为响应陈胜、吴广的起义，鲁国的儒生带着孔氏的礼器前往参加。汉高祖刘邦起兵时还看不起儒生，用儒生的帽子当尿壶，等平定天下后方才意识到思想问题的重要性，于是展开盛大的仪式祭祀孔子，用秦时的博士叔孙通、张苍厘定法制。汉惠帝延续了他的作风，废除民间不准藏书的禁令。文景二帝时，效仿秦朝设置了博士。到了汉武帝时，罢黜百家，推崇六经。设置了完备的五经博士，以博学经文为选拔人才的标准，于是学习经典成为做官的捷径。汉朝看到秦的统治因严酷法治而失败，就一反秦的制度，推崇儒家的德治来拉拢人心，这就是以利禄来提倡经学的开端。
西汉官学中，今文学派占主导地位，有所谓十四博士：《易经》有施雠、孟喜、梁邱贺、京房；《尚书》有欧阳高、夏侯胜、夏侯建；《诗经》有申公培、辕固生、韩婴；《礼》有戴德、戴胜；《春秋·公羊传》有严彭祖、颜安乐。
西汉末年，古文经传陆续出现，古文学派因而产生。刘歆子承父业勘校藏书，将费直的《易》、孔安国的《尚书》、《毛诗》、《春秋·左传》、《周礼》等古文经传详加研究整理，古文经学由此获得发展的基础。古文经学没有像今文经学那样成为官学，仅在民间流行，但在服虔、马融、许慎、郑玄等大师的努力下，势力逐渐强盛起来。这些大师兼通今古文经，像郑玄作《毛诗笺》，注《周礼》、《仪礼》、《礼记》，可以说集经学之大成。除郑玄的著作外，流传到今天的古文派著作，还有许慎的《说文解字》、《五经异义》。
古、今文学派之争
古文学派和今文学派，从西汉末年一直延续到东汉末年，两百余年间，发生过四次大的斗争，表面上看是为了争官学的地位，或者是为了争书籍的真伪。清朝后半期也发生了同样的斗争。比较两派的争论问题，可以归纳为以下几点：
今文学派尊孔子为受天命的素王（实至名归而未得其位的王），古文学派尊孔子为先师。
今文学派认为孔子的贡献是为托古改制，古文学派认为孔子是“述而不作”的史学家。
今文学派认为六经是孔子的著作，古文学派认为六经是古代的史料。
今文学派以《春秋·公羊传》为主要依据，古文学派以《周礼》为主要凭证。
今文学派认为古文经传是刘歆伪造的东西，古文学派说今文经传是秦始皇焚书后的残余，非全貌。
今文学派相信纬书，认为是孔子著作更深层次的解读，古文学派认为纬书都是扯淡。
由上述几点的比较可见，两派不但所依据的经传版本不同，而且治学态度也相反。今文学派虽认为古文经是伪书，但其本身所根据的经也未必是真，特别是对经的解读，倾向于主观臆断和迷信。古文学派的态度相对比较客观，重视历史的根据。
今文经学与谶纬
董仲舒是今文经学的领袖人物。他研究《春秋·公羊传》，应用阴阳五行谶纬的学说来解释儒家经典，使儒学宗教化，成为封建专制政治的思想基础。他在著作《春秋繁露》中构建了一个完整的思想体系，从宇宙到社会到个人，一切以阴阳五行为基础。阴阳变化而形成四时，五行则是变化所依据的时空构架，这种变化是循环运转，因而“天不变，道亦不变”。同时天象与人事相通，发生灾难是上天对统治者的一种警告。人类历史也如同天运循环，有所谓黑、白、赤三统的互相交替。又因为“天道任阳不任阴”，阳尊而阴卑，所以“君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲”。
今文学家应用的谶纬之说是什么呢？
谶是秦汉时期巫师、方士编造的所谓神的启示，向人们昭示吉凶的隐语。秦末年，陈胜、吴广的大泽乡起义就是利用谶语制造了“大楚兴，陈胜王”等天赐的预言。后来民间发展成在庙宇或道观里求神问卜，渐渐简化为求签。
纬是汉代附会儒家经义衍生出的一类书。因为经文是不能随意改动的，为了把儒学神学化，就假托神意来解释经典，把它们说成神的启示。如托名孔子假造的纬书，有《易纬》、《诗纬》、《书纬》、《礼纬》、《乐纬》、《春秋纬》、《孝经纬》七种。同时又有谶书，如《河图》、《洛书》一类的东西，有图有文字。为了显示它的神秘性，又特别做了些装饰，如王莽的《金匮书》和刘秀的《赤伏符》；或染成特殊的颜色，如《河图》、《洛书》被染成绿色，所以又称符命或符箓。
汉朝是谶纬之学最兴盛的时期，特别是西汉末年及东汉末年。王莽称帝就是利用谶语制造舆论，制作了“告安汉公莽为皇帝”的石碑。之后汉光武帝也利用《赤伏符》即位，此后宣布图谶于天下，使之合法化。汉章帝还主持召开了一次全国经学讨论大会，即白虎观会议，会议记录由班固整理成《白虎通》（也称《白虎通义》），以法令形式将谶纬之学定形，提升至与正统经书同等地位。
谶纬之学依托阴阳五行学说和董仲舒的“天人感应论”，流行一时，对东汉政治、社会生活与思想学术均产生过十分重大的影响，在东汉被称为内学，尊为秘经。而原本的经典反被称为外学。
谶纬之学的内容很庞杂，诸如：天人感应——星象可以预测吉凶；报应说——人行善或行恶会影响到寿命的长短；神仙——昆仑山上有神仙存在，西王母是指引修行的神仙；黄帝是北斗之神；孔子是“黑龙”之种……在这类书中，大学者孔子竟变成了天神。后来的古文运动就是为反对这一形势而起的。
由于谶纬本是人为制作的，容易被人利用来散布改朝换代的政治预言，统治者逐渐认识到其中的危险，加之魏晋以后玄学兴起，对儒家传统经学有了全新的解释，于是宣扬宿命论的谶纬之书渐遭毁禁；隋炀帝正式禁毁之后，谶纬之书大量散失。至宋欧阳修《论删去九经正义中谶纬札子》后，谶纬学说更是式微，其书籍文献多散失不传。
谶纬充斥着神学迷信色彩，注定不能与儒家经典长期并行，但其中并非全是荒诞的东西，也包含有许多天文、历数、地理等方面的古代自然科学知识。此外，像“君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲”作为两千年中国君主专制社会的最高伦理规范，其最初的确切表达就是《白虎通义》从礼纬《含文嘉》中引来的。
汉以后的经学
自汉至清，支配我国思想界的主流，是魏晋的玄学、隋唐的佛学、宋明的理学。两汉经学在这期间等于中断，这时期比较可注意的有几点：今文经学的首先衰落；南北学的分化；隋唐义疏之学的兴起；宋明理学的影响。
汉魏时期，郑玄、王肃表面上综合了今古文经，采两家之长，实际上支持古文经学，晋朝发生永嘉之乱，今文经传大部分散失，今文经学就此衰落下来，古文经学地位日渐上升。在魏晋崇尚玄学清谈的氛围中，王弼注《易经》，何晏注《论语》，虽然受了一定的道家思想的影响，总体上还是汉学的基础。
南北朝时，经学有了分歧点，最显著的就是南方尊崇郑玄的易注、杜预的左传注，北方尊崇王弼的易注、服虔的左传注。
南北朝至隋唐时，产生了义疏学。义疏就是在汉儒经注的基础上再加以解读，所谓注解的注解。两者合在一起叫注疏。注一类的解读包括传、记、笺、注、诂训、解诂、章句、章指、集解等，疏一类的解读包括义疏和正义。它们的体例原则是：注不破经，经不破注。如果注过于晦涩难理解，疏要引出原文再加以说明。不过后来清人有些疏也纠正注的谬误。
义疏之学盛于唐，唐初孔颖达、贾公彦作五经注疏，成为当时政府规定的标准经学教材。唐以科举取士，违反孔、贾义疏的就不录取。孔颖达所采纳的经注以南学为主，将北学合并到南学里面，于是王弼、服虔著作的散失，而唐的义疏开始盛行于世。
宋儒讲经，不重视古注，各自发明义理学，依据各自不同的研究方向，分成了三派。以程颐、朱熹为代表的一派，主要使用归纳法；以陆九渊、杨简为代表的一派用演绎法；另一派是以叶适、陈傅良为代表的批评派，号称浙学，不空谈性理，非常注重实务，其中又分为金华派（吕东莱为代表）、永嘉派（陈傅良为代表）和永康派（陈同甫为代表）。宋儒理学虽依据经书来确立各自的学说，实际都自成一派。
在元明时期，因朱熹的学说受到朝廷青睐，取得正统地位，陆九渊的学说得到王阳明的发扬光大，也为当时的学者所信仰。他们两派都借着经学讲理学，并不以经典为主，专门空谈，经学因而衰落。到了清代，儒家学者为矫时弊而反对理学，提倡朴学，学术风气由此大变。
清代的经学
清代经学的思潮可分为三个时段：启蒙期、全盛期、没落期。
启蒙期的特点是针对明末理学尚空谈的弊端，主张匡救时艰的实学，但仍未能摆脱理学的窠臼，特别是认为只有博学经典才能救时弊。顾炎武是清学的开创者，他研究当时郡国的利弊，对解决实际问题做出了贡献，同时为考证学打下了基础。其他考证学的名家还有胡渭、阎若璩。重苦行实践的有颜元、李塨。以史学为依据注重时事研究的，有黄宗羲、万斯同。
全盛期的特点是不再攻击理学，也不再继承它，放弃通经致用的观点，完全脱离实际只做书本文字的考证，单纯为考证而考证，为经学而经学。主要代表人物是惠栋、戴震、段玉裁、王念孙、王引之，号称汉学正统派，其中戴震的观念较为突出。
没落期的特点是正统派日渐没落，仅有俞樾、孙诒让等几位学者坚守阵地。今文学派的康有为等人，因晚清时局动荡，想借用经学作为改良时政的武器，于是著《新学伪经考》，企图抹杀古文经传，以《公羊传》的内容为凭据创“孔子托古改制”说，又著《大同书》表明自己的理想。虽有着良好的意愿，但治学态度太过主观，对经学的发展未有实际的促进作用。
在这三个时期中所涌现出来的学派主要有四个：浙东学派——黄宗羲创立，万斯同、毛奇龄等继承；东吴学派——源自吴江惠氏祖孙三世，即惠周惕、惠士奇、惠栋，继承者有余萧客、江声、钱大昕、王鸣盛等；皖南学派——创自婺源的江永，其弟子戴震将其发扬光大，继成者有胡培翚、段玉裁、王念孙、王引之等；常州学派——始于武进的庄存与，继承者有刘逢禄、宋翔凤、魏源、龚自珍等。
东吴学派和皖南学派，是全盛时期的考证学派。东吴学派完全据守汉人的学说，没有创新。皖南学派的代表人物戴震，治学方法立足于“实事求是，无征不信”。所谓朴学，应是以皖南学派为中坚力量。
清代的朴学在东汉古文经学的基础上有了进一步的发展，在其极盛时期，种种专门学术如文字学、音韵学、金石学、史学、地理学、天算学等，都有着专门的研究。而类书的编纂，丛书的校勘，伪书的辨明，佚书的辨明和搜集以及古书的校勘，都有着他们的贡献。
常州学派比较注意今文学的研究，为晚清今文学的先导者。继承者除康有为外，还有王闿运、廖平、皮锡瑞等人。朴学正统，到最后还有章炳麟，新派有王国维、罗振玉。
综上所述，清代经学经历了三次变化，开始为汉宋兼采，乾嘉时期，东汉的古学全盛，晚清则西汉今文学再起。在这些变化中，汉学与宋学的争论、今古文的争论是较为突出的矛盾。
