洪承畴将进剿云贵的计划一拖再拖，惟寄希望于组织强大的政治攻势，因而在相持阶段中，军事上没有明显的建树，用他自己的话说是“寸土未恢”，并绝少主动出击，这就不免引起当时以及后人的许多困惑。当时朝廷内外就存在以户部左侍郎王弘祚、四川总督李国英为代表的一批怀疑派，他们曾揪住洪氏这条辫子，大作文章，只因未得到顺治帝响应而罢休。
顺治十四年中期前后，湖广前线的军事部署基本完成。一方面，战守分布准备就绪，官兵大都到位。共计湖北、湖南、粤西归洪承畴直接指挥的十几个提督、总兵的兵力，已达数十万之多。要命的是，集结完毕的军队内部并不稳定，已经出现军心涣散的苗头了。顺治十五年五月，清军开始战略进攻之初，逃兵事件再次大规模爆发，就是一个明证。甚至在洪氏前线司令部长沙幕府内部，也弥漫着悲观、萧瑟的情绪。
彭尔述在顺治十四年作的一首诗，就生动地描绘了自己似笼中困兽般无奈的心情，“转困鸡肋滞江津，十载雕戈老战尘……酹酒还浇陶太尉，霜风旅鬓一伤神。”从清军顺治四年进入湖南，至十四年正好十年整，而目前的情形正象鸡肋，欲弃不能，欲取不得，虽然自己有心象东晋大司马陶侃那样建功立业，却只能借酒浇愁，在伤感和憔悴中老去。作为前线的统帅，洪氏对部下的实际情形，不可能一无所知，但这一点他不能点破。
对于全局的形势，对于南明领导的抗清斗争，洪氏有着深刻的了解。从当前情况看，前线的清军已占有一定优势，只要能稳住局势，稳操胜券的希望还是比较大的；从长远角度看，南明控制区仅仅为中国西南一隅，而清廷占领区的人力、物力、财力都极大地超过对方，进行持久战对南明的压力也越来越大。惟有一点，清廷无法不能与南明抗衡——这就是人民的向心力。在多数人眼里，南明是承继明朝三百年统治的正统汉族政权，而清朝是茹毛饮血的野蛮夷狄，烧杀抢掠，无恶不作，大规模的战争、武力高压并不能使广大汉族人民屈服，尤其是民族气节坚定的高尚分子。没有经过一定时间的进化、蜕变乃至融合，弥漫于全国的反清气氛不会很快消散，占人口绝大多数的汉族人民不会口服心服。
洪承畴在湖南以极大精力从事招抚工作，抓紧“事机凑合”的希望不肯放松，实在是抓住了问题的关键。“招抚机括”也一度成为朝廷内外墨守的金科玉律。所谓的“招抚机括”应该包括争取民心、招徕士绅，分化、瓦解抗清武装的有生力量和群众基础等等内容，其中“计离贼党，使自为解散，以溃彼之腹心”则是核心所在。俗话说，堡垒是从内部攻破的，孙可望与李定国有矛盾，这是众所周知的事实，在洪氏眼里，孙、李矛盾，就是一个可加以利用的很好“事机”，为什么他不能设想这个“事机”有进一步扩大的可能，从而最终从根本上消蚀对方，出现分崩离析的局面？他在湖南“以守为战”，“以战为守”，翻来覆去地折腾，所做的一切不正是为促使孙、李矛盾这个内因发展？衡量一个军事家是否有过人之智，其中一个重要标准就是他能否根据现有的条件预计将来的局面，并努力推动局面向设想的方向前进。
洪承畴经略西南，是他一生中经历的最后一场大战，清廷寄予重望，赋予极权，无疑使他能够比较从容地制定战略战术，几臻炉火纯青的战争艺术遇上了恰逢其时的表现机会。洪承畴之经略南疆，乃在于兵马钱粮的应手，以及得力于投降榜样，而不是以战争取胜的。洪氏将“投降榜样”更置于“兵马钱粮”之上，所以他认定自己能够等到“计离贼党，使自为解散”的那一天到来。
不幸的是洪承畴最终还是没能等到“计离贼党”从而可以“优加爵赏”的机会。顺治十三年六月二十八日，洪承畴得到了上映岗土目报告的李定国动向：“逆贼李定国差伪总兵吴之凤赍伪敕令旨到镇安，称伪永历已移驻云南省，李定国锡封伪晋王，即领贼众复图犯两粤等情，并抄录伪敕书到职。职细释来文，似孙、李二逆又有复合之势。”对于孙、李矛盾这种有关“招抚机括”核心内容的情报，洪承畴是绝对重视的。也正因为如此，这一错误的估计，给他致命一击，使他陷入绝望的深渊，导致他第一次借病乞去。
事实上，当时孙、李不仅没有可能和好，矛盾的发展反而到了不可调和的地步，三个月后双方就在云南曲靖交水进行了一场大战，结果是孙可望落荒而逃，在走投无路的情况下投降清军。但洪承畴已经等不及到那一天了，这又一次暴露了他个性中足以左右其人生道路的最大弱点——极不坚定。在洪氏眼里，整整四年以来，在孙、李有矛盾的情况下，他所指挥的清军也没有占到任何便宜，若是两人有和好的可能，他还有什么好日子过？在他看来，南明武装简直就是一道无法打破的坚冰，在这道坚冰面前，他不禁心慌气短起来。
不如三十六计，走为上策。于是仅仅在得到这个消息的两天之后，六月三十日洪氏就上疏以病乞休。至此，洪氏自己也十分清楚：若再次兵败，不仅乞命敌手绝无可能，清廷也岂能轻饶了他？以六十有五之年，双目几瞽之身，兢兢业业，讫讫矻矻，最终落得如此境地，何苦来着？洪承畴不禁悲从中来，“陡患危笃之疾”。
清廷随即批准洪氏解任，并决定“经略员缺，相应不补”。因此，洪承畴建议将经略营制中八旗官员、甲兵、丁壮内年貌精壮、有能力买马备器者，听湖广总督、湖广巡抚和偏沅巡抚就近遇缺补用，其余人员“同职回京”，尽量使所属“各有着落”。这完全是交待后事的口吻，时间是顺治十四年十月。
满朝文武，甚至是顺治帝本人似乎也感染了洪承畴的绝望。值得庆幸的是，这种绝望并没有机会维持多久。就在洪承畴上奏交待后事、清廷决定不设经略的一月之前，九月二十八日“南明秦王孙可望已差官持书前往经略处”。洪承畴没有收到来信，当然就不知道他的面前已经出现了孙可望这个救星，清廷更是无法得知南明内部的具体实情。一个半月之后，孙可望的信使到达准备收拾行囊的洪氏军中，清廷立即改变决定，洪氏“留原任管事”，统领所属官兵，同宁南靖寇大将军固山额真宗室罗托等由湖南前进，相机收取贵州。
虽然孙可望一经投降，洪承畴立即病愈，表示要振励精神，勉图竭蹶，慎终如始，却再也不能恢复原来的地位了。清军转入战略进攻阶段后，分三路进攻云贵，洪氏只是其中的一路，尚且要与宁南靖寇大将军、宗室罗托协商，地位陡然下降。顺治十六年八月二十八日洪承畴再次乞病解任，可见他对自己的处境和地位还是十分清楚的，他知道，在大局已定的情况下，自己的使命宣告完成，只能以体力不支这种最平常、不引人注目的方式告退，或许带着走狗良弓之悲，但绝对不敢表露。对于洪承畴的乞请，清廷也没有加以挽留。洪氏乞病解任的揭帖在十月十六日到达朝廷，仅仅一周之后的二十三日，清廷即“特准解任回京调理”，行政效率如此之高，如此不假思索，这只能证明以往的信任有加，仅仅是一种权宜，一篇迫不得已的权宜，并非真正信任无猜。
敕命以来一直如梗在喉，此时洪氏自寻阶梯，正中清廷下怀。五省经略的赫赫威权，只是历史长河遇到坚强礁石激起的一朵小小浪花，转瞬即逝，从来就不能当作铁板钉钉的真实旧事重提，更不能成为洪氏争功的砝码。顺治十六年之后洪氏地位的尴尬，是有目共睹的事实。他最终只能成为又老又废的闲人，凄凄惨惨死在北京，是心机过度还是被清廷无情抛弃？无人说得清。
