江西、南京起事的时候，袁总统动员国会，希望由国会提出征伐叛党的议案。那时，参议院院长张继已因国民党连带的嫌疑，辞职而去；其他的国民党议员因江西、南京起事屡战屡败而无从立足，不是离京，就是回籍，导致国民党失势，进步党愈加占有优势。袁政府本想利用进步党，恰巧进步党也愿受指使。于是由汪荣宝、王敬芳两议员提出征伐叛党的议案，咨请政府。袁总统得此议案，更加冠冕堂皇，竟命北京检察厅传讯国民党议员，说：“黄兴是否党魁？党中人如与他联络，应由政府取缔。否则由党人自行宣布，立即将黄兴除名。”国民党议员无计可施，只好开会公决。就在此时，一件极为秘密的事情被两院议员知道了。这件事发生在四月，七月才暴露出来。
原来，大借款协议未达成之前，政府向奥国斯哥打军器公司密借三千二百万镑，约合华币三千二百万元，担保品仍是契税，利息六厘。密约中并附有特别条件，即必须用一半借款承购军械。双方早已签押，政府却不露一点儿痕迹。直到三个月后，议员才从洋人嘴里听到这个消息。国会中无论是进步党，还是非进步党，都说政府违法，向政府提出质疑。政府无词可辨，还是老办法——搁起不答。但议员不肯罢休，接连递交质问书，政府无可抵赖，只好承认。议员不便弹劾袁总统，只好弹劾国务委员。
当时，国务总理由陆军总长段祺瑞暂代，但所有奥款交涉均发生在从前赵秉钧任内，与段无干。再加上南方起事，军务繁杂，段任陆军总长，整日调兵遣将，日理万机，国务总理一职早由袁总统提出让熊希龄继任，并咨交两院议决。熊属进步党，当然轻而易举地得到议院的通过。于是政府正式下令，调熊入京任为国务总理。熊立即卸了热河都统一职，来京组阁。此时，正值借款外露，质问以后，刚开始提出弹劾，国务委员借机辞职，袁总统也乘势照准。于是，各部总长都辞职了，部务由次长代理。唯独陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄专司军政，与借款一事没有任何关系，所以自问无愧，绝不辞职。
熊凤凰一上台，立即改组阁员。当下与袁总统商议，除陆、海军两总长仍由段祺瑞、刘冠雄二人连任外，各部总长全部换上新人，财政总长一职由熊兼任。袁总统将阁员提名交议院，得多数同意，于是一一任命。自此，熊内阁成立了。
袁总统本以为进步党受笼络，能够死心塌地地为自己办事，但通过这次奥款弹劾事件，他发现两院议员都是些靠不住的人物。要想为所欲为，必须撤销议院。但现在时机还不成熟，必须先除掉国民党，才好除掉进步党。于是老袁通电各省，撤除所有国民党机关。因江西、广东、湖南三省议会附和乱党，老袁勒令解散，还派遣侦探，暗地探缉。当时，众议院议员伍汉持，因国民党连带的嫌疑，愤然出京。行至天津，突然被侦探捉去，说他私通叛党，抓到军署后立即枪毙。众议院议员徐秀钧已回江西原籍，也被拘留，无非是罪关党恶，处死了案。就连原参议院院长张继也被下令通缉，幸亏他有先见之明，避难海外，才得以保全性命。袁总统又以湖南会匪为借口，特下一道通缉令，限制各省人民集会结社。袁总统如此大开杀戒，将所有反对者当匪类对待，无非是想借战胜的机会变共和为专制。
从此，国民党员销声匿迹，而那帮袁氏爪牙都想趁此攀龙附凤，恨不得将袁大总统即日抬上御座做个太平天子，自己也好做个佐命功臣。无奈老袁的总统位置还是临时充选，不是正式就任，如果骤然劝进，未免欲速不达。就是袁总统自己也未必会立刻同意。于是大家议定，请国会先选举正式总统，大家顺势推举袁氏，然后再慢慢地尊他为帝。两院议员都已惧怕袁政府声威，乐得顺水推舟。原本国会打算按照西方各国的惯例，先制定宪法，再选举大总统。但由于发生江西、南京的乱事，议员为形势所迫，幡然变计，于九月五日由众议院开会投票，决定是先选举总统还是先制定宪法。赞成先选举总统的有二百一十三票，不赞成的只有一百二十六票。再由参议院公决，也是赞成先选举总统。于是，召开两院联合会，商立《总统选举法》。《总统选举法》本属《宪法》中的一部分，《宪法》还未制定，只能将《选举法》提出另订。这本是件非常困难的事情，但议员们有意迎合，所有问题自然迎刃而解。十月四日，《总统选举法》公之于众。
十月六日，按照选举法的规定，组织总统选举会。第一次投票，袁世凯的票数最多，但由于投票的人数不满四分之三，此次选举无效。第二次投票，仍不足法定人数，虽票上多写“袁世凯”三字，终归无效。参议院议长此时已改选王家襄。因两次投票都白费工夫，于是王邀集两院议员，私下密语道：“我看眼下这时势，不推举袁世凯为总统恐怕是不行了。更何况他身边的人都想借此机会推他为帝。据我愚见，不如赶紧推举袁世凯为正式总统，免得君权复活。诸君洞明时局，我想不至于认为我的想法荒谬吧？”各议员随口答应，到了第三次投票，仍然是袁世凯、黎元洪二人各占多数。根据大总统选举法“两次投票无人当选时，就第二次的票较多者二名决选之，以得过投票数之半者为当选”。然而，正在写票，投票时，忽然有很多人拥入议场，服饰鲜明，面容威赫，像军队一般。会长询问来由，众人齐声道：“我等都是公民团，来观盛举。今日推选正式大总统，关系重大。总统贤良，都是诸君所赐，若选出一个不令人满意的总统，将来国家扰乱，全是诸君的罪过，我公民团是决不允许的。与其日后遭灾，不如今日审慎些。如果推举的总统让人不满意，诸君不得出议院一步。先此通告，休要见怪！”说完，竟形成包围圈，把会场内议员围了数十圈。众议员一看这情形，已窥透政府的意思，没奈何握笔，草草写上“袁世凯”三字，投入票箱中。等到检票唱名时，自然票票是袁世凯。于是当场宣布，袁世凯当选为中华民国正式大总统。随后，就听见这数十层人的声浪传出去，都是“大总统万岁”五字。
公民团欢呼以后，一起退出，简直是得胜班师的情景。第二天，选举副总统，一次投票，就推举出黎元洪。选举告终，国务院当日通电全国和照会驻京各公使，并定于十月十日行就职礼。
中华民国二年十月十日，正值国庆节，再加上袁总统正式莅任，更是锦上添花，喜气洋溢。大总统正式就职于太和殿。太和殿是紫禁城内规模最大的殿宇，旧称“金銮殿”。从前，清帝登基以及元旦、诞辰，受百官朝贺，都是在此殿中行礼的。袁总统在此受任，很有代清受命的意思。当时，殿中布置整齐，陈设华丽，一帮伺候人员穿着大礼服站在殿前，按班鹄立。好不容易等到十点，才见大礼官入殿，引着那位龙骧虎步的袁总统，慢慢走来。两旁奏起国乐，殿门外面，远远地鸣炮宣威，共计一百零一响。袁总统步上礼台，站在中间，面向南面。侍从各官联步随登，站立左右，国乐暂时停止。由袁总统宣读誓词和宣言书，接受各部官员以及驻华各国公使的祝贺。
等各部官员和外交团都退至接待室后，大礼官又引来清室代表世续与袁总统相见，所有礼节与各国公使大致相同。世续退后，袁总统的就职礼也算完成，各伺候官按例三呼。国乐里还夹杂着军乐，仿佛有凤凰来仪、百兽率舞的景象。袁总统缓步下台，退至休息室小憩。大约一个小时后，陆军总长段祺瑞身穿戎服，请袁总统莅临天安门阅兵。袁总统又嘱咐外交总长孙宝琦，邀请各国公使及清室代表，同去校阅。各公使自然乐从。于是，袁总统走在前面，各公使跟在后面，还有一帮伺候官员，一同来到天安门。门前早备好了座位，袁总统坐在中间，外宾坐左边，陆军、外交等坐右边。一声令下，万军齐来，先向上座参见，行过军礼，然后按着步伐，排齐队伍把平时练习的技术当场试演，显然得心应手，纯熟无比。各公使满口称赏，袁总统更是笑容可掬，满面春风。阅兵礼完毕后，座客都自行散去，袁总统乘着礼车返回总统府。
下午，总统府颁发命令，世续、徐世昌、赵秉钧均特授勋一位。其余如阎锡山、倪嗣冲、孙淑筠等人均授勋，就连参议院议长王家襄也被授予一等嘉禾章。另外可喜的是，自美洲各国承认中华民国后，欧洲诸国一直不肯承认，现在听说正式总统已经就任，俄、法、英、德、奥、意、日本，及比、丹、葡、荷、瑞、挪等国，各于袁总统莅位这一天，致外交部照会，承认中华民国，愿友好共处。
内务部、农林部、工商部及交通部特颁通告，凡公共游玩等场所，一律开放三日，任人游览，免收门票，大概是想与民同乐。与此同时，国务院电达武昌，道贺黎副总统正式就职，各省官吏也通电致贺。当时，黎元洪已辞去江西都督的兼职，保荐李纯署任，但仍担任湖北都督。他本就是随遇而安，正式副总统一职对他来说无足轻重，所以人家祝贺他，他也只是淡淡地答谢数语，并没举行什么隆重的典礼，依然我行我素。
当初，《总统选举法》经宪法会议议决后，就直接宣布了，并未经过袁政府的许可。袁总统为此非常懊恼，认为国会专制，连自己的公布权都被夺去，将来制定宪法也必须由国会取决，事事不能自主，反成为一个傀儡，这还了得？但因正式就职的日期，已预定在国庆日，如果为此争议，势必会推迟选举。所以袁总统暂时容忍，就援照国会咨文，将《总统选举法》全案刊登政府公报，当日宣布。就任以后，老袁马上咨照宪法会议，决定争回公布权。
接到此咨照，议员们都认为直接宣布是各国通例，原本就无需经过总统之手。再加上正在裁定宪法草案，大家悉心斟酌，异常忙碌，根本无暇特别开议，因而没有答复总统。老袁静等了两天，见国会没有答复，便想越俎代庖，于是特命国务院派人干涉。当时，宪法起草委员会正在开会，突然有八个人陆续进入会场，说是奉大总统之命前来陈述意见，并送达总统咨文，请宪法会查照施行。原来，袁大总统特意嘱托国务院派遣委员施愚、顾鳌、饶孟任、黎渊、方枢、程树德、孔昭焱、余棨昌前往国会，代达大总统之意见。意见说：“嗣后贵会开议时，或开宪法起草会，或开宪法审议会，均希先期知照国务院，以便这八位委员随时出席陈述。”会中人员读完咨文后，对八位委员说道：“民国立法，权在国会，不受行政部干涉。诸公来此，未免违法，还请转达总统，收回成命。”八位委员齐声道：“大总统还有咨文在此，请诸君再阅，便可分晓。”说着又递交一份咨文，众议员看完后，都不觉摇起头来。
