国务总理段祺瑞平定战乱，拯救民国，中外人士大多数表示认同。只是国民党里的人仍然想扶持黎元洪，而黎总统已经辞去职务，于是唐绍仪、汪兆铭一起去上海动员海军总司令程璧光、第一舰队司令林葆怿，否认国会解散后的政府，并在七月二十一号宣告独立，并通电有三条要求：一是拥护黎总统；二是恢复国会；三是惩办倪嗣冲等要犯。
随后，他们便率领舰队开往广东。广东督军陈炳焜早就和中央脱离了关系，当然欢迎海军加入。段祺瑞听说海军独立，急忙致电冯国璋，请求剥夺程璧光的官职。冯国璋也同意，并派海军总长刘冠雄暂时兼任，同时安抚海军第二舰队司令饶怀文和练习舰队司令曾兆麟。饶、曾通电中外，声明：“上海海军宣布独立，他们并不知情。海军第二队和练习队，一切行动都听命于冯大总统，以服从中央，保卫地方为职责。”
收到电报后，段祺瑞才稍微放心，心想海军的三条要求，除了惩办倪嗣冲之外都好办。倪嗣冲是安徽颍州人，和段祺瑞一个省，是穿一条裤子的。张勋得意的时候，倪嗣冲第一个和他联络，徐州会议上，也是他第一个表示赞同的，张勋兵败后，他又出卖张，帮助段祺瑞。但段本来就不恨张勋，自然也不会怪倪，要不是他们这场复辟，段也不能重新担任总理，况且他们是多年的同乡朋友，应该同心同德，互相帮助。倪嗣冲正好因此得到张勋的职位，十分感谢段氏，对他唯命是从。段祺瑞也正好收服倪，怎么可能严惩他呢？
至于第二条恢复国会。以前国会议员大部分都反对段，这次如果召集重组，必然和以前一样牵制段的行动，带来很多不方便。于是段祺瑞想出一个办法，说是：“国会已经解散，宪法还没有成立，现在应该依据《约法》。而《约法》上只存在参议院，所以应该召集从前的参议院，制定宪法后，再组织国会成立。”这番话分明是钻牛角尖，抓法律的漏洞。当下段祺瑞通电各省，听取意见。除了岭南反对之外，其他省份都表示赞同。段祺瑞又装作大度，没有责备两粤，只是任命刘承恩为广东省长，朱庆澜为广西省长，并说刘承恩上任之前，由陈炳焜暂时兼任。
现在，全国只有四川的兵乱还没有平定，所以段祺瑞特派周道刚代理四川督军，率兵平息祸乱。戴戡兼任四川督军后，刘存厚暂时退出成都。后来张勋复辟，戴戡的贵州军和刘存厚的四川军又闹矛盾了，冲突升级，连续好几天在成都激战，打得不可开交。前总统黎元洪主张和平处理，调停双方，静候中央查办。没过多久，黎元洪辞职，京城闹得一塌糊涂，也管不了那些破事儿了。
戴、刘相持不下，倒是苦了城里的百姓。等到段祺瑞稍微抽出功夫，才派人勒令刘存厚撤兵。后来，段祺瑞又罢免了第一舰队司令林葆怿，命令颂庄代理，另外派杜锡珪任海军第二舰队司令，同时撤去讨逆军总司令部，所有没有善后的事，全部归陆军部接办。段祺瑞还命令张敬尧督办苏州、安徽、山东、河南的匪患。一系列的政令，他都和冯总统商议后，共同决定。
转眼七月份快完了，段祺瑞多次催促冯国璋进京，冯国璋却迟迟不肯，这让段产生了许多疑虑。冯国璋是直隶人（河北人），段祺瑞是安徽人，两人各分门户，独树一帜，这次联手无非是想除去张勋这颗绊脚石。一个可以代任总统，一个可以复任总理，两人是因为利益联手的，并不是坦诚相待。冯国璋害怕段祺瑞独揽大权，一旦进京，担心他和黎总统一样重蹈覆辙，所以才思前想后，踌躇不定。
经过深思熟虑，冯国璋决定在进京之前做些安排，巩固权利。江西督军李纯，在辛亥革命时随同冯国璋一起攻打汉阳，两人志趣相投，现在不如调令他去苏州督军，这样长江下游都掌控在他的手里。同时他还能联络沿江各省，做自己的后盾。和李纯商量好后，冯国璋随即带领十五师，渡江乘车，于七月三十一号抵达京城。
城中的大小官员早就在车站恭候大驾了，冯国璋下车后，第一时间跑到黎总统的府里，虚情假意请求黎复职。黎元洪当然知道他的意思，说什么也不肯答应。冯国璋到国务院后，和段祺瑞商量，言辞当中还在谦虚推让，段祺瑞倒是态度坚决，说他做总统当仁不让，总算让他勉强答应入住总统府。随后，国务院电告各省，声明冯大总统莅府就职。各省都发电赞同和祝贺，只有两广不肯同意，仍然独立，还有云南督军唐继尧也致电各省，拥护《约法》，不愿意服从段、冯政府。
冯国璋政府刚刚成立，大局刚稳定，也没有时间顾及西南省份，并且云南、广西、贵州等地处偏僻，对京城造成的威胁有限，政府决定暂时搁置，以后再解决。江西督军李纯和冯国璋约定，冯一进京，就提出江苏督军空缺，要求李纯补上。陈光远也是冯的老朋友，冯国璋拟定他为江西督军。段祺瑞也知道冯国璋在树立自己的势力，心里当然不赞成，但是冯刚出任总统，彼此联手，也不方便和他争执，只好勉强答应，自己也提出傅良佐担任湖南督军，希望冯总统批准。
良佐是段祺瑞的学生，曾经担任陆军次长，和徐树铮关系非常好，两人经常互相称赞对方。段祺瑞既然信任徐树铮，当然也信任良佐，良佐经常夸口说：“征服西南各省，应该以迅雷不及掩耳之势，出其不意，才可以置他于死地。”徐树铮对此非常赞赏，所以经常在段祺瑞面前夸奖良佐。段祺瑞也是牢记心中，这次看冯国璋布置亲信，于是引荐良佐，让他做湖南督军，一是占据长江中游，并抵制李纯和陈光远；二是控制岭南一带，抵制云南和广西，真是一箭双雕。冯国璋也不好反对，同样批准了。三人的任命同一天颁发出来。
黎元洪当初和段祺瑞闹翻，都是因为对德国宣战这件事。段祺瑞这次上台，想要贯彻初衷，一定要对德国宣战。因此他特别召开国务会议，解决这件事。国务员都是段氏组织任命的，自然是拥护他的，哪个敢出来反对？每个人好像都在摩拳擦掌，表现出一副恨不得吞掉德国的样子，实在好笑。段祺瑞得到国务员的同意，以为大家众志成城，可以一战，于是转告冯总统，请求下令。
冯总统对宣战问题本来没有什么意见，前次进京调停，也没有反对段的主张。冯国璋心里明白，中德隔着汪洋大海，不可能针锋相对，段宣战的目的无非是虚张声势，所以也就随口答应了，免得伤感情，这点倒是比黎总统聪明。于是，政府命令外交部发照会（外交的文书）给驻京各国的公使，声明对德国宣战，同时对奥匈帝国宣战，并命令国内外的官署，按照国际公法惯例，妥善办理宣战事宜。德国大使早已经回去了，只有奥匈帝国大使还在京城，于是外交部递上照会：
为照会事。中国政府，前以中欧列强，施行潜水艇计划，违背国际公法，危害中国人民生命财产，曾于本年二月九日，向德政府提出抗议，嗣以抗议无效，于三月十四日向德政府宣告断绝外交关系，并经照达贵公使在案。现因中欧列强此项违背公法伤害人道之计划，毫无变更，中国政府，为尊重公法，保护人民生命财产起见，不能久置不顾。贵国现与德国既为同一之行动，则中国政府，对于德、奥两国，不能有所区分。兹向贵国政府声明，自中华民国六年八月十四日上午十时起，本国与贵国入于战争之状态，所有中奥两国于一八六九年九月二日所订中奥条约，及现在有效之其他条约合同或协约，无论关于何种事项者，均一律废止。至一九零一年九月七日所订之条款，及其他同类之国际协议，有涉及中奥间之关系者，并从废止。又中国政府对于海牙和平会条约，及其他国际条约，一切关于战时文明行动之条款，仍遵守不渝，合并声明。除电本国驻奥公使转达贵政府，并请发给出境护照外，相应备具贵公使并贵馆馆员，暨各眷属，离去中国领土，所需沿途保护之护照一件，照送贵公使，请烦查收为荷。至贵国驻中国各领事，已由本部令知各交涉员，一律发给出境护照矣。须至照会者。
奥匈帝国使者接到照会后，也有公文回复外交部。大概说：
所来照会内容，本公使阅悉，应候本国政府训令。至公文所提宣战之各缘由，姑不具论，惟不得不声明此项宣战，本公使以为违背宪法，当视为无效，盖按前黎大总统之高明意见，此项宣战之举，应由国会两院，同意赞成，方可施行。特此照复。
外交部收到后，将原文退回，说中、奥已经是敌对国，还有什么好说的，因此奥匈帝国公使也卸旗回国了。广西、广东督军省长虽然宣告独立，但是对国际交涉，他们和政府采取同一种态度。粤省也抄录大总统布告，布告全省，并通知驻粤各国领事馆。
