使用思考帽的基本方法有两种，一是在需要某种类型的思考时单独使用，二是在探索主题或解决问题时，在一个序列中相继使用不同类型的思考帽。
单独使用
单独使用时，六顶思考帽被用作象征符号，要求进行某种特定类型的思考。在谈话或讨论到了一定的地步时，我们会需要开启某种全新的备选方案：
……我觉得这里我们需要一点绿帽思考。
在同一个会议的后半段，可建议另一个行动方案；
……或许我们在这个问题上应该启用黑帽思考。
思考帽是我们特意创造出来的概念，这是它们的最大优势。没有思考帽，我们会让人们思考的要求既无说服力，也容易显得像人身攻击：
……这里我们需要一点创意。
……不要这么消极。
罗恩·巴巴路（Ron Barbaro）在担任保诚保险公司（Prudential Insurance）董事长时，我亲眼见到他跟高层管理人员互动的场景。他会提出一个想法，身边的人会指出代理人多半不喜欢这么做，这么做太冒险，这么做大概不合法，等等。他会仔细倾听身边人的意见，然后说：“不错，这些都是很好的黑帽思考。现在我们尝试一下黄帽思考吧。”
在日本，在任何时候对老板的话提出批评都是不礼貌的。思考帽就是一个没有褒贬的中立信号，使得下属可以进行一些谨慎的评判。
……近藤先生，我希望在这里进行一点黑帽思考。
红帽是挖掘个人情感、情绪和直觉的绝佳时机。人们通常不会直接表达自己的情感，作为管理者，也很难要求人们表达。但红帽的形式感和中立性却方便了管理者要求个人就某一事项表达自己的情感。
黄帽则是鼓励人们寻找和发现价值的好机会。某个点子乍看之下可能没有什么优点，倒有很多不足之处，因而很容易立即被否定。但如果应用一些黄帽思考，最终可能会证明它有不少长处。
……这个想法看来根本没什么前途，不过我们不妨对它来点黄帽思考。
比起危险，优点通常更难以发现，戴上黄帽会让我们看得更深远一些。看上去没什么前途的点子事实上可能蕴藏着不可忽视的价值，只是此前没有被发现罢了。
白帽是让人们将纯粹的信息与判断分开的有效方式。白帽的形式感可让人们直接专注信息。
言必称思考帽自是不必。完全可以随意地将它们用作形式化的手段，要求人们进行某种类型的思考。一旦人们熟悉了如何使用思考帽，他们自会清楚该如何作答。这样一来，你就不必提出“考虑一下吧”这么一个笼统而模糊的要求，而可以准确地请人们采用某种特定的思考方式了。
按序列使用
还可以按照某种特定的顺序，让人们相继使用这些思考帽。
你可以随意根据需要使用任何一顶思考帽。
没必要每顶帽子都用到。
即使是在一个序列中，可以使用两顶、三顶、四顶或者更多的帽子。
按序列使用的类型大致有两种：自然发展和预先设定。
如果按照自然发展的序列，你（或者会议协调人）可以先随机选择第一顶帽子。利用这顶思考帽所做的思考结束后，再选择下一顶帽子，依此类推。除非你已经积累了丰富的经验，能够完全自如地使用六顶思考帽方法，否则我不推荐使用这种方法，原因有二。第一，团队成员会花很多时间争论下面该用哪一顶思考帽，以致大大减少了思考当前主题本身的时间。第二，不管最终选择的使用顺序如何，都有可能被看作在操纵会议，试图达到自己期望的结果。对于使用六顶思考帽方法的经验还不够丰富的人来说，最好还是坚持预先设定好顺序的方法。
在会议开始时先戴上蓝色思考帽，预先设定好顺序，遵行便是。可以根据实际情况进行一些微调。
纪律
纪律非常重要。团队成员必须佩戴当前指定的思考帽。团队的任何成员都不能说：“现在我想戴上我的黑帽。”那无异于退回到了通常的辩论模式。只有团队领导、主席或协调人才能提出更换思考帽。思考帽不能被用于描述个人想说的话。思考帽指示的是思考的方向，必须严格遵守这一纪律。使用该方法一段时间之后，纪律会成为习惯，坚持佩戴当前指定的思考帽就会容易多了。
定时
为每一顶思考帽设置多长时间合适呢？我喜欢设置的时间短一些。那有助于迫使与会者集中于眼前的工作，减少无谓的闲聊。我通常给每个与会者一分钟的时间，这样算来，如果有四个人开会，为每一顶思考帽设置的时间就是四分钟。如果在那以后仍有人提出天才的好主意，再将时间延长也无妨。因此，如果有人提出了黑帽的“关注”点，没有必要说：“不好意思，黑帽时间结束了。”只要有人提出真知灼见，延长多长时间都可以。
比起设置很长时间，让人们坐在那里无所事事、不知如何是好，设置很短的时间，必要时加以延长要高效得多。
就定时而言，红帽不同于其他几顶思考帽。让每个在座的人表达红帽情感只需设置很短的时间即可，因为这里不应当加入解释或限制条件。表达情感应该越简短明确越好。通常短短一分钟就足够在场的每一个人表达情感了。
应用指南
顺序无所谓正确与否。只要合乎情理，以任何顺序来佩戴思考帽都说得通。有些顺序适合探索、有些适合解决问题、有些适合解决纠纷、有些适合做出决策，等等。正像木匠都必须习惯于工具的手感和用途，我们也必须习惯于设置思考帽的顺序和使用这些顺序。
蓝帽始终应该用在会议的开始和结束——像两个书挡。
第一顶蓝帽应该表明：
为什么要开会，
当前考虑的是什么问题，
当前形势（或问题）的定义，
其他的定义，
希望取得什么成果，
希望最终实现什么目标，
思考的背景以及拟议使用思考帽的序列。
最后一顶蓝帽则指出：
已经取得了什么成果，
结果，
结论，
设计，
解决方案以及后续行动。
在第一顶蓝帽之后应如何继续，这取决于思考的性质。
第一顶蓝帽之后可以立即使用红帽。如果确信在当前形势下，人们对于即将讨论的主题已经有了强烈的情感，这么做就是合理的。红帽可以一开始就让人们将那些情感明确地表达出来。
南非第一次大选之前，我被邀请去为解决当地问题的和平协议委员会（Peace Accord Committees）的负责人讲授六顶思考帽方法。他们往往会在会议开始就使用红帽，给人们提供机会表达自己的情感和情绪。
但在某些情形下不能用红帽开始会议。例如，如果老板表达了自己的情感，那么在座的每个人都觉得有必要附和老板。如果人们对当前的议题尚未形成什么情感，一开始便使用红帽的做法也不合适。没道理要求人们过早地动用情感。
在以评估为目的的情形下，明智的做法是在使用黑帽之前先使用黄帽。如果黄帽思考的结果是这个点子没什么价值，就没有必要继续进行下去了。另一方面，如果黄帽思考证明这个创意很有价值，则可以继续使用黑帽，找到诸多障碍和困难，这样一来，因为大家已经看到了它的价值和优点，也就有了克服困难的动力。但如果一开始就让大家看到那么多困难，动员起来恐怕就没那么容易了。
有时在最终使用蓝帽之后，不妨重新戴上红帽。最后这顶红帽可以对“思考的表现”提出反馈：
大家对我们的思考感觉如何？
对结果是否满意？
我们是不是做得还不错？
这些只是一些指导方针。在由认证培训师教授的正式培训课程中，会提供更完整的应用指南，还配有针对不同情形应当采取的具体顺序，课上的学员有机会选择和实践那些顺序。
大致说来，只要“思考策略”合理有效，采取任何顺序都合乎情理。
团队和个人
六顶思考帽方法最突出的优点可见于小组讨论和集体谈话。在这类情形中，该方法提供了一个比争论或自由讨论有效得多的框架。
个人自行思考时也可以使用思考帽。一个有着先后顺序的框架能够减少混乱，确保方方面面都被考虑在内。
思考帽还可用于报告和其他交流中，其优点同样是能够覆盖问题的各个方面。在报告中，该框架还可以使报告人罗列出所有需要“谨慎对待”的方面而不致冒犯他人。
团队中的个人
即使在小组会议上使用六顶思考帽方法时，会议主持人或协调人仍然可以请与会者进行单独思考。这样一来，人们有可能提出更多点子。在集体讨论中，我们总是忙着听别人讲话，很少有时间进行思考。
……现在我们转换到黄帽思考。在开始讨论之前，请诸位花两分钟时间单独思考一下。
对绿帽、黄帽和黑帽而言，这种个人思考方式尤其有用。
即使在使用某一种思考帽进行思考的过程中，主持人也可以请在座的个人花点时间单独思考一下。
……现在我想请诸位做一些单独的绿帽思考。我对当前已经提出的这些替代方案还不够满意。
即使在大多数集体会议中个人随时都可以（在戴上某一顶相关的思考帽时）自由表达他们的意见，仍然可以专门询问某些人单独思考的结果。
……史密斯先生，我们还没有听取你的意见。你对这个问题的黑帽思考是什么？
……亨丽埃塔，我想请你做些黄帽思考。
引入某一顶思考帽之后，也可以逐一询问小组中每个人在那顶思考帽下思考得出的结论。如果有足够的时间进行单独思考，这种做法尤其有用。
