梁山下面经过的大员，是丞相李斯。手下人据实禀报后，始皇说道：“丞相的车骑真的这样威风吗？”话中分明含有怒意，手下从旁窥透，便将这话转告李斯。李斯听说后，大吃一惊，此后出门时，便有意减少了很多车马。始皇知道后，便将在梁山宫时的所有侍从一律传到，问他们为何泄露自己的话。手下哪里敢承认，始皇怒不可遏，命武士进来，把他们一齐推出去，全部斩首，其他的人从此再也不敢乱说话了。
卢生屡次欺骗始皇，暗暗心虚，私下与韩客侯生商议说：“始皇天性刚戾，统一六国后更是志骄意满，认为从古到今没有人能比得上他。纵有学者七千，也只是听命记录。丞相和大臣们惧怕皇帝，无人敢进言。我等现在虽然得宠，但秦朝的法律规定不准欺骗朝廷，否则只有死路一条。世上本没有不死之药，我们不如早点离开，免受祸殃。”侯生觉得卢生说得有道理，便和卢生一起逃走了。
始皇听说后，大发雷霆，立刻派人追捕他们，却没有抓到。始皇愤怒地说：“朕召集熟读经典的儒生和方士来都城，无非是想使天下太平，炼求仙药。现在徐福等人费资上万，始终没有求得仙药，卢生等人一直享受着朝廷厚赐，反而妄加诽谤。方士尚且如此，其他人可想而知。现在咸阳的读书人不下数百，一定有人妖言惑众。朕已经派人探察，对此略知一二，这次一定要彻底清查。”然后颁布诏令，命御史审问儒生，快速呈报。御史奉旨把这几百个读书人聚集起来，问他们有没有做妖言惑众的事情，众儒生一齐说道：“大人圣明，我等怎敢妄加非议？”话还没说完，只见那御史把惊堂木一拍，厉声呵斥道：“不动大刑，你等必不肯老实交代！”说着，就命令手下取出许多刑具，把这些读书人按倒在地上，打得他们皮开肉烂，鲜血直喷。有几个哭着喊冤的，竟被问官另加重刑。这些读书人在重刑之下屈打成招，问官又把供词添油加醋一番呈报始皇，于是在读书人身上掀起了一场大灾难。
始皇不问实情，反夸御史们审案有功，给予重赏，并命人把这些被囚禁的读书人全部处死，以儆效尤，使天下人不敢再犯。可怜这些读书人遭此惨祸，一个个全部被狱卒捆绑着推出市曹。
碰巧始皇的长子扶苏进宫拜见父亲，看见市井上这一群罪犯，双手反捆，面带惨容，实在可怜，就告诉监刑官暂时停刑，等自己奏请皇上后，再行定夺。监刑官见是扶苏，自然不敢违抗，连声答应。扶苏匆忙跑入宫中，求见始皇，好不容易才找到。行礼之后，便替这些儒生求情，话还没说完，始皇大怒道：“你知道什么，竟敢胡言乱语？这里用不着你，你去北方监督蒙恬，命他将长城、直道赶快修好，朕就要北巡了。”扶苏见始皇面带怒色，知道多说无益，便不再言语，只好奉谕出宫，命人报知监刑官继续行刑。监刑官索性将四百六十多个儒生全部活埋，一群读书士子，冤魂相接，全部枉死了。
扶苏听说这些读书人枉死，也为之泪下，只因父命在身，不敢逗留，只得匆匆北去。始皇处死咸阳的儒生还不解恨，又想斩草除根，把天下的读书人全部处死。但是，如果下诏命地方官杀尽文人，又担心会导致天下骚乱，况且始皇认为文人很狡猾，一听到消息就会望风而逃，像侯生、卢生一样，那时再抓他们就难了！辗转反侧，终于想出了一条妙计，于是下诏求才，令地方官把当地有名的儒生送京录用。地方官立即照办。仅几个月，各地名儒陆续被送往都城，等待始皇接见。始皇大喜，把他们一齐宣进宫中，约有七百名。他们有的精通经书，有的擅长作文，始皇异常温和地询问他们相关事宜。第二天就传出一道旨意，命这七百人都为郎官。七百人得到这样恩赐，喜不自胜，立即进宫谢恩。
转眼到了寒冬。一天，骊山守吏来报，说马谷地方有瓜成熟，果实累累。始皇便召集郎官，故意吃惊地问：“严寒时候，其他地方都没了果实，为何马谷会结出瓜来？你等博学多闻，能说出原因吗？”各位郎官听说有这样的事，暗暗称奇，有的说是瑞兆，有的说是咎征，议论纷纷，莫衷一是。
始皇便拿定主意，叫他们一同去马谷看一看，再定灾祥。各位郎官也想亲眼瞧一瞧，辨明真假。他们一口气跑至马谷，果然看到谷中有瓜果数枚，新鲜得很。众人更加惊讶，互相猜疑，正在纷纷议论，忽然听到一阵爆裂声，不由得惊慌四顾。说来也奇怪，一声暴响后，便有许多土石从头上压下来。各位郎官忍痛四窜，慌乱中寻找出口，可是谷口外面已被木石塞住，不留一点缝隙。众人此时才翻然醒悟，原来是始皇设下毒计陷害他们。顿时马谷内的儒生哭作一团。
过了一会儿，众人都死在了谷中，这便是历史上有名的“马谷坑儒”冤案。冬天怎么会有瓜呢？原来骊山下有温泉直通马谷，谷中有热气，无论春夏秋冬，草木四季常青。始皇密令心腹到谷中撒下瓜种，自然就结出了果实。这些读书人被始皇骗到谷中时，谷外已设好埋伏。只要他们一进入谷中，便有人扳动机关，把谷口塞断，然后从上面抛石块，七百人一个不留，全部死了。
始皇三十六年，有流星坠于东郡，化成一块石头，石头上留有字迹。仔细辨认，是“始皇帝死而地分”七个字。这事虽然稀奇，但也无关紧要，好像不必上报朝廷。只是始皇曾经下令，世间无论何事地方官都得上报，不准隐瞒。东郡郡守自然不敢不报。始皇听说后，愤怒地说：“什么怪石？大概是乱民咒朕，所以把字刻在石头上，一定要派人查明此事，严加惩处！”说着，就派御史去东郡办理此事。御史奉诏，立即出发，赶往东郡，传问住在石头旁边的人们，他们都说石头是从天空落下的，没有人刻字。御史严刑拷问多日，一无所获，便把结果上报给朝廷。谁知始皇大发雷霆，立即传令将石头附近的居民全部杀掉，并将怪石毁去。御史遵诏而行，事情一完成，御史便回去复命。始皇无所畏惧，单怕一个“死”字，虽然将石头毁了，心中仍觉不快。于是命学者写了很多咏仙诗，无非是长生不老之语。始皇吩咐乐人把诗谱入管弦，时常令他们弹唱，聊以自慰。
到了秋天，有使臣从关东来，经过华阴时，有人交给他一块璧，对他说：“替我交给君主，告诉陛下‘今年祖龙当死’。”使臣愕然不解，再想细问，那人忽然不见了。使臣大吃一惊，但手中的璧还在。使臣觉得此事不同寻常，入都报告始皇。始皇拿起璧，一面观看，一面摩挲，一面思量，也没发现什么怪异，过了很久，才开口说道：“你在华阴遇见的定是华山脚下的山鬼，山鬼有何本领，不足为信！”使臣不敢多言，默然告退。始皇又自言自语道：“‘祖龙’二字，寄寓何意？这祖字应该作始字解﹔龙为君象，莫非真的应在朕身上不成？”继而又自己安慰道：“‘祖龙’是说我先人，我祖宗也曾为王，不过早已死去，这等荒诞无稽的话，理他做什么！”然后将这块璧交给御府[御府：帝王的府库。]。府中守吏却认识这是御府的故物，说是始皇二十八年渡江时，曾将此璧投水祭神。始皇听了心神不宁，便召太卜虔诚卜卦，确认吉凶。太卜便向神祷告，然后告诉始皇云游、迁徙最好。始皇暗想，朕可游不可徙，民可徙不可游，不如朕游民徙，双方并作，自然能趋吉避凶。但又害怕山鬼所说的“今年当死”的话应在他身上，担心出游遭人暗算，便决定在年内徙民，年外出游，以解顾虑。于是颁诏出去，命令内地百姓三万家，分别迁到河北、榆中。百姓无奈之下，只得忍气吞声，背井离乡，扶老携幼，遵旨移徙。
秋去冬来，始皇深居简出，特别害怕自己会死，静养了好几个月，也没生过病，安稳过了一年。一出正月，始皇心宽体泰，消散了几个月的惊怕，下诏出巡。这次巡行，不按原来走过的路线，特意向东南出发。一切准备就绪，只留下右丞相冯去疾留守都中。始皇本来打算让小儿子胡亥与冯去疾一起留在都中，可胡亥年已弱冠，想跟从父亲出游，开阔眼界，恳请始皇携他同行。始皇本来就喜爱这个小儿子，便高兴地答应了。这次出游侍从人员不计其数，最有名的就是左丞相李斯及中车府令赵高。
赵高是一个太监，在宫中多年，生性极为刁猾，善于察言观色，凡是秦朝律令都能默诵。始皇过去披阅案牍，遇有刑律处分，稍有疑虑，一经赵高在旁参决，便豁然开朗、疑虑顿消。始皇因此常说他干练有才，渐渐宠信起他来，封他为中车府令，并且命他教导自己的小儿子胡亥如何依法审案。胡亥少不更事，又是皇帝的爱子，怎肯静心去研究法令？一切审判，都由赵高代办。赵高一面讨好始皇，依照始皇的性情办事，遇着刑案，总是把没什么大罪的犯人，说成死有余辜；一面奉承胡亥，教他淫乐。所以，始皇父子都称赵高为忠臣，赵高也更加横行无忌，开始揽权纳贿。不料东窗事发，始皇听说后就派参谋大臣蒙毅审讯赵高。蒙毅依罪定赵高死刑，可始皇却对他法外开恩，特意下了赦书，不但没有处死他，反而将他官复原职。
