直到1942年夏天，菲律宾岛国的人民才从1941年冬天日本入侵的震撼以及对5月6日驻科雷吉多岛的美国军队正式投降的失望中恢复过来。尽管日本人做出各种努力安抚菲律宾人，加速了菲律宾人的恢复进程，但是拷打、折磨、斩首示众和令人感到耻辱地向日本士兵鞠躬的规定仍然激怒了菲律宾人。
在逐渐升级的愤怒和怨恨中，许多游击队组织涌现出来袭击征服者。在每一个大的岛屿上都有一些抵抗团体。在菲律宾7000个岛屿中最大，也是人口最多的吕宋岛上，产生了不少于11个的主要团体。一个以其领袖马科斯·奥古斯丁上校名字命名的“马克金游击队”，凭借着一个激动人心的信条——“如果我们的贡献仅仅是为我们倒下的那片土地增加了一点肥力，那么我们至少也可以为明天更加强盛的祖国增加一点粮食的产量”——征募了数百的新成员。
1944年10月的下半月，当美国人大规模地返回到这些岛屿的时候，他们得到大约25万游击队员和几乎所有1700万菲律宾平民的支持。但是，在绝大部分地区，游击队运动开始的时候是混乱无序的。自称为游击队的土匪恐吓农民和村民，偷取食物和金钱。棉兰老岛上的穆斯林信徒和基督信徒之间的长期潜伏的争斗和对抗，其他岛屿上实力相当的政治集团之间的冲突，都爆发成为公开的战斗，而所有的集团都要求得到游击队合法性的权力。在吕宋岛上，这种混乱局势由于共产主义者胡克巴拉海普斯（或者简称为胡克）的各种活动而变得进一步复杂化，他杀的菲律宾“地主”要比所杀的日本占领军多。这一强大的组织在吸纳进许多小型队伍之前，花了大半年的时间在日本驻军的有效控制区域之外的边远地区建立了某种秩序。
在早期的游击活动中，游击队很少有机会能够获胜。他们缺少枪械：在内格罗斯岛上的一个领袖后来回忆说，在大部分的游击队组织里，仅有20%的男人拥有武器。而且，由于弹药供应严重不足，所以为了节省子弹，一些游击队组织通过斩首的方式来处死间谍。不过，这些游击队确实拥有一些维持生存的资本。
所有著名的游击队团体被爱国主义和一种日益成长的民族主义感情团结在一起。而自相矛盾的是，他们同时也被一种对那个自美西战争中赢取他们岛屿以来一直统治着他们的遥远民族的友好感觉连结在一起。菲律宾人羡慕美国的体制，甚至连汤姆斯·孔菲斯特——菲律宾中部岛屿班乃岛一个激进的领导者——也承认说，“在过去的40年里，我们一直生活在一种公正和自由的政体下”。几乎每一个人都相信美国国会作出的将会在1946年给予菲律宾完全独立和成立自治政府的承诺。而没有人相信承诺提前三年给予菲律宾独立的日本人。
另外，菲律宾人因为对道格拉斯·麦克阿瑟将军的信任而团结在一起。他们很了解麦克阿瑟，他在这个岛国上的四个任期跨越了将近40年。而且，他们相信旧金山的一个广播电台播报的关于麦克阿瑟的保证——“我会回来”。一名吕宋岛上的游击队领袖维德特·拉瓦尔回忆说：“我们完全相信美国将会返回这里的承诺。我们从来没有对我们的希望感到怀疑。”
游击队最重要的资本就是对菲律宾群岛的地理知识。那些巨大岛屿上丛林密布的内陆是他们天然的根据地，这些地方往往是多山而且是没有路的，还有巨大的地图上没有标明的区域——对日本人来说太危险而不能渗透进去。即使在大的岛屿上有着简陋的路径，征服者仍然需要通过水路来进行大部分的食物、供给的运输以及军队的调动。对日本人来说，要密切关注菲律宾1.1万英里海岸线是不可能的；另一方面，当地的平民了解每一个小湾和每一个入口，而且他们还可以开着小船和帆船自由地活动。
日本指挥官们把他们所能掌握的、数目不断变化的军队进行了最佳的部署。他们牢牢地控制着马尼拉，在吕宋岛上的关键地点集中了大规模的军队，在其他的港口城市放置了较少的驻军，并在公路上和主要的水路上进行巡逻。但是，菲律宾剩余的地方——超过整个领土一半——则是游击队的天堂。
众多游击队团体中组织最好的是按照投降前的军队组织的框架而编制的。在科雷吉多岛沦陷之前，保卫一些岛屿的菲、美军队已经接到上级命令将他们的武器和装备转移到山里，以便当日本人获得压倒性胜利的时候，他们可以进行游击战。在许多地方，当美军在科雷吉多岛上的指挥部投降的时候，转移武器的行动就已经在进行中了。因为日本人威胁被捕获的士兵都会被处死，美国的指挥官于是命令菲律宾的所有部队投降。大部分的高级军官服从了这个命令，但是很多的下级军官和数千的士兵拒绝投降。他们宁愿选择躲入到丛林中，找回收藏起来的武器和装备——通常在一个正规军队的美国人或者菲律宾人军官的领导下——以游击队员面目出现。
菲律宾陆军中校小马卡里奥·佩拉尔塔就是这样一个游击队领袖，他曾经是保卫班乃岛的菲律宾军队的作战军官。当他的美国上级投降后，佩拉尔塔以其无可争议的权威指挥着大约7000名菲律宾坚持者，并很快组织了一支卓有成效的游击队武装。在接下来的几个月里，佩拉尔塔命令所有在班乃岛上的自由美国人，以及平民，加入他的武装。大多数人都遵守了他的命令。
在吕宋岛的北部，游击队也按照严格的军事标准组织起来。在战争最初的几个星期里，几支由菲律宾士兵和美国军官组成的前线部队被在吕宋岛上的日本军队的迅速前进所切断，无法加入到前往巴丹半岛的全面撤退中。他们留在山区，最后服从了陆军中校拉塞尔·W.沃尔克曼的指挥，成为了在这些岛屿上最大最有效的游击队团体里的一支核心力量。
征服者对最南端的棉兰老岛控制不力，因而为抵抗提供了最大的机会。日本人在这个岛屿东南海岸的港口城市达沃确实建立了一个坚实的基地，他们部署了驻军，并且沿着北部海岸设立了小型的海军巡逻基地，控制着菲律宾的内部水路。但是在这些被包围的领土之间，隐藏着数千平方英里没有驻防的热带荒地，其中包括很多由好战的穆斯林摩洛族居住的地方。
然而，在1942年10月，棉兰老岛的塔拉卡格镇发起了另外一个抵抗运动。此前，当地的居民秘密地建立起一个小型的步枪隐藏处，希望等到他们积聚了足够的力量之后用来抵抗日本人。但是，他们最大的担忧不是日本人，因为他们被其他菲律宾人攻击的可能性更大。两个好战的摩洛族帮派正在聚集起来准备对塔拉卡格发动袭击，而一支来自另一地区的游击队当时也在准备抢占这个城镇并杀死那些曾经向日本屈服的官员。塔拉卡格的人们拒绝请求日本人来保护他们，这一决定迫使他们除了自己保卫自己之外，没有其他的选择。
菲律宾群岛——包括7000多个岛屿，从吕宋岛到棉兰老岛往南绵延了1000英里——在太平洋战争中，因为其插入东南亚海岸线的战略位置，而变成最重要的陆地和海上战场。日本需要保住这些岛屿以保护其在荷属东印度群岛和东南亚的运输原材料资源的航运路线。盟军要重新夺取菲律宾，以建立其海军基地和部队的集结地来对付日本的侵略。
这个城镇的领导人开始一个接一个地偷偷在晚上与躲藏在城镇山丘上面的美国军官罗伯特·保勒少校和威廉姆·麦克劳克林少尉一起商量问题。保勒同意带领居民们对抗摩洛族的进攻者。但是他感觉到塔拉卡格人将不会满足于仅仅通过自我保卫来进行战斗。
一个先前从日本人手中逃脱的美国耶稣会士爱德华·哈格蒂神父说：“形势很快变得更加危险。”虽然这个神父决定不参加这个行动，但是镇民们信任他，并且告诉他说镇民们要对抗日本人，还有当地的敌人。一名年轻的律师是这样解释他的决定的：“当战争结束的时候，我的孩子们将会问我曾经做过什么来帮助解放我的国家。我不能告诉他们说我没有参与这场战争。”
那天，正如哈格蒂神父不久后了解到的那样，八个男人没有开一枪就夺取了警察局。警察们也参加了起义并贡献出他们所拥有的40支抢来的步枪。由于被胜利冲昏了头脑，城镇里的平民领袖号召举行一次会议，并派人请保勒少校来负责这次会议。城镇里过去藏在教堂地下的枪炮被他们挖出来并进行了分发。
整个晚上，男人们聚集到哈格蒂的房子，听取建议并带来情报。“少校正在发表演说，”一个人说，“他在告诉那些懦夫，他们的房子将会被日本人烧毁，塔拉卡格的人们将会被飞机轰炸，他们的家人很多也许会被杀掉，也许，美国将不会在下一年里回来。但是如果他们需要游击队，那么，少校说自己将来领导他们，还有麦克劳克林。”
在半夜的时候，天下着小雨，保勒出现在哈格蒂的房子里。“是的，就是在这里，”他说，“他们投票决定抵抗日本人……我想现在不应该再躲藏下去了。我想我们大约有100支枪。”
正如神父所概括的那样：“头脑清醒的、有教养的平民们，家庭里的父亲们，已经准备好面对游击战的残酷，他们用一种民主的方式投票表决选择了游击战，而不愿作为被征服的人们而活着。当太阳在学校的前面冉冉升起的时候，保勒也升起了美国和菲律宾国旗。”
随后，在塔拉卡格发生了一个转变，在很多城镇里，许多游击队几乎同一时间组织起来。当保勒组织和训练男人的时候，立法机构也运作起来，农业变得更加集中，在现金缺乏的地方，印制了应急货币来帮助进行商业的交易。医生们建立起诊所，城镇的妇女们组织了一个游击队后备队来提供衣服和补给。
“竹筒通信”——菲律宾式的情报传播途径——开始为那些孤立地躲避日本人的美国士兵和飞行员提供关于在10英里、50英里或者100英里以外的某个美国或者菲律宾军官组建了一支游击队组织的令人激动的消息。那些躲藏的人们中，大部分是宁愿在丛林中碰运气也不愿呆在日本人战俘集中营里的乡下男人。（一名美国游击队领袖后来指出，在城市里长大的美国人宁愿接受在一个集中营中的程式化生活，也不愿去面对丛林。）这些乡下男人经常受到穷苦农民和村民的保护和关怀，这些男人仅有一个目的，就是希望能够躲避那些日本人，直到美国军队大规模返回。现在，在山上平民和低地平民的指引下，他们慢慢地向保勒上校这样的指挥部靠拢，并且要求加入游击队。
菲律宾新兵成千上万地涌来。其中有很多是以前躲避逮捕或者是从日本人手中逃出来的士兵。另外一些则是服从命令投降了日军，但是当日本人意识到他们不能一方面以解放作为与菲律宾人合作的回报，而另一方面又把菲律宾人作为战俘拘留的，就释放了他们。
但是对日本人来说，这种态度的转变来得太晚了。菲律宾士兵已经亲身感受到了日本人的残忍，所以，他们一听说附近有游击队武装，就加入了进去。在菲律宾的每一个地方，甚至在那些由美国人领导的抵抗力量中，几乎所有带着步枪和大刀的男人都是菲律宾人。
有好几个月的时间，麦克阿瑟将军没有听说任何关于民众抵抗风潮的消息。“我可以确定，”后来他写道，“有很多坚强的巴丹半岛和科雷吉多岛的保卫者已经逃到了山上和丛林中，他们已经在做抵抗敌人的工作了。不幸的是，有一段时间我无法听到任何关于这些活动的消息。整个群岛仿佛被寂静的黑幕所包围。”
接着，在1942年的夏天，无线电的消息开始传到旧金山和澳大利亚。少尉吉列尔莫·纳卡尔从吕宋岛发电报给麦克阿瑟：“您的胜利归来是每个菲律宾家庭每晚祈祷的主题。”但是纳卡尔的无线电台被日本人探测到而遭到破坏，他自己也被日本人捕获，遭到拷打并被斩首。
在班乃岛上的佩拉尔塔中校设法给麦克阿瑟发送了一篇报告，说他手下已经有了8000名游击队员，并控制这个了岛屿的整个内陆部分和西部海岸，还有望夺取省府城市。“平民和官员是99%的忠诚，”佩拉尔塔在电报里说，“供给可以从城镇运到任何地方，潜艇可以到达距离省府城市20多英里的任何海岸。”他后来又补充说，“每一个士兵都对您有着绝对的信心。”
吕宋岛北部一个美国上尉拉尔夫·普雷格的电报中说：“军队和当局配合得非常好。如果我得到允许，可以组织5000名强壮的新兵，如果有美国后备军官训练队和情报人员的话，我们将是装备好的武器和弹药。”
佩拉尔塔、普雷格和其他人的无线电讯息很快就得到了答复，他们使用的是美军投降前援助的用于为特殊目的建立通讯的编码。但是，另一条讯息则不是这样的，它是用错误的频率播送的，用的是不连续的编码，这是被自称为温德尔·费蒂格将军的一名长得像美国人的游击队员发来的。
发送者是中校温德尔·费蒂格，他是在投降之前被送到棉兰老岛的军队技师。在他为寻找一支抵抗队伍而进行的流浪中，遇到了相互竞争、有时甚至互相交战的游击队派别，这些派别中很少有美国军人，也缺少有组织的指挥。在意识到自己是仍然自由的美国军人之中军衔最高的人时，费蒂格戴上了一枚准将的银星（由一个摩洛族铁匠为他制作的）来给那些明白军衔制的菲律宾人留下印象，从而可以对岛上争斗的游击队派别实行某种程度的指挥。
