庞特来探望他之后，朱尼厄斯写道："今天皮尔庞特带着一家人离去了——这房子是如此孤寂冷清——我深深地想念他们。"35家人的探望是朱尼厄斯垂暮之年的主要乐趣。他于1890年拍摄的一张照片，表现出他那早年坚毅的嘴和沉稳的目光。他头发雪白，成簇的眉毛也已发白，头发已谢了顶。冬天，他是在蒙特卡洛的亨利埃特别墅中度过的。那里可以俯视美丽的地中海。朱尼厄斯过着一种极有规律的、资产阶级式的生活。他和朋友共进午餐，午后驱车漫游。在1890年4月3日的那次出游中，拉车的马受到一列呼啸而过的火车的惊吓。朱尼厄斯跳上踏板，想看看车夫是否能够驾驭得住这几匹马。然而就在那一瞬间，马车撞上了一堆石头，将他重重地抛了出去，摔在一堵墙上。朱尼厄斯一只手腕被折断，并且摔成了脑震荡。他昏迷了5天之久。连绵的箴言终于永远泯灭了。也许对于朱尼厄斯来说，在77岁时因为受到这么猛烈一击而猝然辞世，远比看着自己体力日见衰退要合适得多。伦敦《泰晤士报》在其讣闻中宣称，朱尼厄斯在其一生中几乎从未患病。36当然，这件事包含了一种神秘象征的意味：一列火车突然汽笛轰鸣，打破了田园风光的宁静，致使伦敦最重要的铁路银行家一命呜呼。
朱尼厄斯被葬于哈特福德雪松山上的墓地里。就像他为皮博迪操办的丧事一样，皮尔庞特为父亲办了一个体面的、与一位声名显赫的战争英雄身份相符的葬礼。哈特福德市面上，灵车沿途所经过的商店都闭门致哀，该州议会会堂前也下了半旗。在瓦兹瓦斯博物馆的摩根纪念大楼上，镌刻着皮尔庞特为朱尼厄斯写的碑文。这些碑文明显地表现出父子俩身上那种伦敦商人银行家传统所烙下的相同印迹："纪念朱尼厄斯·斯潘塞·摩根，原籍马萨诸塞州，一位哈特福德商人……其后是一位伦敦商人。"37摩根是否不满他父亲的专制呢？或者，他所表现出来的那种崇拜是否真如他所说的那样真诚呢？他的感受，不论是愤怒还是矛盾心理，都被深埋在巨大的建筑物之下了。他对父亲的纪念，正如哈姆雷特王子纪念其亡父一样。十二年来，他逐渐收购哈特福德瓦兹瓦斯博物馆周围的土地，以修建这座摩根纪念大楼。这幢大楼耗资140万美元，由粉色大理石筑成，具有英国文艺复兴时代的风格，博物馆的面积比原来扩大了一倍。多年以后，皮尔庞特一边不耐烦地看着他的怀表，一边浏览了一堆建筑蓝图，并迅速地选定其中3份作为哈佛医学院的楼房式样。这次捐助修建又是为了表明儿子对父亲的深情。并且，在皮尔庞特书房西厅那红色的、饰以织锦的墙上，朱尼厄斯的画像占据了最醒目的位置。周围是圣母和小天使们——强权的族长由可爱的孩子们和超凡脱俗的女性所围绕着。在麦迪逊大街的家中发生一起小小的火灾之后，有人问起皮尔庞特，他最先抢救的会是哪一件珍宝。皮尔庞特毫不犹豫地回答说："我父亲的肖像画。"一家美国杂志之前已把皮尔庞特和朱尼厄斯列入美国最富有者之列。如今皮尔庞特继承了1240万美元的遗产，他的私人财富一夜之间翻了一番。1000万美元将继续存放在银行里。他还继承了这银行帝国的控制权，取代了他父亲在伦敦金融城享有的地位。像朱尼厄斯一样，他控制了从英国向美国的资本流动，而后在新世纪中，当这些资金逆向运转时他又从中获利。
