这时钱的门生郑成功愤然离开南京，前往福建参加抗清。钱谦益和郑成功有着师生之谊。崇祯十七年（1644年），20岁的郑成功进南京国子监就读。郑成功在国子监作太学生时，闻钱谦益之文名，执贽为弟子。钱谦益非常赏识郑成功的才能，对他寄予厚望。在南京求学期间，郑成功写下不少山水诗，深得钱谦益称赞，称其“声调清越，不染俗气，少年得此，诚天才也”。是年三月,郑成功在钱、柳的陪同下,游览了虞山。郑成功登高望远,诗兴油然而生,赋长诗一首:“西山何少峻,岭岩暨弯苍。藤垂涧易直,竹密径微凉。烟树绿野杳,春风草路香。乔木倚高峰,流泉挂壁长。仰看山岭碧,俯视菜花黄。涛声怡我情,松风吹我裳。静闻天籁发,忽见林鸟翔。夕阳在西岭,白云渡石梁。嗽愕更突兀,青翠更苍茫。兴尽方下山,归鸟宿池旁。”
在大明王朝的陪都，南中国的政治经济中心，郑成功四处交游，其中不乏重量级人物，比如后来成为南明永历政权大学士的瞿式耜，就曾赞郑成功“他日必为伟器”；江南“复社”创始人徐孚远曾做过郑成功的诗文老师。而到他起兵抗清的艰苦岁月里，那些曾与他并肩战斗的同仁们，许多也是他在南京读书时的故友。但是他们和钱谦益对郑成功的影响比起来，这些都很微不足道了。在南京这个纸醉金迷的世界里，唯独钱谦益，为尚是懵懂年少的郑成功，确立了他一生坚持的东西：信仰。
钱谦益这个人在当时的明朝士林界，确实是一个神话：中过科举的探花，做过中央级的高官，斗过只手遮天的阉党权奸，政治上几起几落却誓不低头，是晚明著名的政治团体“东林党”的重量级人物。文化地位也同样高，诗词歌赋多才多艺，一生著述辉煌，当时就有称号叫“当代文章伯”，堪称政治界与文化界的“双料”泰斗。这样“神话”的人物，看人的标尺也是相当高的，但对尚名不见经传的郑成功，钱谦益却早早就下了定语：“此人英雄，非他人能比。”
钱谦益之所以赏识郑成功，一个重要原因是钱公与郑父郑芝龙的关系。在郑成功考取国子监的前一年，即明朝崇祯十六年，公元1643年，钱谦益还曾亲写贺诗，为郑芝龙贺寿。其中有“荷鼓光芒朝北斗，握奇壁垒镇南冥”之语。郑芝龙回信向钱公推荐了郑成功。所以自郑成功至南京求学后，钱公就对他格外关照。
其实，郑成功小时候的经历很曲折。明朝天启四年，公元1624年，郑成功出生在日本平户，母亲田川氏，父亲郑芝龙。郑芝龙在日本，曾认海盗李旦为义父，并与海盗颜思齐等28人结拜为兄弟。就在公元1624年，郑芝龙等28位结拜兄弟决定在日本发动起义，推翻日本幕府统治。起义失败后，郑芝龙跟随颜思齐等人到台湾，抛下刚刚满月的郑成功。
平户事件后，颜思齐、郑芝龙等二十八人，被日本政府列为通缉犯。童年时候的郑成功，经常跟着母亲，出入郑芝龙那些故旧家中，忍着人家的白眼讨点接济，可谓世态炎凉尽尝。郑芝龙在台湾期间也曾回日本看过田川氏和郑成功。崇祯二年，公元1629年，田川氏还为郑芝龙生下了郑成功的弟弟七左卫门。七左卫门曾经被父亲郑芝龙过继给田川氏娘家，长大后担任郑氏家族在日本的代表。
当时的郑芝龙还忙着打天下，整天刀光里来血影里去，远在日本的老婆孩子算是顾不上了。就算顾上了也没用，此时的日本正是开始“闭关锁国”的时期，连续多次发出“锁国令”，逐步限制外国人进入日本，更严禁日本人出国。明朝崇祯三年，公元1630年，这一年的郑芝龙已经被明朝招安为“五省游击将军”。其麾下千艘大小船只，几万海盗，摇身一变成了大明朝正规水师。
功成名就的郑芝龙，挂念起了远在平户的郑成功母子，此时距离他在日本“叛乱”已经过去了六年，外加他现在强大的实力，和德川幕府的旧账也早勾销了。于是他派同族兄弟郑芝燕赴日，试图接回他们母子。可郑芝燕去了就碰了壁：此时日本正开始“闭关锁国”，日本法律严禁本国公民离开日本。饶是郑芝龙想尽办法，找他在日本的朋友打通关节，可对这事关“国策”的原则问题，却是谁也不肯松动。最后郑芝龙怒了，派遣了一艘战舰，上面有六十多名全副武装的士兵，由其另一个同族兄弟郑芝鹗率领，杀气腾腾的造访平户。日本政府给了这支使团“高规格”接待，由彼时日本幕府实际统治者德川家光亲自接见郑芝鹗。日本幕府集合重臣召开紧急会议，商讨对郑家母子的处理问题，最后总算折中了一下：锁国令是日本国的基本国策，是不能动摇的，所以田川氏不能离开日本，但郑福松（郑成功）毕竟是中国人的儿子，所以可以离开。
崇祯三年，公元1630年，郑成功回到福建南安，跟随父亲郑芝龙开始了新生活。对这个亏欠了六年父爱的儿子，郑芝龙还是很疼爱的，但是郑家的许多长辈不喜欢郑成功。郑芝龙有弟三人：郑芝虎、郑鸿逵、郑芝豹。只有郑成功四叔郑鸿逵是赏识他的人，断定这孩子将来必大有作为，是郑家日后的“千里驹”。这个郑鸿逵不是一般人，在郑芝龙的同辈弟兄里，别人也就练个武打个仗，他不但能打，肚子里更有墨水，曾经在崇祯十三年中过武进士，成为明王朝的锦衣卫指挥使和瓜洲仪真镇江水师的重要将领。
郑芝龙把儿子从日本接回来，已不叫原先的名“福松”，而是改叫“郑森”。郑芝龙希望儿子走正规的科举仕途，金榜题名光耀门庭，对儿子的教育，郑芝龙自然不敢马虎，为他请了南安当地最好的老师。郑成功最喜欢读的是《春秋》和《孙子兵法》，到八岁就能背四书五经，十岁就能写八股文，武功练得好，兵书也读得多。十五岁，郑成功中了秀才，成为福建南安二十名“廪膳生”之一。所谓“廪膳生”，就是明朝享受“国家财政津贴”的秀才。
十七岁那年，郑成功娶了泉州董家的女儿董酉姑。这个董家不一般，新娘的父亲董飏先做过明王朝的礼部侍郎，在当时以刚直不阿著称。知书达理、外柔内刚的董酉姑，在日后几的风风雨雨中，以其沉稳精细、坚韧果敢，成为丈夫生活中沉默的支撑，一生事业里重要的助手。婚后第二年，郑成功就有了儿子，即后来继承他的事业、扎根台湾的郑经。到了郑成功婚后第三年的时候，他以福建省第一名的成绩，考取了南京国子监，成为了一名监生。于是二十岁的郑成功收拾行李，告别了父亲与妻儿，还有他生活了十三年的福建南安，走入了南京国子监，走近了他的老师钱谦益。
在南京的郑成功跟随钱谦益系统学习的，基本是传统儒家的经典思想。因他天资聪颖，对各类学问的理解，总比别的学生快得多。而且他还很胆大，别人都死记硬背，他却喜欢勤于思考，经常举一反三不说，还和钱谦益发生过多次辩论。郑成功自己的诗文里曾经记录过，他曾在钱谦益位于苏州常熟虞山的家中，与钱谦益就儒家思想中的某些教条，展开逐一的辩论。
钱谦益对郑成功这个聪颖、刚毅、勇敢的青年，他日必为英杰人物。因此，他做主给郑成功取了字——大木。木者，国家栋梁之才也。而对郑成功来说，得到的就不仅仅是个字了。身为“东林党”的大佬，钱谦益本身就是很有政治热情的，晚明最后几年时局的艰危，国家的内忧外患，无不牵动他的忧心，郑氏家族扬威东南的武功，少年郑成功的勃勃英气，也同样成了他心中挽救朝局的希望。
钱公教郑成功最多的，除了儒家的学问典籍外，更多的是儒家传统的君臣之道、忠义思想。钱公经常为他讲述当年东林党人不惧强权，勇斗阉党宦官，以身报国的事迹。也因钱谦益的缘故，郑成功在南京交往最多的，是当时明朝“东林”和“复社”这些清流团体的人物。这些人物多以气节自居，往来交谈，说的最多的也往往是忠孝节义、家国社稷。东林党人当年百折不挠的斗争精神，复社名流们的慷慨激昂、道德节义，无不让年轻的郑成功心向往之。
二十岁恰好是一个男人开始树立偶像的年龄。此时郑成功心中偶像，是抵御外辱佑护东南的父亲郑芝龙和教他做人为学处事的东林首领钱谦益。二十岁也是一个男人树立信仰的年龄。从童年母亲的教诲，到十三年正规儒学的教育，再到钱谦益的激励训导，这时的郑成功，终于确立了终生始终不渝的信仰：精忠报国、匡扶社稷。
明朝崇祯十七年，公元1644年，二十岁的郑成功正忙着读书受教育，读四书五经的典籍，听恩师钱谦益的教诲，经常为东林党人的无悔牺牲感动一把，也时常跟着复社清流的慷慨阔论激动一把，平日里满脑子的忠孝节义，以天下为己任。这时候的郑成功，是“风仪秀整，倜傥有大志”。
然而，时代的激烈变化给他们师生带来了思想和行动上的重大分歧。钱谦益主动投降清朝。郑成功却是坚决反对钱谦益投降清朝，并自身投奔到福建参加抗清活动。郑成功，从一个一心苦读圣贤书的儒生，到以身许国的勇士，再到收复台湾的英雄，天崩地裂、孤军奋战、大浪淘沙、千锤百炼、百折不挠、艰苦卓绝、矢志不改。一切的光荣与残酷，希望与绝望，皆从此开始。
这年秋天，钱谦益离开南京到北京任职，正式担任了清廷礼部侍郎管秘书院事兼撰修《明史》副总裁。柳如是不愿北上，留居南京。
