6月11日，以全俄中央执行委员会特命全权委员会的名义（由安东诺夫奥弗申科、图哈切夫斯基、坦波夫省执行委员会主席拉夫罗夫和省委书记瓦西里耶夫联合签署）发布了第171号命令，命令全文如下：
从6月1日起开始的对匪帮活动的坚决斗争正在使地区迅速平息下来。苏维埃政权在有序地恢复，劳动农民正在转向和平和安定的劳动。安东诺夫匪帮已被我军的坚定的行动所击溃、打垮并正在被逐个捕获。为了彻底铲除社会革命党匪帮的根子和对先前发布的命令加以补充，全俄执行委员会全权委员会命令：1.拒绝报出自己名字的公民一律不经审判就地枪决。2.对那些隐匿武器的村庄，县政治委员会或者区政治委员会有权宣布判决，剥夺人质并在他们不交出武器时枪毙他们。3.在发现隐匿武器时，可不经审判就地枪决家庭中的年长者。4.隐匿匪徒的家庭应予逮捕并从省里流放出去，剥夺其财产，家庭中的长者不经审判枪决。5.隐匿匪徒的家庭成员或者财产的家庭，视如匪徒，该家庭的长者不经审判就地枪决。6.匪徒家庭逃跑，其财产在忠于苏维埃政权的农民中间分配，而留下的房屋烧毁或者拆除。7.本命令应严厉和无情地执行。
第二天，即6月12日，图哈切夫斯基和其参谋长卡库林联合签署了一份对起义者使用窒息性毒气的命令：
被击溃的匪帮残余分子和从恢复了苏维埃政权的村庄逃出去的某些匪徒正在森林里集结并从那里向和平居民进行突袭。为了对森林进行清除，我命令：1.用窒息性毒气对隐藏匪徒的森林进行清剿，要进行准确计算，以便使窒息性毒气完全扩散至整个森林，消灭隐匿其中的一切匪徒。2.炮兵视察员应立即使所需数量的毒气罐和所需专家到位。3.各战区首长应坚决地和有力地执行本命令。4.报告措施执行的情况。
经过49天的清剿，7月16日，图哈切夫斯基向列宁汇报了坦波夫省的情况，指出清剿的成果是：“坦波夫省的农民起义被消灭了。劳动农民联盟被粉碎了。苏维埃政权在各地恢复。到7月11日，21000名匪徒只剩下了1200名骑兵，有大批匪首被歼灭。”他同时承认坦波夫省农民起义的主要原因是“对余粮征集制的不满以及在地方上拙笨地，甚至是极为残酷地执行余粮征集”。但是，第171号命令和图哈切夫斯基采取的严厉措施遭到了包括李可夫、托洛茨基和布哈林在内的政治局成员的强烈反对。在7月16日的中央政治局会议上，李可夫提出了这一问题，最后的决定是列宁的批示：“将李可夫提出的问题交由托洛茨基同志参加的与匪帮活动作斗争委员会研究，责成该委员会通过一致同意下的最终解决方案。”1921年7月18日，李可夫又给托洛茨基写信，要求取消171号命令，并从坦波夫省召回安东诺夫奥弗申科和图哈切夫斯基。19日，托洛茨基主持召开了与匪帮活动作斗争委员会，作出了取消第171号命令和召回图哈切夫斯基和安东诺夫奥弗申科的决定。
安东诺夫匪帮和坦波夫省的农民起义最终还是被镇压了下去。约在1922年6月间，安东诺夫本人和他的亲弟弟季米特里·安东诺夫最后也在离他们起事地点不远的一个小村庄被肃反委员会所逮捕和处死。尽管如此，坦波夫省和整个俄罗斯的粮食、农民和农业问题并没有得到根本性的解决。
三、水兵发难，“喀琅施塔得叛乱”，图哈切夫斯基再披挂，乌赫塔集中营
由于粮食的严重匮乏，苏维埃政府不得不在1921年2月初下令削减彼得格勒、莫斯科的粮食定额，在工人中间减少粮食供应。这在工厂工人中间引起巨大的不满。1921年2月中旬，彼得格勒肃反委员会在一份报告中这样写：“2月上半月在许多工厂中多次发生罢工。1.2月9日彼得格勒电车库工人开始罢工。于次日12时以后才恢复工作，参加罢工的工人共计1037人。原因是没有按时供应面包。2.2月9日波罗的海造船厂开始罢工，于2月11日结束，参加罢工的工人人数达到3700人。原因是粮食供应减少。”莫斯科肃反委员会也向捷尔任斯基报告：“在贯彻对莫斯科一些企业实施均衡定额供应的总方针时，包括对位于哈莫夫基尼的有国家采购订单的工厂减少了1.5俄磅的份额供应。由于这个原因上述工厂在群众集会后于上星期六停止工作。星期天的工作只有共产党员和青年联盟的成员来干。”因粮食问题而发生的罢工随即蔓延到其他的城市。2月24日，为了应对即将于次日可能发生的工厂工人大罢工，俄共（布）彼得格勒委员会执行委员会作出决定：“在各区组织成立三人小组，应由地方官员、民兵组织中的共产党员指挥官以及司令部核心人物组成。各省也应成立这样的三人小组，由共产党省委书记、执委会主席以及省军事委员会主席组成。总部应当在接到本命令后立即开始工作，并迅速恢复中央同各行政区的联系。应以执委会的名义宣布戒严，本指令下达后军事委员会也应发布命令，从公告实际发布的那一时刻起就进入戒严状态。”
2月28日，俄共（布）中央政治局会议决定成立莫斯科市国防委员会，任命托洛茨基为主席。同一天，全俄肃反委员会下达了“在最短时间内粉碎反苏维埃政的机关”的命令，认定“社会革命党分子和孟什维克分子利用因生活条件恶化而自然产生的不满，力图号召进行旨在反对苏维埃政权和俄共的罢工运动，并使这一运动具有组织性和全国性”。命令要求将所有无政府主义者、社会革命党分子和孟什维克从苏维埃机关，特别是从地方自治机关、粮食机关和配给机关中清除出去，禁止在工厂工作和号召罢工、演讲、游行示威的积极的社会革命党分子、孟什维克和无政府主义者的活动。
在十月革命中发挥过巨大作用的波罗的海舰队中的不满情绪也在增长。在彼得格勒北部的海军基地喀琅施塔得要塞，约有2万名水兵，他们来自农村，了解农村的真实情况，对余粮征集制所产生的严重后果和农民遭受残酷镇压的情况十分清楚，农民的起义和暴动影响到了他们的情绪和士气。水兵们对彼得格勒工厂工人的罢工以及他们的遭镇压表示了极大的关注和同情。2月25日，“彼得罗巴甫洛夫斯克”战列舰选出由7名水兵组成的代表团，去彼得格勒的工厂慰问工人，对他们表示支持。2月27日，这个代表团向自己的舰队报告了彼得格勒工厂发生骚乱的情况和原因。28日，“彼得罗巴甫洛夫斯克”号战列舰通过了13点决议。2月28日，“塞瓦斯托波尔”号战列舰的水兵和多数俄共（布）党员表示赞同这一决议。2月28日，季诺维也夫给列宁发了一份密码电报：“喀琅施塔得两艘最大的军舰‘塞瓦斯托波尔’号和‘彼得罗巴甫洛夫斯克’号通过了社会革命党黑帮分子关于提出24小时最后通牒的决议。在彼得格勒居民中的工人的局势原先就非常令人不安。大工厂都在停工。估计社会革命党已决定加速事件的发展。”
3月1日，驻喀琅施塔得第1、第2战列舰队（即“塞瓦斯托波尔”号和“彼得罗巴甫洛夫斯克”号战列舰）召开全体人员大会，通过了以13点内容为基础的15点决议：
在舰队派员至彼得格勒了解彼得格勒局势，并听取了全体船员派出的代表的报告后，作出如下决议：1.鉴于现苏维埃不能代表工人和农民的意志，应立刻通过不记名投票重新选举苏维埃，在选举前应对全体工人和农民进行公平的预备宣传。2.对工人、农民、无政府主义者、左翼社会党派实行言论和出版自由。3.实行工会和农民联盟集会自由。4.最迟在1921年3月10日前召开彼得格勒市、喀琅施塔得市和彼得格勒省的工人、红军战士和水兵的无党派会议。5.释放社会党的所有政治关押犯以及与工农活动有关的所有在押的工人、农民、红军战士和水兵。6.选举复查监狱和集中营在押犯案件的委员会。7.撤消各类政治部门，因为任何一个党都不能享有宣传自己思想的特权和从国家领取用于此目的的资金。代之应建立由当地选举的文化教育委员会，由国家拨给其资金。8.立刻撤出所有拦击队。9.对全体劳动者均等供应口粮，有害健康的车间除外。10.在所有部队中撤消共产党员战斗队，在各工厂亦撤掉共产党员担任的各种值勤。如需这些值勤和战斗队，可以指定部队中的连队担任，工厂应由工人们酌定。11.应给农民在自己的土地上耕作的全权，因为他们希望这样，并希望以自力而不是雇佣劳动力来喂养和使用牲畜。12.我们请求所有部队及军校的委员同志们赞同我们的决议。13.我们要求，所有决议广泛在报刊公布。14.应确立巡回执行部，监督执行。15.允许以自力进行手工业生产。本决议舰队全会一致通过，两票弃权。舰队会议主席佩特里琴科书记佩列佩尔金。
随即成立了以佩特里琴科为首的“喀琅施塔得临时革命委员会”。3月2日，该委员会发布告要塞和喀琅施塔得市居民书，声称：“将城市和要塞的全部权力转交临时革命委员会”，表明：“临时革命委员会为不流一滴血，决定采取非常措施，在城市、要塞和炮台建立革命秩序”，并向居民呼吁不要放下手中的工作，“为秩序、和平、忍耐，为全体劳动人民谋利益的新的诚实的社会主义建设而努力吧”。
波罗的海舰队和水兵是布尔什维克十月革命的依靠和决定性力量，托洛茨基曾称他们是“革命共和国的光荣”，这个舰队和广大水兵的反叛是不可接受和不可容忍的。因此，苏维埃政权立即作出最强烈的反应。第二天，即3月2日，列宁和托洛茨基联合签署了劳动国防委员会的号召书，宣布喀琅施塔得起义是“叛乱”、“骚动”，是旧俄将军科兹洛夫斯基领导的：“旧俄将军科兹洛夫斯基同三个军官，名字尚不清楚，以叛乱者的身份公开发表演说。在他们的领导下逮捕了波罗的海舰队政委库济明、喀琅施塔得委员会主席瓦西里耶夫和其他一些重要人物。这样，这几天事件的实情就看得很清楚了。这次在社会党分子后面站着的是沙皇将领。”劳动国防委员会决定：宣布旧俄将领科兹洛夫斯基不受法律保护；在彼得格勒市和彼得格勒省实行戒严；彼得格勒防区的全部政权转给彼得格勒市国防委员会。同一天，以季诺维也夫为首的彼得格勒国防委员会发布命令，实行戒严，“采取一切措施维护彼得格勒市和彼得格勒省范围内的严格的革命秩序”，“对不执行上述命令的犯罪分子应按戒严法予以查办。如若在街上有人群聚集，部队可动用武器。如有抵抗者——就地枪决”。
3月4日，喀琅施塔得临时革命委员会发出战斗命令。革命委员会主席在给“塞瓦斯托波尔”号战列舰的命令中说：“决定性的时刻到来了。命运本身让我们去反对那个3年来利用你们的名义，夺取你们的生命，剥夺你们的福利，洗劫你们的村庄，将数万俄罗斯人投入监狱和处决，掠夺了二月革命的成果，剥夺了所有自由的政权……从我们的军舰上只有两条路：一条通向光明的未来，通向美好的命运、自由和真理；另一条则通向奴役，从未有过的奴役。在这一正到来的斗争的决定性时刻，请你们中的每一个人集聚起自己全部的勇敢、全部的坚强和意志力，毫无畏惧和动摇地去完成良知和对家乡、对我们共同的祖国俄罗斯的爱所赋予的使命……斗争已经开始。没有退却，也不可能有退却。”绝大多数喀琅施塔得的俄共（布）党员都站在临时革命委员会一边，他们组织了喀琅施塔得俄共组织临时局。3月4日，该临时局发表了一份模棱两可的呼吁书，它一方面要共产党员“不要去相信那些无稽的谣言，这明显是由那些企图引起流血事件的挑拨离间者制造的谎言，说什么负责的共产党员被枪杀，共产党准备武装进攻喀琅施塔得”；另一方面，又“号召所有的党员坚守岗位，不要对临时革命委员会采取的措施，不要对它进行任何的阻挠”。
3月5日，托洛茨基亲自来到彼得格勒，下达了攻打喀琅施塔得的命令。同一天，彼得格勒军区司令发布第616号命令，发布了托洛茨基的命令：为镇压喀琅施塔得起义，组建第七集团军，由图哈切夫斯基任总指挥，彼得格勒军区的所有部队和所有指挥员都得听命于图哈切夫斯基。同一天，图哈切夫斯基将军在镇压了坦波夫省农民起义之后，再次披挂上阵，负责行使重建的第七集团军的指挥权，部署对喀琅施塔得叛乱进行镇压。下午2时，托洛茨基、红军总司令谢·加米涅夫和图哈切夫斯基以及参谋长列别捷夫联合签署了给喀琅施塔得军民的公告：“工农政府决定：立即使喀琅施塔得和叛变的舰艇归苏维埃共和国管辖。为此命令：所有反社会主义祖国之手应立即放下武器。解除固执己见者的武装并转交苏维埃政权处理。立即释放被捕的政委和政权的其他代表。只有完全投降者可视作对苏维埃政权的无条件投降。同时指令，要不惜一切用武力击溃兵变和兵变者。使和平居民突然遭到灾难的责任应完全算在白卫军兵变者的头上。这是最后一次真正的通告。”
