中国社会几千年来都严格执行着自己的祖宗家法社会，对于婚庆、丧葬、祭祖等许多社会活动都有其固定的伦理文化基础。天主教的传入，在很大程度上为中国引进了新的伦理思想也因此受到强烈的冲击。满人入关后，顺治皇帝以满语“玛法”（即祖父）相称汤若望，但后来在大臣杨光先的眼里，西方教士兴建教堂是为了打探山川地势，刺探军情。康熙亲政后，除了为汤若望平反，又于1692年下令人民有信仰自由。此后，天主教便得以自由传教。但在康熙晚年，因礼仪问题与教廷发生冲突，乃下令驱逐传教士。
1735年，教皇下令停止耶稣会士在中国的工作，明末以来传教士辛苦争取来的工作停滞下来。初期到中国传教的利玛窦、汤若望、南怀仁等，均生活朴素严谨，重视并尊重中国传统儒家思想。但到了后来，一些传教士既不研究中国文化礼仪，也不注重与文人儒士之间的沟通，生活也变得奢侈起来。很多传教士衣着华贵，乘轿骑马，随从众多，俨然和传统中国文化里面的道儒之人形象相去甚远。这就引起很多社会人士的不满与不解。人们猜测他们的动机与目的，同时也猜测他们的经济来源，种种猜测渐渐汇成强大的不满。教义主张在上帝面前人人平等，君臣父子，兄弟姊妹，凡信教者皆为上帝之子民，无任何尊卑和贵贱之分，与南宋以来理学崇尚的“纲常伦理”之说相悖。天主教逐渐失去社会中坚的支持，而被人称为扰乱人心的邪教。另外，天主教崇奉唯一天主耶稣，摒弃和排斥其他信仰，教友家中任何老释经书、占卜著作、神佛供像一概毁弃，这不仅直接践踏了中国传统，而且触犯了道教和佛教。
从康熙三十二年（1693年）巴黎外方传教会的颜珰主教在他所管辖的福建代牧区内，发布了禁止中国教徒实行中国礼仪的禁令，引发天主教罗马教廷与中国清王朝的对抗，到雍正二年（1724年），雍正皇帝下谕，禁止传习天主教。以及后来的第一次、第二次鸦片战争，义和团和庚子赔款等一系列历史重大事件，都和天主教教会传播与中国内陆民众的抗争与不满有关（其中由马神甫事件，直接导致法国参加第二次鸦片战争；光绪二十三年，发生涉及德国天主教的曹州教案，成为德国占领胶州湾的借口等等）。直到民国成立以后，中华民国临时宪法中保障了宗教自由，加上当时很多革命人士以及支持革命的人也是新教徒（例如：孙中山、宋教仁、廖德山，以至后期的蒋介石和张学良等），因而在民国以后新教的发展比清朝时好，至中华人民共和国成立前夕，基督徒人数近七十万人。
北京天主教堂的历史可以追溯到元大都时期，来自欧洲的罗马天主教方济各会修士孟高维诺在北京修建了第一所天主教堂，此后，天主教得到元朝皇帝的宽容，在北京建立了许多教堂。元代传入中国的天主教被称为“也里可温教”，在组织形态上借鉴了佛教的一些做法，这些也里可温教堂大多被称作寺，采用中国佛教建筑常用的建筑形式，其风格与欧洲本土的教堂迥异。元代天主教在中国以社会上层为主要发展对象，因而信徒主要是居于统治地位的蒙古人和色目人，汉人信教者极少。1368年元朝灭亡后，也里可温教也从中国销声匿迹，其修建的教堂大多改作他用，存留下来的极少。目前北京仅有门头沟区后桑峪村天主堂一所教堂是元代所建，该教堂也是北京地区现存最古老的教堂。
明万历年间，以意大利籍传教士利玛窦为首的耶稣会传教士经由澳门再次进入中国，万历三十三年利玛窦获准在宣武门内兴建天主教堂，这就是民间俗称的南堂，宣武门天主堂也是时隔三百年后在北京出现的第一所天主教堂。
自从利玛窦之后，天主教在中国的发展非常迅速。五十年后的顺治十二年，传教士利类思和安斯文准在王府井修建东堂，康熙三十二年在西安门内蚕池口建成北堂，雍正元年罗马教廷传信部传教士德理格在西直门修建西堂，至此，在经历了一百年时间后，北京的天主教四大教堂全部建成，至今这四所教堂仍然是北京最大的四所天主教堂。除了四大教堂之外，明末清初期间天主教会还在北京西郊阜成门外的滕公栅栏兴建了教会墓地，这里后来发展成为马尾沟教堂。
早期天主教堂在北京的建设非常低调和本土化，例如北京市区最早的天主教堂——南堂，在建设之初是一座中式四合院，仅仅在一些主要建筑上装饰有十字架等宗教标志；王府井的东堂建设之初也是由民房改建，在建筑风格上与周围的中国传统建筑别无二致。
自从清顺治年间开始，天主教会开始在北京大规模兴建教堂。顺治七年，德国传教士汤若望改建南堂，新建的宣武门天主堂采用当时欧洲流行的巴洛克风格，高大宏伟，与中国传统建筑风格完全不同，成为北京城市中一处特异的景观。此后东堂改建为罗马穹顶风格的建筑，新建的北堂和西堂则均采用哥特式风格。此间北京兴建的教堂建筑风格上大多与欧洲同步，采用时下欧洲流行的建筑风格，与北京其他的建筑形成极其鲜明的反差，另一方面这些教堂建筑的一些细节处理又充分吸收了中国传统建筑的一些风格，比如北堂的建筑由一圈汉白玉石栏围绕，柱顶的石狮子与基督教圣像和谐共处，风格特异。
由于天主教禁止中国信徒祭拜孔子和祖先，自康熙年间开始，中国禁止天主教公开传教，许多教堂被官方没收，包括东堂、南堂等都被没收拆除。直到1860年第二次鸦片战争之后，根据中国与英、法两国签订的条约，清政府发还了没收的教堂，不久各教堂获得重建，重建后的教堂大多沿袭了原有的建筑形制。
1900年爆发的义和团运动再次给北京的各教堂造成严重破坏。除了北堂之外，北京几乎所有教堂都被义和团捣毁，而发生在西什库天主堂（即北堂）长达两个月的攻防战也成为义和团运动中最重要的事件之一。
1901年清政府与西方列强签订了《辛丑条约》，在此之后，天主教等基督教流派加快了进入中国的脚步，陆续建成了东交民巷天主堂、南岗子天主堂等教堂，在20世纪的第一个十年，北京掀起了一个建设教堂的高潮，这一期间所建设的教堂，规模没有老四堂大，建筑风格也逐渐向中国传统建筑风格偏移，较之以前的建筑风格，这一时期的教堂建筑与天主教本身一样，都更加本土化了。
老北京天主教教堂有：西什库天主堂、宣武门天主堂、西直门天主堂、王府井天主堂、东交民巷天主堂、南岗子天主堂、马尾沟教堂、后桑峪村天主堂、延庆永宁天主堂、丰台东管头天主堂、大兴牛房耶稣圣心堂、大兴西湖林圣母圣心堂、通州嘉后疃天主堂、通州龙庄天主堂、通州牛牧屯天主堂。
这些教堂有的几经变革保留至今，有的随着历史的变迁已逐渐消失。
