程维藩回到杭州，隔了一个多月，才将原书及吴之荣的禀帖移送浙江巡抚朱昌祚，轻描淡写的批了几个字，说道投禀者是因赃已革知县，似有挟怨吹求之嫌，请抚台大人详查。
吴之荣在杭州客店中苦候消息之时，庄允城的银子却如流水价使将出去。其时庄允城的重赂，已经送到将军衙门、巡抚衙门、学政衙门和湖州知府衙门。朱昌祚接到公事，这等刊书之事，属学政该管，压了十多天后，才移牒学政胡尚衡。学政衙门的师爷先搁上大半个月，又告了一个月病假，这才慢吞吞的拟稿发文，将公事送到湖州府去。
湖州府学官又耽搁了二十几天，才移文归安县和乌程县的学官，要他二人申覆。那两个学官也早得到庄允城的大笔贿赂，其时新版明史也已印就，二人将两部新版书缴了上去，回禀：“该书平庸粗疏，无裨世道人心，然细查全书，尚无讳禁犯例之处。”层层申覆，就此不了了之。
吴之荣直到在书铺中发现了新版明史，方知就里，心想唯有弄到一部原版明史，才能重揭此案。杭州各家书铺之中，原版书早给庄家买清，当下前赴浙东偏僻州县搜购，岂知仍然一部也觅不到。他穷愁潦倒，只得废然还乡。也是事有凑巧，旅途之中，却在一家客店中见到店主人正在摇头晃脑的读书，一看之下，所读的便是这部《明书辑略》，借来一翻，竟是原版。这一下大喜过望，心想若向客店主人求购，一来他未必肯售，二来手头银钱无多，买不起，只好偷。深夜之中悄悄起床，偷了书便即溜出店门，心想浙江全省有关官员都已受了庄允城之贿，一不做，二不休，索性告到北京城去。
吴之荣来到北京，便写了禀帖，告到礼部、都察院、通政司三处衙门，说明庄家如何贿赂官员，改镌新版。
不料在京中等不到一个月，三处衙门先后驳覆下来，都称细查庄廷鑨所着《明书辑略》一书，内容并无违禁犯例，该革职知县吴之荣所告，并非实情，显系挟嫌诬告，至于贿赂官员云云，更系捕风捉影之辞。那通政司的批驳更加严厉，说道：“该吴之荣以贪墨被革，遂以天下清官，皆如彼之贪。”原来庄允城受了程维藩之教，早将新版明史送到了礼部、都察院、通政司三处衙门，有关官吏师爷，也早已送了厚礼打点。
吴之荣又碰了一鼻子灰，眼见回家已无盘缠，势将流落异乡。其时清廷对待汉人文士极为严峻，文字中稍有犯禁，便即处死，吴之荣所告的若是寻常文人，早已得手，偏生遇着的对手是富豪之家，这才阻难重重。既无退路，心想拚着坐牢，也要将这件案子干到底，当下又写了四张禀帖，分呈军机处的四位顾命大臣；同时又在客店中写了数百张招纸，揭露此事，在北京城中到处张贴。他这一着却大是行险，倘若官府追究起来，说他危言耸听，扰乱人心，不免有杀头的重罪。
那四个顾命大臣，名叫索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜，均是清朝的开国功臣。顺治皇帝逝世之时，遗诏命这四大臣辅政。其中鳌拜最为凶横，朝中党羽极众，清廷大权，几乎尽操于他一人之手。他生怕敌党对其不利，是以派出无数探子，在京城内外打探动静。这日得到密报，说道北京城中出现许多招贴，揭发浙江庄姓百姓着书谋叛，大逆不道，浙江官员受贿、置之不理等情。
鳌拜得悉之下，立即查究，登时雷厉风行的办了起来。便在此时，吴之荣的禀帖也已递入鳌拜府中。他当即召见吴之荣，详问其事，再命手下汉人幕客细阅吴之荣所呈缴客店中偷来的那部原版明史，所言果是实情。
鳌拜以军功而封公爵、做大官，向来歧视汉官和读书人，掌握大权后便想办几件大案，镇慑人心，不但使汉人不敢兴反叛之念，也令朝中敌党不敢有什异动，当即派出钦差，赴浙江查究。这一来，庄家全家固然逮入京中，连杭州将军松魁、浙江巡抚朱昌祚以下所有大小官员，也都革职查办。在明史上列名的文学之士，无一不锒铛入狱。
顾炎武在吕留良家中，将此案的来龙去脉详细道来，吕留良听得只是叹息。当晚三人联榻长谈，议论世事，说到明末魏忠贤等太监陷害忠良，把持朝政，种种倒行逆施，终至明室覆亡，入清后汉人惨遭屠戮，祸难方深，无不扼腕切齿。
次日一早，吕留良全家和顾黄二人登舟东行。江南中产以上人家，家中都自备有船，江南水乡，河道四通八达，密如蛛网，一般人出行都是坐船，所谓“北人乘马，南人乘舟”，自古已然。
到得杭州后，自运河折而向北，这晚在杭州城外听到消息，清廷已因此案而处决了不少官员百姓：庄廷鑨已死，开棺戮尸；庄允城在狱中不堪虐待而死；庄家全家数十口，十五岁以上的尽数处斩，妻女发配渖阳，给满洲旗兵为奴。前礼部侍郎李令皙为该书作序，凌迟处死，四子处斩。李令皙的幼子刚满十六岁，法司见杀得人多，心肠软了，命他减供一岁，按照清律，十五岁以下者得免死充军。那少年道：“我爹爹哥哥都死了，我也不愿独生。”终于不肯易供，一并处斩。松魁、朱昌祚入狱候审，幕客程维藩凌迟弃市。归安、乌程的两名学官处斩。因此案牵连，冤枉而死的人亦不计其数。湖州府知府谭希闵到任还只半月，朝廷说他知情不报，受贿隐匿，和推官李焕、训导王兆祯同处绞刑。
吴之荣对南浔富人朱佑明心下怀恨最深，那日去打秋风，给他抢白了一场，逐出门来，当下向办理此案的法司声称，该书注明依据“朱氏原稿增删润饰而成”，这朱氏便是朱佑明了；又说他的名字“朱佑明”，显是心存前明，咒诅本朝。这一来，朱佑明和他五个儿子同处斩首，朱家的十馀万财产，清廷下令都赏给吴之荣。
最惨的是，所有雕版的刻工、印书的印工、装钉的钉工，以及书贾、书铺的主人、卖书的店员、买书的读者，查明后尽皆处斩。据史书记载，其时苏州浒墅关有一个榷货主事（关吏）李尚白，喜读史书，听说苏州阊门书坊中有一部新刊的明史，内容很好，派一个工役去买。工役到时，书店主人外出，那工役便在书铺隔壁一家姓朱的老者家中坐着等候，等到店主回来，将书买回。李尚白读了几卷，也不以为意。过了几个月，案子发作，一直查究到各处贩书买书之人。其时李尚白在北京公干，以购逆书之罪，在北京立即斩决。书店主人和奉命买书的工役斩首。连那隔壁姓朱老者也受牵累，说他既知那人来购逆书，何以不即举报，还让他在家中闲坐？本应斩首，姑念年逾七十，免死，和妻子充军边远之处。
至于江南名士，因庄廷鑨慕其大名、在书中列名参校者，同日凌迟处死，计有茅元锡等十四人。所谓凌迟处死，乃是一刀一刀，将其全身肢体肌肉慢慢切割下来，直至犯人受尽痛苦，方才处死。因这一部书而家破人亡的，当真难以计数。
吕留良等三人得到消息，愤恨难当，切齿痛骂。黄宗羲道：“伊璜先生列名参校，这一会只怕也难逃此劫。”他三人和查伊璜向来交好，都十分挂念。
这一日舟至嘉兴，顾炎武在城中买了一份邸报，上面详列明史一案中获罪诸人的姓名。却见上谕中有一句道：“查继佐、范骧、陆圻三人，虽列名参校，然事先未见其书，免罪不究。”顾炎武将邸报拿到舟中，和黄宗羲、吕留良三人同阅，啧啧称奇。
黄宗羲道：“此事必是大力将军所为。”吕留良道：“大力将军是谁？倒要请教。”黄宗羲道：“两年之前，兄弟到伊璜先生家中作客，但见他府第焕然一新，庭园宽大，陈设富丽，与先前大不相同。府中更养了一班昆曲戏班子，声色曲艺，江南少见。兄弟和伊璜先生向来交好，说得上互托肝胆，便问起情由。伊璜先生说出一段话来，确是风尘中的奇遇。”当下便将这段故事转述了出来。
查继佐，字伊璜。（《觚剩》一书中有《雪遘》一文，述此奇事，开首说：“浙江海宁查孝廉，字伊璜，才华丰艳，而风情潇洒，常谓满眼悠悠，不堪愁对，海内奇杰，非从尘埃中物色，未可得也。”）这一天家居岁暮，命酒独酌，不久下起雪来，越下越大。查伊璜独饮无聊，走到门外观赏雪景，见有个乞丐站在屋檐下避雪，这丐者身形魁梧，骨格雄奇，只穿一件破单衫，在寒风中却丝毫不以为意，只是脸上颇有郁怒悲愤之色。查伊璜心下奇怪，便道：“这雪非一时能止，请进来喝一杯如何？”那乞丐道：“什好！”查伊璜便邀他进屋，命书僮取出杯筷，斟了杯酒，说道：“请！”那乞丐举杯便乾，赞道：“好酒！”
查伊璜给他连斟三杯，那丐者饮得极为爽快。查伊璜最喜的是爽快人，心下欢喜，说道：“兄台酒量极好，不知能饮多少？”那乞丐道：“酒逢知己千杯少，话不投机半句多。”这两句虽是熟套语，但在一个乞丐口中说出来，却令查伊璜暗暗称异，当即命书僮捧出一大坛绍兴女儿红来，笑道：“在下酒量有限，适才又已饮过，不能陪兄畅饮。老兄喝一大碗，我陪一小杯如何？”那乞丐道：“这也使得。”
当下书僮将酒烫热，分斟在碗中杯内。查伊璜喝一杯，那乞丐便喝一大碗。待那乞丐喝到二十馀碗时，脸上仍无什酒意，查伊璜却已颓然醉倒。要知那绍兴女儿红酒入口温和，酒性却颇厉害。绍兴人家生下儿子女儿，便酿酒数坛至数十坛不等，埋入地下，待女儿长大嫁人，将酒取出宴客，那酒其时已作琥珀色，称为“女儿红”。想那酒埋藏十七八年以至二十馀年，自然醇厚之极。至于生儿子人家所藏之酒，称为“状元红”，盼望儿子日后中状元时取出宴客。状元非人人可中，多半是在儿子娶媳妇时用以飨客了。酒坊中酿酒用以贩卖的，也袭用了状元红、女儿红之名。
书僮将查伊璜扶入内堂安睡，那乞丐自行又到屋檐之下。次晨查伊璜醒转，忙去瞧那乞丐时，只见他负手而立，正在欣赏雪景。一阵北风吹来，查伊璜只觉寒入骨髓，那乞丐却泰然自若。查伊璜道：“天寒地冻，兄台衣衫未免过于单薄。”当即解下身上的羊皮袍子，披在他肩头，又取了十两银子，双手捧上，说道：“些些买酒之资，兄台勿却。何时有兴，请再来喝酒。昨晚兄弟醉倒，未能扫榻留宾，简慢勿怪。”那乞丐接过银子，说道：“好说。”也不道谢，扬长而去。
第二年春天，查伊璜到杭州游玩。一日在一座破庙之中，见到有口极大的古钟，少说也有四百来斤，他正在鉴赏钟上所刻的文字花纹，忽有一名乞丐大踏步走进佛殿，左手抓住钟钮，向上一提，一口大钟竟然离地数尺。那乞丐在钟下取出一大碗肉、一大钵酒来，放在一旁，再将古钟置于原处。查伊璜见他如此神力，不禁骇然，仔细看时，竟然便是去冬一起喝酒的那乞丐，笑问：“兄台还认得我吗？”那乞丐向他望了一眼，笑道：“啊，原来是你。今日我来作东，大家再喝个痛快，来来来，喝酒。”说着将土钵递了过去。
查伊璜接过土钵，喝了一大口，笑道：“这酒挺不错啊。”那乞丐从破碗中抓起一大块肉，道：“这是狗肉，吃不吃？”查伊璜虽觉肮脏，但想：“我既当他是酒友，倘若推辞，未免瞧他不起了。”当下伸手接过，咬了一口，咀嚼之下，倒也甘美可口。两人便在破庙中席地而坐，将土钵递来递去，你喝一口，我喝一口，吃肉时便伸手到碗中去抓，不多时酒肉俱尽。那乞丐哈哈大笑，说道：“只可惜酒少了，醉不倒孝廉公。”
查伊璜道：“去年冬天在敝处邂逅，今日又再无意中相遇，实是有缘。兄台神力惊人，原来是一位海内奇男子，得能结交你这位朋友，小弟好生喜欢。兄台有兴，咱们到酒楼去再饮如何？”那乞丐道：“什妙，什妙！”两人到西湖边的楼外楼酒楼，呼酒又饮，不久查伊璜又即醉倒。待得酒醒，那乞丐已不知去向。
那是明朝崇祯末年之事，过得数年，清兵入关，明朝覆亡。查伊璜绝意进取，只在家中闲居，一日忽有一名军官，领兵四名，来到查府。
查伊璜吃了一惊，只道是祸事上门，岂知那军官执礼什恭，说道：“奉广东省吴军门之命，有薄礼奉赠。”查伊璜道：“我和贵上素不相识，只怕是弄错了。”那军官取出拜盒，拿出一张大红泥金名帖，上写“拜上查先生伊璜，讳继佐”，下面写的是“眷晚生吴六奇顿首百拜”。查伊璜心想：“我连这吴六奇的名字也没听见过，为何送礼于我？”当下沉吟不语。那军官道：“敝上说道，些些薄礼，请查先生不要见笑。”说着将两只朱漆烫金的圆盒放在桌上，俯身请安，便即别去。
查伊璜打开礼盒，赫然是五十两黄金，另一盒中却是六瓶洋酒，酒瓶上缀以明珠翡翠，华贵非凡。查伊璜一惊更什，追出去要那军官收回礼品，武人步快，早去得远了。
查伊璜心下纳闷，寻思：“飞来横财，非福是祸，莫非有人陷害于我？”当下将两只礼盒用封条封起，藏于密室。查氏家境小康，黄金倒也不必动用，只是久闻洋酒之名，不敢开瓶品尝，未免心痒。
过了数月，亦无他异。这一日，却有一名身穿华服的贵介公子到来。那公子不过十七八岁，精神饱满，气宇轩昂，带着八名从人，一见查伊璜，便即跪下磕头，口称：“查世伯，侄子吴宝宇拜见。”查伊璜忙即扶起，道：“世伯之称，可不敢当，不知尊大人是谁？”那吴宝宇道：“家严名讳，上六下奇，现居广东省通省水陆提督之职，特命小侄造府，恭请世伯到广东盘桓数月。”
