虽然是给政府部门做事，但马云他们也没能享受什么特殊的待遇。为了开发网站，他们经常加班加点，工作极其辛苦。虽然最初的时候13个人有基本的分工，但由于人手太少，到后来经常是一个人要承担几个人的工作，因此分工也就没有那么明确了。更为可贵的是，他们从来不计较这些，他们觉得，大家既然是一个团队，就要为一个共同的目标而奋斗！
马云的团队虽然只有13个人，但却高手云集。凭借丰富的开发经验，马云的团队很快高质量地完成了任务。网站做得很成功，但在运营上却出现了一些问题。内网是靠红头文件收费的，但在市场化的背景下，很多企业变得越来越精明，在他们看来，这本来就是政府应该做的事情，企业没有理由为政府的红头文件埋单。马云早就料到了这一点，所以他才在最初的时候反对这个方案。面对这种尴尬的局面，马云不断游说电子商务中心的高层，建议扩大内网，改建互联网。面对互联网产业的蒸蒸日上，外经贸部的高层终于同意了马云的建议，批准成立了合资的国富通信息发展有限公司，并由马云出任总经理。
在出任总经理后，马云和雅虎创始人杨致远有了更多深入接触的机会。
早在1998年5月4日，雅虎中文网站就开通了，这是大名鼎鼎的雅虎网站开通的第13个非英语站点。这时，雅虎就已经开始想在中国内地开展网络广告这一新的业务。出生于中国台湾、成长于美国的杨致远，虽然有着华人血统，对中国内地也有很深的感情，却并不了解中国内地。于是，同年6月，雅虎和国富通达成了合作意向，由国富通协助雅虎开展其国内的业务。其实，马云在美国出差的时候，就已经结识了雅虎的“酋长”杨致远，而且两人也都彼此欣赏，一直有书信来往。1998年，杨致远第一次来中国内地，他在北京的三天，就是由马云全程陪同的。
国富通成立后不久，马云就带着他的团队开始研发真正的互联网项目。网上中国商品交易市场，就是马云他们开发的第一个项目。为了全身心地投入到互联网项目的开发中，马云安排韩敏负责官方网站的后续维护工作，自己则带领其他人转移阵地。
在当时的电子商务领域，网上中国商品交易市场是一个非常成功的项目。在互联网开放的环境下，网上中国商品交易市场的经营运作采用了更为市场化的方法。外经贸部在全国各地设立代表处，为了实现资源共享，这些代表处将当地中小企业的信息全部放在网上。这种更为开放的运作方式，深受众多中小企业的青睐，因而网站很快就实现了赢利，并且业绩突出。
毕竟是有政府背景的项目，再加上马云及其团队的全力运作，网上中国商品交易市场发展迅速，国富通和中国商品交易市场网站在当年就实现了287万元的纯利。
马云和他的团队在一年多的时间里，连续推出了网上中国商品交易市场、网上中国技术出口交易会、中国招商、网上广交会和中国外经贸等一系列站点。其中，外经贸部的站点是国内部委中最早的，同时也是最优秀的政府站点之一。1999年，外经贸部的站点被评为中国“政府上网工程”的推荐优秀站点。而网上中国商品交易市场，则是中国政府首次组织的互联网上的大型电子商务实践，实现了中国对外经济贸易方式的飞跃。当时，网上中国商品交易市场被外经贸部部长石广生称为“永不落幕的交易会”。
马云及其团队的这次创业取得了很大的成绩，然而，初到北京时，马云和他的团队也经历了一段艰难的北漂生活。那时候，他们住在外经贸部东郊的一个集体宿舍里，13个人分别住在三套简陋的房间里。北京的气候毕竟不同于江南水乡，这些西子湖畔的才子佳人不得不适应北方干燥的气候。他们每天早上都要一起挤公交上班，而北京上下班交通高峰期的拥挤，是全国有名的。为了不迟到，他们经常要起很早去等公交。就这样，他们早出晚归，每天的生活都很艰苦。然而，他们却因此而更加上进。在马云的带领下，他们每天晚上都坚持学习英语，而马云就理所当然地成了他们的老师。在北漂的那段日子里，天性乐观的马云总是不断地激励着他的团队，也正因如此，他们才克服了重重的困难，取得如此优秀的成绩！
然而，马云似乎并不满足目前所取得的成绩。他认为，在政府的编制里做事，有太多的限制，不能很好地施展拳脚。其实，一开始的时候马云就感受到这一点了。那时在内网方案的问题上，他就曾与几个领导发生过争执。当时，对方的口气中就暗含着这么一层意思：马云他们只是来给政府部门做事的，公司不是他们的！的确，马云虽然是信息部的总经理，但一些重要的决策仍然是政府说了算，而马云却很不喜欢受制于人。
终于，1998年的冬天，马云突然向大家宣布他要回杭州！所有的人又被惊住了。马云给他们提供了三个选择——他首先推荐他们去刚刚成立的新浪、搜狐；其次，可以去雅虎，毕竟那里的工资待遇很好；最后就是留下来继续给政府做事，毕竟有外经贸部的庇佑，北京的收入也算不错。马云的话在整个团队里引起了一场轩然大波，很多人都不理解他的决定。后来，马云把压抑了许久的委屈与无奈全部倾诉了出来，大家似乎也都理解了他的酸楚。马云指出的前两种选择在当时看来，是相当明智的。凭借他们的经验和技术，在任何一家知名的企业都会有所成就。但是让他们一时间放弃所有，再回到起点上，毕竟有些艰难，而且他们现在确实都干得不错。
最后，马云告诉他们：“你们要是愿意，也可以跟我回杭州二次创业，但那样会很辛苦。首先，你们每个月只有500元的工资；其次，未来的公司就在我家那套接近200平方米的房子里。你们住的地方不能离我家太远，必须在五分钟就能到达的范围内；最后，我要做的是一个全世界最大的商人网站，但至于回去具体要做什么，我还不知道。”马云给了他们三天的时间考虑。然而，出人意料的是，他们在几分钟以后就作出了一致的决定：一起回杭州创业！
在那一刻，马云感动的泪水夺眶而出。他对这个跟随他多年的团队，对这些情同兄弟姐妹的朋友充满了无尽的感激。
1998年冬天的一个雪夜，马云和团队成员在北京的一家小酒馆里举行了一场告别宴。那天晚上，他们不停地喝酒、吃肉，一起唱着《真心英雄》。散席之时已经接近深夜。天亮的时候，马云提议去爬长城。这一次八达岭之旅，是他们闯荡北京的那么长时间里第一次登上长城。八达岭的城墙上刻着无数的“到此一游”，对此，马云兴冲冲地对着大家喊道：“这不是BBS吗？我们的BBS能做到这样就好了。”当时，并没有人在意马云说的话，而意外的是，这个BBS竟然成为以后阿里巴巴网站的雏形。那天，在长城上，马云发誓要建立一家全世界最好的公司，让中国人都为之骄傲。
5.南归，阿里巴巴问世
1999年1月5日，马云和他的团队南下回到杭州。这一次马云离开北京，不是以失败者的身份逃离，而是为了一个更大的梦想。
实际上，马云在离开北京之前，雅虎和搜狐都曾经想挽留他。
早在1998年7月，雅虎公司刚刚步入中国市场的时候，杨致远就曾邀请马云出任雅虎在中国的总经理。在杨致远的办公室里，马云与其进行了一次深入的谈话。杨致远告诉马云雅虎要做互联网上的一切，而马云却认为，一家企业如果一味地追求横向发展，就很可能什么都做不好。而在当时，大多数的互联网从业者都想走这条路。对于杨致远的邀请，马云最终婉言谢绝了。
不久，搜狐的高级副总裁、首席财务官古永铿也看中了马云。当时的搜狐可以说是如日中天，但公司仍缺乏一位首席运营官。马云阴差阳错地被一家猎头公司“忽悠”到搜狐的办公楼里，当时负责面试的正是古永铿。他们一见面便聊得很投机，尤其对于互联网的未来发展方向，可谓英雄所见略同。古永铿意识到，如果马云能够加入搜狐，对公司来说必定是如虎添翼。然而，马云最后却告诉他，自己并不是来面试的，这让古永铿大为失落。但是马云认为古永铿自己就很适合首席运营官的位置，事实证明也确实如此。两年后的古永铿真的坐在了搜狐首席运营官的位置上，而且一坐就是三年，直至后来他被提升为总裁的时候，还兼着首席运营官的职位。在古永铿的主导下，搜狐公司成功地运作了几个领域的大型项目。就这样，马云挥别了两家重量级的大公司，义无反顾地选择了回杭州！
而这两次创业历程，让马云开始思考中国互联网未来的发展方向，思考自己的路以及中国互联网之路应该如何延伸和继续……
早在1998年年底，马云的B2B思路就已经逐渐成熟，他希望利用电子商务为中小企业服务。经过一番研究，马云发现，在互联网上，相比商业机构与消费者之间的业务量，商业机构之间的业务量要更大。鉴于自己对国际贸易市场、国内生产厂家以及进出口公司的深刻了解，马云发现在商业机构中，大量的中小企业比大型企业更需要电子商务的支持。于是，马云最终选择了为中小企业服务。马云曾经说过：“在现在的经济世界，大企业是鲸鱼，要靠吃虾米为生，而小虾米又以吃大鲸鱼的剩餐为生，可谓互相依赖。而互联网的世界是个性化独立的世界，小企业通过互联网组成独立的世界，使产品更加丰富多彩，这才是互联网真正的革命性所在。”
1999年1月，回到杭州的马云及其团队开始为他的B2B事业筹集资金。对于筹集资金，他们一致认同两个原则：第一，不向父母借钱；第二，不向亲戚朋友借钱。
虽然他们在北京工作了一年多，但是在外经贸部的那段日子，他们并没有赚到多少钱。虽然当时北上的时候，外经贸部曾经承诺给他们30%的股份，但实际上在当时的体制中，这些股份根本得不到落实。除了一个月几千块的工资外，他们什么都没有得到。另外，他们是一群平均年龄不到30岁的年轻人，在北京高消费的环境之下，几乎每个人都没有多少存款。大家把自己全部的积蓄都拿了出来，最后却只凑了50万元，而这50万正是阿里巴巴的启动资金。
实际上，凭借自己的名气和影响力，马云完全可以自己独立解决阿里巴巴启动资金的问题。在互联网疯狂运作的那个年代，区区50万元，马云完全可以利用自己的人脉关系搞定。然而，马云之所以选择和大家一起凑钱创业，也是用心良苦。马云的理想是创办一家股份制企业，而不是自己一个人的公司。只有大家共同出资，才能让每个人都拥有股份。
启动资金有了，域名的注册也就被提上了日程。而关于“阿里巴巴”域名的由来，也有一个值得一提的故事。马云曾经想过，要做一个全球性的大公司，就要有一个全球化的名字。马云希望未来的公司具有全球性的眼光，所以名字要具有国际化的特点，且容易被人记住。和朋友们冥思苦想了100多个名字之后，马云仍然没有找到一个令自己满意的名字。
突然有一天，马云的灵感来了，他想到了一个与互联网有密切联系的名字——“Doubleclick”，即“双击”的意思。然而，这个名字早就被美国的一家企业抢先注册了，马云不得不继续思索。接着，一个神奇的灵感降临了。
1998年年底，马云去美国出差。有一天，他正在一家西餐厅里就餐，突然想到一个被众人广为传诵的阿里巴巴的故事。马云陷入了沉思：阿里巴巴一直希望让别人拥有财富，他这种无私奉献的精神同马云团队的梦想和使命如出一辙，而互联网这笔无穷的财富也正等着人们去挖掘。
马云立刻兴奋起来，他想知道阿里巴巴的知名度到底有多高。这时，餐厅的服务生过来了。于是，马云就立刻问他：“你知道阿里巴巴的故事吗？”“芝麻开门！”那个服务生笑着说道。马云按捺不住内心的喜悦，快速走到大街上，接连问了好多不同年龄、不同阅历的人是否知道阿里巴巴的故事。结果，所有人的答案都近乎一致，那就是“芝麻开门”！马云因此更加激动，回到住处后，立刻打电话给他的朋友们，让他们在当地也作一个非正式的小调查。结果没多久，马云遍布全球各地的朋友们都答复他，在调查中，几乎所有人的反应都是：阿里巴巴——芝麻开门！
经过调查，马云最后决定就采用“alibaba.com”这个域名。神奇的是，这个词在世界上的所有语言中的发音都是“a-li-ba-ba”这个音节，这也就意味着，全球所有的商人都能听懂并记住这个名字！
事实上，阿里巴巴这个名字也得到了全球范围内的一致好评。而给公司取了“阿里巴巴”这个名字，也是马云自己最得意的事情之一。首先，作为一个古老的阿拉伯神话，阿里巴巴的故事在全球范围内被广泛流传；其次，阿里巴巴作为互联网的域名，很容易拼写和记忆；最后一点也是最有意义的一点，阿里巴巴是一个关于财富和宝藏的故事。想到阿里巴巴，就联想到芝麻开门；想到阿里巴巴的网站，就联想到财富。而且，阿里巴巴诚实、奉献的精神，也符合公司的定位。
