张勋辞去议政大臣和各种兼职，自己暗地里想，徐州会议那会儿大家都纷纷赞成，就是那冯国璋和陆荣廷等督军也没反对，怎么现在我却成了众矢之的了呢？所以他特地通告全国，为自己打抱不平。电文大致说：
我国自辛亥以还，因政体不良之故，六年四变，迭起战争，海内困穷，人民殄瘁，推原祸始，罔非共和阶之厉也。勋以悲天悯人之怀，而作拯溺救焚之计，度非君主立宪政体，无以顺民心而回末劫，欲行君主立宪政体，则非复子明辟，无以定民志而息纷争，此心耿耿，天日为昭。所幸气求声应，吾道不孤，凡我同袍各省，多与其谋，东海、河间，尤深赞许，信使往返，俱有可征。特录此电，实是为此数语。
前者各省督军聚议徐州，复经商及，列诸计划之一，使他自己直供，令人拍手。嗣以事机牵阻，致有停顿，然根本主义，讵能变更？现以天人会合，幸告成功，民不辍耕，商不易市，龙旗飘漾，遍于都城。单靠都城竖着龙旗，有何用处？万众胪欢，咸歌复旦，使各省本其原议，多数赞同，何难再见太平？不意二三政客，因处地不同，遂生门户之见；于是主张歧异，各趋极端，或故违本心，率以意气相向，或反持私见，而以专擅见规，遽启兵端，集于畿辅，人心惶恐，辇毂动摇。
勋为保持地方治安起见，自不能不发兵抵御，战争既起，胜负难言，设竟以此扰及宫廷，祸延闾里，甚且牵惹交涉，丧失利权，则误国之咎，当有任之者矣。惟念此次举义之由，本以救国济民为志，决无私毫权利之私，搀于其间，既遂初心，亟当奉身引退。况议政大臣之设，原以兴复伊始，国会未成，内阁无从负责，若循常制，仅以委诸总理一人，未免近于专断，不得已而取合议之制，事属权宜。
勋以椎鲁武人，滥膺斯选，辞而后任，方切惭惶。何前倨而后恭？爰于本日请旨，以徐太傅辅政，组织完全内阁，召集国会，议定宪法，以符实行立宪之旨。仔肩既卸，负责有人，当即面陈辞职。其在徐太傅未经莅京以前，所有一切阁务，统交王聘老暂行经管，一俟诸事解决之后，即行率队回徐，可不必费心了。但使邦基永定，渐跻富强，勋亦何求？若夫功罪，惟有听诸公论而已。敢布腹心，谨谢天下！
话虽这么说，但张勋还是雄心不死，他重新收集逃兵，屯聚在天坛、天安门、景山、东西华门和南河沿等地方，设立大炮，严加防守，要和讨逆军决一死战。驻京各国公使团眼看京城危急，害怕殃及到自己，纷纷递上文书，劝张勋解除武装，取消复辟。清室的人都没有实权，只好将公牒交给张勋。张勋哪里肯答应，非要和讨逆军一决雌雄不可，京城快变成战场，城里人心惶惶。
张镇芳、雷震春两人看到时局不稳，请愿辞去度支、陆军两部尚书，逃出京城，跑到丰台，被讨逆军拦截，一起抓住了。还有一个叫冯德麟的，本来在奉天做事，后来跑去京城想做个复辟的功臣，不想全国反对，求福得祸，所以潜逃出城，在途中也被讨逆军拿下了。当下由冯国璋代总统下令，剥去张镇芳、雷震春、冯德麟官职和以前所授予的勋章，并移交法庭依法严惩。
此时，像康有为、万绳栻之类的文人，都已经背叛张勋，仓皇准备逃走。早知今日，何必当初？只有张勋一人不肯下台，独自在天坛督军，决定一战到底。七月十二号，讨逆军分作三路，直入城中，旅长冯玉祥、吴佩孚、张纪祥等人进攻天坛，张军虽然顽强抵抗，但终究寡不敌众，加上枪弹不足，根本坚持不住。从早上开战，两边的枪声陆陆续续，不绝于耳。
到了下午，讨逆军越战越勇，张勋军已经支撑不住，枪声慢慢中断了。张勋见情况不妙，骑马逃到城里，部将失去了主帅，除了投降还能做什么？他们竖起白旗，放弃抵抗。讨逆军勒令他们放下武器才肯免死，张军无奈，只好把手中的枪全部交给讨逆军，战斗才算结束。
张勋的私宅在南河沿，他的妻子本来就不赞成复辟，之前曾经痛骂万绳栻：“你无故兴风作浪，将来我张氏子孙如果没有无处安身，都是你一个闯的祸！”万绳栻却置之不理。张勋胸怀大志已经好多年，怎么可能听床头人的话，况且张勋平时就与正室不和，要他幡然悔悟几乎不可能。
这次张勋兵败，妻子恨不得将张勋大骂一顿，出出胸中一口恶气，但看到张勋这么狼狈，气喘吁吁，也不忍心火上浇油，惹他心烦，只问张勋现在怎么保身、怎么保家，张勋也不回答，招集家里的卫兵和留守京城的守卫，一共五百多人，又出去占据中央公园，还想着死战到底。讨逆军一拥而入，就算那五百人是铜头铁臂，也抵挡不住这么猛烈的进攻。讨逆军旅长王承斌在南河沿附近摆上机关炮，对准张勋私宅一阵乱轰。张勋的家眷个个都吓得魂不附体，慌忙往外跑。张勋顾家心切，从中央公园赶回，慌忙带着妻子乘汽车开往东交民巷，跑到荷兰公使馆中去了。
南河沿的私宅都被炮火炸毁，张军全部投降。七月二十号晚上，讨逆军收复京城，立即致电天津，向段祺瑞报告胜利的消息。正当段祺瑞准备乘车进京的时候，徐世昌秘密探访，嘱咐段祺瑞：“这次复辟只是张勋武夫一个人的主意，和清室无关，希望你不要怪罪清室。张勋也算是以前的老朋友，念在多年交情的份上，就不要赶尽杀绝了。”段祺瑞也答应道：“优待清室的规矩，会尽力保存，即使少轩（张勋字少轩）被抓到了，先生不说，我也不忍心加害他。”
第二天，段祺瑞进京主持大局。表面上他不得不发出通缉令捉拿张勋，又派步军统领江朝宗到日本公使馆宿舍中，迎接黎总统回府。黎元洪刚刚死里逃生，当然不肯再回去，但寄人篱下也不是长久之计，于是拜谢日本公使和斋藤少将后，迁回东厂胡同的旧宅里。当天他通电全国，宣布辞职。电文上说：
天相民国，赖冯总统、段总理，及前敌将士之力，奠定京畿，元洪已于本日移居东厂胡同，拟即赴津宅养疴。此次因故去职，负疚孔多，以后息影家园，不闻政治，恐劳远系，特此奉闻。
第二天，黎元洪又发出一道电文，详细陈述辞职的理由：
昨电计达。顷闻道路流言，颇有于总统复职之说，穷加揣拟者，惊骇何极！元洪引咎退职，久有成言，皎日悬盟，长河表誓。此次因故去职，付托有人，按法既无复位之文，揆情岂有还辕之理？伏念元洪夙阙裁成，叨逢际会，求治太急，而踬于康庄，用人过宽，而蔽于舆几，追思罪戾，每疚神明。国会内阁，立国兼资，制宪之难，集思尤贵。当稷下高谈之日，正沙中忿语之时，纵殚虑以求平，尚触机而即发。而元洪扬汤弭沸，胶柱调音，既无疏浚之方，竟激横流之祸，一也。解散国会，政出非常，纵谓法无明条，邻有先例，然而谨守绳墨，昭示山河，顾以惧民国之中殇，竟至咈初心而改选，格芦缩水，莫遂微忱，寡草随风，卒隳持操，二也。张勋久蓄野心，自为盟主，屡以国家多故，曲予优容，遂至乘瑕隙以激群藩，结要津以微明令，元洪虽持异议，卒惑群言，既为城下之盟，复召夺门之变，荓蜂螫指，引虎糜躯，三也。大盗移国，都市震惊，撤侍卫于东堂，屯重兵于北阙，元洪久经骇浪，何惮狞飇？顾忧大厦之焚，欲择长城之寄，含垢忍辱，贮痛停辛，进不能登台授仗，以殄凶渠，退不能阖室自焚，以殉民国，纵中兴之有托，犹内省而滋惭，四也。轻骑宵征，拟居医院，暂脱身于塞库，欲奋翼于渑池，乃者阍人不通，侦骑交错，遄臻使馆，得免危机，自承复壁之藏，特懔坚冰之惧，亦既宣言公使，早伍平民，虽于国似无锱黍之伤，而此身究受羽毛之庇，五也。
凡此愆尤，皆难解免。一人丛脞，万姓流离，睹锋镝而痛伤兵，闻鼓鼙而惭宿将，合九州而莫铸，投四裔以何辞？万一矜其本心，还我初服，惟有杜门思过，扫地焚香，磨濯余生，忏除夙孽，宁有辞条之叶，仍返林柯，堕溷之花，再登茵席？心肝倘在，面目何施？且夫谋国必忠，爱人以德，琴弛则弦改，车覆则轨迁，若必使负疚之身，仍尸高位，腾嘲裨海，播笑编氓，将何以整饬纪纲，折冲樽俎？稀瓜不堪四摘，僵柳不可三眠，亡国败军，又焉用此？抑元洪尚有进者，国定于一，师克在和，当兴亡继绝之交，为排难解纷之计，正宜恪守法律，蠲弃猜嫌。况冯总统江淮坐镇，夙得军心，段总理钟不惊，再安国本，果能举左挈右提之实，宁复有南强北胜之虞？至于从前兵谏，各省风从，虽言爱国之诚，究有溃防之虑。此次兴师讨贼，心迹已昭，何忍执越轨之微瑕，掩回天之伟绩，两年护国，八表齐功，公忠既已同孚，法治尤当共勉。若复絜短衡长，党同伐异，员峤可到，而使之返风，宣房欲成，而为之决水，茫茫惨黩，岂有宁期？鼎革以还，政争迭起，凡兹兄弟阋墙之事，皆为奸雄窃国之资。倘诸夏之皆亡，讵一成之能借？殷鉴不远，天命难谌，此尤元洪待罪之躯，所为垂涕而道者也。勉戴河间，奠我民国，惭魂虽化，枯骨犹生。否则荒山穴翳，纵熏穴以无归，穷海田横，当投荒而不返，摅诚感听，维以告哀。
虽然黎元洪连续发出两道电文辞职，但是冯国璋也不好突然上台，还是需要谦虚一下，于是当即发出通电说：“现在京师已经收复，应该迎归黎大总统入住旧府，照常统领事务。国璋立即将代理职权奉还大总统，才是名正言顺。”
黎元洪怎么肯再接受，还是坚持己见。段祺瑞再次组织内阁，拟定一些人，任汪大燮为外交总长，汤化龙为内务总长，梁启超为财政总长，林长民为司法总长，张国淦为农商总长，曹汝霖为交通总长，范源濂为教育总长，刘冠雄为海军总长，段祺瑞兼任陆军总长。因为冯、黎两人相互推让，总统空缺着，到底委任于谁，段祺瑞也很纠结。
段祺瑞有一位得意的学生叫徐树铮，是铜山人，曾经到日本留过学，毕业于日本士官学校，回国以后，投靠到段祺瑞的门下。袁世凯在位的时候他没有什么建树，袁世凯称帝时，他曾经劝段祺瑞极力反对。后来，蔡锷起义，云南、贵州、广西等省纷纷独立。袁世凯派遣曹锟、张敬尧出兵南下，徐树铮又劝段不要轻举妄动，故意逗留不前。
曹锟和张敬尧都是北洋军，当然听命于段。张敬尧屯兵泸州，始终不前进，不管统率办事处怎么催促，都不为所动。陕西将军陆建章效忠袁氏，徐树铮又怂恿挑拨汉南镇守使陈树藩兴兵独立，围攻长安。陈树藩竟然将陆建章赶走了，自己成了陕西督军。陕西独立后，山西、河南也开始动摇，四川将军陈宦、湖南将军汤芗铭，纷纷宣布独立，袁世凯就是这样慢慢一步一步走向溃败，活活被气死。
黎元洪依法继任，段祺瑞为国务总理，段因为徐树铮献计有功，非常信任他，便任命他为国务院秘书长，兼任陆军次长，重要的事情一定会和他商量，最后才导致段祺瑞和黎元洪之间矛盾激化，发生政变。当时徐树铮的势力不亚于徐世昌。徐世昌是因为德高望重，徐树铮是谋略突出，被人熟知。
段祺瑞为了选谁做总统踌躇不定的时候，徐树铮想替段祺瑞解忧，于是来到黎元洪的府里，当面劝说：“张勋、康有为谋逆，国体动摇，幸好段总理发兵讨伐才平定京城，民国再造，不知道黎公怎么想？”黎元洪长叹说：“我身为总统，不能防患于未然，张勋进京复辟，我也有责任，现在我已经通电全国，决定不再过问政治。总统一职应当由国璋继任，我相信他会比我做得好，我意已决，请你不要再劝了。”徐树铮见他态度坚决，也就离开去转告段祺瑞了。
段祺瑞收到回答后，便电告冯国璋，不久得到回复，说内阁重组的事全交给总理裁夺。段祺瑞将选定的阁员提交冯总统，任命各部总长，并通缉复辟的要犯康有为、刘廷琛、万绳栻、梁敦彦、胡嗣瑗等人，令京城内外的军警长官，留意捉拿。康有为等人早就跑到六国饭店避难，等到风声缓和后，溜出都门，不知去向。首犯张勋安居在荷兰使馆中，有人奉命探查，张勋左手拿着快枪，右手拿着一大包书信，大声喊道：“这是徐州会议的时候赞成复辟的签名，你们出卖我，就不要怪我把它公诸于世，到时候大家都吃不了兜着走。”查探人员知道这事不好办，只能退出使馆，不愿意再追究。
徐州驻守的定武军，听说张勋兵败，四十四营和五十五营的士兵蠢蠢欲动，勾结土匪，突然哗变，到处烧杀掠夺。很快，当涂、宿迁、南通和沭阳等地的守军相继发生骚乱。幸好徐州镇守使张文生、海州镇守使白宝山率部下剿伐，骚乱逐渐平息。两镇守使见风使舵的本事倒是不小，还算聪明。段总理接到报告后致电慰问：
奉大总统令，徐州镇守使张文生、海州镇守使白宝山，当张勋倡乱之始，即经通电声明，未预逆谋，并约束军队，力维秩序，此次土匪新兵，裹胁为变，又复亲督所部，立予歼除，淮、徐一带，得以保持安宁，实属深明大义，克当职守。张文生、白宝山着照旧供职，并责成将所部军队，声明纪律，切实整顿，以卫地方。此令。
清宫上下经过这次巨变，人心惶惶。十三岁的宣统帝被张辫子大帅强迫上台，只做了十一天的北京皇帝，险些把饭碗都丢了。张勋一逃走，段祺瑞马上进京，清室急忙求内务府出面，写信给段总理，述说是被张勋逼迫的，求段总理不要怪罪。段祺瑞立即命令内务部电告冯国璋，主张优待条件，和以前一样。冯国璋自然也不反对，于是委托总理传令道：
据清室内务府函称：本日内务府奉谕，前于宣统三年十二月二十五日，钦奉隆裕皇太后懿旨，因全国人民倾心共和，特率皇帝将统治权公诸全国，定为民主共和，并议定优待皇室条件，永资遵守等因。六载以来，备极优待，本无私政之心，岂有食言之理。不意七月一号，张勋率领军队，入宫蟠踞，矫发谕旨，擅更国体，违背先朝懿训，冲人深居宫禁，莫可如何，此中情形，当为天下所共谅。着内务府咨请民国政府，宣布中外，一体闻知等因。查此次张勋叛国，矫挟肇乱，天下本共有见闻，兹据清室咨达各情，合亟明白布告，咸使闻知。此令。
经过段祺瑞的努力，清室的优待条件才算保住，不至于撤销。
