列宁在接到高尔基的申诉后，曾亲自过问。他在给高尔基的一封信中写道：“我们中央委员会已决定委派加米涅夫和布哈林去审查亲立宪民主党的资产阶级知识分子被捕案并释放可以释放的人。因为我们清楚，这方面也发生过一些错误”，但列宁同样强调：“总的说来，逮捕立宪民主党人（和亲立宪民主党分子）这个措施是必要的和正确的。”
在“战时共产主义”时期，东正教和对东正教的信仰也受到了严控和打击。
自从彼得大帝废除了东正教的大牧首制后，俄罗斯在200年中不再有大牧首。1905年年初，尼古拉二世曾想恢复大牧首制，以加强和巩固面临暴风雨的沙皇统治。他曾对彼得堡的都主教安东尼说过：“我得出结论，时机已经成熟，如今的俄国正在经历新的混沌岁月，因此无论是对于教会还是国家，大牧首都是必需的。”尼古拉二世甚至想自己担当大牧首之职，把皇位让给儿子，由皇后和兄弟米哈伊尔摄政。但是，尼古拉二世在位时没有来得及恢复大牧首制，而临时政府却继续了他的未竟事业，成立了“地区主教会议”，着手大牧首制的恢复工作。但是，布尔什维克的十月革命打乱了这一进程。
就在苏维埃政权建立的同时，地区主教会议决定恢复大牧首制，并推举莫斯科都主教吉洪为“俄国东正教莫斯科和全俄大牧首”。吉洪在就任大牧首的讲话中说：“我们的祖国正在经受极度繁重的战争和毁灭性动荡的折磨。”1917年11月3日，莫斯科克里姆林宫被苏维埃占领后，吉洪就率领教会人员去察看了教堂和圣物遭毁的情况。1918年1月1日，吉洪在基督救世主大教堂作新年祈祷。他在祈祷中，将二月革命和十月革命与巴比伦的毁灭相比，他说：“我们的建设者只是想用自己的改革和法令施恩于不幸的俄罗斯人民和世界，来为自己赢得名声。”他向执政者呼吁：“停止你们的血腥镇压。你们所做的一切不仅是残酷的，而且是真正的魔鬼的事情，为了这种事，你们死后将在阴间遭遇地狱之火，在今生人世遭到子孙后代的诅咒。”
大牧首制的重建和吉洪大牧首对时局的看法意味着俄国的东正教在试图干涉国家的政治生活、对抗苏维埃政权。苏维埃政权对此作出了极其强烈的反应。1918年1月28日，人民委员会颁布了教会和国家、教会和学校分离的法令——《关于信仰自由、教会和宗教组织》的法令。这个法令从法律上结束了在俄国存在了几百年的教会参与政治、教会和国家政权密切合作的关系。根据这一法令，教会不得干预政治，教会的活动要受到限制，教会不得在学校中进行教学和让人们信教。这个法令还不承认教会和教堂拥有的财产，“任何教会的、宗教的团体都无权拥有财产。它们没有法人的权利”。为了贯彻这个法令，还在司法人民委员部专门成立了“贯彻政教分离法令委员会”。1918年5月29日，司法人民委员部还发出通知，要求各个苏维埃机构中都要建立“特别局”，其任务是“有专门的机关或专人处理有关清理国家和宗教组织之间关系的事务”。这一事务就是关闭寺院和教堂，查抄和剥夺寺院和教堂的财产，剥夺神职人员政治权利，或者将一些神职人员作为反对苏维埃政权的反革命被遣送到集中营去。1918年11月18日，在奥格涅茨教区亚历山大·斯维尔斯基修道院关于修士被捕、财产被没收致司法人民委员部的文书中有对这种清理行动的记载：“一伙30人的红军战士，其中包括政委……跑遍了修道院院长室、司库走廊和修道士楼房里的所有修道小屋及工作室、财会室和仓库，抢光了珍贵的东西，取下了圣像上的银饰，把茶叶、糖和食品统统都拿走了。在修道院院长室里，他们把所有贵重的东西、衣服、被单，还有茶炊、茶具都抢走，值钱的、贵重的东西归自己，不太值钱的则留给地方贫农委员会。”
1919年2月22日，莫斯科省兹维尼哥罗德司法管理处清理科在向上级苏维埃的有关贯彻政教分离法令的报告中也记述了这样的清理行动：“在贯彻人民委员会关于教会与国家、教会与学校分离的法令中，做了以下工作：教会所有的财产，无论是各个乡的，还是沃斯克列先斯克市的和修道院的，都进行登记，并首先移交教区团体，而修道院的财产则转交宗教促进团体……对一所名叫新耶路撒冷的地方修道院，连同所有财产和人员，整个进行了登记和查封。当地的保障机构在那里建立了养老院和托儿所，把以前主教的住房给养老院和托儿所使用……所有财产和贵重物品都清点登记拿走，清单寄到县工农兵代表苏维埃，这些东西都留着，一直等着中央下达命令。对僧侣们，都让他们工作，和所有的资本家一样，也要进行登记，没有发生撤去本人教职的情况。”
布列斯特和约签署后东正教教会表示反对，大牧首吉洪发表了告人民书，其中写道：“这个以俄国人民名义签署的和约不会导致人民的兄弟和睦而居。和约中没有安宁与和解的保证，其中只是播下了仇恨和仇视人类的种子，其中只有新的战争和使全世界变为灰烬的幼芽。”但是，随着国内战争的激化，政教分离法令的执行也愈来愈激化。一系列教堂被宣布收归国有，有更多的神职人员被枪决。而这时，沙皇家族受到了毁灭性打击。1918年7月17日，尼古拉二世及其全家在他们被迁移的地点——叶卡捷琳娜堡，被当地苏维埃秘密枪杀，捷尔任斯基领导的全俄肃反委员会和中央政府很快承认了这次枪杀的合法性。其后，沙皇家族的其他成员（包括尼古拉二世的兄弟米哈伊尔等）先后被枪杀。吉洪把沙皇的被杀称之为“可怕的事件”，表示强烈抗议，他说：“哪怕因此我们被称为反革命，哪怕因此我们被关进监狱，哪怕因此我们被枪毙。”1918年10月13日，吉洪写信给人民委员会说：“你们掌握了政权并呼吁人民信任你们，可你们给了人民什么样的承诺又怎样去履行这些承诺的？实际上，你们给人民的是石块而不是面包，是蛇而不是鱼。你们承诺给予人民一个‘没有兼并和没有赔款’的和约，结果却是不堪忍受的流血的战争。”吉洪的言行使列宁和托洛茨基都非常愤怒，但又不便公开声张。1918年11月24日夜间，吉洪被全俄肃反委员会下令软禁在家中。
莫斯科的苏维埃政权建立后，鉴于克里姆林宫遭到相当程度的破坏，市苏维埃决定对克里姆林宫进行维修和保护。为此，还成立了一个由17人组成的“保护艺术品和文物委员会”。这个委员会还制定了一个大规模维修和保护古建筑和文物的计划。1918年年初，人民委员会还为此拨过相当一笔经费，但是，政策很快发生了变化。这显然和列宁本人的看法有关。列宁十分痛恶沙皇制度，他不想让体现这个制度的任何东西继续存在于苏维埃政权之下。列宁说过这样的话：“除了个别的历史古迹，现有城市的所有部分都应当推倒重建。”而当时的教育人民委员卢那察尔斯基的具体建议则加快了这一行动的步伐。1918年4月4日，卢那察尔斯基建议列宁搞一个声势浩大的“纪念碑宣传”，在各处建立纪念碑、纪念像和刷上各种标语，以宣传社会主义革命及其“太阳国”般的光辉未来。列宁当即同意这一建议。人民委员会于1918年4月12日颁布了《推倒为沙皇及其奴仆树立的纪念碑和制定俄罗斯革命纪念碑的方案》的法令。法令规定要将广场和街道上为沙皇及其奴仆而建的、没有历史和艺术价值的纪念碑统统移走，并组建一个特别委员会来制定该推倒的和该新建的纪念碑的名单。根据这一法令和列宁本人的具体指示，克里姆林宫中和莫斯科的一系列纪念碑和纪念像被推倒移走，随之许多寺院和教堂的圣像和建筑物被毁。5月1日，列宁和斯维尔德洛夫等领导人亲自参加了在克里姆林宫中推倒谢尔盖·阿历克山大洛维奇大公被杀纪念碑的活动。此后，克里姆林宫中的亚历山大二世纪念碑和基督救世主大教堂旁的亚历山大三世纪念碑等相继被推倒。
